二月丁丑，巡按直隶御史温如璋条陈议处江南兵食三事：“一、品官优免太滥，诡寄日滋，今不必另定限制，惟仿十段锦册之法行之。其法算该力差、银差之数，总计十甲之田，派为定则。如一甲之田有余，则留以为二甲之用，不足则提二甲补之。剂量适均，轻重合一。乡宦免田，十年之内，止免一年。一年之内，止于本户。其余子户不许一概混滥；一、苏、松比年军兴之际，调兵增饷至四十三万。近岁海警稍息，节经议减，尚岁征银二十九万两有奇，民力不支。宜令抚、按官酌议汰减；一、苏、松、常、镇自嘉靖十六年以后，加派各项钱粮至四十七万八千余两，而工部料银不在此数。乞裁革，以复旧额。”事下户部言：“本部会派钱粮，俱照旧额，未有丝毫加增，独黄蜡、果品之数，加派四府，不过六千九百余两。今如璋所奏，乃至四十七万，不啻百倍，中间必有虚捏诡派等情。宜行抚按逐项查明，并将各处实征钱粮文册，不拘本部、工部及本处抚院所派，通行造册送部，以凭稽考，余如所议。”报可。
三月己酉，减海门县主簿一员、儒学训导一员，高邮州儒学训导一员。
四月丙子，裁革直隶华亭县添设主簿一员，江阴县巡捕县丞一员。庚辰，盗劫镇江府金坛县库及乡官曹大章家，杀伤二十余人。巡按御史温如璋以闻。因参同知卢江并知县陈颐等及兵备副使耿随卿等失事罪。诏停随卿俸一月，卢江等下巡按御史逮治。甲申，倭寇犯通州吕四场等处，官军御之。贼败遁，转掠至江南三沙。副总兵郭成等即舟师迎击之于海中，沉其舟，斩首百十三级。
五月丁酉，升总督仓场、户部左侍郎马森为都察院右都御史、总督漕运、巡抚凤阳。丙辰，右佥都御史孙慎为右副都御史、总理河道。庚申，升太仆寺卿王鹤为应天府府尹。
六月戊寅，升吏部左侍郎朱衡为南京刑部尚书；原任南京太仆寺少卿洪朝选为南京都察院右佥都御史、提督操江。
七月癸卯，河决沛县等处，运道淤塞百余里。己未，左侍郎、光禄寺卿谢登之为都察院右副都御史、巡抚应天。
己未，改南京刑部尚书朱衡为工部尚书兼都察院右副都御史，总理河道及漕运事务。
九月乙未，升刑部左侍郎钱邦芑为南京刑部尚书。庚申，始停两淮运司工本盐。国初，两淮盐课岁以七十万五千引为额，开边报中为正盐，后每引益以余盐，纳价运司解部。至嘉靖三十二年，用御史黄国用议，以各场灶户类外煎剩余盐，将运司割没盐银扣留八万二千余两，给灶户充工本，增收盐三十五万引，通前额课共一百五万引，俱作正盐开边。仍每引带余盐如例。户部用以抵各边主兵年例凡十七万六千两有奇，由是盐数顿增三分之一。行之数年，运司积盐日多，累如山阜，引至无所售，边商不复报纳，盐法大滞。于是言事者屡陈不便。户部以国用方诎，藉以抵年例，不能罢也。至是，巡盐御史朱炳如极言其弊，谓工本盐不罢，不惟无益边饷，商灶两困，将并往时正盐常例，一切失之。户部乃请断自明年为始，两淮所增工本盐三十五万引，尽数停罢。其运司扣留割没盐银八万二千余两，仍解部济边。报可。
十月丙子，以水灾免应天府属高淳等县税粮有差。
十一月癸卯，诏改留湖广武昌卫粮三万四千五百七十余石于徐州，给开河夫役。将河道银抵补解京。从总理河道，尚书朱衡请也。
十二月戊子，升吏部左侍郎胡松为南京兵部尚书，参赞机务。
四十五年正月甲辰，敕南京兵部尚书节制振武诸营领兵都督以下，仍会同操江及应天、淮扬两巡抚从宜调度兵食，以备寇患。
