淮河一带，先年，平江伯陈瑄开凿时，原恐阻浅，创立里河，岁一挑浚。今狂流既息，积沙未除，外河日深，内河日浅，宜照南旺事例，三年两挑。挑期俱在通济闸筑填之后，动支岁修钱粮，多募夫役，限一月通完。至于扬、仪河道，亦应时常捞浅，以专责成，以防冲决。河水暴决，势在速治，今后遇有水涨暴发，非司道驻扎地方，该掌印官径自派募人夫，动支物料，多方防守。如水势异常，夫料不足，听其借支贮库别项银两，一面通详司道，一面便宜筑塞，不必拘泥关白而后行事；一、防徐北以固上流。徐北黄河，旧由萧县出小浮桥，河深近洪，能刷洪以深河，实利运道。嘉靖四十五年河决邵家口，出秦沟入运。秦沟河浅近闸，每积淤以塞河，实害运道。今幸复趋小浮桥，且议修筑行、缕二堤为之扞御。而邵家坝为秦沟旧口，亦宜倍加修理，以绝秦沟上流。然有堤不守，与无堤同。今徐北至单县界，见修坝堤长一百五十余里，而夫役止七百余名，其何能济？宜照徐南事例，每里补足十名；一、备积贮以裕经费。河道钱粮，山东、河南额派原多。南直河道起丰、沛，至淮、扬，延袤千有余里。淮以北则黄河汹涌，淮以南则湖水弥漫，葺修防守，费用浩繁。及查岁额，桩草银两仅二千有奇，加以连年灾殄，每岁征收不满数百，安能支持千里之河。宜从长计议，或河南、山东河道银两，或运司挑河盐银，或徐、淮各处钞税，或抚按赃罚，多方措处，每岁共凑银三千两为定额，解贮淮安府库，专备两河修守之费。”部臣酌议复请，上皆从之。己酉，裁淮、扬等府本色马匹，减新增一分二厘，仍旧四分，着为定例。从南京太仆寺卿萧廪所请也。癸亥，夺应天府府尹陈于陞职，因差官捕解脱逃故也。
四月壬申，以两淮各灶场饥，命该处按臣发运司贮济银一万二千两赈之。癸酉、江北等处连年饥馑，命支营田银一万五千两并各仓贮粟赈之。丙戌，降应天府府丞杨标为湖广左参议。
闰四月癸卯，升光禄寺卿傅孟春为南京都察院右佥都御史，提督操江。
五月己卯，户部因差主事侯世卿往管淮安府常盈仓，遂请照各边管粮例，将本仓及徐州等处管理主事，俱以三年为限，久任以便责成，从之。丁亥，总理河漕潘季驯奏复漕河旧规，六月初旬，于通济闸筑坝；九月初旬开坝。下所司知之。丁酉，改户部尚书、总督仓场汪宗伊为南京吏部尚书。都察院复：“山东抚按何起鸣、钱岱劾奏淮安知府宋伯华，违例驰驿。”得旨：“清查驿递，明旨禁敕，三令五申，为臣者乃不体朝廷德意，抗违明旨，玩法殃民，本当重治，姑宽处，宋伯华着降六级调用。”定江北积谷额数，淮安府一千五百石，扬州府一千八百石，着为令。
六月甲辰，以淮安府安东县田荒民逃，准改折漕粮，具于该府铸钱余利及军饷、商税并该县运军行、月粮等银抵解。其本色暂借修河漕米四千石，限三年后带征补还。丁未，夺南京工部尚书沈应时俸一年。以部差不奉行考核，为科臣傅作舟所纠也。辛酉，改潘季驯为南京兵部尚书。
七月庚午，升光禄寺少卿曹大野为应天府府丞。乙亥，升光禄寺少卿胡嘉谟为都察院右佥都御史，提督操江。甲申，苏、松水利御史林应训奏称，所属地方，复被水灾，议设法蠲赈。上以报灾请恤，乃地方抚按事。应训疏泄无功，又代请掩罪，命工部同该科会查以报。既而部、科以为地方水患，固人事未尽，亦天时适逢，宜宽之，以责后效。乃令之策励供职。
八月庚申，南直隶淮、扬等处水灾，诏准改折漕粮及停征岁额，以被灾轻重为差。从巡按御史陈用宾请也。
