其奉旨续查出力人员署凤山令陈起鲲、摄嘉义令胡应魁、典史任元举、台湾县学教谕郑兼才、训导黄对扬，皆由巡道保举；将军巡嘉义，则裁应魁；元举一名入奏；起鲲赏戴蓝翎，兼才、对扬以应升之缺升用。巡道庆保赏戴花翎，并给玉牌荷包，旋升本省臬司。以清华为台澎道。同知钱〈雨上澍下〉赏戴花翎，擢知府，加道衔。知县薛志亮，赏给知州衔。总镇爱新泰，赏给云骑尉世职，以劳瘁殁沪尾，续至翼长武隆阿代焉。游击吉凌阿，升参将，病终官署。都司许律斌，赏戴花翎。千总林青高等，擢守备。道幕布司经历柯纬章，以同知升用。宋炳授知县。知府马夔陞，以他事有旨撤回，调建宁府知府。高叔祥至病殁。前发戍杨廷理返自伊犁，奉旨驰驿继其任。蔡牵既遁去，李提军督水师穷追。十三年二月二十五日战於黑水外洋，几成擒，提军忽中炮身亡，事闻，上震悼，追封伯爵，赐谥壮烈，并赐祭葬，予专祠，命总镇王得禄提督浙闽水师。
十四年月十七日，同提督邱良功连〈舟宗〉南下，追蔡牵，遇於鱼山外，招集闽、浙两省护总兵孙大刚、护副将谢恩诏、参将陈登、护游击陈宝贵等各兵船，奋力追击。十八日，至黑水深洋，贼船节次击沉，遂并力攻蔡牵船。蔡牵及其妻并夥党数十人俱落水死。奏入，王得禄晋封子爵，赏给双眼花翎。邱良功晋封男爵，各赏赉有差。总督阿林保、巡抚张师诚，均从优议叙。巡抚加赏大小荷包等物，其余各官俱以次升用，或复原职，而海寇悉平。（道光十年四月初十日苏凤翔报）
大学士九卿议覆公中堂福议奏（原题沿革项下）
（乾隆二十九年以後，台湾郡县一切添设县官、更建城垣等项，各有专条，自应通查采辑。至若营制、海防、政令之筹议，整饬周群者，莫如乾隆五十三年公中堂福所奏善後事宜十六条，是皆沿革之大端，合采之以备稽核）
为遵旨议奏事。内阁抄出协办大学士陕甘总督将军公福等奏：清查台湾，酌筹善後事宜一摺，於乾隆五十三年六月初六日，奉旨：大学士九卿议奏，钦此。臣等谨将所奏各事宜，逐款分别核议开进。
奏称：向来台湾各营戍兵，离营散处，技艺生疏，即遇操演之期，亦复虚应故事，并不按名全到。兹当整饬之时，已将修建营房、添兵安汛、增设骑操马匹等事，次第办理；营制更新，亟须严定章程，认真操演，以收实效。嗣後水陆各营，按照操演枪箭之期，兵丁齐集教场，逐名点验，不许一名不到。将备带同弁目，亲往校阅，分别等第，开单登记，即将操演原摺呈报该镇，亲自较查。倘有虚捏或操演不能按期，立将该营将备揭报查参。其分防营汛，毋论冲僻地方，均应一律按期操演，一体开单呈报，随时抽验，并委员亲往查察，以别勤惰。凡该镇查阅原单，并抽验过各营兵丁技艺名册等第，统於年底汇送总督衙门察核，并有底册一分，俟将军、督抚、提督等巡查操演时，照册查验。如与原册相符，兵丁技艺娴熟，奏明将该镇交部议叙。如有捏报不实，即行严查参究等语。
查操演兵丁技艺，为营伍第一要务。全在该管将备实力整顿，训练有方。该镇尤须严立规条，随时查察。今将军福等将各营操演立法稽查，臣等悉心核议，应如奏。嗣後水陆各营操演兵丁，齐集校场，毋许一名不到。将备弁目亲往较阅，分别等第，开单登记，即将操演原册呈报该镇，亲自较查。其分防营汛，无论冲僻，均一律按期操演，一体开册呈报，随时抽验，并委员亲往查察。倘有虚捏或操演不能按期，即将该营将备随时揭参，分别议处；并令该镇将阅过，并抽验各营兵丁技艺名册等第，造册二分，於年底汇送总督察核。一分存底，候将军、督抚、提督等巡查操演时照册查验。果与原册相符，兵丁技艺娴熟者，准将该镇奏请议叙。如有捏报不实，即将该镇严参议处。庶该镇及将弁等咸知振励，而营伍自臻整饬矣。
