六月，孟兵部至福州。总督李率泰遣官齎书至厦门说成功曰：激切再书，无非早定海上之议、早报圣明之念，以早结尊公父子忠孝之局耳。何足下举动依然毫厘千里耶？天下事，情理与势耳。尊公位列大臣之上，令祖母年迫风烛之期！念漳、泉寸土，为足下胞胳所疒癶上土下，即祖宗庐墓所依，足下咫尺弄兵，荆棘其上；在尊公之魂梦一刻未安，令祖母之寝食一刻不乐！足下将泰然波涛之间，自谓功名富贵之计得乎？此情理之绝无者也。更有虑者，固山枕戈久矣。今大师驻马于漳畔、劲旅露刃于泉南，有不能顷刻待。盖不佞意主于抚，固山力主于攻。在足下夸浮恍惚，不佞焉敢执为必抚而止于攻？倘一攻而缓，抚局之成犹可言也。一攻而遂，成抚局之变；则尊公前此之绸缪与不佞后此之挽回，俱无所用矣。此又势之了然者也。足下家报所陈，皆足以启群疑之诽而激圣明之怒。缮疏而入，几费踌躇。然一片苦心，不得不为足下所言再为披沥。所云不知有父久矣；此言一出，不但伤天性之恩，且贻后世之刺。尊公身为明季重臣，国亡而择主，非背国而事仇也。足下前无顾命、今无共主，何得灭不可易之亲，而从不必然之议也？古之求忠臣于孝子者，几无据矣！至今犹屡执此三省相畀之说，胡为乎来哉？今天下中外，帖然十载。而足下身羁海甸，犹欲招徕之。以大一统之势，谁敢取臣服之版图？惟正之赀赋而轻议畀乎？且从来无此庙算、无此边筹也。
即如足下所云，亦可笑矣。无三省，则舍我而忠于彼；将有三省，即弃彼而忠于我。此皆拂情影借之言，知非足下之心也。但念朝廷加恩一番、尊公经营一番、不佞来此区画一番，天下事宁可瓦全，勿为玉碎？足下或谋之族党、或谋之老成，务为开心见诚，勿得藏头掩面！勿再以必不可告之言、必不可为之事，徒费口舌、徒滋议论，而终于坐失机会也！不佞言至此，力已竭矣。他日见尊公于班联之间，亦可告无罪矣。至进止之事，则有固山并诸大人。成败之局，则关乎足下一门父子兄弟。不佞虽膺其职，其肯尽任其咎乎？惟足下裁之！功览毕，掀髯而笑曰：彼欲以劲旅挟吾。吾岂惧一固山哉？厚待其使，答以叶、阿二大人至京复命如何，然后再作商量。不报书。前提督黄廷师从揭阳港登岸，屯劄桃花山。潮州总兵刘伯禄进兵救援，列营于鹰嘴浦。左戎旗林胜密令军士每人要沙土一袋，填塞壕沟，砍栅破垒。伯禄果无备，二更仓卒而遁。廷遂合南澳忠勇侯陈霸等众，围揭阳，守城、知县弃城去。普宁亦继陷。
叶、阿二大人至京复命。部议以成功骄兵无状，反覆不定，置其父同安侯芝龙于高墙、戍其胞叔芝豹于宁古塔（豹封澄济伯。因护庇施郎，成功怒之。后见成功以马得功事杀芝莞，其令太严，不私其亲，于是乘招抚，挈龙妻颜氏自安平入泉州投诚，移居京都）。又令贝勒世子罗托统满、汉官兵平海至闽。
