河道总督靳辅奏：“中河工竣，运道新通，请加高筑遥堤以图永保。”从之。乙酉，九卿等遵旨会议：“下河海口宜开，高家堰重堤宜停筑。各减水坝俟河口开通之后酌议，紧要者留之，不紧要者塞之。至靳辅等应行议处之事，俟孙在丰、慕天颜到京时问明再议。”上曰：“不必等候董讷、慕天颜、孙在丰等。身为大臣，凡有所见即当奏明。乃事前并未题参，于他人参奏之后始行具陈，且今日之言如此，明日又复如彼，全无定见，可谓大臣乎？今下河海口应行挑浚，其各闸坝俟海口挑成，或留或塞，再行定夺。”谕吏部：“总河靳辅、总漕慕天颜、侍郎孙在丰互相讦参，靳辅、慕天颜不便留任，孙在丰亦不便修河，伊等员缺应速行更换差遣。”已丑，调王新命为河道总督。庚寅，免康熙十七年以前江南漕粮。以马世济为漕运总督。丁酉，九卿等议复：“河工一案，将总河靳辅拟革职。其奉差阅河之尚书佛伦、熊一潇，给事中达奇纳、赵吉士，督理下河之侍郎孙在丰，会勘河工之总督董讷，总漕慕天颜俱拟革职。幕宾陈璜革去职衔，拟杖流。”上谕大学士等：“凡为臣者，怀挟私意，互相陷害，自古有之，不但汉官蹈此习俗，虽满洲亦然。尔等宜竭诚秉公，变此习俗，以尽臣职。此案着将靳辅革职；佛伦任工部时极其勤劳，凡奉差派遣亦能胜任，但议此事，舛错殊甚，着留其佐领，以原品随旗行走；董讷、孙在丰在翰林时颇优，从宽免职降五级，仍以翰林官用，熊一潇极其庸劣，慕天颜居官不善，俱革职；赵吉士行止不端，亦着革职，达奇纳着降五级随旗行走，陈璜革去职衔，解京监候。”壬寅，停止河道总督坐名题补河员。
四月甲辰，九卿等复奏：“总河靳辅开浚中河，果否可永通漕运，应交新任总河再行查明，详议具奏。”上曰：“中河粮船今年可行，则每年亦可行，此自然之理也。但靳辅已经革职，新河臣尚未到任，现在河员或视河工与已无涉，不尽心力，以致运艘阻滞，亦未可定。其即令学士凯音布、侍卫马武等前往看阅。”戊申，以傅拉塔为江南、江西总督。调胡献征为江苏布致使。癸丑，以洪之杰为江苏巡抚。庚申，内阁学士凯音布、侍卫马武等奉差看阅中河回京，绘图进呈。召大学士、学士、九卿、詹事、科道等入行宫，谕曰：“前于成龙奏云，靳辅开中河无所裨益，甚为累民，河道巳为靳辅大坏矣。今凯音布等往勘中河奏云，中河内商贾船行不绝，若塞支河之口，则骆马湖之水汇流中河，水势既大，漕艘可通。今数年以来，河道未尝冲决，漕艘亦未至有误。
若谓靳辅治河全无裨益，匪特靳辅不服，朕亦不惬于心矣！于成龙在直隶爱民缉盗，居官颇优，但怀挟私仇，阻挠河务，殊为不合。朕非欲起用靳辅，止以河务所关甚大耳！今九卿已将靳辅议罪，皆言其治河无益。若王新命闻之，亦顺从于成龙之说，以靳辅所治不善，大坏河道，将原修之处尽行更改，是伊等各怀私忿，遂致贻误河工，可乎？且黄河自宿迁以下冲决犹可修治，若宿迁而上或致泛滥，则为害甚大。前旨令马齐往鄂罗斯，今河工紧要停其前往，着即同张玉书、图纳往阅河工，务将毛城铺、高家堰等地方遍阅。就靳辅所修之处，其甚善而断不可改者有几，不善而应更改者有几，详悉商酌。其汉军、汉人官员尚应添遣，着开列具奏。又凯音布等奏称，中河所行漕艘，慕天颜勒令退回，支河之口不许闭塞，慕天颜如此阻挠深属可恶。尔等速回京将慕天颜提拿夹讯，问谁为唆使，则情实毕露。此等之人不重加惩治不可也。朕素不食言，亦不为异日无验之语。向者，岳州洞庭进剿兵船，众议谓宜撤回，朕独以为不可，卒致成功。靳辅以丈出民间余地作为屯田及阻抑开浚下河，其罪诚不可逭。至有官黄河沙底渐高，此断不可信，譬之盆内贮水，遇风尚且溢出，使黄河沙底果高，一有风涛，其有不漫溢横流、决堤溃岸者乎！”
