夏四月，锦遣礼官柯平如福州报聘。精忠始虑下游不服，故藉锦声援。已而旬月之间，全闽皆下；浙之温处、江之广信、粤之潮州，继踵风靡，意更骄倨，乃欲负约。语柯平曰：“师来不恶，当分地自战耳。”由是两家兵端起矣。
精忠多忌，以王进功在闽日久，恐其为变，诱留福州。征诸镇兵出关，惟兴化马惟兴先行。黄芳度遣其兄翼率千人从。
复征赵得胜兵，不及，以海澄待台湾。锦遣侍卫左都督冯锡范督诸军人思明，得胜深交锡范，会取同安。五月，至同安，守将华尚兰降。泉州守将张学克，家在同安，絷之以招学克。学克闻变，趋赴不及，遂以军降。施凤亦率舟师降。下游人心摇动，精忠大恐，以王进旧将有声，擢为都尉使，镇泉州。
是月，邓锦人思明，以郑省英知州事。叙海澄、同安功、赵得胜为兴明伯，张学克为荡涤将军，华尚兰为神武镇，杨威为尾宿营，施凤亢宿营，邓麟采知同安县。舟航始集，部伍始成，旧人乡戚，咸来问劳。而耿精忠闭福州，会城种帝。卤簿警跸，修饰仪卫，铸“裕民通宝”钱。马九王出仙霞，为制府李芝芳所遏，不得进。疆众日蹙，方与郑氏构兵，如两鼠斗于穴中，识者知东南事大定矣。
王进至泉州，步卒仅千人，与城守赖玉厚结，专行威福，任戴国用为牙爪，勒王进功家属入福州。进功子藩锡与杨青等计曰：“翁被留在省，闻福州兵又至，吾无噍类矣，盍先发？”
六月九日，诱玉、国用、李尚文入军门，执之。遂攻王进，进意气自若，走登南门，竞死斗。提标无统帅，相持竟日，暮，进遥望扬帆，恐海舶来攻，乃夜溃围。得省中援军，整甲徐还惠安，守将邀走之。杀赖玉于市，百姓脔其肉殆尽。绞戴国用，泉民德李尚文，为请，乃释之。迎岛师入城，以藩锡兄弟为指挥使，假理提督军务，余官皆复旧职。
黄芳度在漳州，闻风欲降，念其父罪重，惧不免死。锦使告之曰：“时际光复，事属尔父，果抒诚悃，当弃前愆。”乃杀城守刘豹，奉启泉州承制，封德化公。前提督有请，靡不从。
芳度终不安，间道密表于朝，锦亦羁縻之。漳属皆下，独漳浦为刘炎所据。于是郑氏据有漳泉二州，及思明金门。平南兵围刘进忠于潮州，潮福路断，进忠由海道献款思明，锦使后镇金汉臣舟师援之，以进忠为定北伯，兼右提督。
秋七月，精忠两遣使至思明，行和求泉州。九月，遣王进自兴化，别将由上游会刘炎协攻泉，锦使右武卫刘国轩出御。
进素轻南兵，泉州之役曰：“是众寡不当，愿益兵。”期取泉自效。步骑二万，鼓行至惠安，恣焚掠。国轩严阵以侍，相守越旬，进退屯枫亭，连营二十余里，军势甚盛。国轩率轻骑觇之，猝遇于涂岭，许耀少却，国轩分诸军搏战，自辰至已，两军殊死斗，进兵遂溃，追奔至兴化，军郭外，三日夜乃还。
十一月，锦以刘炎在漳浦，为右臂患，遣兴明伯赵得胜、侍卫冯锡范，由海澄进师。炎与云霄镇刘成龙、福州亲军都尉徐鸿弼，合师迎战于罗山岭。右虎卫何佑挥兵击之，炎等大败，走入漳浦城。岛师环阵攻围，三将皆出降。遂引兵西救潮州。
先是，金汉臣救潮州，一军尽没。会耿郑祸结，外援不至。
