二）研究西域历法者。唐九执历，为西法输入之始，其后复有《婆罗门十一曜经》及《都聿利斯经》，皆九执之属。元则有札马鲁丁之《西域万年历》，明则有马沙亦黑、马哈麻之《回回历》，此皆印度及阿剌伯之学说，在千年前即已与中法参用者。定九推究其术，着欧罗巴法渊源所自。
《回回历补注》三卷。
《西域天文书补注》二卷。
《三十杂星考》一卷。
《四省表景立成》一卷。陕西、河南、北直、江南四省之回教寺中，各有表景，据之以说明里差。
《周髀算经补注》一卷。以《周髀》释西域历家盖天之说。
《浑盖通宪图说订补》一卷。研究《元史？札马鲁丁传》中之“盖天仪”,谓为《周髀》遗法流入西方。
《西国日月考》一卷。研究太阳历。
三）批评《崇祯历书》者。《崇祯历书》百余卷，利、徐所编，即所谓欧罗巴之新西法也。定九发明或订正之为以下各书：
《历书细草补注》三卷。历书中有细草以便入算，定九以历指大意隐括而为之注。
《交食蒙求订补》二卷，《附说》二卷。此书已佚，补其细草。
《交食图订误》一卷。
《求赤道宿度法》一卷。用弧三角法订正历书中细草。
《交食管见》一卷。言各地所见日月食何故不同，并立随地测验之捷法。
《日差原理》一卷。
《火纬本法图说》一卷。
《七政前均简法》一卷。
《上三星轨迹成绕日圆象》一卷。
《黄赤距纬图辩》一卷。
《太阴表影辩》一卷。
《二星经纬考异》一卷。
《星咎真度》一卷。
四）手订历志及关于历学之意见。
《宣城分野志》。
《江南通志？分野志》。
《明史历志》。《明史》之《历志》，本由吴志伊专任，徐善、刘献廷、杨文言各有增定，最后则请正于黄梨洲及定九。定九为订正讹舛五十余处。
《历志赘言》一卷。大意谓明朝的《大统历》，实即元朝的《授时历》，故明《历志》应该对于元《历志》叙述《授时历》阙略之处详为订补。又《回回历》为《授时》所自出，亦当叙其渊源。其余如朱载堉、袁黄等学说，皆当备载。尤当特详于利、徐改法之沿革。
《历学疑问》一卷。历学入门简明之书。清圣祖极赏之。
《学历说》一卷。大意谓古代历家，因法疏多误，乃附会机祥之说以文饰其误，最为不当。
五）所创制之测算器及其图说。
《测器考》二卷。
《自鸣钟说》一卷。
《壶漏考》一卷。
《日晷备考》三卷。
《赤道提晷说》一卷。
以上皆对于旧器之考订及说明。
《勿庵揆日器图说》一卷。
《诸方节气加时日轨高度表》一卷。
《揆日浅说》一卷。
《测景捷法》一卷。
《璇玑尺解》一卷。
《测星定时简法》一卷。
《勿庵侧望仪式》一卷。
《勿庵仰观仪式》一卷。
《勿庵浑盖新式》一卷。
《勿庵月道仪式》一卷。
以上皆自制器及自创法之说明。
《分天度理》一卷。
《陆海针经》一卷（一名《里差捷法》）。
以上二书，应用历算学以绘地图。
《仰观覆矩》一卷。
《勿庵筹算》七卷。
《勿庵笔算》一卷。
以上三书，皆改横为直，便中土书写。