冬十二月，御赐「寿」字。其时日本畏公如虎，由日本大将致函与公，以百万利诱，请公内渡；公不允。
光绪二十一年，日本遣各兵舰陆续进台，旋又增进巨舰。时台抚兼督办军务在台北，乃为邵友濂。缘唐景崧奏邵办理不善，奉上谕：邵友濂撤任；台湾巡抚，着唐景崧署理，兼督办军务事宜。接篆后，公往台北，与唐薇卿会商，并偕往踏营盘、人马；所布置各项，诸与公意见不合。回署谭论，公曰：『中丞这个驻所，建筑不妥；且人马多有懦弱。何不我亦过来与中丞同住，更改营盘，裁去老弱、添补精壮；且得近与商量办理，岂不两有裨益耶？且中丞办理民政日不暇给，其军政事宜千头万绪如丝之乱；鄙意过来相帮，尤为妥善。不知公意以为然否』？唐曰：『老兄在台南独当一面，节制南方各统领，任便行事，已成专阃；弟虽督办之名，亦不为遥制，且鞭长莫及。台南地方实为扼要，非有威望大员，不足以资镇摄；老兄即住台南，毋庸再多一样思想！又况老兄顾台南、弟顾台北，南北两处皆有备敌之对付，声势大壮；谚云：「先声夺人」，日本岂无闻风而生畏乎！弟意已决，兄勿多疑为是』！于是，公回台南。
后唐中丞又令公往台南所属地方恒春县扎守（由台南府落恒春县八日路程）。该地方荒坡野岭，一望无际，如深入不毛之处。其土硗极，种菜不生；土人四围用石围墙高三、四尺，乃可种菜。即菜蔬极小之葱，每一条亦卖十几文。公到时，毫无告警风声。住七日，出外踏看地方，方知地点路线，以为战地之预备。后回到阿公店地方，已行踏六、七日之间，忽在中途接着唐电云：『某日已与日本在三雕岭开仗，我军大获胜仗，请公速回』等语。公即赶程回到恒春，又接唐电云：『台南镇总兵万国本辞职已照准，其台南镇篆务着刘永福兼署』等因。公接电，即发电与唐云：『承委兼署台南镇印务，祗可担任权理数日；实缘军队事繁，万不能兼顾此缺。希即委员到接镇篆，切盼』！唐不复电。
过数天，唐自出银一百，铸造大总统印。制黄旗两枝，写「民主国」字样；概转旗号，不用龙旗。唐又遣人铸造大将军印，派新放台南道进士区鸿基往赴新任，顺道賫印送与公。区送到彰化，因闻台北大败消息，连印带回，不到台南；时闰五月也。先是，日本各兵轮陆续驶进台北港，唐军为之震恐，已无心恋战。唐景崧特派战事临时督令官广西宾州黄某，拈大令督战。五月初，前后统兵大员屡派人旋告胜仗，唐得了此个消息，喜出意外。其送大将军印时，先拍一电与公云：『景崧被百姓强立民主为大总统，已送印、民国旗等件。崧为万民付托，迫得权理。现送大将军印与公，希收启用！公即为台湾民国大将军，统辖水陆诸军务。至大总统一职，崧暂时权篆；事平当让公』云云。此电报最末发；唐虽饰词为民所强，真实自为之事。盖唐心专制帝王，已非一日。其前在越南，屡劝公篡越王位；彼之意思亦料公可为大将，其文才不及他，将来一定为其所得耳。
闲说休叙，且言唐特派战事临时督令官，于唐既送大将军印与公后，旋回。到衙署时，当晚膳后，唐、黄两相见面，唐一见之，即满面欣喜，谓曰：『用过晚膳否？如未，即着厨弄饭菜』。黄曰：『未曾』。唐即令厨再弄饭菜，加添珍味。席间，唐与黄对酌。斯时唐即欲饱闻战事，以得详悉胜仗情形，举杯大饮。唐抚正欲启口问黄，而黄则慨叹一声曰：『谋事在人，成事则在天耳』！唐惊曰：『今日既打胜仗，尔何为出此不祥之言耶』？黄对曰：『大人有所未知，前各报胜仗者，皆伪言耳；其实败也』！唐时手方拈箸，即气激心慌，连箸抛弃。即回房，百事不理；左思右想，无一是计，总之无可如何。古云：『六六三十六着，走为上着』；遂决计假扮商民，不动声色，仅带心腹随行数人逃走。其去了，并无知觉；盖唐自运动与及逃走，皆可行动自由者。
先是，清国与日本和议成了，已割台湾一岛；早奉密电，别人不知。唐去后，上谕始到，云『所有全台大小文武各官，内渡』等语。彼时，唐已逃了十余天矣。斯时，众商民百姓始知唐之实去确耗。如是，众绅耆百姓，大集会议：台北唐钦差已内渡，现在无主，不足以统治万民、总辖军务；纷繁待理，正如乱茧一团，万绪千头。众议决，云举公为台湾民主，所有全台兵民责任均为公所负担等议。全台人士代表，各皆签字承认。公被强举，斯时本无寄心于其间，惟有欲「保护万民」、「保守疆圉」两事为念；以为在台一日，则当尽一日之心。其于帝王、总统思想，全无一些；惟承万民请命，欲副本心「保人民、全领土」两事，是以不得不暂时理事而已。其他非分之荣，不敢望也。公由旗后上台南府。
