十二月辛丑，户部复：“巡抚应天都御史李涞奏处春汛切要事宜。一、提编兵饷。将苏、松、常、镇今岁冬月会计二十年分钱粮，查照现编款数，征银贮库。若无警报，留抵下年岁用；一、请留钱粮，提编银两，未能完全，要将浒墅钞关税银，准留一年，再发南京帑银八万两。如无警，仍旧起解；一、修葺城垣。常州修城之费，准留本部济边银及救荒事例银，凑足二千五十七两七钱，以修城垣。”着俱依议行。壬寅，以南京右军都督府掌印、新建伯王承勋任提督操江兼管巡江事。辛亥，工部复：“巡按御史高举奏，江北等府被灾伤重。将高邮等州、县自万历十三年起至十七年止，砖料、匠价等银，俱行蠲免；其胖袄、军器并十八年应解工部钱粮，除已征在官者，截数起解，未完者，分三年带征，织造借用银两，照原数征完。其仪真等州县，十七年以前各项钱粮，亦照例将已征完者，截数起解，未完者，分三年带征；其十八年各项银两，照常征解。”从之。
二十年正月戊子，总河尚书潘季驯疏称：“去秋霪雨连绵；淮水暴涨，邵伯湖堤冲塌，砖石筑砌不可久。区划故总河事，经理则各官司之。本道按察使张允济报升，宜俟工竣离任，毋贻后难。通判张文璧、刘汝大宜照工程督理。扬州知府吴秀、江都知县武之望，受事方新，鸠集宜预，毋使临期缺乏，庶可不误河防。”工部复请。得旨，如议行。
三月壬戌，御史王明奏：“臣巡盐两淮，兼有河漕、地方之责。目睹淮为泗患，漕抚陈于陛欲开周家桥以疏之。使遂开则六州县生灵为鱼，四百万漕粮俱梗，而三十六盐场亦沼矣。宜令河臣上寻旧支而杀其势，下瀹旧口而广其途，勿苟且目前，贻后日害。”户科给事中耿随龙亦言：“泗州苦水，议疏周家桥、施家沟，以高、宝二湖为壑，将运道民业立尽。臣曾令宝应，闻见颇真。夫黄河自徐、邳直下，东折入海。淮亦东北趋会之，无所壅遏，故不病泗也。自黄夺通济闸横于南，淮遂不得东，因潴泗为祖陵患。又黄之夺闸南也，宝湖受淤，淮无所泄，运道遂不可守。欲弭河患，非复通济闸不可。”工部复议上请。上曰：“河道众论纷持，张贞观着先勘泗州。其余河患，仍与地方官诣勘，务图永利，毋徒目前塞责。仍改给勘议河道关防。”庚辰，南京兵部尚书舒应龙疏辞总河新命。上以黄河为梗，淮水积塞，着即赴任，会科臣勘议。不允辞。
四月庚寅朔，以苏、松、常、镇四府灾，所属应解凤阳、淮安、滁州等仓粮，蠲免、带征有差。总督漕运、兵部侍郎陈于陛以御史王明论其浚河失策，具疏乞罢。工部言：“会勘河工，于陛与总河尚书舒应龙俱属首事大臣，以国事为急，岂可因言求退负任使。宜命与盐臣虚心共济，无拘小嫌。”从之。
八月丁酉，勘河给事中张贞观题：“会总河尚书舒应龙、总渭陈于陛、巡按御史高举、彭应参、王明勘得淮、黄同趋者惟海；而淮之由河达海者惟清口。自海沙开浚无期，因而河身日高；自河流倒灌无已，因而清口日塞。以致淮水停蓄于盱泗者，上浸祖陵，下垫民社。近且浸及高、宝、兴、泰，运堤亦苦冲决矣。今据司道等议：一、辟清口之沙，计费二万有奇；一、分黄河之流，计费三十四万有奇。清口有大挑之工，又议常设之役，使不复淤也。分黄于淮之上流，先杀其势也。上流必于清河上十里，去口不远，不致为运道梗，即少梗而力易图也。分于上，复合于下，冲海之力专也。合必于草湾之下，恐其复冲正河，为淮城患也。鲍家口、王家营必塞煮，二决横冲新河，恐散溢无归也。两岸俱堤，以地势东北下，恐溃决，则清、沭、海、安之民，不得即业也。是役也，费固烦而效亦广。若海口淤塞，欲求济治之策，即潮汐莫窥其涯，况可施畚锸哉！
惟全淮合黄东下，或河身涤而渐深，海口刷而渐阔，亦事理所可必者。”工部复议：“勘臣筹划凿凿，其工费通计三十六万七千有奇。议支两淮余盐，兖州、东昌河道银，南京芦课等银，不足则抚、按设处。本月兴工，限明年六月报完。”命如议行。
九月丙子，应天巡抚刘应麒题：“所属四营选得沙船、唬船六十只，捕、柁等工九百五十名，长枪一万一千枝，委把总陈天泽等管押，计日至天津听用。”疏下兵部。南京户科给事中颜文选奏：“南京筑城浦口之议，人情汹汹。夫北京议筑四城为巩固皇图讨，且惜费暂停。乃浦口拂人情，糜国用，建一不足恃之空城，不知所解矣！”因力陈不可者八。章下所司。
万历二十一年正月丁卯，命大理寺左卿张养蒙为南京都察院右佥都御史，提督操江。己卯，礼部复：“南直隶巡按曹楷以淮扬等府灾，请蠲十八、十九年以前药材、猪羊银两，或难俯从，乞允停征，以昭优惠。”报可。