九月壬午，改南京刑部尚书何宽为南京吏部尚书。乙酉，升南京都察院右都御史陈瑞为南京刑部尚书。辛卯，南京府军并建阳等卫所屯田灾。命南京户部选委司官一员，同管屯御史亲诣查勘，将本年屯粮，以被灾重轻，递减其折银分数。
十月丁酉，应天巡抚孙光佑，请咨送朝鲜国飘流夷人梁成贵等二十余人，给与沿途应付，押还本国。从之。戊戌，南京户科给事中王蔚论劾南京工部主事陈春差往仪真贪纵状。上命锦衣卫逮春。辛丑，礼科给事中帅兰以淮、扬、苏、松等处饥，言民苦水灾，颠连万状。如有司失职，稗政尚多。征输之弊，未尽清也，书保之蠹，未尽祛也；追呼纷扰，未尽息也；罚赎滥科，未尽厘也。查盘滋索诈也，揭访纵仇恶也，供亿糜财货也。而讼讦则奸宄未杜，习俗则淫摩未惩也。此数弊者，其属于民之自戕者十一，而官之剥乎民者十九。宜行各抚按痛加修省，严督各州、县有司，着实振刷，其有害乎民者尽除之。章下所司。乙巳，应天抚臣孙光佑奏称：苏、松、常、镇等府灾，议将漕粮、仓粮、屯粮各酌量改折。常熟、吴江、长洲、昆山四县被灾尤甚。
以余剩兵饷量抵改折起运之数，仍发赃罚并仓储，分别赈之。上从其议，仍命地方官着实存恤，使贫民得沾实惠。丁未，应天抚臣孙光佑奏请兴复苏、松等处水利：“一、浚下流以杀水势，谓书言：‘三江既入，震泽底定。’震泽，即今之太湖。三江即娄江、吴淞江及东江也。今震泽之水滔滔犹故，而东江久湮塞，出口入黄浦之处，仅存丈余。而吴淞江、娄江两岸多淤。是以前人因水无出路，于常熟、昆山之间，疏白茆诸港，以泄太湖之水，于江阴一带开数港，以泄宜兴诸渎西来之水。又于各田中创为浦塘，一以泄水、一以引水。今三江故道，虽难遽复，宜于江口出水之处，狭者阔之，浅者深之。开导常、昆等处之小港，浚治田间之浦塘，则下流有归，而水势不壅矣；一、筑圩岸以扞横水。谓下流虽浚，然或霪雨不止，洪水暴发，流泄不及，势必弥漫田间，则不得不筑圩岸以御。
往者华亭、上海极低之田，尽割于青浦。去岁县官当水发之时，督民修筑，救水害十之三四。今岁又复筑之，虽水灾亦不甚害。昆山之田亦最下，去岁灾伤特甚，今岁灾遂稍轻。常州之芙蓉湖，十年九潦，今者田苗独盛，则皆筑圩岸之明效也。今宜严督各水利掌印官，相其田之高下冲辟，以为圩岸之高下厚薄。一圩之内，立有圩长，计亩分工，通力合作，半年之内，次第可成，而水得以顺流趋下矣；一、疏沟洫以滋灌溉。下田虽治，而四府之中，未必皆下田也。濒海一带，地势颇高。古人遂凿为沟洫，引水注之，以备旱干。后因小民无力疏浚，互相推诿，官又不为之督率，以致湮塞，田失灌溉之利。今宜循其故道，一并开疏，则不惟河水顺流，亦且舟楫得通，而濒海高阜之处，且有支河以泄下流之水矣。”该部如议复请，报可。
十二月甲辰，归并淮安四税于常盈仓，令主事兼管之。庚申，户部郎中柴承学奏称：“淮安等府所开之地，原是熟田抛荒，并未创开无粮荒地。间有以旧种熟田，冒称新开者，招回人口，虽暂安插，未必领牛种田，以致塘坪树株，半属虚增，册内原报地数、人数，半多虚捏。”部议谓：“在事诸臣，肆为欺罔，宜重处以惩之。”上命革监督营田副使史邦直职，其查处府、州、县、卫各官，悉如部议。癸亥，先是，扬州等处饥。上命发该府库积并仓贮赈之。库积原报八万八千余两，无纤毫在库；仓贮五十四万余石，止三万六千。巡抚以闻，再请别项备赈。上是之，而降该府知府卢德华服、俸三级。