闰十一月癸亥，南京兵部尚书张鏊复：“兵部尚书杨博所议防守留都四事：一、南京城广而门多，不无兵分力寡，宜暂塞钟阜、清江二门，以便关防；一、附近之水军既属操江，屯军随屯耕战，安庆当长江上流，镇江逼苏、松寇患，俱难再调。惟滁州、宣州、建阳、安庆四卫之军，宜属溧阳兵备整饬，俟警征发。孝陵、锦衣等卫，神机等营军余，俱宜简练，以备战守；一、进鲜船只，坐拨余丁过多，宜量为裁省，以充营伍；一、南京西南滨临大江，足称天险，东南百里内外，宜设险置戍，远为控遏。陵寝近地，虽未易兴工，至如秣陵、淳化、江宁三镇原设巡司，弓兵单弱，宜增堡戍。”疏下兵部，言其复议悉妥。其暂塞二门，恐于神京风水妨碍，移文更审处之。癸酉，川兵游击曹克新击倭于嘉定之高桥，斩首二十八级。鏖战自辰及未，酉阳兵先溃，诸军遂败。越二日，克新复督蜀中土、汉兵，分三哨追剿，左哨天全土兵及筠连弩手，奋锐冲贼，迎斩七十余级。右哨酉阳、邑梅等兵复溃，我军遂乱。为贼所乘，杀大渡河千户李灿、成都卫百户郑彦昇，川兵伤亡及溺死十四，诸军夺气。是时，调至客兵太多，督抚率无长略，不能以恩威驾驭，诸兵遂恣睢暴肆，不复奉约束。川兵初与山东兵斗，参将尚允绍几被杀。至于出战，皆自为进退。酉阳兵既败，即大噪夺舟径归。至苏州，赵文华犒慰谕留之，不敢诘也。
十二月癸巳，诏名南京新设二营为振武营。用兵部初议，选南京各卫余丁补正军三千，以都督段堂领之，使防守京城。又选孝陵卫余丁共三千人，以丰润伯曹松领之，使拱护陵寝。乙巳，督察浙、直军务侍郎赵文华，疏乞还京师。文华初奉命至浙，适广西田州等狼兵调至，其土官妇瓦氏等知寇有厚蓄，锐意请战。文华惑之，亟趋总督张经进兵。不得，则上书痛诋之。及湖兵至，经进战王江泾，大捷，竟以文华前谗被逮。代之者为周珫、杨宜，皆庸驽无远略。由是各兵漫涣，贼势益炽。文华激奖瓦氏亟战，亡其卒十七八，无尺寸功，文华乃大沮。及苏州殄灭流寇，文华欲攘功后期，计陶宅遭飓余寇，可取以自饰。乃大集浙、直水陆兵四面攻之，大败兵将伤亡甚众。复趋浙、直再进兵，皆不克。副使刘焘、巡抚曹邦辅仅以身免。文华始知贼未易图，即有归志。及十一月，川兵破周浦贼，俞大猷复有海洋之捷。文华遽言：“水陆成功，江南清宴，臣违阙日久，请归供本职。”是时，海洋回倭泊浦东，川抄旧巢及嘉定高桥皆有寇据。而新倭来者日众，浙东西破军杀将，羽书沓至。文华乃以寇息闻，其欺诞若此。
三十五年正月壬午，松江新场倭袭败官军于二桥，参将尚允绍等死之，亡其卒四百余人。丁亥，诏留南直隶去年起运粮草派乘米折银及浒墅钞关额课银给军饷。从应天抚臣请也。
二月壬辰，以直隶华亭、上海、嘉定县兵荒，停征税粮有差。乙巳，命操江都御史史褒善量调九江、安庆官军防守京口、圌山等处，添设把总指挥一员领之。初，上从部议，以南京营兵不宜出戍，悉令掣还。及是江南北俱被寇，自京口以西至南京各关隘戍守，尽仰外兵，不敢发京营一卒。于是应天、常、镇守臣，各称不便。兵部乃复为请，于近京龙潭、观音港、秣陵、淳化四处量发营兵与在城民兵戌之。其京口去京远者，听操江都御史以便宜调别卫军协守，固有是命。乙卯，升顺天府府丞叶镗为应天府尹。
三月乙亥，升兵部左侍郎翁溥为南京刑部尚书。丙戌，倭船四十余艘至乍浦登岸，流劫松江、嘉兴等处。
四月己丑，改礼部尚书王用宾为南京吏部尚书。巡按浙江御史赵孔昭奏：“两浙、苏、松连岁被倭，赴任官往往以道远限宽，得耽延规避。请革水程，使之无所藉口。”部复：“江南水路艰险，难以概革。今宜计其所受地，在二千里内可以刻期至者，革之，在外者仍与水程如故。”报可。戊戌，升山东左布政使孙应奎为都察院右副都御史，总理河道。辛丑，南直隶续至倭寇三千余人，犯镇江、瓜州、仪真等处。癸卯，以直隶镇海、太仓、金山、松江、青村、南汇诸卫、所被寇，改征屯粮折色一年。甲辰，江北倭寇流劫至圌山、山北等港。无为州同知齐恩率舟师迎战，败之。斩首百余级。恩长子尚文、次子嵩、叔仲实、弟宝荣、侄慎寅、友良、大卿、孙童俱在行。嵩年十八，骁勇善射，独前追贼至安港，恩等从之。会伏发，贼四面合围，恩等及其家丁钱凤等二十一人力战，皆死之，独嵩、慎寅得脱。贼乘胜遂至金山，杀镇江千户沈宗玉、王世臣于江中。庚戌，倭犯直隶西庵、沈庄、清水洼等处，总兵官俞大猷、苏松海防佥事董邦政帅兵击之，斩首三百五十余级，贼遁陶山。