二月乙未，兵部题：“驿递冒滥，宜痛加责成。务择廉能委官，挂号长单，务查的数。交界处所，严加查核，以杜过客枉道及承舍欺诈之弊。其江、浙二省额派协济徐州所属东岸、桃山、利国、石山四驿马价银四千五百余两，行江、浙、淮、扬各抚按会议，将徐州起解钱粮查派四千五百余两于江、浙，而以江、浙原给徐州所属马价，更派徐州。与夫隔远地方，应否添站，一并会议具奏。”报可。工部复：“今日河道之患，皆起于河身高。故自鱼、沛至徐、邳一带，泛漫淹溺，大为可虞。甚且淮流梗塞，弥及祖陵。致廑圣明隐忧，特差给事中张贞观会议查勘。今本官报命，内议开归、徐一带达小河口，以救徐、邳之溢；议导浊河入小浮桥故道，以纾镇口之患。事经阅历，闻见必真。又议引沁一节，其部利害，凿凿可据。合行河臣会集地方司道等官，逐一从长计议。要见镇口之壅，作何宣泄？徐、邳之溢，作何消导？小河、浊河两议利害，事体孰为缓急，钱粮孰为繁省，或应与前项腰铺工役一并举行，或应于支河三议之中求一长策。至其引沁之策，事出创议，更宜详慎，如利多害少，务在必行；或有患无功，毋得轻动。”
三月丙寅，升刑科都给事中曲迁乔为浙江右参政、淮扬海道。
四月甲辰，户部题复：“户科都给事中王德完题，金花、漕折皆属御用，军需最为吃紧。先是，应天巡抚刘应麒因见势豪逋负过多，肩任劳怨，请旨查理。遂致无端流谤，解组而归。今合行查乡官凌云翼，倚势蔑法，积拖正赋二千余两，有无补纳？其各处如凌云翼负欠者几人？俱要从实参奏。仍谕新任巡抚朱鸿谟，遵照前旨催征，毋得畏徇延缓。”上是之。
七月辛未，南京兵部尚书衷贞吉题：“京口当运道咽喉，顷倭报旁午，科臣、台臣建议复设总兵。先年，盐徒秦蕃、王艮之乱，添设镇江总兵，事平裁革。续因倭寇入犯，议设江南副总兵，驻扎吴淞，居中调度，金山、京口俱在所辖。若京口复添总兵，一柄两操不便。今巡抚都御史朱鸿谟、都御史操江张养蒙等酌议，省总兵，添兵道，每当春汛即调备倭都督统率水陆兵赴守镇江，似为得策。合无除平时将陆兵驻守留都江岸要区，水兵分防江关紧要外，每岁春汛，备倭都督统率陆兵三千，前往镇江京口防汛。一应官兵廪费行粮支给，既无本项公帑，加派必至扰民。应行该巡抚查议处给，或将解京银两量留支用，候汛毕，官兵即行撤回，庶京口、留都各保无虞矣。”下所司议。
八月乙未，大学士王锡爵等题：“昨该文书官口传催征苏、杭织造、钱粮之旨。臣等谨按，江南财赋甲于天下。相传国初太祖高皇帝，愤百姓为张士诚固守，抗拒天兵，贼平之日，遂将富民租簿定为粮额。
累朝二百年来，头绪转多，如王府粮、练兵银之类，但有加增，并无宽减。连年虽因水旱频仍，每年蠲缓之令，而蠲租止于存留，已属虚名，缓征并于别年，反滋扰累。此小民之所以贫苦无聊而嗷嗷思乱也。然外乱不生，则内乱或可潜弭。江北稍熟，则江南尚可息肩。今狡倭窥境，剥肤将及，以至沿海地方，无地不增兵，无兵不增饷，其势不得不取足于民。而徐、扬间方数千里滔天大水，庐舍禾稼，荡然无遗，其势又不得不取偿于江南。如此一息之关性命，其危且急何如者。若不及今将养，有如外寇内盗乘间交发，其巨万供亿更将于何取之。大抵方今国患在于民穷，民穷由于财尽。其始也，有司犹可行箠楚之威于小民，巡抚犹可行参罚之令于有司。今民至困而箠楚无所加，则有司穷；有司穷而奉行不能前，则抚按穷。至于抚按穷而诏令有格而不行，则部院亦穷矣。然漕粮、金花之类，原系紧要上供，不可以穷为辞。至于苏、杭之织造，江西之磁器，云南之取金，在皇上省之。今春，臣锡爵之母北来，亲见道上累累卖男女之民，有索银五七分弃子去者。臣母为之痛苦，稍施钱周之。近京之民如此，则远京之民可知；赋轻之地如此，则赋重之地可知。”言甚切挚。不报。甲辰，户部复：“江北水患，截留备倭漕粮二十万石赈散灾黎。”上以要地重灾，依拟作速赈济。仍责有司、掌印官，各要亲自巡行阡陌，酌量给散。务使民被实惠，毋得委用非人，虚文塞责。事完分别功罪，具奏。乙巳，户部题：“苏、松等四府叠罹灾危，议将金花除现年征完及十一、十二、十三等年停征外，其十四、十五、十六、十七、十八、十九，六年未完，限每年带征一年；未完漕折，亦每年带征一年。”上曰：“应停征年份，该巡抚明白揭示，毋容吏书影射混征，有辜朝廷宽恤灾民之意。其余依拟。”
九月癸丑，户部复：“淮、扬水灾特甚，除京运钱粮照旧征纳，其余照各州、县被灾轻重，分别蠲赈。”从之。
十月丙戌，武进、江阴等县大冰雹，损五谷。
十一月癸酉，擢云南左布政使张孙绳为应天府府尹。