刘裕至下邳，以船载辎重，自帅精锐步归。至山阳，闻何无忌败死，虑京邑失守，卷甲兼行，与数十人至淮上，问行人以朝廷消息，行人曰：“贼尚未至，刘公若还，便无所忧。”裕大喜。将济江，风急，众咸难之。裕曰：“若天命助国，风当自息；若其不然，覆溺何害！”即命登舟，舟移而风止。过江，至京口，众乃大安。夏，四月，癸未，裕至建康。以江州覆没，表送章绶，诏不许。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘籓、并州刺史刘道怜各将兵入卫逮康。籓，兖州刺史毅之从弟也。毅闻卢循之寇，将拒之，而疾作；既瘳，将行。刘裕遗毅书曰：“吾往习击妖贼，晓其变态。贼新获奸利，其锋不可轻。今修船垂毕，当与弟同举。克平之日，上流之任，皆以相委。”又遣刘籓往谕止之。毅怒，谓籓曰：“往以一时之功相推耳，汝便谓我真不及刘裕邪！”投书于地，帅舟师二万发姑孰。
循之初入寇也，使徐道覆向寻阳，循自将攻湘中诸郡。荆州刺史刘道规遣军逆战，败于长沙。循进至巴陵，将向江陵。徐道覆闻毅将至，驰使报循曰：“毅兵甚盛，成败之事，系之于此，宜并力摧之。若此克捷，江陵不足忧也。”循即日发巴陵，与道覆合兵而下。五月，戊午，毅与循战于桑落洲，毅兵大败，弃船，以数百人步走，馀众皆为循所虏，所弃辎重山积。
初，循至寻阳，闻裕已还，犹不信；既破毅，乃得审问，与其党相视失色。循欲退还寻阳，攻取江陵，据二州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。循犹豫累日，乃从之。
己未，大赦。裕募人为兵，赏之同京口赴义之科。发民治石头城。议者谓宜分兵守诸津要，裕曰：“贼众我寡，若分兵屯守，则测人虚实；且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令彼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳。”
朝廷闻刘毅败，人情恟惧。时北师始还，将士多创病，建康战士不盈数千。循既克二镇，战士十馀万，舟车百里不绝，楼船高十二丈，败还者争言其强盛。孟昶、诸葛长民欲奉乘舆过江，裕不听。初，何无忌、刘毅之南讨也，昶策其必败，已而果然。至是，又谓裕必不能抗循，众颇信之。惟龙骧将军东海虞丘进廷折昶等，以为不然。中兵参军王仲德言于裕曰：“明公命世作辅，新建大功，威震六合，妖贼乘虚入寇，既闻凯还，自当奔溃。若先自遁逃，则势同匹夫，匹夫号令，何以威物！此谋若立，请从此辞。”裕甚悦。昶固请不已，裕曰：“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志；若一旦迁动，便自土崩瓦解，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能窜伏草间苟求存活也。我计决矣，卿勿复言！”昶恚其言不行，且以为必败，因请死。裕怒曰：“卿且申一战，死复何晚！”昶知裕终不用其言，乃抗表自陈曰：“臣裕北讨，众并不同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。谨引咎以谢天下！”封表毕，仰药而死。
乙丑，卢循至淮口，中外戒严。琅邪王德文都督宫城诸军事，屯中堂皇，刘裕屯石头，诸将各有屯守。裕子义隆始四岁，裕使咨议参军刘粹辅之，镇京口。粹，毅之族弟也。
裕见民临水望贼，怪之，以问参军张劭，劭曰：“若节钺未反，民奔散之不暇，亦何能观望？今当无复恐耳。贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事未可量也；若回泊西岸，此成禽耳。”
徐道覆请于新亭至白石焚舟而上，数道攻裕。循欲以万全为计，谓道覆曰：“大军未至，孟昶便望风自裁；以大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，乾没求利，既非必克之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。”道覆以循多疑少决，乃叹曰：“我终为卢公所误，事必无成；使我得为英雄驱驰，天下不足定也。”
