至五月五日，和尚闲步廊下，见庄严诸佛菩萨及韦驮尊者像，叹曰：“只这一块泥巴，塑佛成佛，塑菩萨成菩萨，塑尊者成尊者，欲威则威，欲慈则慈，种种变化成就俱可。孰知人为万物之灵，反不如一泥巴土块乎！任尔千言万语，千劝万谕，非聋即哑，不听之矣←然哉，人之不如一土木也！”怀林时侍和尚，请曰：“和尚以人为止，人闻之必怒；以土比人，人闻之必以为太过。今乃反以人为不如土木，则其以和尚为胡说乱道，又当何如也？然其实，真不如也，非太过之论也。记得和尚曾叹人之不如狗矣，谓狗终身不肯背主人也。又读孙坚《义马传》、曾叹人之不如马矣，以马犹知报恩，而人则反面无情，不可信也。今又谓人更土木之不如，则凡有情之禽兽，无情之上木，皆在人上者，然则天亦何故而生人乎？””噫！
此非尔所知也。人之下者，禽兽土木不若，固也；人之上者，且将咸若禽兽，生长草木，又岂禽兽草木可得同乎？我为下下人说，不为上上人说。”林复请曰：“上下亦何常之有？记得六祖大师有云：“下下人有上上智',有上智则虽下亦上，'上上人有没意智',没意智，则虽上亦下。上下之位，固无定也。””噫！以此观之，人决不可以不慎矣。一不慎即至此极，顿使上下易位。我与子从今日始，可不时时警惕乎！”沙弥怀林记。
代深有告文时深有游方在外
龙潭湖芝佛院奉佛弟子深有，谨以是年月日，礼拜梁皇经忏以祈赦过宥愆事。念本院诸僧虽居山林旷野，而将就度日，不免懒散苟延，心虽不敢以遂非，性或偏护而祗悔。夫出家修行者，必日乾而夕惕，庶檀越修供者，俱履给有功。早夜恩惟，实成虚度。纵此心凛凛，不敢有犯；而众念纷纷，能无罔知。公一毫放过，即罪同丘山；况万端起灭，便祸在旦夕乎？
深有等为此率其徒若孙，敬告慈严，慈以悯众生之愚，愿弃小过而不录；严以待后日之谴，姑准自改而停威。则万历二十一年十月以前，已蒙湔刷；而从今二十一年十月以后，不敢有违矣。
又告
切以诵经者，所以明心见性，礼忏者，所以革旧鼎新。此僧家遵行久矣。皆以岁之冬十月十五日始，以次年春正月十五日终。自有芝佛院以来，龙潭僧到今，不知凡几诵而凡几忏矣，而心地竟不明，罪过竟不免，何哉？今卓吾和尚为塔屋于兹院之山。以为他年归成之所，又欲安期动众，礼忏诵经。以为非痛加仟悔，则诵念为虚文；非专精念诵，则礼忏为徒说。
故此两事僧所兼修，则此会期僧家常事也。若以两者目为希奇，则是常仪翻成旷典，如何可责以寡过省愆之道，望以明心见性之理乎？谓宜于每岁十月，通以为常。否则每一期会，必先起念；先起念已，然后举事；既举事已，然后募化，既募化已，然后成就。如此艰辛，谓之旷典，不亦宜乎！从今以后，不如先期募化有缘菩萨，随其多寡，以为资粮。公得二时无饥，即可百日聚首。于是有僧常觉，慨然任之。不辞酷烈之暑，时游有道之门；不惮跋涉之勤，日履上圣之室。升合不问，随其愿力，无不顿发菩提妙心；担荷而来，因其斋粮，可使随获菩提妙果。诵经者明心，而施主以安坐自收善报；礼佛者仟罪，而施主以粒米遂广福田。
不唯众僧不致虚度，虽众施主亦免唐捐。觉之功，不既溥乎！但如此岁岁年年，则众僧有福，施主有福，常觉亦有福。恐以我为妄语，故告佛使明知之。
礼诵药师告文