城坏百余丈，刘进忠悉力守御，中外隔绝已半载。至是，赵得胜统军入潮，与广兵战于黄冈，破之。广兵烧营而遁，潮围始解。得胜班师。
先是，三桂初反，遣帛书一入福州，一人台湾，会兵。锦使监纪推官陈克岐、副将陈文焕报之。三桂复遣礼曹员外钱黯通问。值岛师入泉，再遣礼曹周文骥来解兵，曰：“天下事重，无操同室戈，贻敌笑。”及精忠闻鸿弼等败，乃使潘曰兴修好。
锦报曰：“耿王能如约者听。”竟未决。
郑氏自成功时，即置六官，多僭帝制。锦再出思明，更多设伪官。以陈永华为御史总制，留守台湾，以六官协理，洪旭子洪磊吏官、杨荣户官、郑斌礼官、柯平刑官、杨贤工官，惟不设兵官。置六科都事察言，承宣宾客。诸司亲军，曰侍卫，以冯锡范为之；曰勇卫，留守永华摄之；曰左右武卫，薛进思、刘国轩为之；曰虎卫，何佑、许耀为之；曰五卫，施福为之；曰銮仪，艾祯祥为之。又有果毅、折冲、五常、五行、五兵、左右先锋、前锋、后劲、中权、戎旗二十八宿营制，听五提督节调。凡文武事宜，皆赞画参军陈绳，武侍卫锡范主之。前取饷于东宁，比得漳泉，转运不继，始用六官征催富民绅士。以郑省英为宣慰使，统督各郡钱粮。前昌密道吴慎为屯田道，清收屯租，诸县令以六科都事为之，皆台湾来者。人月输银五分，名曰毛丁。船计丈尺，名曰梁头。督造采船料，盐司分管盐场。
以陈达章司泉州，冯锡圭司漳州，郑珍英司潮州。盐石直二钱，征饷四钱，饷司科杂税给军。
康熙十四年乙卯，春正月，精忠遣张文韬如泉州贺年，以五艘如约。遣郑斌报使，立条誓枫亭为界，自是耿郑文好。
二月，锦杀永春民吕花。花恃马跳地险，不服征索，避科敛者依之。锦使左武卫薛进思攻围，三月不下。永春知县郑时英，遣人招谕，许以不死，花出降。钉之，没其家产。
是月，续顺公沈瑞以饶平降台湾。瑞叔母尚氏，平南王女也，降耿时迁至漳浦，瑞尚留诏安。广兵围潮，瑞趋饶平。及潮州围解，刘进忠移师攻之，不克。广兵来援，左虎卫何佑遇于百子桥，败广兵，瑞乃降改封怀安侯。
五月，锦率师次于海澄。饶平之捷，刘进忠密启于锦，请讨黄芳度。锦亦以黄氏必死之寇，终无降理。是月六日，发泉州，入海澄，实图漳州。留驻二十日，芳度不敢入见，遣其中军朱武奉启，意觇军势。锦使郑斌入漳宣慰，或率兵从征，或束身自诣，终不至。且召黄翼于关外，密使归漳。耿移书来征，又以病辞。遂定计攻城。
是月，刘国轩大败广东于鲎母山，国轩自涂岭之役，率所都入潮，同刘进忠行徇属县。诸县坚守，国轩兵老粮乏，欲退守潮州后图，平南挥步骑来追，国轩及何佑等设伏以待。会吏官洪磊宣慰广东，厚赀增募，骁勇迎战鲎母山，伏发，广兵大败。
六月，黄芳度据漳归朝。锦自海澄移军万松关，芳度剃发守陴，使弟芳泰入广告急。赖升守平和为之声援，岛人攻漳城不克。后镇万宏中炮死。何佑自潮州攻平和，赖升降，漳属皆复为台湾。芳度孤守漳城。
是岁，番舶互市于思明。先是中左所为诸洋利薮，岛破，夷舶不至。甲寅，郑氏复岛，英圭黎万、暹罗、安南诸国，皆献方物互市，中左烟火市里，几复其旧。