成功侦知，遂集参军并诸提镇议曰：今日招抚不就，贝勒统兵已到，有何良策？左提督郝文兴挺身曰：自古道水到土压，兵来将当；此不易之理。今贝勒师来，焉可坐视？兴虽不才，愿为先锋，前去破敌。陈尧策曰：策自来愧无寸长，既左提督肯去，策愿同行立功，以图报效。冯澄世曰：二公所言，领兵破敌，其气可夺三军，固是为将本分。但彼弓马娴熟，若欲陆战，人马驰驱，诚恐胜负未卜。况彼粮饷充足，四方云集，万一失其锐气，不特人心摇动，而且军威难振。以世管见，不如全师暂退厦门，坚守各岛，养精蓄锐，修备战舰，南北巡视，以待彼军。若论彼兵，水战非其所长。况波恬浪静之时，彼犹有头眩晕吐之苦，安望其能御敌？此乃保全军士，以逸待劳之法也。未知诸公以为何如？成功曰：战者譬如逐鹿，未知得于谁手。退者可保无虞，澄世之言实乃料己料人之至论，深合吾意。遂飞檄与兄泰：先将安平家资，尽移过金门安顿；毁其居第，坠其镇城（芝龙置第安平，开通海道，直至其内，可通洋船。亭榭楼台，工巧雕琢，以至石洞花木，甲于泉郡。城外市镇繁华，贸易丛集，不亚于省城）。又令杜煇传谕泉属士民：有愿相从者，悉渡金、厦两岛居住，令黄昭拨船接应。如不愿从者，速远避山中，恐遭兵马蹂躏。空其库藏，坠惠安、同安诸县城为平地。又驰令与林俞卿、林世用等移家眷于海澄，摧漳州府城。成功领兵回厦门，仍遣郝文兴统其所部守海澄。擢海澄知县黄维璟为察言司（察言司者，稽察各文武得失，即如通政司也），以戌举人林昌为海澄知县。差张英督造高崎、竹坑一带沿边炮台烟墩，修拾熕船战舰。通行南澳陈霸，防备碣石苏利、南洋许龙二处会师。又令铜山张进整船宫仔前，以作南澳救援。令陈六御、阮骏、张名振等把守舟山乌洋。调洪旭、甘煇、林胜诸提镇回师。旭次台州港，总兵马胜献城降；同旭回见成功，功授胜中权镇、征卤将军印。
九月，左提督祥符伯郝文兴病故。功哭祭甚哀，厚恤其子。令王秀奇代守海澄。
十月，张名振自长江直抵定海关，守关将张鸿德降，功授德前锋镇。
十二月，贝勒提师至泉，大奖韩尚亮坚守功，寻而擢尚亮海坛总兵。贝勒知成功退守金、厦，坠倒诸城，笑曰：海贼无伎俩矣。即令府县兼工修筑城池，督造战船。遣使齎谕到厦招成功。功拒而不纳，使者回。贝勒复易函致书，令再往。功厚待其使，以叶、阿前议复之，不报书。
顺治十三年申（附称永历十年）正月，平南王尚可喜拨左翼镇右营徐有功统步骑，合潮镇刘伯禄，恢复揭、普诸邑，师札揭阳城西。屡遣骑哨挑战，追之，即退。二十二日，援剿右镇黄胜、殿兵镇林文灿、前冲镇黄梧适在埔上操演，伯禄率骑兵过西门，左先锋镇苏茂欲出兵与战。金武镇郭遂第曰：列阵过桥，胜则犹可；倘若少怯，其桥又狭，难以退，其将如之何？黄梧曰：战则必胜，何用退兵？茂以为然，发令前进。对敌逾时，忽徐有功从旁冲出合击。茂阵大乱而溃，溺水死者不计其数，黄胜、林文灿二镇咸亡焉。独郭遂第全镇近桥急抽回，无失。前提督黄廷时守东门，闻报，出兵欲夺伯禄营。禄方抽回兵马。苏茂、黄梧才收残兵。廷即申揭阳失机事状于成功，功遣兵官张光启按揭察访战败情由。
二月，又令五军总制张英，再督杜煇、林胜诸镇往助黄廷。伯禄闻知，乃截港为营，严禁各乡接济；如违，罪同叛逆。廷等兵众食难。正踌躇间，忽成功谕到：调苏茂、黄梧、杜煇回厦门，黄廷、林胜下粤东，往侦永历信，以便勤王。廷至碣石，攻苏利。
三月，陈六御报定西侯前军总督张名振病故，成功以陈六御统其众。水师前镇阮骏侦定海关造船五百只，欲攻舟山；请援。功遣张鸿德、马胜协守。