裕登石头城望循军，初见引向新亭，顾左右失色；既而回泊蔡洲，乃悦。于是众军转集。裕恐循侵轶，用虞丘进计，伐树栅石头淮口，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆以兵守之。
刘毅经涉蛮、晋，仅能自免，从者饥疲，死亡什七八。丙寅，至建康，待罪。裕慰勉之，使知中外留事。毅乞自贬，诏降为后将军。
魏长孙嵩至漠北而还，柔然追围之于牛川。壬申，魏主嗣北击柔然。柔然可汗社仑闻之，遁走，道死；其子度拔尚幼，部众立社仑弟斛律，号蔼苦盖可汗。嗣引兵还参合陂。
卢循伏兵南岸，使老弱乘舟向白石，声言悉众自白石步上。刘裕留参军沈林子、徐赤特戍南岸，断查浦，戒今坚守勿动；裕及刘毅、诸葛长民北出拒之。林子曰：“妖贼此言，未必有实，宜深为之防。”裕曰：“石头城险，且淮栅甚固，留卿在后，足以守之。”林子，穆夫之子也。
庚辰，卢循焚查浦，进至张侯桥。徐赤特将击之，林子曰：“贼声往白石而屡来挑战，其情可知。吾众寡不敌，不如守险以待大军。”赤特不从。遂出战，伏兵发，赤特大败，单舸奔淮北。林子及将军刘钟据栅力战，朱龄石救之，贼乃退。循引精兵大上，至丹阳郡。裕帅诸军驰还石头，斩徐赤特，解甲。久之，乃出陈于南塘。
六月，以刘裕为太尉、中书监、加黄钺；裕受黄钺，馀固辞。以车骑中军司马庾悦为江州刺史。悦，准之子也。
司马国璠及弟叔璠、叔道奔秦。秦王兴曰：“刘裕方诛桓玄，辅晋室，卿何为来？”对曰：“裕削弱王室，臣宗族有自修立者，裕辄除之。方为国患，甚于桓玄耳。”兴以国璠为扬州刺史，叔道为交州刺史。
卢循寇掠诸县无所得，谓徐道覆曰：“师老矣，不如还寻阳，并力取荆州，据天下三分之二，徐更与建康争衡耳。”秋，七月，庚申，循自蔡洲南还寻阳，留其党范崇民将五千人据南陵。甲子，裕使辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等帅众追循。
乙丑，魏主嗣还平城。
西秦王乾归讨越质屈机等十馀部，降其众二万五千，徙于苑川。八月，乾归复都苑川。
沮渠蒙逊伐西凉，败西凉世子歆于马庙，禽其将朱元虎而还。凉公暠以银二千斤、金二千两赎元虎；蒙逊归之，遂与暠结盟而还。
刘裕还东府，大治水军，遣建威将军会稽孙处、振武将军沈田子帅众三千自海道袭番禺。田子，林子之兄也。众皆以为“海道艰远，必至为难，且分撤见力，非目前之急。”裕不从，敕处曰：“大军十二月之交必破妖虏，卿至时，先倾其巢窟，使彼走无所归也。”
谯纵遣侍中谯良等入见于秦，请兵以伐晋。纵以桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，帅众二万寇荆州；秦王兴遣前将军苟林帅骑兵会之。
江陵自卢循东下，不得建康之问，群盗互起。荆州刺史刘道规遣司马王镇之帅天门太守檀道济、广武将军彭城到彦之入援建康。道济，祗之弟也。
镇之至寻阳，为苟林所破。卢循闻之，以林为南蛮校尉，分兵配之，使乘胜伐江陵，声言徐道覆已克建康。桓谦于道召募义旧，民投之者二万人。谦屯枝江，林屯江津，二寇交逼，江陵士民多怀异心。道规乃会将士告之曰：“桓谦今在近道，闻诸长者颇有去就之计，吾东来文武足以济事，若欲去者，本不相禁。”因夜开城门，达晓不闭。众咸惮服，莫有去者。
雍州刺史鲁宗之帅众数千自襄阳赴江陵。或谓宗之情未可测，道规单马迎之，宗之感悦。道规使宗之居守，委以腹心，自帅诸军攻谦。诸将佐皆曰：“今远出讨谦，其胜难必。苟林近在江津，伺人动静，若来攻城，宗之未必能固；脱有蹉跌，大事去矣。”道规曰：“苟林愚懦，无他奇计，以吾去未远，必不敢向城。吾今取谦，往至便克；沈疑之间，已自还返。谦败则林破胆。岂暇得来！且宗之独守，何为不支数日！”乃驰往攻谦，水陆齐进。谦等大陈舟师，兼以步骑，战于枝江。檀道济先进陷陈，谦等大败。谦单舸奔苟林，道规追斩之。还，至涌口，讨林，林走，道规遣咨议参军临淮刘遵帅众追之。初，谦至枝江，江陵士民皆与谦书。言城内虚实，欲为内应；至是检得之，道规悉焚不视，众于是大安。