根据毛泽东的指示，军委扩大会议迅速从300多人猛增到1400多人。毛泽东也几次到会或在中南海召集会议参加者进行座谈，把军内出现的所谓教条主义问题，上
升到两条军事路线斗争的高度，同时激烈批判资产阶级个人主义。在这种情况下，粟裕不得不一次次地在大
会小会上做检讨。但依照粟裕的性格，他每次几乎总是要对一些原则问题、重大事实做必要的说明。结果每次检讨，招来的都是更严厉的批判。
会议强加给粟裕的罪名是“反党反领导的极端个人主义者”。主要根据：一是说粟裕“一贯反领导”，与陈毅、聂荣臻和彭
德怀三位领导都搞不好；二是说粟裕“向党要权”、“向国防部要权”，“争夺军队领导权限”；三是说粟裕“告洋状”。对此，粟裕一边检讨，一边也尽可能地做了实事求是的说明。
毛泽东说：“粟裕呀，你的事可不能怪我呀！”
军委扩大会议上的浓烈的火药味，使每一个挨批判的人都不能不违心地进行检讨。粟裕看得很清楚，坚持解释下去，自己的问题必然被归入敌我矛盾。面对强大的政治压力，粟裕不得不在第二次大会检讨时，把会议强加给他的罪名一一承认了下来。军
委扩大会开始后，毛泽东曾向萧劲光征询对粟裕的看法。萧说“粟裕为人正派，没有二心”。毛点头赞同。此后毛又讲了句公道话：“粟裕同志战争年代打仗打得好，是为公的。到北京以后是为公还是为私？不能说都是为私吧！”因此，陈毅在听了7月14日粟裕的第二次大会检讨之后，主动走上前去握着粟裕的手说：“讲得很好。”
并且带头鼓掌，表示通过。
不过，粟裕并没有因此得到解脱。军委扩大会议虽然于7月22日结束了，仍有人继续在中央领导中施加影响，把“告洋状”进一步诬为“里通外国”。这就使毛泽东对粟裕产生了严重的不信任。不久后，毛泽东甚至在一次中央会议上把粟裕作为军内的“坏人”点了名。结果，8月31日，中共中央政治局通过了“解除粟裕总参谋长职务”的决定，并决定将他的“错误”口头传达到军队团一级、地方地委一级。
彭德怀是令人敬仰的老一辈革命家，但他对1958年军委扩大会议的错误负有不可推卸的责任。
1958年中共中央决定撤销粟裕总参谋长职务，调离总参时，一位中央领导同志找他谈话明确讲，今后你就到军事科学院去工作，在那里搞学术研究，不必到部队去跑了。可以看出，粟裕连接触部队的权利都没有了。此后他长期任闲职。
粟裕被错误批判和撤职一年后，彭德怀、黄克诚等就在庐山会议上被打成了“反党集团”。这时，有的老战友劝粟裕把１９５８年受到错误批判一事提出来。粟裕却明确表示：“我不愿在彭德怀受批判的时候提我自己的问题。我绝不利用党内政治风浪的起伏。我相信自己几十年的革命实践足够说明自己！”
1960年1月，粟裕应邀参加中共中央在上海举行的政治局扩大会议。毛泽东在会上讲话时还特地转过脸来朝着粟裕说：“粟裕呀，你的事可不能怪我呀！那是彭德怀他们那个千人大会上搞的。”对此，粟裕十分兴奋，认为这等于毛泽东代表中央给自己平了反。然而，中共中央并未就此发出指示和作出决定，有的领导人对粟裕仍旧持怀疑和不信任态度，包括他经过呕心沥血的研究，为国家防务和军队现代化建设提出的许多重要建议，也未能得到有关部门的重视，使他的军事才华未能得到应有的发挥，起到应有的作用。种种不公正对待，长期心情压抑，使粟裕身心健康受到了严重的损害。
邓、叶、胡的平反指示都不奏效1978年党的十一届三中全会以后，中共中央开始着手处理历史遗留下来的冤假错案。邓小平明确讲：要了结1958年军委扩大会议这桩公案。“反党集团”，指萧克等，要专门平反；另一种情况，指没有戴“反党”帽子的，也要平，情况不一样也要平。
得知这一消息后，1979年夏，粟裕在烟台看望叶剑英副主席时，向叶报告了他要求平反的强烈愿望。叶当面对他讲：这件事应该解决一下，你写个报告给中央，我回京后同小平同志也说一下。以后从叶副主席处得知，叶已同小平同志谈过，小平同志同意。据此，粟裕于1979年10月9日就1958年军委扩大会议对他进行的错误批判，向中共中央正式写了申诉报告，要求撤销会议强加给他的一切诬蔑不实之词。10月16日，叶剑英在粟裕的报告上做了如下批示：“粟裕同志送来关于彭德怀同志利用五八年军委扩大会议批判他的申诉报告一件，前不久萧克同志看我时，也曾提到有关那次会议反教条主义的事。我认为五八年召开军委扩大会议，检查总结建国以来的军事工作是必要的，至于那次会议的错误，我建议总政组织力量，认真地研究，向军委提出实事求是的报告，以便在适当的时候，妥善处理。”
不知出于何种原因，此事一直拖了下来。直到1983年胡耀邦总书记又进一步批示，中共中央、中央军委决定直接受理粟裕的冤案，不久又提出了具体的方案，并征求了粟裕本人的意见，决定即由中共中央指派代表同粟裕本人正式见面，但这一决定也未能付诸实施。
结果，粟裕在蒙冤26年后，没能等到组织上为他正式平反，就含冤离开了人世。有关文件中开始提到粟裕受到错误批评的情况，已经是1987年9月11日。在这一天，中央军委常务会议决定，在《中国大百科全书·军事卷》人物分册“粟裕”条目中写上这样一句：“1958年在所谓反教条主义中受到错误的批评”，公开指出了1958年军委扩大会议对粟裕的“批评”是“错误”的。对此，当时任军委常务副主席的杨尚昆让人向粟裕夫人楚青转达了这样的话：“这件事我已费了很大的劲，只能办成这样了。”
给粟裕正式平反，是在他去世10年之后，1994年12月25日，中央军委副主席刘华清和张震，联名发表了题为《追忆粟裕同志》的文章，同时在党中央机关报《人民日报》和中央军委机关报《解放军报》刊登。文章除了对粟裕的丰功伟绩和崇高品德作了全面的实事求是的评价外，特别明确指出：“1958年，粟裕同志在军委扩大会议上受到错误的批判，并因此长期受到不公正的对待，这是历史上的一个失误。这个看法，也是中央军事委员会的意见。”这篇文章经由南京军区和总政治部先后草拟，总政治部、中央军委、中央党史工作领导小组修改审定，最后由中共总书记审阅发出。这个代表中央军委为粟裕正式、公开的平反，虽然来得太迟，但终于还历史以本来面目，这一长达36年的历史公案，至此总算有了一个公正的了结。