五月壬戌，南京兵部尚书张鏊、巡抚凤阳都御史陈儒各奏：“海寇突入淮、扬，焚运船民舍，渐逼南都，乞速调客兵应援。”兵部议复，从之。癸亥，升浦口守御指挥使孙世勋为署都指挥佥事，提督南京金川等门官军。以南京兵部称，倭寇密迩，各门守卫军弱故也。丙戌，降海防佥事董邦政为苏州府同知，仍戴罪剿贼。坐督战退缩，为御史周如斗所劾也。未几，总督胡宗宪以四月中清水洼等处捷闻，称邦政及总兵俞大猷功。邦政得免戴罪，仍送吏部拟升四品职级，大猷复祖职。时，邦政闻左迁报，已移病先归。部疏未及上，如斗复论其怨望托病之罪，乞加重处。得旨：“东南多事之际，若迁谪官概因托病议罢，反遂其私。令亟催赴任，如再迟延，以法治之。”
六月甲午，升兼巡抚山西、江西右参政高捷为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。丙申，苏松寇自黄浦及七丫港遁出海，总兵俞大猷督水兵追战。大败之，斩首三百余级。辛亥，以南直隶被倭，命量留今年兑军漕粮，苏州、松江二府各五万石，常州三万石，镇江二万石，充军饷。
七月戊午，巡抚应天都御史张景贤奏，四月中福山港水兵叛降倭寇，引入内地劫掠。因劾把总指挥姜旦贪残激变等罪。诏巡按御史逮旦至京问。
八月壬辰，以四月倭寇掠瓜州，烧漕粮三万四千余石，夺总兵官署都督佥事方恩俸三月，下把总指挥、千百户等官于御史问。辛亥，官军进剿海寇徐海等于梁庄，大破，平之。初，海既缚献陈东等，退屯梁庄听抚，时索船索赏，进退未决，其众无所得食，稍稍出营掳掠。至是，官军四面俱集，保靖、容美兵自金山至，永顺兵自乍浦至，赵文华遂欲乘势剿海。执海众劫掠为词，使人责问之。海知有变，乃阻深堑自守，为迎战备。信好既绝，我师遂薄贼营，会大风纵火，诸军鼓噪从之。海等穷迫，皆同户投火中相枕籍死。于是浙、直倭寇悉平。
九月戊午，以直隶通州、泰州、江都、泰兴、海门、如皋六州、县被倭，免存留税粮有差。乙丑，以直隶应天等府水灾，苏、松、常、镇四府被倭，各量免秋粮及折征卫所屯粮有差。
十二且癸卯，尚书赵文华条陈防海事宜四事：“一，弛海禁。谓滨海细民，本籍采捕为生。后缘海禁过严，以致资生无策，相煽从盗。宜令督抚等官，止禁通番大船，其余各听海道官编成排甲，稽验出入，照旧采捕；一、一事权。谓江海之防，祖宗设官分职，各有定守。迩缘倭患猖獗，随宜更设，以致事权不一，南北扞格，彼此推调。操江都御史出外驻扎，而听劾于巡江御史，既失居重驭轻之势；金山副总兵即旧之备倭总督，乃无会哨江北之权。钱粮仰给巡抚，兵船无所分属，卒然有警，难以调度。
请以江海之防，分为三节：自南京至仪真为上节，责之操江衙门而会哨于仪真；自仪真至狼、福二山为中节，责之常、镇、仪、扬参将、把总，会哨于狼、福，而巡江御史驻扎镇江，参辖之，自狼、福至金山卫、江海相界为下节，责之苏、松参将、把总，而金山副总兵常川会哨，巡江御史兼辖之。其兵船、钱粮，各以所属巡抚料理，庶统属分明，临事可得实用；一、足兵饷。谓水陆客兵，缺行粮数月，乞留漕粮三十二万七千石，分贮要地，充十万客兵七八月之用，仍查催未完军饷粮银处补；一、举遗材。谓地方多故，负才遗佚之士，有扼腕思奋者，如原任翰林院编修唐顺之、右中允秦鸣夏暨参政胡松、翁大立、周相，副使李文进等，俱宜录用，以济时艰。”疏入，下所司复议，俱从之。癸丑，提督操江、都御史高捷奏：“狼、福二山，乃海寇出没之处，请增募水兵万人，福仓沙船三百艘，分发参将等官操练。”兵部复议，从之。
三十六年正月辛酉，升南京锦衣卫佥书、署都指挥佥事黄印为署都督佥事，挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。