二月庚辰，南京通政司右参议徐应为应天府丞。甲申，升广东左布政使万士和为应天府府尹。乙酉，巡按直隶御史尹校以徐、沛、萧、砀之间运道淤塞，请暂兔进解，以苏民困。事下部复：“校言良是，但岁时奉先、进御之需，不当概议裁削。臣等窃以为舟船固多烦滥，非尽贡物。今宜移咨南京兵部及该抚按官，每值进贡，查验贡物多寡，参酌船只大小，定拨只数，取足装运，毋容虚滥。仍示南京司礼等监诸内臣，痛革夹带、需索一切扰民宿弊，有仍踵故习者，抚按官参奏之。”报可。戊子，以灾伤免徐州及萧、砀、丰三县马价一年。
三月辛酉，工科给事中何起鸣奉诏至沛县勘河工还，上言：“旧河之难复有五：黄河全徙必杀上流，如新旧庞家屯、赵家圈等处，然以不赀之财而投之于河流已弃之故道，势必不能，一也；自留城至沛，积为巨浸，无所施工，二也；横亘数十余里，褰裳无路，十万之众，何所栖身，三也；挑浚则淖陷，筑岸则无土，且南塞则北奔，四也；夏秋渍潦大降，浚后难保不淤，五也。新河内多旧堤高埠，黄水难浸。开凿之费，视旧河为省，且可远将来溃浃之患。尚书朱衡论其必可开，开成运道必利。
而议者见谓难成，亦有三焉。一以夏村迤北十六七里，地高恐难接水。然地势北高南低，大约止深二丈，一照水平加深，夫何患水浅；一以三河口积沙深厚，水势湍急，不无阻塞。然既建坝拦截，或用石包砌，每岁挑浅如例，夫何患沙壅；一以马家桥两岸筑堤五里，微山取土不便。又水口投埽，势必不坚，恐难经久。然此亦在委任得人，培筑高厚，无必不可措力之理。臣又观居民之情，在新河者则称新河可开；在旧河者，则执旧河可复。皆为市廛之私，非为国家运道计也。夫天下之事势穷则变，变则通。沛县河患至此极矣！往时旧河淤塞未深，都御史盛应期开新河，垂成而废，至今惜之。今黄水异常，复漕无日，尚可溺于人情安土而不为通变之谋哉！故臣断以为开新河便，宜如衡言；开新河而不全弃旧河，宜如季驯言。”疏入，下工部会廷臣议，俱合。上意乃决，诏勒限开筑新河，仍不得藉口速成，苟且完事。
四月癸亥，盗劫安东县库，格伤官吏事闻。诏兵部严行各抚按官，申明法令，弭盗安民。失事知县黎黔、守备韩德桢等，各夺俸二月。丙子，升总督三边右都御史郭乾为南京兵部尚书，参赞机务；南京太仆寺卿盛汝谦为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。戊子，以灾伤，诏免直隶沛县存留秋米并夏税起存料价银八千一百两有奇。
五月己未，起复江西布政使司右参政凌云翼奏：“苏、松地方，延袤千里，财赋所入，当天下三分之一。由外滨大海，内阻江湖，大河环列于郡县，以吐纳江海之流；支河错综于原野，以分析大河之派。寸土尺地，皆获灌溉，此东南财赋之源也。迩来，淤塞日甚，支河不达于大河，大河不达于江海，旱则一望枯槁，潦则立成巨浸，田亩日荒，逃移日众。请专设督理水利御史一员，令其往来巡察。或于南京巡江、巡仓、屯田三差内并其一，而以一员专督水利，尤为两便。”疏入，工部议复，以巡盐御史兼之。报可。
七月癸巳，升山东右布政使李一瀚为应天府府尹。
十月丙子，以淮、徐饥，命巡盐御史以修河银一万二千两赈之。
闰十月乙卯，升总督漕运右都御史马森为南京户部尚书。
十一月壬午，总理河道都御史潘季驯以忧去。吏部言：“治河尚书朱衡，心计精明，足当大任。今河工业已有绪，宜即以河道事使衡兼之，待其迁转之日，仍旧复设河道都御史。”报可。乙酉，命漕运都御史仍旧驻淮安，督徐、邳一带运务。
十二月丁亥朔，升南京通政使司右通政谭大初为应天府府尹。以漕粮愆期，革总兵官方恩等任，下各所司卫、所官于御史问。戊子，改南京礼部尚书毛恺为南京吏部尚书。己亥改南京工部尚书林廷机为南京吏部尚书。