第三章认知性，主要是讲方法论。斯宾诺莎的主要意思是说，方法从具有真观念开始。这就是说，我们一有了真观念，一有了清楚明晰的观念，象几何学上的公理那样的观念，我们就开始有了方法。知识的积累、知识的推论与演绎，以至成为体系，达到“智慧的顶点”，都从具有真观念开始。所以他说，“如果不先有一个观念，也就会没有方法可言。所以好的方法在于指示我们如何指导心灵使依照一个真观念的规范去进行认识”（第三八节）。他又说：“我们必须遵循一个真观念的规范以规定我们的思想”（第七○节）。他形象地把方法、真观念化作工具，比作铁锤。有了铁锤就可进行炼铁、制造种种新的工具和器物。而第一把铁锤可能是“天然的工具”制成的。因此他说，“同样，知性凭借天赋的力量，自己制造理智的工具，再凭借这种工具以获得新的力量来从事别的新的理智的作品，再由这种理智的作品又获得新的工具或新的力量向前探究，如此一步一步地进展，直至达到智慧的顶峰为止”（第三一节）。斯宾诺莎虽然看到了理性的方法开始于具有真观念，也看到了“最初利用天然的工具”或“天然的力量”，可以获得真观念，但却不能看到，真观念最初开始于经验和实践，其后还须受到经验和实践的检验。理性主义者的斯宾诺莎，认为有了真观念后就可以抛弃天赋力量，用不着经验的印证和实验的检证了。
斯宾诺莎的认识论和方法认的唯物主义基础在于他承认“真观念必定符合它的对象”（《伦理学》第一部分公则六），“真观念必定完全与它的形式的本质（即客观对象）符合”（第四二节），尽管“真观念与它的对象不相同”（第三三节），但是，例如“彼得这人是真实的；彼得的真观念就是彼得的客观本质，本身即是真的东西”（第三四节）。由于真观念是客观自然事物的反映，所以真观念愈多、一方面就愈多理解自然事物的法则，一方面自己的知性、认识能力也就愈完善，“所获得的工具也就愈多，……进行求知，就愈加容易。”（第三九节）这两方面的意义可以归结在如下一句话里：“心灵认识的事物愈多、便愈知道它自身的力量和自然的法则”（第四○节）。换句话说，心灵认识自然事物愈多，具有真观念愈多，就愈足以改进自己的知性，自己的知性愈改进、愈完善，就愈有更多更好的工具以认识自然的法则。
斯宾诺莎认识论和方法认所出发的唯物主义观点，尤其表现在“凡是与他物有关系的东西——因自然万物没有不是互相关联的——都是可以认识的”（第四一节）这种明确的可知论上。他明白说出，“我们的心灵可以尽量完全地反映自然。因此心灵可以客观地包含自然的本质、秩序和联系。”（第九九节）他并且指出，“观念之客观地在思想世界与其对象之在实在世界的关系是一样的”，因此“我们可以从他们推出别的观念，而这些观念又与另一些观念有关联”（第四一节）。这就明白表明，因为自然万物莫不互有关联，所以反映自然万物的观念也莫不互相关联，因此推论，由这一观念以推其他观念也是有现实基础的，也是以自然事物本身的相互关联为根据的。
方法开始于具有真观念。真观念是客观对象，自然事物的反映必定与它的对象相符合。因此“当我们具有最完善的存在（即神或自然的全体）的观念时，我们的方法也就最为完善”（第四九节）。
第四章“论想象”和第五章“论界说”，分别讨论方法的两个部分。斯宾诺莎着重指出方法有两个部分或两个方面。方法的第一部分就是：要“将真观念与别的表象加以区别或分开，保持心灵使不致将错误的、虚构的和可疑的观念与真观念混淆起来”（第五○节）。方法的第二部分就是“依界说而思想”，其关键“在于知道良好的界说应有的条件，并且知道寻求良好界说的方式和步骤”（第九四节）。简单讲来，方法的两个部分是：第一，如何寻得并辨别真观念，第二，如何根据真观念去下界说，根据界说去思维、去推论。