八月乙卯，兵部尚书张玉书等奏：“臣等勘阅黄河水势，两岸出水颇高，河身渐次刷深，数年来虽遇大水未经出岸；河身淤垫之说甚属虚妄，其海口两岸二三里，黄水讯溜入海，并无阻滞。至黄河南岸减水各闸坝，现在虽不过水，但从前俱酌量形势建立，以防异涨，俱无庸更易。北岸朱家堂等减水坝，前河臣靳辅因修中河，有拆毁者，亦有闭塞者，应无庸议。其王家营西减水坝向未过水，且在仲家闸下流，相应仍留。朱家堂等坝既经闭塞，应将北岸之大谷山减水闸坝并镇口闸照旧仍留。其减水闸坝之引河，既无常流之水，必致淤塞。除已经挑成引河者不议外，应将未挑引河者停止挑浚。至白洋河之便民闸，地势视归仁堤较高八九尺，现在之水俱可由归仁堤五堡减水坝宣泄，则便民闸引河亦应停止挑浚。其高家堰等处有减水坝六座，内因武家墩、高良涧等坝所减之水太甚，今移设于茆家围等高阜之处，则流入高邮、宝应等湖之水较前差少，应将所移之坝仍留。
清口流入运河之水一由太平闸，一由七里闸两道分行，水势平缓，甚便漕挽。又使运口去黄稍远，亦无倒灌之虞，此修建之处甚善，无庸更改。至洪泽湖所泄之水，由高邮、宝应、邵伯等浙流入运河，关系运道，应将高邮、宝应等处所有减水闸坝照旧仍留。其微山湖、荆山口入里运河之水，由猫儿窝、马庄集、万家庄等三座减水坝宣泄入骆马湖，仍应存留。至于中河，宽八九丈至十余丈不等，深五六尺至一丈四五尺不等，若使中河安流以济舟楫，免黄河一百八十里之险，事属甚便。但中河逼近黄河，不便挑宽，而里运河及骆马湖之水俱入此河，河窄难以容纳。勘阅萧家渡、杨家庄、新庄口三处，有黄河冲决入海旧河形，应交与河臣量建减水坝三座。水小之时勿致漫流，水大之时即行减泄。其河形稍有浅窄之处，亦另行酌量挑浚。至骆马湖进黄河之口，应照靳辅原议建减水坝二座。今年水势甚大，俟水落时令河臣验明建造。支河口亦应照靳辅原议闭塞，于邻近处建板闸一座，令随时启闭。仲家闸出黄河之口太直，如遇黄水泛涨必致倒灌，应稍向东南斜挑，于口西下埽，以避黄流，庶免黄河倒灌。至中河，既经挑浚，其宿迁县北拦马河减泄黄水坝三座，不便令更入中河，应将此三坝闭塞。又骆马湖减水坝三座，内二座所减之水虽注入中河，但令中河建立闸坝减水，相应将此二坝仍留其一座，在遥堤外从旧河形入海。而出水之口逼近遥堤，亦应交与河臣帮修堤根，保护遥堤，毋致他虞。至于运河内永安堤，两面受水，势甚危险。又归仁堤五堡减水坝被水冲坏并黄、运两河被刷坍塌之处，俱一并交与河臣修理坚固。”得旨：九卿、盾事、科道会议具奏。
十月壬寅，九卿等议复：“兵部尚书张玉书等奏，公阅河工，请将原任河道总督靳辅修筑之闸坝、引河、堤埽及建造挑浚工程有应留、应止、闭塞、增添之处，又黄运两河有受冲被刷应修筑者一并交与河臣修理坚固。”得旨：“拦马河泄黄水之坝应否闭塞，着河道总督详看议奏。”丁卯，赈江南邳州等五州县水灾饥民。
二十八年正月丙子，上启銮南巡。壬辰，上御舟由中河阅视河道，遂自清河县渡黄河，泊清口。癸巳，蠲除江南全省积年民欠地丁钱粮、屯粮、芦课、米麦豆杂税。乙未，幸扬州。丁酉，御舟泊镇江府金山寺。
二月辛丑，幸苏州。丁巳，上驻跸苏州。戊午，松江府属百姓以蠲免钱粮建亭立碑，祈祝圣寿。江南苏、松绅士军民等叩圣驾暂留数日，以慰万姓瞻天觐日之私，并献本处所产土物。上曰：“国家之用虽尽出于百姓，朕兹南行，民间之物秋毫无扰。尔等既各输诚，姑取米一撮，果一枚，以慰民殷殷来贡之意。至朕南巡事毕，已奏闻皇太后矣，明日发驾，不必勉留。”臣民复再三叩请，继以泣下。上勉谕其请，命再驻—日。己未，以江苏按察使李国亮升补江苏布政使。癸亥，上幸江宁府。甲子，祭明太祖陵。
三月戊辰，以高承爵为江苏按察使。赉江宁、镇江驻防兵饷一月。壬申，御舟次淮安府。甲戌，上阅视高家堰一带堤岸闸坝。丁亥，马世济有疾，着原品休致，以董讷为漕运总督。