乙亥，遣都指揮吳玉招諭揚州。先是，揚州衛指揮王禮聞大軍將至，議欲舉城來降，鎮守指揮崇剛、御史王彬執王禮等繫獄。至是，吳玉來招諭，禮弟王宗與千戶徐政、張勝率舍人吳麟等數十人出王禮等於獄，執指揮崇剛、御史王彬，開門出降。庚子，大軍至天長，王禮等縛崇剛、王彬赴軍門來見，上曰：「爾等心懷忠義，執縛姦黨。全城來降，爾意既厚，吾報爾亦必不薄。」上至揚州，陞王禮等為都指揮同知，其餘秩有差。遂命王禮同都指揮吳庸等率馬步數百人諭下高郵、通、泰諸城，併集舟以備渡江。壬寅，高郵等指揮王傑等率眾來降，陞傑等為都指揮同知，餘以差受秩。
上振旅江北，時諸姦惡皆求出城，謀為苟活計，都城空虛，上下震悚。允炆乃下罪己之詔，遣人四出徵兵。蘇州知府姚善獻言云：「有蘊文武才略可濟急危者，置之散地不用，今事勢狼狽，宜速招之。」問其人為誰，不言其名。再三詢之，乃曰：「黃子澄也。」議將召用，方孝孺從中沮之。既而復召，久不見至。方孝孺憾曰：「宋齊丘何不來耶？」其意指黃子澄也。方孝孺乃謀曰：「事已急矣，可用計使緩之。曷遣人許以割地，少延數日，我倚長江之險，舟楫非北軍所長，速往東南召募壯丁，決戰江上，勝敗未可知。」允炆善其言，乃遣慶成郡主渡江至軍，（「乃遣慶城郡主渡江至軍」，原無「軍」字，「成」原作「城」，據明天一閣抄本補、改。）上見郡主慟哭曰：「父皇陵土未乾，我兄弟已見殘滅，忍心如此，其何以堪？我不圖更有今日，（「我不圖更有今日」，「不」原作「初」，據明天一閣抄本改。）今與郡主相見，有如再世。」郡主聞上言，泣下霑襟，悲不能止。上問：「周、齊二王安在？」郡主言：「前蒙遣書欲復各王爵，周王方得召還，但未復王爵，仍拘之。」上曰：「荼毒我兄弟至此極耶！」言訖，益歔欷不勝。郡主徐以割地講和為請，上曰：「吾受命皇考，封建茅土，且不能保，割地豈其本心哉？此姦惡繆計，欲以見欺，焉可為信？我此行在誅姦惡，以清朝廷，奠安社稷，保全骨肉，事已，欲得故封幸矣，餘非所望也。」郡主語塞，乃勞遣其還，上謂郡主曰：「好語諸弟妹，久不相見，欲得少敘天倫之樂，未知能如所願否？幸自愛。」時方孝孺延頸以望。謂其計必行。及郡主歸云不從，（「云不從」，原無「云」字，據明天一閣抄本補。）乃失色。人問其計安出，揚大言曰：「長江可當十萬兵，江北船已遣人盡燒之矣。北來軍士，豈能飛渡？况天氣蒸熱，易以染疾，不十日，彼自退。若渡，祇送死耳，何足以當我舟師。」其言繆妄，識者笑之。
六月癸丑朔，都指揮吳庸等集高郵、通、泰船於瓜州。甲寅，上祭大江之神，祝曰：「予為姦惡所迫，不得已起兵禦禍，誓欲清君側之惡，以安宗社。予有厭于神者，使不得渡此江，神鑒孔邇，昭格予言。」乙卯，誓于眾曰：「羣姦搆亂，禍我家邦，扇毒逞兇，肆兵無已。予用兵禦難，以安宗社，爾有眾克協一心，奮忠鼓勇，摧堅陷陣，斬將搴旗，身當矢石，萬死一生，於今數年，茂功垂集，在戮力渡江，剪除奸惡，惟慮爾眾，罔畏厥終，僨厥成功。夫天下者，我皇考之天下，民者皇考之赤子，順承天休，惟在安輯。渡江入京，秋毫毋犯，違予言者，軍法從事。於乎！惟命無常，克敬其常，爾惟懋敬，乃永無咎。」先是，賊將盛庸駐軍于高資港，緣江上下二百餘里，盡列海船嚴備。至是，上率師渡江，舳艫相接，旌旗蔽空，戈矛曜日，金鼓震地，微風飄揚，長江不波，乘潮而渡，若履平地。緣江備禦海船軍士，遙望皆驚愕不敢動。漸近岸，盛庸整陣以待，上麾前鋒鼓譟先登，繼以精騎數百直衝盛庸軍，（「繼以精騎數百直衝盛庸軍」，「繼以」原作「先」，據明天一閣抄本改。）賊眾震慴，奔潰上山，棄戈甲而走，追奔數十里，斬首數百餘級，盛庸單騎遁，海船將士皆解甲釋冑來降，人陞二級。
