十一月丙子，裁革整饬苏、松等处兵备副使，从巡抚都御史王缜等奏也。癸未，改服阕南京兵部尚书柴异为南京工部尚书。
十二月丙午，升赏各处擒斩流贼并阵亡官军、淮安等处地方老人王度等一千五人各有差。
十年二月辛卯，以灾伤免徐州正德九年秋粮有差。
三月丁丑，以署都指挥佥事张奎总督直隶扬州等备寇。癸未，监察御史徐盈劾奏丁忧都御史王缜，巡抚苏、松，闻母丧不即奔赴，乃于行台受吊赙，乞罢黜。吏部议复：“缜历任无失，且以母丧即日驰归，盈之言，恐出风闻。”缜寻亦奏辩，事遂寝。
闰四月庚申，免两盐运司余西等场各额盐三万一千八百九十四引有奇，以被海潮漂溺故也。
五月戊子，改南京礼部尚书乔宇为南京兵部尚书，参赞机务。
六月壬申，升南京光禄寺卿王宸为应天府府尹。
九月辛卯，设工部郎中二人，催用大木。吴允祯自仪真邗沟至卫河，达于京师；王宗自荆湖至大江达于仪真，从工部右侍郎刘丙请也。戊戌，南京三法司奉旨，以天气暄热，会审罪囚，当死而情可矜者五人。下刑部复议，得免死者二人，余重鞫奏闻。
十月甲子，以水灾免直隶长洲、常熟、嘉定三县暨苏州卫秋粮有差，从巡抚都御史邓庠请也。乙亥，开南京都察院右都御史黄珂为南京工部尚书。己卯，黜监察御史施儒为民。儒巡按应天等府，尝出城，守门军人请职衔以报守备衙门。儒怒其轻己，执治之，军人因诬服守门私骗人财，发外卫充军。于是守备太监黄伟、魏国公徐俌等不能平，奏儒擅作威福，并及其初至时，不先谒孝陵，枉道还家等事。命锦衣卫执儒至京，掠讯，儒具服罪。法司拟故入人罪律，赎杖还职。诏特黜为民。
十一月丙戌，升都察院右佥都御史张津为右副都御史，巡抚苏、松等处，兼总理粮储。丙申，增设扬州府管粮通判一员，从知府孙禄请也。辛亥，总督南京粮储、右副都御史白圻奏：“南京仓粮往来率有余积，顷因投充军匠数多，遂至告竭。乞清查。”户部复奏，从之。
十二月丙寅，升南京都察院右副都御史邓庠为南京户部尚书。己卯，以旱灾兔淮安、扬州等府、徐州等州、县暨盐城等卫、所秋粮有差。
十一年正月庚子，添设徐州管粮判官一员。
九月癸未，命应天府府尹王宸致仕，以抚按官言其久病贪冒也。庚寅，升湖广左布政使龚弘为应天府府尹。
十二月乙亥，以灾伤免淮安、扬州等府、徐州所属州、县秋粮有差。
十二年二月癸丑，升江西按察司副使许廷光为应天府府丞。戊辰，南京给事中周用、御史王佩、主事林达等奏：“南京内府各监、局，占留撮造军舍六百二十四人，不依期赴操。乞委官清查。”上令内外守备官会工部议处以闻。
三月乙未，直隶徐州卫运军奏，永福仓匮竭，月粮不支者已三年。户部议令所司，严限催征，仍以松江府岁输永福仓折银量补给之。诏以运军贫困可悯，特许补给，不为例。
四月戊辰，以天气暄热，命南京法司现监罪囚，一体宽恤，枷号者暂免。
七月壬辰，南京苏、松、常、镇等府及淮，扬等处四五月后大雨。
八月戊午，以灾伤停征淮、扬等府十一年拖欠寄养备用马匹。甲子，诏发南京仓粮二万石赈给应天府江宁、上元等八县，仍免其粮税，以灾伤故也。
九月辛卯，诏修南京太庙后殿、孝陵明楼及内外城垣，以久雨颓圮也。
十二月壬子，水灾，免淮、扬田租有差。
十三年四月丙戌，服阕礼部尚书刘春，改南京吏部尚书。
七月丙午，南京工部奏：“直隶苏州等处，雨雪侵淫，伤及禾稼，民不聊生，饿殍相望，尽出府库以赈济之，犹恐不足，况办不急之征乎。乞停征原派南京内官监供应物料，以苏民困。”工部复请。诏停征一年。
九月癸丑，南京守臣奏：“应天、扬州、苏、松、常、镇等处大雨弥月，平地水深丈余，漂溺室庐、人畜不可胜计，民间往往质鬻男女及拆卖瓦木以给食者，而有司督租如故。乞赈贷蠲免。”工部复请。得旨：“既水灾非常，人民困弊，诸不急之征，暂且停缓。此后若有派办，仍须酌量减省，毋致重为民困。”己未，以淮、扬及苏、松等处水灾，命巡抚都御史丛兰、李充嗣发所在仓库赈济，从南京工科给事中王纪请也。