自唐景崧潜行走后，日兵知觉，遂进台北，如入无人之境。尚有台南一带，公扼守之时，日本各兵舰纷纷驶落各处港口，预备战事。台南各处，分扎军队处所：恒春，统领五营，区声；旗后，统领二营，刘成良，管带一营，杨德兴；凤山，管带一营，叶某；东港，统领三营，吴光亮；白沙墩，统带五营，张占魁；布袋嘴，统领三营，某，又分统两营，李韦义；宵隆圩五营，四草湖五营。另民团二十余处，分驻各要塞地方。各统驻扎军队各领、各管带等见日人驶兵舰到，各处惟有告急文书报知。时所有大小文武各员，不论远近皆送印与公，由公主裁办理；其既缴印各官，亦多过海。至全台各军兵百数十营，又士人义勇团数十营，为公节制调度。各统督、管带，均换给关防。各印官文武，分别陆续委置篆务；视地方繁简，以为命任之迟速。军政既归统辖，饷糈尤当筹画，不可视为缓图；公即在支应、善后各财政处所查核，共计尚存二十万几千银毫之数。即提此款，暂发各营火食。时虽奉旨将全台割与日本，但接两江总督张密函嘱，请仍相机扼守，饷项后定汇接济，幸勿为虑；并密得两广总督谭函嘱，与张函大致相同。公见有此两处援应，亦可扼守；在台一日，惟有竭尽一日之心。其他事之成败利钝，在所不计也。公发令悬赏：每斩老番首级一颗赏银二百两。自此令出后，陆续亦多斩获；随时报功，随时给领赏号。惟因张、谭两督汇款未到，每一功暂发三十两，后乃给足云云。
至六月间，台南各界大集公民大会，到会者数千人。集议，公推公为台湾民主大总统，众皆赞成。议决：即铸银印一颗，文曰「台湾民国总统之印」八字。铸就，各界代表邀集三千余人，将印送与公。各代表先见公，说明全台各界数百万生命公意举公为民主，并说理议论甚多。公曰：『尔等众百姓公举我做总统，送印而来，可以不必多此一举；此印不能打得的。无论如何，均要打赢，方可完全领土。今日之事，军事也；土地之存亡、人民之关系，千钧一发，甚宜注意。其实事在将兵互相得力，咸皆用命；或者易亡而存、转危为安，从此上国衣冠不沦夷狄耳！区区此印，无能为力；盖有在此不在彼之故，诸君以为然否？请将印带回，销之可也』。越一、二日，第二次各界祗派代表耆老等又将印送来，并又陈说理由甚长。公曰：『前次送来，吾已不受；今何又劳诸君耶！夫势处如斯，情同骑虎；朝廷忍舍锦绣山河，又不愿置数百万生民于不理。今诸君送此印来，无非欲保身家、固土地，不甘为蛮夷牛马而已。诚宜决意抵敌，务须互相协力，筹军饷为第一着紧要之事；盖军饷足用，士肥马腾，日本虽然利害，吾岂惧哉！吾在越国时三次与法逆交兵，一战而法驸马安邺授首，再战而李威吕分尸，三战而法全军焚灭；共计法兵死者不下万人，其一、二、三、四、五等画将官不计其数。彼时并无总统印绶，不过奉命讨逆，将士用命而已；印何为哉！诸君如能移送印踊跃之心而筹饷，则自有所措置矣。否则，虽十百千万之印绶，又何用耶！印，吾不受；诸君賫回为是』！各又唯唯而退。越三月，又送印来。公曰：『你送印交我，更不能做事矣。尔们回去，那系有银帮银、有钱帮钱、无钱帮米，无论多少均善。至其无钱米之人，则为帮力；我须用人出力，则相帮之。至筹饷一节，我设局收之；尔各俱给军粮可也』！后各回去筹画军粮，有捐十余斤、二、三十斤者不等。公见无济于事，又在各海关卡厘金各项杂捐收入，共得银五万两足数；用至六月底，充各军营勇火食。六、七月交界之期，正是青黄不接，张、谭两处接济音信杳然。查得张汇银百万到上海，事为李鸿章查悉，阻挠折回。公异常焦急，迫得印造银票，声明全台军事敉平，一元连本还五元。且发银票，不过千数百元。时因各财主佬被英、法诸国恫吓，渡过厦门；所有全台资本家，几去一空。是以财政万分困难，杯水车薪，无从救济。六月后，初则千银发四百现银、六百银票；旬间，则千银发现二百、票八百；又旬间，现银一百、票九百；又旬日，全发银票。初时全使银票，台南城内外、邻近各处尚觉通行；到九月中，城内外亦无人肯用了。