第四章说明起源于知性的真观念是能够与起源于想象的虚构的、错误的和可疑的观念区别开而不致混淆的，因而表明事物是可知的，真观念是可以获得的，是可以作为方法的起始的。斯宾诺莎用“想象”这个名词来概括感性、感性认识、意见、信仰、记忆等等。他所谓想象是指“偶然的不相连属的感觉，而感觉又并不是出于理智的力量，乃是起于外界的原因，即按照身体，在醒时或睡时，受种种不同的刺激而起”（第八四节）。他形而上学地把感性认识与理性认识、把想象与知性分裂开。认为被动的、复杂的、混淆的，虚构、错误、可疑的观念皆起源于想像，而主动的、简单的、清楚明晰的真观念则基于理智的作用。因此他强调用分析的方法寻求简单的观念，即可改进知性免除虚构错误等等观念，因为“真观念是简单的或由简单的观念构成的”（第八五节）。他的方法的形而上学性又表现在他提出知性与想象的另一点区别上。他说，“知性理解事物并不注意它们所占的时间，亦不注意它们的数量。但是当它想象事物时，则从某种数目和一定的时间与分量的观点去理解它们”（第一○八节）。反对从数量和时间的观点以考察事物的想象或感性经验，而片面尊崇认识事物时不注意其时间和数量的抽象理智，这也就典型地表示了理性主义方法只知道孤立、静止地考察事物，而不从发展、不从数量的变化考察事物的形而上学和反辩证法的实质。
此外在这第四章中，除教人消除可能由想象引起的虚构、错误等观念，强调认识的可能、真观念的重要、和对自己的知性或认识能力有信心外，还表现了他一些反对自由意志说坚持唯物主义的思想。他反对那些认“灵魂能凭其自己的力量创造出与实际事物毫无关系的感觉或观念”的人，这就是说，他反对那些认心灵可以脱离自然外界和实际事物而凭空创造出感觉或观念的唯心主义者，他认为观念必有某种对象、观念（即使是错误的）必有所反映。他认为这种唯心主义者无异于“差不多把灵魂认作上帝”。他又反对那些认为“我们的灵魂具有一种自由，可以限制我们自己或我们的灵魂”（均见第六○节）的唯心主义者。因为他从决定论出发，认为我的观念、意愿、行为都是被一系列的原因所决定的，我们的心灵或意志没有自由去限制它们。
第五章“论界说”，比较困难费解。上一章是要肯定真观念，使其与基于想象的虚构、错误的观念区别开。而真观念是对于事物的本质的反映与把握，并不是“抽象的概念”（第九三节）。有了真观念，掌握了事物的本质，就可以对事物作出真实正确的界说。因为按照几何学论证的进程，“最好的推论必须从一个肯定的特殊的本质，或者从一个真实的正确的界说里推论出来”（第九三节），而“研究的正当途径即在于依一定的界说而形成思想”（第九四节）。所以排除错误观念，具有真观念，得到直观知识，是方法的开始，亦即斯宾诺莎所谓方法的第一部分。根据真观念来推论，寻求观念与观念的必然联系（观念的联系与事物的联系照他看来是符合的），或者依据界说而思维、推论，就是他所谓方法的第二部分。所以他在这章里，目的在指出如何获得良好的界说，首先，完善的界说必须“解释一物的最内在的本质”（第九五节），掌握了内在本质即可推出它的特质。这含有界说要抓本质，不要只涉及现象的意思。
他说，“对于被创造之物下界说必须包括它的最近因”（九六节），一切自然事物都是“被创造物”，所谓“最近因”即是“内在本质”。对于任何个体的有限事物下界说，必须包括它的“有之则存，无之则亡”的内在本质。所以他说，“这些固定的永恒的东西（指内在本质），……在我们看来，即是变灭无常的个别事物的界说的类或共相，而且是万物的最近因”（一○一节）。