十二月壬午，以于成龙为河道总督。乙未，调兴永朝为漕运总督。是月，免江南盐城、六合等十二州县旱灾额赋有差。
三十二年正月甲子，差阅河工大学士张玉书、刑部尚书图讷还，以河图进呈。上问曰：“高家堰水势如何？另筑小堤果有益否？”张玉书等奏曰：“去岁，黄水大，淮水被逼，故洪泽湖水较高于往年。今欲筑之处距高家堰甚近，若遇洪泽湖水涨，高家堰大堤冲决，小堤断难保护。前谕旨所云小堤无益极是。”上曰：“朕前揆之事理，以为无益，尔等所议甚当。”详阅河图问曰：“近来宿迁县民生如何？”张玉书等奏曰：“宿迁县民间生计较胜从前。自蒙圣主指授，河道顺利。又南巡之后，官吏奉公，豪强畏法，小民得所。”
二月丁丑，九卿议准：“差阅河工大学士张玉书等奏，高家堰堤工惟史家至周桥最为紧要，若此堤失于堤防，虽多筑土堤数层俱属无益。自史家剐至周桥止一万四百余丈堤工，应令总河等作速加筑。三官庙等六口，俟竹络朽坏时改用石工，其现在石工，应筑土培护之处加土培护。至高家堰之堤，应于每年岁修后，务令总河亲身详察勘明题报。”从之。庚寅，免江南沭阳县去年水灾额赋。
十月丁亥，设高家堰通判一，中河通判一。移扬河通判于高邮州。瓜州、仪真河道闸座事务归江防同知专管。镇江府属丹徒、丹阳二县河道，以各该县县丞专管，令该府通判兼理。丙申，命彰德府同知专管彰德府河务；庙湾同知兼管盐城、海州河务。以直隶清河故城、江南沛县河道归并东省道员兼辖；德州南河河道归上河通判管辖。是月，免江南海州等十州县卫被灾额赋有差。
十一月辛亥，免江南高邮等四州县水灾额赋有差。
十二月，免江南清河等三州县水灾额赋。
三十三年正月丙辰，九卿议复：“河道总督于成龙条奏，修筑黄、运两河，应增设河道官员，豁兔民夫等事，俱不准行。于成龙明知难行之事，故为条奏，非大臣实心任事之义，应革职。”上谕大学士等：“凡为臣者须行实事，不当沽取虚名。于成龙奏称豁免民夫，夫河道工程浩繁，能不用民夫而可以集事乎？且河道增设一官则民间多一事，现在所设官员，历年以来料理工程并无违误之处。总之，河工经理唯在得人，不在增设官员也。”己未，上召于成龙问曰：“如尔所奏，兴工修筑，今年六月内能完工否？”于成龙奏曰：“即今准行，备办料物亦需时日，六月内断不能完工。”上曰：“是已过发水时矣，有何益乎？”谕大学士等曰：“于成龙面奏云梯关以下至海口，因水势散漫，以致沙渐淤长。朕思海口为黄河入海之路，海口水势迅急，方能刷沙，河水乃得顺流，此为紧要所当急浚者也。”甲子，九卿议复：“河道总督于成龙于河工事宜妄行陈奏，前后互异，应革职枷责。其河南黄河险工，应令接任总督察明具奏。”得旨：“此事应照九卿所议行。但于成龙修河之事未完，着革职留任、带罪图功。”
二月丁丑，以王梁为漕运总督。
五月丁未，以赵世显为江苏按察使。癸丑，户部议复：“江南、江西总督傅拉塔奏，盐城、高邮等处水涸田地求免征粮。应不准行。”上曰：“粮从地出，此地尚为水侵，若征钱粮则于民甚苦。致治之道，民为最要，凡事于民生有益即宜行之，此水浸之田皆令免征钱粮。”
六月丙辰，以左都御史范承勋补授江南、江西总督。
十月己亥，复设江南淮安清江厂船政同知。改江宁厂船政归江宁管粮同知兼理。
三十四年正月乙酉，谕江南巡抚：“亟宜耕耨田亩，令土瘗蝗种，毋致成患。”
七月乙丑，以董安国为漕运总督。
