十月甲戌，广西左布政使程嗣功为应天府尹。乙亥，右通政王篆为右佥都御史，提督操江。丙子，尚宝卿陆树德为应天府丞。壬午，总理傅希挚奏．江南运河归水利御史就近统管。部复，从之。淮安分司所属刘庄等十场大水。壬辰，南京都察院右都御史何宽议以巡江、巡仓、屯田三差，惟仓差事稍简。以仓并屯，委不相妨。割屯田所带漕粮，摘付上江御史。其苏、松水利，另给敕印御史一员，钦遵行事。工部复允。兵科给事中萧彦上言治河。大约言：“近日诸议，俱在徐、邳以下，于上流似未之及，但以运道为急，不以淮、泗为念。宜令河道大臣带同熟于河道司属二三人，下沿淮安，上溯潼关，逐日相视。孰可分其流，孰可杀其势，计划定妥，贴图立说，具奏施行。工部复如议。
十一月己酉，原兵部左侍郎吴桂芳总督漕运，巡抚凤阳。
十二月乙亥，南直隶遥抚宋仪望为右副都御史，照旧巡抚地方，赏银三十两，纻丝三表里；副使王叔杲升一级；总理黄应甲升都督佥事；其余将吏各赏有差。论是年四五月间黑水洋斩获倭级功也。
四年正月乙巳，升镇江府知府林应雷为两浙运使。丙午，应天巡抚宋仪望官：“三吴海防，南界两浙，北抵扬州，相去千余里。中惟吴淞至金山三百余里，为倭奴入犯必由之路，而宝镇一堡，更为要冲。但置山不据，而筑堡山外十里，岁仅拨兵三百戍焉。形势既失，兵力又单，寇若据山，建瓴而下，堡非我有矣！今欲移堡依山，戍以协守，计费六千余两，出抚按赃赎佐之，可一年报竣；或移大兵驻防，以控要害；或出海洋搜剿，以立奇功，均便。”从之。己酉，高邮州清水潭堤口冲决。时督漕侍郎张翀以修复老堤工力浩大，数年始可成功。恐新运已临，决口未就，且令粮船暂由圈田里行。而御史陈功则称：圈田浅涩，不便牵挽。外湖水面阔四十余里，风有不顾，必至稽阻。给事中侯于赵亦以两臣持论未决，恐致过淮后期，乞敕所司速议。并欲以淮北运道，专命河臣傅希挚一意经理，务宜时加挑浚，以图万全。从之。督漕侍郎张翀，以修筑宝应堤工，议于江南各府、县，并浙江、江西、湖广每粮一石，加派一斗，折银五分。先于余盐银内借用，候次年征完补解。不许。诏以漕粮脚米六升，每岁计银三万三千三百余两，及蠲免七升内，量复一升，每岁计银一万两，为修筑之费。又命于河道衙门转发修河银五万两。如不敷，或留漕米，或借工本盐银，或山东、坷南香钱例银，及德州仓银，并准凑用。丁巳，命漕运及河道衙门严督郡县将清水潭原决堤口设法堵塞，勿得恃圈田外湖，致稽粮艘。己未，命泰宁侯陈良弼为提督操江。
二月己卯，改南京吏部刘光济为参赞机务、兵部尚书。壬午，改南京礼部尚书潘晟为南京吏部尚书。癸未，总督漕运吴桂芳言：“淮、扬二郡，洪潦奔冲，灾民号泣，所在凄然。盖滨海汊港，岁久道湮，入海止恃云梯一径。至海拥黄沙，河流泥溢，而盐、安、高、宝不复可收拾矣。国家转运，但知急漕而不暇急民。故朝廷设官，亦主治河，而不主治海。请另设水利佥事一员，专疏海道。而以淮安管河通判，改为水利同知，令其审度地方所宜，谋求捷径，如草湾及老黄河，皆可趋海，何必专事云梯。并乞留后帮漕粮五万石，及轻赍内河工银二万五千四百三十余两，以备鸠工。庶淮、河各得所归，运道亦还其故。”下吏、户二部议，悉如其请，并优诏答之。乙酉，命南京铸造万历通宝制钱。改南京工部尚书翁大立为南京礼部尚书。戊子，升户部左侍郎毕锵为南京户部尚书。
