王国维通过接触西方学说和对中国传统思想的考察而发现了个人的自主性，表观在学术领域便是对于学术独立的强调，这一点在王国维早期的文章中极为显明。王国维所处的时代正是一个危机深重的年代，广大知识分子为挽救政治的、民族的危机而投身于政治活动之中，他们感到的不是知识作为知识的价值，而是知识作为政治的工具或作为修身之途的价值。这种对知识的实用态度，诚如张灏所指出的，是中国儒家思想的传统。（注：［美］张灏着，崔志海等译《梁启超与中国近代思想的过渡》，江苏人民出版社，1993年，第8页。）正是在学术与政治的关节点上，王国维展开自己对晚清学术界的批评。1905年王国维写道，康有为“之于学术非有固有之兴味，不过以之为政治上之手段”，而谭嗣同的《仁学》，提出“以太说，是半唯物论，半神秘论”，（注：王国维对谭嗣同的评论，颇受李泽厚称赞，“王对时人哲事的评论颇准确，表现了他的高度哲学素养，如他只提严、康、谭三人，认为康是泛神论，谭半是唯物论，半是神秘论等，一语中的，超过今日好些论文”，见《中国近代思想史论》，人民出版社，1979年，第438页。）“人读此书的兴味也不在此等幼稚的形而上学，而在其政治上的意见。”王又认为当时的许多杂志，“其执笔者，非喜事之学生，则亡命之逋臣也。此等杂志，本不知学问为何物，而但有政治上的目的。虽时有学术上的议论，但剽窃灭裂而已。”（注：王国维：《论近年之学术界》，《静安文集》，《王国维遗书》第五册，上海古籍书店，1983年。）在王国维看来，“欲求学术之发达必视学术为目的，而不视为手段而后可”，学术的发达，正源于其独立。
王国维把自己的批评从两方面来展开，一是强调学术的自足性，认为学术不能和政治、官挂起钩来，这是对传统中“学而优则仕”的反叛，努力拉开学术与政治的距离。针对晚清的教育救国思潮，王国维进行了反思。（注：关于王国维教育思想，参看周明之：《王国维的教育思想》，《中央研究院近代史研究所集刊》第19期。）他批评了晚清社会中以官奖学的现象，认为现代社会是一个职业分工的社会，一切社会上的职业都需要特殊的技能和特别之教育，而官和其他职业一样，都是职业中的一种，用官来奖励服务期满的师范生和留学生，实际上正如一个工厂用治“会计业”来奖励一般职工一样，这实际上等于说“今日学问、道德、实业等皆无价值”，唯官有价值。在这之中王国维看到中国士人的爱好在于利和官。（注：王国维：《教育小言十则），《教育小言十三则》，《静安文集续编》，《王国维遗书》第五册。）在王国维看来，必须使道德、实业、学术具有独立的价值，然后才能扭转社会的这种趋势。
同时，王国维力言学术与政治的不相关性。1900年义和团运动后，在西方各国的压力之下，清政府为挽救统治危机而进行了改革，在这个过程中，教育是一个中心议题。1904年，张百熙、张之洞、荣庆等奉旨着手重订全国教育计划，即《奏定学堂章程》。王国维对章程进行了严厉的批评，尤其是其没有设立哲学一科。在王看来，他们之所以没有设哲学科的原因在于认为哲学中的某些学说，有害于政治、社会的安定，“海内自由，革命之说”，多源于西洋哲学。对此，王国维认为哲学乃是“博稽众说而唯真理是从”，而自由、革命等是属于政治学与法律学的，与哲学无关。（注：王国维：《奏定经学科大学文学科大学章程书后》，《静安文集续编》；《哲学辨惑》，见佛雏校辑《王国维哲学美学论文辑佚》，华东师范大学出版社，1993年。）
如果说王国维与张之洞的一个分歧是在于强调学术的独立性，那么，另一个重要的分歧便是对于教育目的之分歧。在张之洞等人看来，教育的目的在于为国家培养有用的人才，如《章程》中所讲的通经致用。王国维则认为，教育最重要的目的在于培养一个道德、意志、智力、身体全面发展的个人。（注：王国维：《论教育之宗旨》，见佛雏校辑《王国维哲学美学论文辑佚》。）其实这两种对于教育的不同看法一直贯穿于中国整个近代教育史。这里又涉及到一个学与艺的问题，王国维叹息“今之学者其治艺者多，而治学者少，即号称治学者，其能知学与艺的区别，而不视学为艺者又几人”，而大多数人“其学苟乎得利禄，苟略可以致用，遂器然自足，或以涔蹄视之”。（注：王国维：《教育小言十则》，《静安文集续编》。）总之，在王国维看来，只有视学为学，学术为一自足的领域方可以真正言学。
