嘉靖二年，再奉使至。是时，国王源义植孱不能御其酋，诸酋争贡以邀互市及赏赉。右京兆大夫高贡使宋素卿来，左京兆大夫内艺兴遣宗设兼道先素卿至，俱留宁波。故事：夷使以先后至为序。市舶中官赖恩墨素乡贿，先素卿；宗设大忿，攻素卿，遂躏诸旁县，夺舟去。御史以闻，下素卿狱，论死。因罢市舶，绝贡者十七年。至十八年，王源义晴复贡，乞易勘合，不许；仍申约贡必如期，舟以三为率，每舟不得过百人，不者郄勿受。夷性婪，鲠约如故。内地奸豪，往往与为市，不偿值。夷索逋急，则哃喝官府逐寇；兵出，则阴泄之，倭速其去，且树德也。如是久之。倭大恨，言我挟王赀来，不得值何以还报？因盘据岛中，海上亡命无赖之徒交构为乱，东南之祸大作。于时，特设闽越中丞台弹治之。抚臣朱纨日夜饬兵甲，严纠察，上章暴势豪交通罪（纨疏曰：去外夷之盗易，去中国之盗难；去中国之盗易，去中国衣
之盗难）。纨竟为豪所中自杀，贼益獗。三十一年，残浙东。明年，犯太仓，破上海、崇德、嘉善诸邑。时王忬为中丞，拮据粗有成绪；旋移大同去，李天宠代之，卢镗、汤克宽、俞大猷为将。倭四出流剽，诸道与战俱不利。三十三年，张经为总督。经前督两粤，有威惠，调粤兵御倭。兵未集，而工部侍郎赵文华以祷海至。文华素夤缘相嵩贵华，颐指经；经自以大臣位其上，不肯下。文华遂劾经养寇，并及天宠；诏逮讯。时经已与贼大战王江泾，破走之，斩首二千人；进攻陆泾坝贼，又败之，倭大创。经上疏自理，不听；竟论死西市，以周珫代经、胡宗宪代天宠。珫未几去，以杨宜代，属文华督察其师。倭来益众，文华战于陶宅，败绩，遂还朝。贼别部自日照登掠赣榆、自上虞登掠高埠，皆不满百，官军莫能御；转掠浙西南，直破南陵、溧水，横行数千里，杀伤蔽野。至苏州，始为参政任环所败。大猷等逐贼海上，斩获颇多，而闽、广倭大至。三十五年十月，有倭由漳浦登岸，所过焚掠无计。漳自此岁岁苦倭（「漳志」曰：三十六年，海寇许老、谢策等突至月港，掳杀千余家。是冬，倭泊浯屿，往来漳、潮间，流毒甚惨。三十七年夏，寇月港，焚烧人家，夺舟去。是冬，海寇诱倭三千余复泊浯屿。三十八年正月，散处行劫。二月，倭数千自潮来延，劫海滨、长泰、南靖、平和诸处）。杨宜既罢去，宗宪代之；以阮鹗代宗宪，文华复出督师。时浙贼惟陈东最强，徐海后至与东合，势雄甚。当事意在议抚，而鹗主剿。贼进围桐乡，鹗固守不能拔，乃解去（叶福唐阮中丞传曰：贼众奔桐乡，公先驰入城，与知县金燕死守。自倚戟女墙上，更四十余日。乞援于胡，竟不应。贼悉力仰攻，不能入。持胡公牍请犒曰：吾与胡成矣。公怒，伏神铳射之，穿其股，贼乃退）。宗宪欲构二贼，遣人至海所，若为好语者。东疑之，则厚赂海，使执东自赎。海许诺，乃计擒东以献，而自率其众别营梁庄。鹗遗官兵尽歼东巢，进攻海于梁庄；海死，两浙暂平（李文定曰：海奔据沈庄，凭险设守，诸道兵观望不敢进。
公躬率重兵赴之，别选壮士夜潜渡濠，薄贼栅焚之。海重甲突围创毙之，贼遂灭）。其明年，诛王直。直，徽人也；啸逋海上，有盗道，能号召。诸夷治艨艟，巢五岛中，奸商王滶等共集众，与相署置；倭来，皆直等为导。宗宪欲招之，乃迎其母妻至杭，供具犒慰甚厚。先是，鄞诸生蒋洲者，上书督府，言能说直，使禁戢诸夷。宗宪遣洲行，以陈可愿副之。直为言日本方乱，诚令我辈得自归，无难倭矣。遣养子毛臣同可愿还，白直语；而传送洲至丰后岛。岛主留洲，稍为传谕诸岛。居二岁，乃遣僧德阳随洲来贡，直亦许俱至。宗宪遣毛臣还报直，所以游说百端。至是，直乃来。御史王本固疏言：不宜招直。直至，觉有异，乃先遣滶入见曰：吾等奉招而来，谓宜信使远迎、宴犒交至也。今行李不通，而兵陈俨然。公毋诳我乎？宗宪曰：国法宜尔，毋我虞也。与约誓坚苦，直终不信。曰：果尔，可遣滶归。宗宪立遣之，复以指挥夏正为质。直乃使毛臣、王滶守舟，而身入见，顿首言死罪。且陈与洲戮力状。宗宪慰藉甚至，令居狱中俟命。疏闻，有诏诛直。始，宗宪本无意杀直，以本固争之强，宗宪不敢为请。直死，王滶、毛臣杀夏正，率余众据舟山。征之逾年，乃解。三十八年，倭寇江北，巡抚李遂讨平之（李遂至如皋，与贼遇，白蒲诸将请击之。遂曰：战贵得地，贼方锐而我军未尝见大敌即小挫，难复矣。约勒军中，毋得言战。贼益进。策曰：贼分道入，过如皋必且合。合则道有三：自泰州逼天长、凤、泗，即皇陵惊，最要。自黄桥逼瓜、仪，摇南都而梗漕，次之。若从富安而东，海滨荒凉，掳掠无所得，至庙湾绝矣，乃吾得地时也。于是，部诸将防遏，令毋得过天长、瓜、仪，而分兵缀贼后。贼果走庙湾，遂欲以策困之。通政唐顺之以视师至，促战，死伤甚众。顺之度不能□，释去，遂益合兵攻围。