余两年来，病苦甚多，通计人生大数，如我之年，已是死期。既是死期，便与以死，乃为正理，如何不赐我死，反赐我病乎？夫所以赐之病苦者，谓其数未至死，尚欲留之在世，故假病以苦之，使之不得过于自在快活也。若我则该死之人：寿至古稀，一可死也；无益于世，二可死也；凡人在世，或有未了业缘，如我则绝无可了，三可死也。有此三可死，乃不即我死，而更苦我病，何也？闻东方有药师琉璃光王佛发大弘愿，救拔病苦众生，使之疾病涅盘。卓吾和尚于是普告大众，趁此一百二十日期会，讽经拜忏道场，就此十月十五日起，先讽《药师经》一部四十九###卷，为我祈求免病。想佛愿弘深，决不虚妄也。夫以佛愿力而我不求，是我罪也。求佛而佛不理，是不慈也；求佛而佛或未必知，是不聪也：非佛也。吾知其决无是事也。愿大众为我诚心念诵，每月以朔望日念此经，共九朔望，念经九部。呜呼！
诵经至九部，不可谓不多矣；大众之殷勤，不可谓不虔矣。如是而不应焉，未之有也。公可死，不可病。苦口丁宁、至三再三，愿佛听之！
移住上院边厦告文
龙湖芝佛院佛殿之后，因山盖屋，以为卓吾藏骨之室。盖是屋时，卓吾和尚往湖广会城，居士杨定见及常住僧常中、常通等告神为之。二和尚归，又告神添盖两厢，及前廊边两厦。
草草成屋，可居矣，和尚但念力出众人，成此大屋，宴然居之，不特心神不安，面貌且有厚颜也。屋成，遂题扁悬其额曰：“阿弥陀佛殿”。中塑西方接引佛一尊，高一丈二尺，以为院僧三时念佛、瞻像皈依之地。南向厢房三间，塑起普陀悬崖，坐观世音菩萨于崖石波涛之上，以显急苦难大慈悲之力，使众僧有所依怙，不生怖畏。前廊五间，中间塑韦驮尊者金像一区，连座高九尺，专赖其拥护僧众，使精勤者获利益，怠昏者用一杵，故扁其额曰”护法尊者之殿”，而观音则直书”南无观世音菩萨”七字而已。殿之东西，供养达磨、伽蓝二像。
门楼北上，其神在上，南向则为执金刚神，专听护法尊者主使。有此种种慈悲威严佛菩萨真容，则和尚借佛背后半间丈室以藏骨，心亦安矣。今尚未塑佛，未敢入居正室，且亦未敢谢土。何也？土木之功未得止，则动土之事尚有劳也。公欲择日入居边厦，不得不告。
礼诵药师经毕告文
和尚为幸免病喘，结经谢佛事。念今日是正月十五之望日，九朔望至今日是为已足，九部经于今日是为已完。诵经方至两部，我喘病即减九分；再诵未及四部，我忍口便能斋素。
斋素既久，喘病愈痊；喘病既痊，斋素益喜。此非佛力，我安能然？虽讽经众僧虔恪无比，实药王菩萨怜悯重深，和尚不胜礼谢祷告之至。和尚再告：有小僧常通见药师如来即愈我疾，亦便发心，随坛接讽，祈疮口之速合。乃肃躬而致虔，以此月十六之朝，请大众讽经一部。
呜呼！佛乃三界之大父，岂以僧无可取而遂弃之；况我实诸佛之的嗣，又岂忍不以我故而不理也！念此僧虽非克肖，在僧中亦无大愆。钟磐齐臻，鼓钵动响。经声昭彻，佛力随施。两年未愈之疮，药王一旦加被，何幸如之。为此代恳，不胜瞻依！
代常通病僧告文
龙湖僧常通，为因病疮苦恼，礼拜水忏，祈佛慈悲事。重念常通自从出家，即依三宝。
叵耐两年以来，痰瘤作祟，疮疼久缠，医药徒施，岁月靡效。咸谓必有冤业，恐非肉眼能医；倘求一时解除，须对法王忏悔。第顾微未，何缘上达于彼苍，纵出至诚，未必降临于下地。
历观前劫，想不能如悟达师之戒律精勤，重重十世以为高僧；俯念微驱，又不如歌利王之割截身体，节节支解而无嗔恨，举足下足，罔非愆尤；日增月增，无可比喻。因忍痛以追思，或明知而故犯。此已往其奈之何，恐将来当堕无间，所赖众弟兄等：同心一意，顿兴灸艾分痛之真情；因病生怜，遂起借花献佛之妄念。以是吉日，礼拜忏文。仗诸佛为证明，一忏更不再忏；对大众而发誓，此身即非旧身。若已灭罪而更生，何异禽兽；倘再悔罪而复忏，甘受诛夷。伏愿大慈大悲，曲加湔刷；大雄大力，直为洗除，法水暗消，疮口自合。此盖佛菩萨悯念敝之恩，与众弟兄殷勤礼拜之致也。