四年正月丁卯，升南京刑部右侍郎高友玑为都察院右都御史、总督漕运，兼巡抚凤阳等处。庚辰，总督漕运兼巡抚都御史胡锭，疏陈五事：“其一言、淮安以北地高，宜谷黍而少塘堰，一遇亢旱，则坐观枯槁。淮扬以东地下，宜籼稻而少堤圩，一遇水涝，则任其淹浸。故江北地利不尽，乞敕徐、颍兵备官督率所属，躬亲相度，随其高下，开浚修筑，使蓄泄得宜，旱涝有备，教民随地播种，一如江南，则无旷土，无惰民，而民食可足；其二言、山阳、宝应、高邮、江都诸州、县，地临白马、甓社、邵伯、黄子诸湖，延亘三四百里，兼以天长西山诸水，时为泛溢，遂至冲决运堤。其间田地多弃而不种，税粮无所从出，运船亦往往摧坏，其中为患甚巨。
乞敕治河诸臣，乘时设法，坚筑运堤，量其地势，建立平水石闸，以为疏泄之计；其三言、抚属设立夫厂十有一所，应付往来官船，岁无虚日，法禁虽严，而间有顽悍之徒，取尽锱铢，肆其拷掠，困疲特甚。乞将两淮盐引，各处截角银两，尽行禁止，令于掣验所，每引量征备赈银一分，以济夫厂，少减州县之夫价，以苏疲民；其四言、各卫所官军舍余，占买民田，名曰寄庄。刍粮不输，遗累里甲，甚有田为己业，而粮遗原户，岁久人亡，则产去而粮存者，往往皆是。乞有司亟为清理官军置买民田者，令供赋役如民；其五言、淮安府所属山阳、盐城二县，相去三百余里，中有大湖之险。而支流委曲，尤易藏匿，民多聚而为盗，莫敢谁何。宜择道里之中，增设县治，或照沿海守御所事体筑立墩堡，量拨官军防御。”下户部议可，诏悉允行。
二月壬辰，以旱灾免南京锦衣等四十二卫屯粮一十万六千三百石。丙申，先是，南直隶苏、松、常三府大饥，岁赋诏缓征者计银三十八万两有奇，俟两年之后带征。至是，巡按御史朱实昌言：“凶灾之余，方值一稔，即输办岁赋，犹恐难之，奈何遽责宿逋，重为民困。”事下户部议复：“实昌言是。原定之数宜派为二分，岁征其一，其四年以后，带征钱粮。有可缓者，宜蠲之。”上从其议。命具可蠲者以闻。于是蠲苏州府银三万八千四百两，草一十四万包；松江府米一万九于八百石，常州府米五万五千石，草一千八百包。
三月丙戌，巡抚凤阳右副都御史胡锭奏：“徐、宿流贼李鸾、武惠等已就擒。”得旨，命即会官处决。地方官功足赎罪，姑贳之。
四月庚寅朔，先是，南京工部言：“岁供家庙制帛及内用纸札，以十年计，约费银二万两。今南京天财库告匮，请借扬州钞关课银，支给商人。”户部议复：“钞关船料所以备赏赐买办之需，且无赢羡，不可许。”上是其议。戊申，升工部右侍郎陈雍为南京工部尚书。
六月已丑，守备凤阳太监王德乞更换敕书，兼管凤、庐、淮、扬、徐、滁、和地方事。诏许之。兵部执奏：“祖宗设立凤阳守备，专供事皇陵，兼管皇城及高墙锁钥，督操八卫一所军马，初无管理地方之例。正德以来，始有夤缘兼管，顷已奉诏改正，岂可复许。乞收回成命，戒谕王德安静守法。”得旨：“凤阳守备所管地方依成化、弘治间例行。”辛卯，改右副都御史聂贤于南京都察院，提督操江。壬辰，以水旱灾，免淮安、扬州、徐州等处府、州、县正官朝觐。甲辰，升巡抚应天、都察院右都御史吴廷举为南京工部尚书。癸丑，升南京吏部右侍郎陈凤梧为都察院右都御史，总理粮储，兼巡抚应天等处。
七月壬戌，升礼部左侍郎朱希周为南京吏部尚书。
