江阴以乙酉六月，方知县至，下剃发之令。闰六月初一日，诸生许用德悬明太祖御容于明伦堂，率众拜且哭曰：“头可断，发不可剃！”下午，北门乡兵夺袂先起，拘知县于宾馆。四城内外应者数万人。求发旧藏火药器械，典史陈明选许之。随执守备陈瑞之，搜获在城奸细。以徽商邵康公娴武事，众拜为将。邵亦招兵自卫。旧部司周瑞龙船驻江口，约邵兵出东门，已从北门协剿。遇战，军竟无功。敌势日炽，各乡兵尽力攻杀。每献一级，城上给银四两。是时叛奴乘衅四起，大家救死不暇。
清兵首掠西城，移至南关。邵康公往御，不克。敌烧东城，火劫城外富户，乡兵死战，有兄弟杀骑将一人。乡兵高瑞为敌所缚，不屈死。周瑞龙下船逃去。
时旧典史阎应元已升广东英德县主簿，以母病未行，会国变，挈家侨居邑东之砂山。明选曰：“吾智勇不如阎君，此大事，须阎君来。”及夜驰骑往迎应元。应元投袂起，率家丁四十余人入城协守。敌四散焚劫，乡兵远窜，无复来援者。敌专意攻城，城中兵不满千，户裁及万，又饷无所出。应元料户籍，治楼橹，令户出口男子乘城，余丁传餐。已乃发前兵备道曾化龙所制火药、火器，贮堞楼。已乃劝输巨室令曰：“输不必金，出粟菽帛布及他物者听。”国子上舍程璧，首捐二万五千金。捐者麋集。于是围城中有火药三百瞿，铅丸铁子千石，大炮百鸟机千张，钱千万缗，粟麦豆万石，他酒酤盐铁刍稿称是。已乃分城而守；武举黄略守东门，把总某守南门，陈明选守西门，应元自守北门，仍徼巡四门。
时清兵薄城下者已十万，列营百数，四面围数十重，引弓仰射，颇伤城上人。而城上炮机弩，乘高下杀，伤甚众。又架大炮击城，城垣裂。应元命用铁叶裹门板，贯铁纟亘护之；取空棺，实以土，障聩处。乃攻北城，一人驾云梯独上，内用长枪拒之，将以口纳枪，奋身跃上，一童子力提而起，旁一人斩首，尸堕城下。或曰：“此七王也。”又一将周身服利刃，以大钉插城而上，内用锤击毙之。
敌骑日益依君山为营，瞰城虚实，居民有黄云江者素善镞，火弩发，弩中人面目，号叫而毙。陈瑞之子在狱制木铳，铳类银销，从城上投下，火发铳裂，内藏铁乌，火触人立死。应元复制铁挝，用棉绳系掷，着人即吊进城。又制火毯、火箭之类。敌皆畏之，乃离城三里止。
营帅刘良佐，故宏光四镇之一，封广昌伯，降敌为上将，设牛皮帐攻城东方角，众索巨石投下，数百人皆死。良佐移营四方庵，令僧望城跪泣，陈说利害，众不听。良佐策马近城，呼曰：“吾与阎君雅故，为我语阎君，欲相见。”应元出，立城上。良佐谓之曰：“宏光已走，江南无主，君早降，可保富贵。”应元曰：“我明朝一典史耳，列何足惜！汝受朝廷封爵，为国重镇，不能保障江淮，今日反来侵逼，何面目见吾邑义士民乎！”良佐惭而去。
应元伟躯干，面苍黑，微髭，性严毅，号令明肃，犯法者鞭笞贯耳，不稍贷。然轻财，赏赐无所；伤者手为裹创，死为厚棺殓，醊而哭之；与壮士语，必称好弟兄，不呼名。明选宽厚妪煦，每巡城，继循其士卒相劳苦，或至流涕。故两人皆能得士心，乐为之死。
一夕，风雨怒号，满城灯火不然，忽有神光四起。敌中时见三绯衣在城指挥，其实无之。又见女将执旗指挥，亦实无之。
敌破松江，贝勒率马步来江上，缚吴志葵、黄蜚于十方庵，命作书招降。蜚曰：“我与城中无相识，何书为？”临城下，志葵劝众早降，蜚默然。应元厉声曰：“汝不能斩将杀敌，一朝为敌所缚，自应速死，奚喋喋耶！”志葵大泣拜谢。
城下大炮日增，间五六尺地一具弹飞如雹。一人立城上，头随弹去，而僵不仆又一人胸背洞穿，而直立如故。
会八月望，应元给钱与军民赏月，分曹携具登城痛饮。而许用德制乐府五转曲，令善讴者曼声歌之。歌声与刁斗笳吹声相应，竟三夜罢。
贝勒既觇知城中无降意，攻愈急，梯冲死士，铠胄皆镔铁，刀斧及之，声铿然，锋口为缺。炮声彻昼夜，百里内地为之震，城中死伤日积，巷哭声相闻。应元慷慨登陴，意气自如。旦日大雨如注，至日中，有红光一缕起土桥，直射城西，城俄陷。
清兵从烟焰雾雨中蜂拥而上，遂入城。应元率死士百人，驰突巷战者八，所当杀伤以千数；再夺门，门闭不得出，应元度不免，踊身投前湖水，不没项。而刘良佐令军中必欲生致应元，遂被缚。良佐箕踞乾明佛殿，见应元至，跃起持之哭。应元笑曰：“何哭？事至此，有一死耳！”见贝勒，挺立不屈，一卒持枪刺应元，贯胫，胫折踣地。日暮，拥至栖霞禅院，院僧夜闻大呼“速斫我！”骂不绝口而死。陈明选下马搏战，至兵备道前被杀，身负重创，手握刀僵立倚壁上不仆。有韩姓者，格杀三人，乃自刎。训导冯某，金坛人，自经于明伦堂。中书戚勋，字伯平，家青阳，入城协守，口力不支，大书于壁曰：“戚勋死此。勋之妻，若女子，若媳，死此。”阖门自焚，许用德亦阖室自焚。黄云江故善弹唱，城陷后，抱胡琴出，城人莫识其为弩师也。凡攻守八十一日。
清兵围城者二十四万，死者六万七千，巷战死者又七千，凡损卒七万五千有奇。城中死者，井中处处填满。孙郎中池及冲池叠尸数层，然竟无一人降者。
江阴野史曰：“有明之季，士林无羞恶之心。居高官，享重名者，以蒙面乞降为得意；而封疆大帅，无不反戈内向。独陈、阎二典史乃于一城见义。向使守京口如是，则江南不至拱手献人矣！时为之语曰：“八十日戴发效忠，表太祖十七朝人物；六万人同心死义，存大明三百里江山。”