十月己卯，南京六科给事中王纪、十三道御史张翀等言：“顷者，孝陵大风偃木，雷火毁献陵明楼，灾变异常。陛下遣官祭告，遇灾而惧之心至矣。但天心示戒，贵在悔悟，非遣官祭告所可回者。况今水旱频仍，公私耗竭，东南粮运不敷，甘肃虏贼压境。师行粮食，闾阎愁难。伏望陛下体天心之仁爱，念祖灵之震惊，速赐回銮，与民休息。庶几天意悦，人心安，祖宗在天之灵，亦当为之忻慰矣。”俱不报。壬午，巡按御史叶忠疏言：“南畿乃祖宗根本之地，所恃以为保障者，有长江之险尔。以故特设都御史一员，操习水战，以为未雨彻桑之图。其委任之权，不可谓不专。而利害所关，不可谓不重。必得其人，斯克有济。今提督操江、右副都御史任鉴，庸懦凡流，滥叨重寄，或有小警，仓惶失措。近者，仪真江寇出没，船不过二艘，人不满四十，而官军为所杀伤者十有九人。不知鉴所任者何事，尚可利厚禄以防大计哉？乞令鉴致仕，别遣才名素着者代之，则武备可修，而陛下无南顾之忧矣。”下其章于所司。癸巳，诏免苏、松、常、镇四府州、县税粮有差。以水灾故也。
十一月己酉，以水灾免应天府税粮、马草有差。辛亥，巡按直隶监察御史陈杰奏：“扬、淮等府及徐州大水，人民溺死不知其数。访之父老，皆云自昔所无。往岁有水患，已尝赈恤，今灾尤甚，宁不思所以救之乎？但污吏日滋，侵冒无禁，穷乡父老，闻朝廷赈贷，携扶入城，守伺月余，反鬻及儿女，恸哭以归，此赈济之弊也。为今之计，不必与之，惟在勿取之而已。今一应常赋，曾不得免，其他之需，纷然杂出。部檄督于上，有司急于下，剥肤椎髓，而莫之恤。丁尽而户存，田亡而粮在。方议赈之，寻复取之，与之仅升斗，而取之尽锱铢。况其所与者，未必尽贫穷乎？乞敕该部凡被灾地方，未征钱粮，小民拖欠者，暂皆停止。全灾者，毋拘三分常例，悉与蠲除。仍谕抚、按诸臣，严督郡县，务以安养生息为事，有犯科克赃私者，罪不止于罢黜。则未死遣黎，犹或有所望也。”不报。
十二月乙亥，户部以苏州府水灾，先从巡按御史叶忠言，减免岁征粮草。而兑军京粮六十五万五千石，岁有定额，宜下巡抚臣通融议处，乃许折银解太仓，以备官军月粮支用，以后仍征本色。议入，报可。
十四年三月丁未，修浚运河。先是都御史威风奏：“近年以来，常州一带河流渐微，高邮诸湖水溢堤决，徐北两岸淹没，南旺上下反复淤浅，漕船迟阻。职此之由，乞令总理河道并巡抚管河等官，及时挑浚修筑。”工部复议，从之。仍敕都御史龚弘督其事。辛亥，升吏部左侍郎王鸿儒为南京户部尚书。甲寅，升南京都察院右副都御史洪远为南京工部尚书。
四月甲子，以灾伤免直隶淮、扬二府、徐州税粮有差。乙丑，南京御史张翀等、给事中王纪等各奏言：淮、扬、苏、松、常、镇，应天诸郡，水灾重大，请开纳银入监、纳粟补官事例，并发各处钞关季钞及借运司积贮余银数十万两，以备赈给。户部复议，监生援例者多有碍正贡，钞关岁解供应，各有定额，俱难轻议。惟当于浒墅钞关折银内支二万五千两，两淮运司变卖盐银亦如其数，令都御史丛兰，李充嗣选委府、州、县官，验极贫下户给之。仍令军民人等，有愿纳银二十两至五十两者，授冠带义民，自正九品至正七品，散官凡四等，移南京户部印编札付四千给之。诏如议。
六月乙丑，敕南京内外守备、参赞，并操江提督、巡抚等官练兵，沿江巡哨防御。以江洋贼作乱，从兵部议也。兵部复：“南京给事中孙懋所陈江防六事：一、南京军职数多，宜足各营把总之用。如果缺人，方许举外卫官之贤者；一、新江口官军，宜选精壮者补之。有骑射精熟者，听提督操江官加赏；一、军器自内库关领者，年久损坏。宜令操江、巡江官验之；一、战舰宜令南京兵部会工部以时修补；一、新江口有左右二河，宜先浚右河，令深广可通潮汐，左河俟年丰议处之；一、水战宜募吴越舟子教习，无事虚文。”诏如议。乙亥，准给南京文武官员四月、八月俸，俱以本色，不为例。时南京米价踊贵也。戊子，户部复巡抚苏、松等处都御史李充嗣所奏赈济事宜谓，内帑既不可发，钞关及寄库银已有常用，生员上纳事例亦难再矣。惟吏典、农民事例可暂准行三月。诏以地方灾重，其别议所以赈之。乃发南京赎罪并草场银四万一千七百两有奇，并浒墅钞关、两淮盐价之赢者。