四月，贝勒得各澳船只已备，令韩尚亮为先锋会攻。成功令林顺、陈等、萧泗、杨祥、林明、陈泽七镇，领大熕船十四只，前往围头，坐上风以待。又令陈魁、苏茂、陈煇、陈斌四镇，共配大熕船十二只，出泊辽罗。令兄泰率舟师应援。再令万礼、黄梧、黄安、蔡文、林逊五镇带船十只、快哨十只，巡哨高崎、浔尾及圭屿一带，以防海澄诸港。仍檄南澳陈霸、铜山张进为备。又令翁天佑、王秀奇巡视厦门。韩尚亮等师出泉围头，相遇大战。援剿左镇王明同信武镇陈等冲入击，沉船数只。林顺又合攻，尚亮急退，泊围头。贝勒闻尚亮失利，亦率诸船而出，寄碇于围头。是夜忽狂风大作，凡满、汉配在船者，咸受颠播之苦，眩晕颠倒，支持不住，每迫舵工拢船近岸。舵工告以海船不比河船；况明日就要打仗，所有杉板业都佩起。今如此波浪，虽放得杉板，亦拢不得上岸。看风若稍止，自然无眩吐之苦。既而风愈狂，大雨又淋漓，涛浪滔天。船不成，或断碇者，或拖碇者，声遍海上，各为飘散。船相触，损坏过半。天曙，回南方定，贝勒乃率韩尚亮等而退。时有船被风飘出金、厦各岛，被获见成功，功令割其耳鼻、断其手掌，差船渡过沿岸放回。盖欲压其嘉禾断人种为断人掌之谶也。
贝勒遭风打回，船只损坏，而厦门一时不能急攻。正在烦躁，有为其说者曰：金门白沙寨，系国姓胞叔鸿逵筑隐之处，积蓄甚多。可统舟师，乘其无备，抢夺其寨；则金门难守，厦门自孤矣。贝勒大喜，令王进功为帅，督舟师出攻。进功恐泄其谋，传诸将曰：此去攻打白沙寨，将士各宜用力争先。如得此寨，其中子女玉帛，咸锡尔等；若不用命者，斩！将士得令，个个欢悦，旧跃上船，扬帆出港。甫到洋中，适遇洪旭领船巡哨，遂相迎敌。又遣快哨飞报成功，功令林顺、杨祥、陈斌、黄昌、陈等、蓝衍、杨祖八镇出援。进功甫与洪旭酣战之间，忽见贼艘齐至，恐被所困，随挥诸船退入泉港。
五月，黄廷等至碣石卫，攻苏利。利据险坚壁，廷因粮匮回师。
六月，成功集文武会议揭阳败绩：以苏茂擅自出兵，不听郭遂第之谏，以致黄胜、林文灿诸军覆没，应以失机论罪当死。苏茂斩首示众，责杜煇戴罪立功，罚黄梧铠甲五百领。擢周全斌为先锋镇，郭遂第（改名为华栋）为后冲镇。拨黄梧入守海澄代王秀奇，出厦门议事。茂因纵施郎，成功侦知，久蓄于怀，欲杀之而无由。今偶有揭阳之失，借此斩之。诸将士不知其故，咸有微言曰：论茂揭阳之败，无非天意；岂战之罪？虽不从郭遂第之言，其气可以吞敌，何至于死？况茂战功难以枚举，非他人所可比。藩主如此旅行，岂不令人寒心？成功知众心不服，即令厚殓设灵，养其妻孥。自作祭文，遣礼官陈瑞龙（瑞龙字仁孝，湖广武进士，原铜山参将，官至都督，依成功，卒于厦门）致祭。其文曰：维永历十年四月望越二十有七日，遣礼官陈瑞龙谨以柔毛牲仪，致祭于统领左先锋镇苏提督之灵曰：王恢非不忠于汉，然误国家之计，虽武帝不能为之赦；马谡非无功于蜀，然违三军之令，虽武侯不能为之改。国有常法，余无私恩，断不敢以私恩而亏国法。今废私恩而行国法，卷言酬之，神其格之。哀哉尚飨！于是三军始定。