孝和皇帝下永元十一年（己亥，公元九九年）
夏，四月，丙寅，赦天下。
帝因朝会，召见诸儒，使中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等相难数事，帝善丕说，罢朝，特赐衣冠。丕因上疏曰：“臣闻说经者，传先师之言，非从己出，不得相让；相让则道不明，若规矩权衡之不可枉也。难者必明其据，说者务立其义，浮华无用之言，不陈于前，故精思不劳而道术愈章。法异者各令自说师法，博观其义，无令刍荛以言得罪，幽远独有遗失也。”
孝和皇帝下永元十二年（庚子，公元一零零年）
夏，四月，戊辰，秭归山崩。
秋，七月，辛亥朔，日有食之。
九月，戊午，太尉张酺免。丙寅，以大司农张禹为太尉。
烧当羌豪迷唐既入朝。其馀种人不满二千，饥窘不立，入居金城。帝令迷唐将其种人还大、小榆谷；迷唐以汉作河桥，兵来无常，故地不可复居，辞以种人饥饿，不肯远出。护羌校尉吴祉等多赐迷唐金帛，令籴谷市畜。促使出塞，种人更怀猜惊。是岁，迷唐复叛，胁将湟中诸胡寇钞而去，王信、耿谭、吴祉皆坐征。
孝和皇帝下永元十三年（辛丑，公元一零一年）
秋，八月，己亥，北宫盛馔门阁火。
迷唐复还赐支河曲，将兵向塞。护羌校尉周鲔与金城太守侯霸及诸郡兵、属国羌、胡合三万人出塞至允川。侯霸击破迷唐，种人瓦解，降者六千馀口，分徙汉阳、安定、陇西。迷唐遂弱，远逾赐支河首，依发羌居。久之，病死，其子来降，户不满数十。
荆州雨水。
冬，十一月，丙辰，诏曰：“幽、并、凉州户口率少，边役众剧，束修良吏进仕路狭。抚接夷狄，以人为本，其令缘边郡口十万以上，岁举孝廉一人，不满十万，二岁举一人，五万以下，三岁举一人。”鲜卑寇右北平，遂入渔阳，渔阳太守击破之。
戊辰，司徒吕盖以老病致仕。
巫蛮许圣以郡收税不均，怨恨，遂反；辛卯，寇南郡。
孝和皇帝下永元十四年（壬寅，公元一零二年）
春，安定降羌烧何种反，郡兵击灭之。时西海及大、小榆谷左右无复羌寇，隃麋相曹凤上言：“自建武以来，西羌犯法者，常从烧当种起，所以然者，以其居大、小榆谷，土地肥美，有西海鱼盐之利，阻大河以为固。又，近塞内诸种，易以为非，难以攻伐，故能强大，常雄诸种，恃其权勇，招诱羌、胡。今者衰困，党援坏沮，亡逃栖窜，远依发羌。臣愚以为宜及此时建复西海郡县，规固二榆，广设屯田，隔塞羌、胡交关之路，遏绝狂狡窥欲之源。又殖谷富边，省委输之役，国家可以无西方之忧。”上从之，缮修故西海郡，徙金城西部都尉以戍之，拜凤为金城西部都尉，屯龙耆。后增广屯田，列屯夹河，合三十四部。其功垂立，会永初中诸羌叛，乃罢。
三月，戊辰，临辟雍飨射，赦天下。
夏，四月，遣使者督荆州兵万馀人，分道讨巫蛮许圣等，大破之。圣等乞降，悉徙置江夏。
阴皇后多妒忌，宠遇浸衰，数怀恚恨。后外祖母邓朱，出入宫掖，有言后与朱共挟巫蛊道者；帝使中常侍张慎与尚书陈褒案之，劾以大逆无道，朱二子奉、毅，后弟辅皆考死狱中。六月，辛卯，后坐废，迁于桐宫，以忧死。父特进纲自杀，后弟轶、敞及朱家属徙日南比景。
秋，七月，壬子，常山殇王侧薨，无子，立其兄防子侯章为常山王。
三州大水。