康熙十五年丙辰，大清兵入福州，耿精思出降。王师进克泉州，黄芳度以漳州后来会。刘国轩复来争泉州，攻围两月不下。芳度遣兵复平和，屡攻黄瑞镳于漳平，不克。七月，将军喇哈达师次漳平，瑞镳无援，始出降。喇哈达间道永安，援泉州，湖头李光地练乡兵自守，为乡导。巡抚吴兴祚自仙游复永春，提督杨捷自兴化下惠安。林贤、黄镐、陈子威以舟师出闽安镇，克期救泉州，国轩水陆布御，恐分兵力薄，乃引退，趋长泰，诸县皆弃还。林贤等进复定海，岛将章元勋战死，萧琛退泊海山。锦召琛还，斩以徇。遣左镇陈谅、后镇陈起明、督朱天贵等御林贤。
九月，大清师败刘国轩于漳州之溪西。国轩自泉退师，堕同安城，进兵溪西。满汉尽锐迎战，至午，国轩步卒饥乏，铁骑横冲，首尾不相顾，遂弃长泰，出江东，扼守三叉河玉洲水头镇门。王师军垒相望，督造江东桥。
冬十月，督抚遣漳州进士张雄如思明议和。时漳泉郡县皆复，独海澄未下，度岛人必争，难猝攻。乃为公书以生民涂炭，劝令息兵归台湾，如先王时。雄还，又遣泉绅黄志美人议约，必得海澄，始可成好，锦不听。
康熙十六年丁已春，大清师攻救海澄，锦复破之，遂围泉州。锦下伪教叙诸将功，以中提督刘国轩为武平伯，征远将军，后提督吴淑为平远伯、宁北将军，左虎卫何佑为左武卫，前虎卫林升为右武卫，右虎卫江胜为左虎卫，俱授左都督。余镇营各加级有差。
某月，大清师克复海澄，击破郑锦兵于泉州，锦撒兵还思明，闽地悉定。十二月，诏复迁各省沿海人民于内地，置戍，禁出入。甲寅之乱，闽省迁民悉还故地，至是闽平，复议迁界。
康亲王疏称迁界累民，请罢之，已报可。后岛人就掠内地，督抚提镇请仍从顺治十八年例迁，值破海澄，围泉州，事暂停。
及泉围解，遂行迁界之令，益不聊生。唯广东尚王力请不迁，得已。
康熙十八年已未，春正月，诏筑沿边界寨，自福宁及诏安，率一二十里置寨。量地险要，截内外，滨海数十里，无复人烟。
二月，郑锦复取海澄，以张廷辉知县事，刘国轩使吴淑率诸军据果塘寨。廿九日，大军败于定海，是日旦，朱天贵、陈谅自海坛乘南风进泊定海，北舟大小百余艘，由五虎门衔尾而进。天贵与陈启明率熕船先澄，启明船遭风失舵，还泊海山。
三月，郑锦旌思明义输寡妇辛氏。两岛地狭，数战征输繁重，丁已之役，州民人月输米一斗，至是，月输米三斗，不堪命。中提督刘国轩辞月俸，自饷辖兵三月。吴淑、何佑等皆效之。水师五镇蔡仲琱守惠安，驾小舸逃入泉州，投巡抚吴兴祚，降。漳州守备吕韬降于台湾。鞱守江东桥，败归。刘国轩进军海澄，阴以漳郡通款事泄，羁候，将入省待理。鞱遣人要英毅镇林彪请援，行至同安界，彪伏兵取之以归，以为折冲左镇，移其家入台湾。
初，蔡寅诡称三太子，起兵，耿逆故将纪朝佐、同安武生郑奇勋，从之。后同归台湾。未几寅死，二人请再举，入山召募，为大军所困，不能出，诣总督姚启圣降。郑氏南北汛防，多以缺船饷为辞，征调不至。于是上及普陀，下及广东，平海大蓬，皆遣官监纪，归卤获妇女宁民。