从表面看来，王国维确实极为强调学术的自足性，但其对学术独立的这一强调并不是出于对学术独立性的真正认识，而是认为学术的兴亡关系到国家的兴亡，中国要复兴，首先必须振兴学术。王认为：“学术之绝久矣，盖孔子以老者不教，少者不学为国之不祥，闵子马以原伯牙之不悦学而卜原氏之亡，今天下之人而不悦学，几何不胥人人为不祥之人，而胥天下而亡也。”（注：王国维：《教育小言十则》，《静安文集续编》。）十多年后，在《沈乙庵先生七十寿序》中，王国维老调重弹，“窃闻之：国家与学术为存亡，天而末厌中国也，必不亡其学术；天不欲亡中国，则于学术所寄之人，必因而笃之。世变愈亟，则所笃之者愈至”。在同篇稍后提到沈曾植学术中的忧世精神，认为沈氏“趣博而旨约，识高而议平，其忧世之深，有过于龚魏，而择术之慎，不后于戴段”。（注：见《观堂集林》卷二十二。）这些都可见王忧世之一斑。
正是意识到这种学术和国家兴亡的相关度，王国维一方面提倡学术研究的自由，批评张之洞等人在《奏定章程》中对中西学术的狭隘见解。（注：王国维：《奏定经学科大学文学科大学章程书后》，《教育小言十则》，《静安文集续编》。）同时，王国维对于中国传统的思维方式和中国输入外来学术的历史进行了反思。在王国维看来，中国传统的思维方式是实际的、通俗的，因此国人所长在实践方面而不在于理论方面，西方人的思想则是思辨的、科学的，是长于抽象而精于分类。（注：陈寅恪有过相同之议论，见吴学昭着《吴宓与陈寅恪》，清华大学出版社，1993年，第9-10页。）正因为如此，王认为理论哲学不适合中国人之性质。（注：王国维：《国朝汉学派戴阮二家之哲学说》，《静安文集》。）面对如此实际的国民，西方的学说“即令一时输入，非与我中国固有之思想相化，决不能保其势，观夫三藏之书，已束之高阁，两宋之说犹习于学官。前事不忘，来者可知矣”。（注：王国维：《论近年之学术界》。陈寅恪对中国思想史研究有同样的看法，见陈寅恪：《冯友兰〈中国哲学史〉审查报告之二》，收入《金明馆丛稿二编》，上海古籍出版社，1980年。）“今日所最亟者，在求世界最进步学问之大略，使知研究之方法”，（注：王国维：《奏定经学科大学文学科大学章程书后》，《教育小言十则》，《静安文集续编》。）为此王特意翻译了耶方斯的《辨学》一书，（注：此书佛雏谓在南通时译，而周明之谓1907-1908年王在学部时译，待考。）同时对于中国先秦诸子的名学思想作了研究。（注：王国维：《周秦诸子之名学》，见佛雏：《王国维美学哲学论文辑佚》。）在对中国传统思想的探讨中，王发现中国没有纯粹的哲学，所有的只是道德哲学与政治哲学，其原因正在于美术与哲学的无独立价值，故历代诗人“多托于忠君爱国劝善惩恶之意，比自解免，而纯粹美术上之着述，往往受世之迫害而无人为之昭雪也”。（注：王国维：《论哲学家与美术家之天职》，《静安文集》。）
如果说以上是王国维对于中国学术不振原因的客观分析，那么在王国维思想中把学术不振的最终原因归到个人意志上面，实际上是强调了个人的因素。前面提到过王国维把个人的不学和民族的兴亡相联系，而学术的振兴最终是要由具体个人来承担的，并且这个人并不是处于社会规范压制下的个人，而是具有自由意志的个人。或许正是王国维具有这种文化使命的意识，使其在日后的研究中自觉或不自觉地把自我认同为中国文化的代言人，如陈寅恪所说的文化托命之人，这也隐含了王国维辛亥以后转向古史研究的动机。王国维指出，当时中国人不悦学，即使有志向学之士也没有坚忍的意志和永久的注意。正是由于没有坚忍的意志，使中国知识者在废学的同时又产生出种种疾病来，曰运动任，曰嗜欲狂，曰自杀狂。由此，王国维提出，在教育中最为重要的是讲求如何陶冶意志之道，从而使每一个受教育者都具有坚强的意志，这关系到社会的前途。然而环顾当时中国的教育界，王国维悲叹道，“教育家中其有强毅之意志者有几？诗曰‘螟蛉有子，果赢负之，教诲尔子，式谷似之’，此大可为社会前途虑者也。”（注：王国维：《教育小言十则》，《静安文集续编》。）
基于对精神、意志的强调，在王国维看来，严复所译的西方学说所以不能感动中国人的原因亦在于此，因为严复所介绍的是英国功利主义及进化论哲学，其“兴味所存，不在于纯粹之哲学，而存于哲学之各分科”，因此严复的学风“非哲学的，而宁是科学的，此其所以不能感动吾国思想界者也”。（注：王国维：《论近年之学术界》，《静安文集》。）基于同样的理由，王认为政治家给国民之利益不及文学家给国民的利益，前者所给的是物质的、暂时的，后者所给的是精神的，“遗泽且及于千百世”而为国民的生前所恃者。（注：王国维：《教育偶感四则》，《静安文集》。）王国维早年对于悲剧的强调也正是对精神意志力的赞美，故他对《红楼梦》与《桃花扇》的评价极不相同，其原因在于一是自律的解脱，一是他律的解脱。