班超久在绝域，年老思土，上书乞归曰：“臣不敢望到酒泉郡，但愿生入玉门关。谨遣子勇随安息献物入塞，及臣生在，令勇目见中土。”朝廷久之未报，超妹曹大家上书曰：“蛮夷之性，悖逆侮老；而超旦暮入地，久不见代，恐开奸宄之源，生逆乱之心。而卿大夫咸怀一切，莫肯远虑，如有卒暴，超之气力不能从心，便为上损国家累世之功，下弃忠臣竭力之用，诚可痛也！故超万里归诚，自陈苦急，延颈逾望，三年于今，未蒙省录。妾窃闻古者十五受兵，六十还之，亦有休息，不任职也。故妾敢触死为超求哀，匄超馀年，一得生还，复见阙庭，使国家无劳远之虑，西域无仓卒之忧，超得长蒙文王葬骨之恩，子方哀老之惠。”帝感其言，乃征超还。八月，超至洛阳，拜为射声校尉；九月，卒。超之被征，以戊己校尉任尚代为都护。尚谓超曰：“君侯在外国三十馀年，而小人猥承君后，任重虑浅，宜有以诲之！”超曰：“年老失智。君数当大位，岂班超所能及哉！必不得已，愿进愚言：塞外吏士，本非孝子顺孙，皆以罪过徙补边屯；而蛮夷怀鸟兽之心，难养易败。今君性严急，水清无大鱼，察政不得下和，宜荡佚简易，宽小过，总大纲而已。”超去，尚私谓所亲曰：“我以班君当有奇策，今所言，平平耳。”尚后竟失边和，如超所言。
初，太傅邓禹尝谓人曰：“吾将百万之众，未尝妄杀一人，后世必有兴者。”其子护羌校尉训，有女曰绥，性孝友，好书传，常昼修妇业，暮诵经典，家人号曰“诸生”。叔父陔曰：“尝闻活千人者子孙有封。兄训为谒者，使修石臼河，岁活数千人，天道可信，家必蒙福。”绥后选入宫为贵人，恭肃小心，动有法度，承事阴后，接抚同列，常克己以下之，虽宫人隶役，皆加恩借，帝深嘉焉。尝有疾，帝特令其母、兄弟入亲医药，不限以日数，贵人辞曰：“宫禁至重，而使外舍久在内省，上令陛下有私幸之讥，下使贱妾获不知足之谤，上下交损，诚不愿也！”帝曰：“人皆以数入为荣，贵人反以为忧邪！”每有宴会，诸姬竞自修饰，贵人独尚质素，其衣有与阴后同色者，即时解易，若并时进见，则不敢正坐离立，行则偻身自卑，帝每有所问，常逡巡后对，不敢先后言。阴后短小，举止时失仪，左右掩口而笑，贵人独怆然不乐，为之隐讳，若己之失。帝知贵人劳心曲体，叹曰：“修德之劳，乃如是乎！”后阴后宠衰，贵人每当御见，辄辞以疾。时帝数失皇子，贵人忧继嗣不广，数选进才人以博帝意。阴后见贵人德称日盛，深疾之。帝尝寝病，危甚，阴后密言：“我得意，不令邓氏复有遗类！”贵人闻之，流涕言曰：“我竭诚尽心以事皇后，竟不为所佑。今我当从死，上以报帝之恩，中以解宗族之祸，下不令阴氏有人豕之讥。”即欲饮药，宫人赵玉者固禁之，因诈言“属有使来，上疾已愈”，贵人乃止。明日，上果瘳。及阴后之废，贵人请救，不能得。帝欲以贵人为皇后，贵人愈称疾笃，深自闭绝。冬，十月，辛卯，诏立贵人邓氏为皇后；后辞让，不得已，然后即位。郡国贡献，悉令禁绝，岁时但供纸墨而已，帝每欲官爵邓氏，后辄哀请谦让，故兄骘终帝世不过虎贲中郎将。
丁酉，司空巢堪罢。
十一月，癸卯，以大司农沛国徐防为司空。防上疏，以为：“汉立博士十有四家，设甲乙之科以勉劝学者。伏见太学试博士弟子，皆以意说，不修家法，私相容隐，开生奸路。每有策试，辄兴诤讼，论议纷错，互相是非。孔子称‘述而不作’，又曰‘吾犹及史之阙文’。今不依章句，妄生穿凿，以遵师为非义，意说为得理，轻侮道术，浸以成俗，诚非诏书实选本意。改薄从忠，三代常道；专精务本，儒学所先。臣以为博士及甲乙策试，宜从其家章句，开五十难以试之，解释多者为上第，引文明者为高说。若不依先师，义有相伐，皆正以为非。”上从之。
是岁，初封大长秋郑众为巢刂乡侯。