八月辛丑，工部奏请遣大臣阅视河工。得旨：“阅视河工，原欲查核有无浮冒情弊及堤工坚固与否。侍郎赵山等往阅河工，将总河并未修理之处反称工程坚固，如此则阅视何益。今虽再遣大臣，不谙水性亦照前人所行而已。赵山等着严处议罪。以后阅河，着永行停止。”寻部议：“赵山应革职，交刑部。”得旨：“赵山着为章京效力。”癸卯，河道总督于成龙丁父忧，命回旗守制。
十一月乙丑，原任河道总督，丁忧于成龙条奏河工事宜。上谕大学士等：“朕于河务留心日久，曾屡经阅视河道并详察河图，今观于成龙奏言，龙王闸底渐虚，应于五空桥等处建闸。又高家堰运料甚难，应开坝行运。所言皆当，先靳辅亦曾请浚小河运料，此仍依靳辅所奏行方善。此本可发现任总河，如于运道民生实有裨益，则一面估计兴工，一面具奏。倘有不可行处，亦着逐一确议具奏。大约清水势盛，足以荡刷黄河积沙，始得通流，不至壅遏。若淮弱黄强，黄水倒灌，则河工往往淤滞。朕先阅河时亲至高家堰遍察情形，故悉其要领。”
十二月乙巳，蠲免江南等省三十三年以前逋赋。
三十五年二月丙午，改江南里河同知为江南通省管河道，高家堰同知为山盱同知。
九月甲寅朔，以淮、黄秋涨，发粟赈邳州等州县卫。
十二月癸巳，免江南上元等三县水灾额赋有差。
三十六年正月己卯，免江南淮、扬、徐三府州去年水灾额赋。
六月庚戌，裁江南京口水师总兵官，改设副将，属京口将军。辖标下三营，裁右营，归并中、左二营。
十月癸亥，免江南海州等二十一州县卫水灾额赋。
十二月，免江南山阳等县被水灾额赋。
三十七年正月辛未，工部议复：“漕运总督桑额等奏，会勘开浚下河。一、高邮之水势宜分；一、车儿埠入海之口宜开；一、丁溪入海之口宜通；一、小海场入海之口宜开；一、草堰场泄水之闸宜增；一、运河之水势宜分。应令将各项工程估计具奏。”从之。
七月乙未，工部议复：“漕运总督桑额等估计开浚下河，应准行。”上谕大学士等：“下河入海之处，朕虽未及亲览，尝闻人云盐城一带地极洼下，海水反高，建闸无益。倘河高海低水性趋下，虽不疏浚，势必决开一道以归于海。明代于海口设闸，遇河水高则启闸以注诸海，海水平则闭闸以御海水。前虽特令于成龙、凯音布修治，毫无裨益。今桑额居官虽优，但此事非亲身阅历者难以悬拟，必深悉水性、洞彻地形之人方可定议。尔等问九卿并淮、扬等处人在朝者，确议具奏。”己亥，大学士等奏：“开浚下河，问之九卿及在朝淮、扬人等，九卿云，淮、扬人俱言开浚下河有益。然此事关系甚重，应令漕运总督桑领会同总督，巡抚确议具奏。”上顾于成龙曰：“尔意若何？”于成龙奏曰：“姚二沼、船厂、芦坝等河，若行挑浚，于民有益。”上曰：“朕幸五台山回，欲观运河、清河，因由霸州而来。朕意运河、清河俱汇流霸州城南，原欲沿河修筑堤岸，不意至霸州询地方百姓，据云运河原经固安县，后因迁徙，汇合清河流至霸州，二河水势浩大，以致泛溢为灾。朕遂更初见，一从民言，于固安县开河，事乃有成。朕并不固执已意，尔等为总督、巡抚者能如朕之不固执乎？
然此河道甚短，易于修治。南省地形洼下，水势浩瀚，难于修筑，不比此河。今若挑浚姚二沼等河，尔果能保于民有益否？”于成龙奏曰：“水性年年变异，无有一定，臣何敢永保其无虞。”上曰：河工紧要，必熟谙地形水势之人能确知其利害，方于民有益。”于成龙奏曰：“桑额为人遇事尚能斟酌，今九卿议令桑额与总督、巡抚会同确勘定议具奏。”上曰：“着依九卿议。”是月，免江南海州、盐城县、大河卫水灾额赋有差。
十月甲寅，江南、江西总督范承勋丁母忧回旗守制。戊午，赈海州、盐城等九州县饥民。