庚寅，以左懋第为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，经理河北、联络关东军务；马绍愉为太仆寺少卿兼兵部职方司郎中，加总兵官陈洪范太子太保：赍白金十万两、金千两、缎绢万匹，偕使大清。金声桓驻防淮扬。
壬辰，定守护凤陵戍兵五千人。刘之勃为都察院右佥都御史，巡抚四川。
甲午，定从逆诸臣以六等罪。以六科员缺，令将中行、评博、推知等官俱减俸行取。
乙未，依旧制为五军、神枢、神机三大营，以团练总兵官杜弘等六人分统之。
癸卯，命礼部尚书顾锡畴祀海。
甲辰，追封开国功臣故颍国公傅友德丽江王，谥曰“武靖”；宋国公冯胜宁陵王，谥曰“武壮”。荫福府内臣屈尚忠等弟侄各锦衣卫指挥使世袭。顾锡畴纠从逆词臣周钟、项煜等。
己酉，中旨以吏部右侍郎张有誉为户部尚书；弘图封还诏书争之，不听。
辛亥，释高墙罪宗前唐王聿键等三百余人，计七十五案。
时群臣分党，纷争日甚。壬子，谕曰：“朕遭百六之运，军书间阻；方资群策，旋轸故都。乃文武之交争，致异同之日甚。先帝神资独断，汇纳众流；天不降康，咎岂在上。尔诸臣当鉴于前车，精白乃心，匡复王室。若水火不化、戈矛转兴，天下事不堪再坏，且视朕为如何主。祖宗成宪，勿尚姑息。各宜钦承，朕言不再”。改正阁衔：尚书兼大学士，举经筵。高弘图等请建中宫；谕俟母后回銮日行。
乙卯，弘图乞休，不允；请召还史可法，亦不报。
是月，万元吉奏大清兵南征。
八月丙辰朔，日有食之。
丁巳，亲祀孔子。以杨鹗为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督川、湖、云、贵、广西军务。刘泽清等疏劾刘宗周。命惠王居广信。马士英与姜日广同诋王前。宗室朱统■〈金类〉纠曰广党从逆诸人；又不肯迎立，坚持异议。礼科袁彭年特纠统■〈金类〉，报闻。
庚申，加可法少保兼太子太保、武英殿大学士，弘图太子少师、文渊阁大学士，曰广太子少保、文渊阁大学士，士英太子太师、武英殿大学士，铎太子少保、文渊阁大学士；予荫有差。
壬戌，贺世寿为户部尚书，总督仓场。复东厂；袁彭年疏争，外调。
癸亥，敕左良玉兼提督官，开藩武昌。起丁魁楚为兵部右侍郎兼佥都御史，总督河南、湖广军务。
甲子，张献忠陷成都府；蜀王遇害，抚臣龙文光、刘之勃，道臣刘士斗及知县等官皆死之。
乙丑，王曰：“川陕道远，职官多缺。吏部选择贤才堪任监司、府县者，与巡按御史米寿图前去，随才署用。以后凡残破险远地方，准此”。
丁卯，逮光时亨等。
戊辰，皇太后自仪凤门入宫，遣灵璧侯汤国祚告于南郊。
壬申，起樊一蘅为兵部右侍郎兼佥都御史，总督川、陕军务。起越其杰为都察院右佥都御史，巡抚河南兼辖颍、亳二州军务。
癸酉，命修西宫之西园第一所为皇太后宫。
乙亥，命吏部察废籍及举贡监生才品堪用、愿效力危疆者，考选二、三千名咨发督辅军前，以补地方缺官。
丙子，下项煜于狱，逮周镳、陈以谦等。
丁丑，封皇太后弟千户邹存义为大兴伯。赠吴三桂父故总兵官吴勷辽国公、母祖氏辽国公夫人。
戊寅，王永吉载罪督山东军务。
庚辰，命选淑女及内员；廷臣交章谏，不听。
辛巳，赐北京殉节诸臣大学士范景文、户部尚书倪元璐、左都御史李邦华等二十二人赠谥、祭葬有差；建祠鸡鸣山，赐额“旌忠”。
壬午，改前大学士王应熊为兵部尚书，总督川、广、云、贵等处专办蜀寇，赐尚方剑便宜行事；仍给银三万两。
癸未，封郑芝龙为南安伯。命停文武官荐举。禁非言官而上疏者。革楚抚王杨基任，听勘。
乙酉，中旨以阮大铖为兵部右侍郎巡阅江防；刘宗周劾奏，不听。我大清于是月遣将杨万兴下济宁。
“勘本”曰：是月太妃至，谕工部三日内搜括万金以充赏赐。顾宗伯锡畴议并夺温体仁荫爵。
九月丙戊朔，黄得功趋扬州，高杰以兵袭仪征。
戊子，复前蓟督赵光拚官。