戊午，諸將言欲徑薄都城，上曰：「鎮江為咽喉之地，若城守不下，往來非便，譬之人患疥癬，雖不致傷生，終亦為梗。先取鎮江，斷其右臂，則彼勢危矣。」眾唯唯。上令所降海船皆懸黃旗於上，往來江中，鎮江城上遙見旗幟皆變，驚曰：「緣江海船已降。」於是指揮童俊等率眾來降，陞俊為都指揮僉事，其餘降者俱陞一級。庚子，大軍駐龍潭。上顧望鍾山，愴然下淚，諸將請曰：「今禍難垂定，何以悲為？」上曰：「吾異日渡江入京，既見吾親。比為奸惡所禍，不渡此江數年，今至此，吾親安在？鍾山孝陵在焉，瞻望雲霄，有懷考妣，是以悲耳。」諸將聞上言，皆感泣數行淚下。
辛酉，允炆知緣江海船皆已降，又聞鎮江降，憂鬱不勝，徘徊於殿廷之門。方孝孺稱疾不起，遣人強之問以計，孝孺曰：「今城中尚有勝兵二十萬，城高池深，糧食充足，盡撤城外民舍，驅民入城，足以為守，城外積木，悉運入城。」允炆從其計，乃役軍民商賈及諸色人匠，日夜拆屋運木，（「日夜拆屋運木」，原無「屋」字，據明天一閣抄本補。）盛暑饑渴，死者相枕籍，勞苦不勝，嗟怨之聲盈路，咸引領以望上至，曰：「何不速來，以解我勞苦。」城外積木既多，疲於搬運，縱火焚之，連日不息。先是，城崩，役軍夫修築，將成，而他處復崩，連連不已。軍民運磚土，累月不得休息，怨曰：「此去不遠，何不便來？來則有此而登，我即解散，胡使我勞苦至此極耶？更遲來數日，我皆為鬼矣。」民之望上以解倒懸，甚於饑渴。
方孝孺復言：「前遣郡主未能辦事，今以諸王分守城門，遣曹國公、茹尚書、王都督往龍潭，仍以割地講和為辭。以覘其虛實，且待援兵至，選精銳數萬，內外夾擊，决死一戰，可以成功。設有不利，即輕舸走蜀，收集士馬，以為後舉。」允炆然其計，乃遣李景隆、茹常、王佐至軍門。李景隆等見上俯伏，汗流俠背，不敢仰視。上曰：「勤勞公等至此，雅意良厚。」李景隆等再三叩頭，不能發一語。久則以割地講和為請，上嘆曰：「公等今為說客耶？始者未有釁隙，欲屠滅諸王，加我大罪，遂削除名爵，貶為庶人，以兵圍逼，云以大義滅親，必欲絕我宗祀，今日救亡不暇，何用割地為？况割地無名，我皇考定天下，一以傳於子孫萬世，疇敢分之？裂土割地，此亡國之緒耶，孰主張是，其罪當誅。今來為安社稷，保骨肉，復父皇之讐，能悉縛姦惡，付諸法司，使得數其罪而誅之，以謝孝陵，釋天人之怒，整肅朝綱，徐聽指揮，俾回故疆，實出望外，豈可以土地見啗也。（「豈可以土地見啗也」，「啗」原作「陷」，據明天一閣抄本改。）我不即入城者，正為此耳。」乃遣李景隆等歸。李景隆見允炆，以上語對，允炆曰：「不欲割地，計將安出？」李景隆曰：「必得所罪者，然後可以退師。」乃令李景隆再出城，且言：「有罪者俱竄逐，今無在城，請退師，後執來獻。」用是往返以稽其事。李景隆等不敢出，請拘留京諸王偕行。