八月乙未，御史刘隅言：“江北根本重地，今以总督漕运者兼巡抚，权分地远，势固难兼。况今盗贼灾伤，政务尤剧。请如先年臧风提督漕运、丛兰专管巡抚故事，仍增官分管为便。”兵部复议，得旨：“令督运抚臣高友玑会官审议以闻。”乙巳，南京法司奉诏审囚，奏减大辟可矜者共四人。己酉，初，南京各卫军绝者，例许义男赘婿暂役，以待勾补。至是，南京户部以食冗移文查革。兵部又以军少，议量留之。魏国公徐鹏举言：“查革非便。”诏暂复如旧。诘责户、兵二部议查革者。
九月己未，以灾伤免淮安、扬州所属州、县及徐州等卫、所税粮有差。
十月癸卯，户部复：“费宏等议言内府所收江南粮，每石加二倍有余，请敕内官监及供用库，毋得额外多收。”上曰：“朕念岁灾民困，方意抚恤。今后各监、库，务遵前诏，每石第加耗一斗，有多收者，罪之。”己酉，以苏、松、常三府灾，免存留粮如例。仍折征兑军米四十万五千石。极灾县分，尽从折征，暂停征逋。
十一月丁巳，升都察院右都御史张瓒为南京工部尚书。辛酉，总督漕运、右都御史高友玑陈漕运二事：“一、议改兑以便交纳。言先年改兑粮俱民运淮安、徐州、临清、德州水次四仓，听官军支领，俱运通仓交纳。后又议令官军就各州、县水次随正交兑，上纳京、通二仓。但每年量与脚价，牵掣不清，反致挂欠之弊。乞以原拟京仓改兑四分，仍尽上通仓，其通仓原收兑运抵数，仍赴京仓，脚价银两俱照原拟，则京通之原额不失，而各总之查算易明；一、议交兑以复漕规，欲将瓜、淮水次仓兑行修理，行各司、府，州、县，将应该起运粮米，查照旧规，督令民户自备船只，运至瓜、淮水次，听候官军领兑，一则可省民间过江脚米之费，一则可免船户装粮骚扰之苦，一则可革运军虏船索钱之弊。”户部复：“从其改兑一事。其议交兑言，行之已久，官民两便，不必更改。”诏如部议。甲子，以灾伤免苏、松、常三府所属州，县正官朝觐。丙寅，以灾伤免徐州、淮安等府税粮有差。
十二月戊申，夺镇江府知府刘储秀俸二月，通判韩泾阳逮治。以户部员外郎张希尹劾其故违敕旨，不服催征，纵吏卖放粮犯故也。壬子，以灾伤免直隶淮安府、徐州并所属州、县及邳州等卫秋粮有差。
闰十二月己未，初，有旨添设南京守备太监卜春。南京御史王献等以为冗滥，疏请停革。兵部复议：“南京守备已增至三员，若添设愈多，则职掌不一。且南京岁灾民困，一切供用，皆取诸民，乞俯从停革，以重根本。”诏如前旨。
五年正月庚子，以蝗灾诏免镇江府丹徒、丹阳二县原带征嘉靖二年钱粮。金坛县带征已完，特令改折四年充军米，以苏民困。
二月戊午，盗起淮安之洪泽，转掠泗州，境中官军逐捕不获。事闻，兵部复请。得旨：令巡抚高友玑会同镇、巡官严督所司剿捕。庚申，初，御史刘隅请添设巡抚于江北，使专御盗贼，安军民。下漕运都御史等议。至是，以地方宁静议罢。从之。庚申，先是，巡抚应天都御史吴廷举请以南京马快船十分之四，改为操江巡哨船，可省派南直隶数十万。南京兵部尚书李充嗣议，以为南京江淮、济川二卫及锦衣卫，见船不过九百余只，每岁差用常六百余，往来守候，动经时岁，而又有年例钱及赔偿修理之费，每佥船甲，民甚苦之。然必船只有余，乃可稍宽人力，若去十之四，则存留应役之人，何以堪命。
且旧制潞河听守船只，无事以通使客，有事以备征进。若减旧额，则停泊难久，失祖宗防微至意，非臣等所敢知也。得旨：“存留马快船及修造操江船如故。”乙丑，给事中管律言：“两淮盐课旧制七十二万引有奇，其常股四分以给工役赈济之需，其存积六分，非国家大事，边镇有警，未尝擅开。粮草皆输本色，未尝滥收银价。是以国不言虚，边不告歉。正德中改存积、常股皆为正课，破例生奸，遂令商人逯俊等自请开中，又皆折收银价，缓急无备。臣请自嘉靖五年始，尽复旧规，则公私两便。”户部复议。从之。