三月乙未，两淮盐运御史许三省以淮、扬灾眚，改所属停薪工食于仪、淮二所盐课，每引带盐一斤为额。下户部复，不允。丙午，命南京太仆寺卿何鸣起将所属各府灾伤，分别二等，如高、邳等州，县为甚，江、仪等次之，节年所欠马价银两，或暂免十分之六，以万历八年至十年带征；或暂免十分之四，以万历六年至八年带征。其应天、镇江未报水患地方，仍每年带征三分之一，以万历四年至六年依期征解，毋得轻议蠲免，一概因循。丙辰，应天巡抚宋仪望，议留掘港守备鲁邦于吴淞总镇标下练兵。漕运侍郎吴桂芳言：“高邮西堤，乃永乐间平江伯陈瑄所建，运舸俱行湖内，波涛为患。至弘治间，侍郎白昂议开越湖，中为土堤，东为石堤，二头建闸，名为康济河。其中堤之西，老堤之东，约成民田数万亩，即今所谓圈子田也。彼时未傍西堤为河，而别作越河于数里内，舳舻安流，军民称便。
但河去老堤太远，瞻顾不及，缺坏不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中土堤遂溃坏，则东堤独受数百里湖涛，故有昨岁清水潭之决，盖势所必至也。今若尽复白昂旧迹，策非不善，但据估银二十三万有奇，比之白昂所费，尚不及半。诚恐修筑不坚，数年复坏，反成虚费，则不如照弘治间侍郎王恕议，就老堤为越河，只修筑东、西二堤，为费既省，而随堤牵挽，亦可随坏随修。高邮既完，徐及宝应。谨将切要事宜条为四议：其一曰、设处钱粮；二曰、烧采砖石；三曰、分募夫役；四曰、委官分理。”下所司议。丁巳，应天巡抚宋仪望言，增建青浦县城，华亭、上海不得视为秦越。下部议。命河南道御史邵昇巡按淮、扬。壬戌，工科给事中戴光启言：“臣观吴桂芳所奏高邮筑堤一事，窃探桂芳意，若曰三堤并修，一河复旧，良可垂远。第前估工费不足应用，又不便更估。又曰必复康济之旧，非增二十万不济，其意可见。夫图大事者忘小费，佴必过为嫌惮，求目前之苟安。”下部议。
四月戊辰，先是，吴桂芳以议修高邮湖堤，为戴光启所谪。工部议言：“事应复勘。惟是合用砖石数多，采烧、船运，非仓卒可办。所议河南库贮河工银五万两，应即转发。其砖石行各府、州、县如式烧采。至兴大役，应分派各府、县拨夫，一体应役，计时省放。”得旨：“吴桂芳原任扬州湖工，事理知之必真。前已有旨，委任责成，不必又行复勘。余如议。”庚午，漕运侍郎吴桂芳言：“黄河自徐、邳而来，至清河与淮水合流，经清江浦外河，东至草湾，又折而西南，经淮安新城外河，转入安东县前，直至云梯关入海。近年，云梯关海口沙涌，水势溯洄，河流渐浅。淮安新城外河，深不过五七尺。惟清江浦相对草湾地方，地形低下。
黄河屡向冲决，欲夺安东县后迤逦下海，以县治攸关，屡决屡塞，致近年淮、黄交溢。去岁草湾迤东自决一口，宜于决口之西，王家山之东，开挑新闸，以迎扫湾之溜。量长五百十八丈四尺，计土十万四千九十一方，共工银七千二百八十余两，粮米二千八十一石，准银一千二百四十两，总约银八千五百三十余两。其余不通河及河身窄狭之处，逐段估计，通长九千七百二十三丈，计用银六万八千一百五十余两。又两处用管工官一百九十一员，口粮银共一百五十余两，又用水车四十部，共银八十八两，又金城至挂甲墩五港，岸势低洼，应筑束水堤岸一道，合用银四千四百四十余两。应筑决口十八处，约用银五百两，通计该银八万一千八百七十余两。查截留河土、轻赍、折色等银及正耗粮米共银七万四千二百余两，未足九千四百余两，应于盐商修河银内支用。”工部复言：“委一垂陷之安东，以拯全淮之胥溺，漕臣言可听。”报曰：“可。”辛未，命苏、松、常三府白粮，俱各府管粮官督解。从部请也。辛巳，吴桂芳言：“淮、扬水患在下流海口之塞，上游河身之高。欲浚河身，先开海口。臣前开草湾入海，惭有次第，至于河身之高不过积淤不浚，若遇桃花、伏、秋水发，可用混江龙推浚。每岁将浚过河身丈尺，年终奏报。其清河以上邳、徐等城，则责在河臣，浚否惟命。”下工部言：“疏浚兼施，抬河长策，宜令总河衙门一体推浚。”从之。丁亥，淮安府东陬山，漂流朝鲜国进贡夷使梁俊等。上命赏给衣履，押回。