奏称：台湾、澎湖为海疆重地，额设水师战船，以为巡哨之用。例应将弁带领弁兵，按月出巡所辖洋面及本汛地方，缉拿盗贼。近年以来，营伍不能整饬，将弁等心存涉险畏难之见；怠惰偷安，不谙舟楫。有汛防之名，无巡哨之实。洋面盗劫频闻，莫能禁戢，殊非慎重海疆之道。查洋盗虽系亡命匪徒，未尝不患覆溺。其窜匿之地，必有偏僻岛屿可以避风取水者，方能停泊。亦必於台飓之时，方敢出洋行劫。至於私渡民人，尤非盗贼可比。湾泊之处，更易巡逻。官兵若能於近边口岸留心搜捕，断无不获之理。嗣後应令水师将弁，按期亲自出洋，周历各处实力巡，不得装点军容，张扬声势，预驱贼匪远避，徒衍虚文。仍将出汛、回汛日期，报督提各衙门稽核。务将港澳之险易、风信之向背及驾舡之柁缭、计椗诸事，讲求通晓，时时操练，自可渐臻纯熟。如能擒拿盗贼匪徒者，准其记功升用。倘敢空文申报，仅在内港往来，虚应故事，查出立即严参究办等语。
查台湾、澎湖孤悬海外，况当滋事之後，尤宜严密巡查，不得有名无实，从事空文。应如将军福等所奏，嗣後令水师将弁按照巡期，亲历各处，实力哨查，不得装点军容，张扬声势，转致贼匪闻风远扬。仍将出汛、回汛日期，报明督提各衙门稽核。凡港澳之险易、风信之向背及驾舡之柁缭、计椗，务须诸事讲求通晓，时时操练，以臻纯熟。该将弁等能於巡期内擒拿盗贼，审明时如系本境处所缉捕之犯，除拿获及半照例免参疏防外，其在疏防限内全案拿获者，准其加一级。若於疏防限外全案拿获，准其纪录二次；如系邻境劫掠案件，该将弁能首先拿获，其本汛并无承缉未获逃盗者，准该督抚端摺声明具奏，请旨送部引见，恭候钦定。倘不肖之员，仅在内港往来，畏怯风涛，不亲身带兵出洋巡缉，一经查出，立即严参，从重究办。如此立定章程，功过两不相掩，则海洋盗贼，自可弭戢矣。
奏称：台湾镇总兵向例於每年冬间巡查南北两路各营，供应尖宿。四斗八年以後，渐至派送夫价，而沿山、沿海偏僻汛地，并不亲历周巡，往返皆由大路，南至凤山，北至竹堑而止，上淡水营及下淡水营兵丁，祗系酌调抽验，殊非慎重营伍之道。嗣後总兵巡查，全郡一切供应夫价尽行革除，不许丝毫派累。惟是总兵出巡，必须酌带弁兵一、二百名，方足以壮声势。向来出差兵丁，并无盘费，难保无需索情弊，应照内地出差官兵给与差费之例，酌给盘费，入於本省公费内报销。所有巡阅地方，务须北自淡水石门，南至凤山水底藔，毋论冲僻汛地，一律按汛参阅兵丁技艺，点验屯番，并令留心察访弁兵。如有包差庇赌者，立即严行惩治。巡查後将营伍地方情形，据实陈奏一次。倘该镇仍蹈故辙，勒索夫价，一经查阅之将军、督抚、提督等查出，立即照枉法〔计〕赃从重治罪等语。
查总兵每年冬间巡阅南北二路营伍，其沿途需用夫役，理应自行出资雇觅；如有仍前勒索各营将弁折收夫价，应如将军福等所奏，计枉法〔计〕赃科罪。至所称：该镇出巡带出兵丁，内地出差官兵给与差费之例，入於本省公费报销之处，亦应如所奏，行令该省督抚转饬查照办理；并将所给兵丁盘费银两，入於本省公费报销册内，送部查核。其巡阅地方，务须北自淡水石门，南至凤山水底藔，毋论冲僻汛地，一律参阅兵丁技艺，点验屯番。如有包差庇赌等弊，立即严行惩治，并於巡查後，将营伍地方情形，据实陈奏一次，以凭察核。
奏称：台湾营伍废弛，总由总兵营私，年例备弁等相率效尤，纵容兵丁，离营他去，贸易谋生，甚至包庇娼赌，无所不为。将惰兵骄，实由於此。现已将各处营汛兵房一律赶紧兴修，分派安设。又蒙皇上天恩，俯念兵丁渡洋逐戍，令於叛产内酌量拨给，收取余息，以为贴补当差之用。从此各兵生计有余，又有兵房可资栖止，应责成各镇将、都司、守备等，严行约束；除操演日期按名点验外，平时仍派员逐日稽查。如不居住兵房，在外游荡，即行革伍枷号半年，递回原籍，严加管束，永不许食粮入伍。倘敢仍前贸易，包庇娼赌，从重加等治罪，并将不行查察之员，严行参处。其分驻地方，即交该汛弁稽查。如本汛徇庇容隐，准令邻汛弁目一体禀报。至地方赌博，固属兵丁不行查禁，而胥役亦不无包庇之事。嗣後应令兵役互相稽察，呈报镇道，从严办理。若镇道不行究办，经巡查将军、督抚等察出，即治以徇纵之罪等语。