贼困甚，欲遁；副使刘景韶督兵焚其舟，贼救舟，我兵水陆攻之，贼大溃。江北倭悉平）。其寇闽最剧者，曰张琏。涟，饶人也；三十九年夏，由潮袭漳郡无宁土（「漳志」曰：张琏僭伪号，袭陷云霄城，屯住十余日方去。是时，平和、诏安、龙岩、南靖俱被倭饶杀掠，草寇乘风，所在为乱）。琏又攻破宁德、福清、永福诸邑。宗宪檄参将戚继光往援。时贼据横屿，阻水为营；官军踰年莫敢进。继光所部用命，至则令军中人持束草填河，力战大破之。归，乘胜剿福清牛田倭，又破之。继光每至郡邑，从当事酣饮；父老请师期，继光曰：吾兵疲且休矣，缓图之。贼侦者归告，不为备。酒罢，辄督兵行数十里，黎明破其巢，郡邑人尚未知兵出也。继光归，贼复肆。四十年，寇漳州，陷镇海、南靖；而月港人自称二十四将，雄据海上久之（先是，张维等二十四人造船通倭，官府莫能禁。戊午冬，遣兵剿捕，维等率众拒敌。由是益横，据堡为巢。官府为倭饶乱，故用「以贼攻贼」之计，遣金币招致洪迪珍攻倭。倭众由诏安、漳浦取道渐山，进击八、九都，接战草坂城外。倭败走，而迪珍等益横，张维复叛，巡海道周贤宣檄邓士元计擒之。自此地方告宁，而设县之议起矣）。四十二年，贼陷兴化，复命继光往。时贼方巢平海，继光督军薄战，因风纵火，贼靡，巢中无脱者。因捕余寇于连江、仙游，追至漳浦，大破之。明年，讨吴平、林道干于诏安，灭之。当是时，微继光，几无闽（时广中倭亦为总兵刘克宽所败，斩获无算）。
自东南中倭以来，十余年间，中外骚扰，财力俱匮，苍黔之屠脍已极；倭亦大伤，至尽岛不还。隆庆时，海上逋寇曾一本等复勾引入犯，我亦严为备。旋至旋扑，非如嘉靖之季矣。倭自平清盛秉政，一门并据要路，为淫暴于国。万历十四年，平信长为关白。其义子平秀吉者，先是母为人婢得娠，欲勿举，念有异征，育之。秀吉幼微贱，贩鱼为业，醉卧树下；信长出猎，吉惊起冲突，将杀之。见其锋颖异常，因留养马，名木下人。嗣从征伐有功，为大将。已而信长为明智所杀，秀吉与行长诛明智，废信长子，自立为关白。倭奴既盛，散入诸国间。万历初，使臣封琉球，闻中山王往往为倭所苦。至十八年，阻中山王勿通贡。闽抚以闻，朝议置腥毡不问。二十年正月，秀吉帅行长、清正等入犯朝鲜。朝鲜承平久，武备尽弛；王李昭闻变恇怯，遂陷三道，太妃及世子为倭所执。昭北走义州，络绎告急；遣祖承训往援，全师皆没。上震怒。以宋应昌为经略，率大将军李如松督诸将东征，渡鸭绿江，战平壤，大破之。倭奴宵遁，我师追讨，遇伏发，战碧蹄馆，师遂少挫。自是，连战不利。大司马石星度内阁有厌兵意，力主和议，以布衣沈惟敬往游说焉。倭遣小西飞来议页（顾养谦、孙矿相继为总督，俱掣肘不得展），中朝力陈其伪，章蒲公交车大司马持之坚。上为下御史曹学程于狱，至论死。于是中外莫敢言，乃遣临淮勋卫李宗城及沈惟敬持册封秀吉为日本国王。使至，秀吉不受封；宗城遯还朝鲜。陪臣李元翼知关白无意罢兵，议乘釜山渐弛，作攻复之计，为惟敬所阻。久之，倭益肆，羽檄旁午，和议讫不成。上始暴大司马星误国状，下狱论死。二十五年，邢玠为经略、杨镐为经理。镐誓师躬自督战，屡破清正，围秀吉。
秀吉粮尽请和，镐曰：受降不受和也。倭窘甚。会大雪，我师沾湿，不得驻；倭突围出战，我师败归。镐坐夺职，万世德为经理。无何，秀吉死，倭人反首拔舍而还。世德追破之，斩获甚伙，朝鲜以宁。当朝鲜鼎沸时，倭声言入闽。闽抚张皇久之，事定而后解严。然残倭流劫者，时时窃发海外，掠我贾舶。春秋防汛，遗刁斗忧者。富人射利之徒，又诡给别引，挟重货走倭，觊其厚值，且阴输中国情形，乱未歇也。三十九年，上谕廷臣，议严越贩之条，犯者杀无赦；奸计稍戢。而倭已将他部攻破琉球，虏中山王以去。中山王入倭之二年，得还国，上章补贡，自陈包茅不入之罪。