满洲人的征服事业，初时像很容易，越下去越感困难。顺治朝十八个年头，除闽、粤、桂、滇之大部分始终奉明正朔外，其余各地扰乱，未尝停息。就文化中心之江浙等省，从清师渡江后，不断的反抗。郑延平成功、张苍水煌言会师北伐时，顺治十六年大江南北，一个月间，几乎全部恢复。到永历帝从缅甸人手上卖给吴三桂的时候，顺治帝已死去七个月了。其年正月康熙帝即位那年即顺治十八年云南荡平，郑氏也遁入台湾，征服事业，总算告一个结束。但不久又有三藩之乱，扰攘十年，方才戡定。康熙十二年至二十一年所以满洲人虽仅用四十日工夫便奠定北京，却须用四十年工夫才得有全中国。他们在这四十年里头，对于统治中国人方针，积了好些经验。他们觉得用武力制服那降将悍卒没有多大困难，最难缠的是一班“念书人”,——尤其是少数有学问的学者。因为他们是民众的指导人，统治前途暗礁，都在他们身上。满洲政府用全副精神对付这问题，政策也因时因人而变。略举大概可分三期：
第一期，顺治元年至十年，约十年间，利用政策。
第二期，顺治十一、二年至康熙十年，约十七八年间，高压政策。
第三期，康熙十一、二年以后，怀柔政策。
第一期为睿亲王多尔衮摄政时代。满兵仓猝入关，一切要靠汉人为虎作伥。所以一面极力招纳降臣，一面运用明代传来的愚民工具——八股科举，年年闹什么“开科取士”,把那些热中富贵的人先行绊住。第二期，自多尔衮死去，顺治帝亲政，顺治七年政策渐变。那时除了福建、两广、云南尚有问题外，其余全国大部分，都已在实力统治之下。那群被“诱奸”过的下等“念书人”,不大用得着了。于是板起面孔，抓着机会便给他们点苦头吃吃。其对于个人的操纵，如陈名夏、陈之遴、钱谦益、龚鼎孳那班贰臣，糟蹋得淋漓尽致。其对于全体的打击，如顺治十四年以后连年所起的科场案，把成千成万的八股先生吓得人人打噤。那时满廷最痛恨的是江浙人。因为这地方是人文渊薮，舆论的发纵指示所在，反满洲的精神到处横溢。所以自“窥江之役”即顺治十六年郑、张北伐之役以后，借“江南奏销案”名目，大大示威。被牵累者一万三千佘人，缙绅之家无一获免。这是顺治十八年的事。其时康熙帝已即位，鳌拜一派执政，袭用顺治末年政策，变本加厉。他们除糟蹋那等下等念书人外，对于真正知识阶级，还兴许多文字狱，加以特别摧残。最着名的，如康熙二年湖州庄氏史案，一时名士如潘力田柽章、吴赤泻炎等七十多人同时遭难。此外，如孙夏峰于康熙三年被告对簿，顾亭林于康熙七年在济南下狱，黄梨洲被悬购缉捕，前后四面，这类史料，若仔细搜集起来，还不知多少。这种政策，徒助长汉人反抗的气焰，毫无效果。到第三期，值康熙帝亲政后数年，三藩之乱继起。康熙本人的性格，本来是阔达大度一路，当着这变乱时代，更不能不有戒心，于是一变高压手段为怀柔手段。他的怀柔政策，分三着实施。第一着，为康熙十二年之荐举山林隐逸。第二着，为康熙十七年之荐举博学鸿儒。但这两着总算失败了，被买收的都是二三等人物，稍微好点的也不过新进后辈。那些负重望的大师，一位也网罗不着，倒惹起许多恶感。第三着为康熙十八年之开《明史》馆。这一着却有相当的成功。因为许多学者，对于故国文献，十分爱恋。他们别的事不肯和满洲人合作，这件事到底不是私众之力所能办到，只得勉强将就了。以上所讲，是满洲入关后三四十年对汉政策变迁之大概。除第一期没有多大关系外，第二期的高压和第三期的怀柔，都对于当时学风很有影响。