己丑，纂修“玉牒”。赠恤湖广殉难诸臣。以都督佥事张成福充山东总兵官。
庚寅，裁各省布政司右布政使。
辛卯，命撰起居注。
癸巳，大学士姜曰广罢。逮御史黄澍，不至。命修“思宗实录”。
甲午，左都御史刘宗周罢。三法司奏定从逆六等条例。其大逆凌迟处死者五条：凡从贼攻陷京师及为贼毁宗社、易门榜者，凡倡率劝进及为贼草伪诏者，凡部院詹事、翰林三品以上大臣从贼受伪命而亲信用事者，凡文武封疆大吏如督抚、总兵降贼者，凡京堂、科道部属等官为贼画策规取地方者；以上如本犯不归、归而又逃，悉收系其妻子，籍没其资产。其斩决不待时者三条：凡四品京堂及翰林、科道受贼伪命居要地比原职加崇者，凡方面分巡、分守、知府等官降贼者，凡文武封疆大吏闻变先逃者。其绞者六条：凡献玉帛、献子女以媚贼求免者，凡内外衙门官仅受伪命者，凡在巡方及布按三司、分巡、分守、知府等官遇变而逃者，凡被贼拷掠不能自决仍受伪命者，凡受伪命而为贼疏远者，凡各衙门奉差如管屯、管河、榷关、督饷等官虽无封疆之守而弃职潜逃者。其流者二条：凡内阁重臣及部院等三品以上、詹事翰林五品以上即不从敌而偷生潜逃者，凡既受伪命复自疏远见贼未败而脱身南还者：以上斩、绞、流共十一则，如各犯认罪自投，拟减本罪一等；如遁归匿形、蓄谋叵测，照本罪加一等，仍收系其亲属。其徒者二条：凡候考、候选，即无官守、即未受伪命而浮沉贼中，贼奔乃还者；凡遇贼变，为贼胁留而未受伪官者。其杖者一条：凡为贼所拘未受伪官而乘间先归者。王曰：“北都沦丧，帝后升遐，巷战死节者遂无一人；且反面事仇、甘心降贼，为之指斥先帝、规并海宇。人心已丧，法纪何存！所奏既已会议，允当并先夺职。其绞罪以上，法司行抚按官逮解来京候讯；流罪以下，抚按官依律讯处具奏。其有身虽陷贼，能改图归正、擒杀贼首及以兵马、城池来归或为内应克立大功、或为内间效忠本朝者，仍从优升赏，不用此例”。
丙申，以王之纲充总兵官，挂荡寇将军印，镇守河南；御史凌駉联络河南、北直。
丁酉，叙江北文武多年战功。黄斌卿移屯大江、黄蜚屯芜湖采石、郑鸿逵屯镇江。加士英少傅，仍兼太子太师、建极殿大学士；荫一子锦衣卫指挥佥事世袭。
戊戌，谥前大学士孙承宗“文忠”、太常寺少卿鹿继善“忠节”，赐祀“忠烈”。以王潆为都察院右佥都御史，巡抚山东，赞理军务。牟文绶充总兵官，镇守荆州。黄得功移驻庐州，以防桐皖。刘良佐进复黄、汝。高杰移驻徐州，进复开归。追补建文死节诸臣方孝孺等赠谥，立祠祀之。
甲辰，追赠开国名臣、及正德谏臣、天启惨死诸臣各有差。左良玉子梦庚挂平贼将军印。士英请令童生输银，免府、县考二试。
乙巳，给河南巡抚越其杰银十五万两，令募兵屯田。
丙午，丁魁楚另用，以何腾蛟并抚湖北。命乡官与监生齐民较田多寡一体当差，不得擅立官户。
丁未，称皇考福恭王陵曰熙陵。
庚戌，命夺浙江巡抚黄鸣骏官。革侍郎吕大器职。逮问前巡按御史左光先，不至。开佐工事例。
辛亥，停宗室换授。
壬子，再命刑部逮问黄澍，亦不至。以李成栋镇守徐州。户科给事中陆朗、御史黄耳鼎例授外职，特旨留之；二人疏攻徐石麒。
甲寅，吏部尚书徐石麒罢。
是月，高杰率兵赴镇。
“勘本”曰：南都初建，有刑部主事前知宁国府事钱敬忠于六月朔日具疏千余言，极陈恢剿事理；得旨：“钱某有何异谋可足兵食，以便恢剿？着再奏”。既而连上三疏，匦臣谓其累渎费辞，且多斥犯，久扼不上；敬忠乃移疾归。兵部右侍郎徐人龙具疏极言“祖宗汤沐重地，不宜遽予拥兵自卫之人。夫带砺之盟，俟有成绩。乃兵未即动而遽刳内地畀之，江南尺寸土可胜刳哉”！人龙与士英同堂决事，每正色危坐，语辄刺及。士英恶之甚，讽台臣何纶劾其衰髦失仪，勒令致仕；然则人龙实未衰髦而失仪也。宁河王孙邓文昌者，有勇敢言，以世爵官后军都督。后以左兵内犯，议撤防河军，力争之；为士英所诃，遂弃官去。
右钱、徐、邓名，正史皆阙、温氏亦失之；今传入“摭遗”补稿。