还有应该附带论及者一事，即康熙帝自身对于学问之态度。他是一位极聪明而精力强满的人，热心向慕文化，有多方面的兴味。他极信学科学，对于天文历算有很深的研究，能批评梅定九的算书。他把许多耶稣会的西洋人——南怀仁、安多、白进、徐日升、张诚等，放在南书房，叫他们轮日进讲——讲测量、数学、全体学、物理学等等。他得他们的帮助，制定康熙永年历，并着有《数理精蕴》《历象考成》等书，又造成极有名的观象台。他费三十年实测工夫，专用西洋人绘成一部《皇舆全览图》。这些都是在我们文化史上值得特笔大书的事实。他极喜欢美术，西洋画家焦秉贞是他很得意的内廷供奉。三王的画，也是他的嗜好品。他好讲理学，崇拜程朱。他对于中国历史也有相当的常识，《资治通鉴》终身不离手。他对中国文学也有相当的鉴赏能力。在专制政体之下，君主的好劣，影响全国甚大，所以他当然成为学术史上有关系的人。
把以上各种事实，综合起来，我们可以了解清代初期学术变迁的形势及其来由了。从顺治元年到康熙二十年约三四十年间，完全是前明遗老支配学界。他们所努力者，对于王学实行革命（内中也有对于王学加以修正者）。他们所要建设的新学派方面颇多，而目的总在“经世致用”。他们元气极旺盛，像用大刀阔斧打开局面，但条理不免疏阔。康熙二十年以后，形势渐渐变了。遗老大师，凋谢略尽。后起之秀，多半在新朝生长，对于新朝的仇恨，自然减轻。先辈所讲经世致用之学，本来预备推倒满洲后实见施行。到这时候，眼看满洲不是一时推得倒的，在当时政府之下实现他们理想的政治，也是无望。那么，这些经世学都成为空谈了。况且谈到经世，不能不论到时政，开口便触忌讳。经过屡次文字狱之后，人人都有戒心。一面社会日趋安宁，人人都有安心求学的余裕，又有康熙帝这种“右文之主”极力提倡。所以这个时候的学术界，虽没有前次之波澜壮阔，然而日趋于健实有条理。其时学术重要潮流，约有四支：一阎百诗、胡东樵一派之经学，承顾、黄之绪，直接开后来乾嘉学派；二梅定九、王寅旭一派之历算书，承晚明利、徐之绪，作科学先锋；三陆桴亭、陆稼书一派之程朱学，在王学与汉学之间，折衷过渡。四颜习斋、李刚主一派之实践学，完成前期对王学革命事业而进一步。此则康熙一朝六十年间全学界之大概情形也。
讲到这里，当然会发生两个疑问：第一，那时候科学像有新兴的机运，为什么戛然中止？第二，那时候学派潮流很多，为什么后来只偏向考证学一路发展？我现请先解答第一个问题。
学术界最大的障碍物，自然是八股。八股和一切学问都不相容，而科学为尤甚。清初袭用明朝的八股取士，不管他是否有意借此愚民，抑或误认为一种良制度，总之当时功名富贵皆出于此途，有谁肯抛弃这种捷径而去学艰辛迂远的科学呢？我们最可惜的是，以当时康熙帝之热心西方文物，为何不开个学校造就些人材？就算他不是有心窒塞民智，也不能不算他失策。因为这种专门学问，非专门教授不可。他既已好这些学问，为什么不找些传人呢？所以科举制度，我认为是科学不兴的一个原因。
此外还有很重大的原因，是耶稣会内部的分裂。明末清初那一点点科学萌芽，都是从耶稣会教士手中稗贩进来，前文已经说过。该会初期的教士，传教方法很巧妙。他们对于中国人心理研究得极深透。他们知道中国人不喜欢极端迷信的宗教，所以专把中国人所最感缺乏的科学知识来做引线，表面上像把传教变成附属事业，所有信教的人仍许他们拜“中国的天”和祖宗。这种方法，行之数十年，卓着成效。无奈在欧洲的罗马教皇不懂情形，突然发出有名的“1704年康熙四十三年教令”。该教令的内容，现在不必详述。总而言之，是谈前此传教方法之悖谬，勒令他们改变方针，最要的条件是禁拜祖宗。自该教令宣布后，从康熙帝起以至朝野人士都鼓噪愤怒，结果于康熙四十六年1707年把教皇派来的公使送到澳门监禁。传教事业固然因此顿挫，并他们传来那些学问也被带累了。