九月，俞咨皋知杨、马二将阵没，即咨副总兵陈希范刻日进剿。侦卒探报芝龙，龙曰：希范酒徒耳，一鼓破之。遂整船出，相遇于杏仔。芝虎首冲其，豹继之，人莫敢御，范坐潮遁。芝莞、芝豹等合攻，杨六、杨七船不敢前（杨六、杨七系受招之盗，后复叛去，被龙所斩，有刻杨略、杨速者误也）。百户洪应斗四面受敌，势窘发火自焚；百户张选举抱铳赴水死焉。俞咨皋接报，飞调闽安、兴化、永宁、铜山、陆鹅、悬钟、镇海、金门众指挥千百户诸船齐到，听令出师。龙侦知，集诸弟会议。芝蚊劝龙且避粤东。龙曰：咨皋膏粱纨裤，徒读父书，虚有其名。何必远避？芝虎曰：弟愿为先锋。龙许之，整船以待。俞咨皋调军已齐，以指挥张挺桂、千户林盛二人领船各五只为先锋，指挥杨国柱、李应龙、千户吴虎、傅圭各领船五只为合后。咨皋自坐大-船，竖一帅旗，为中军提调。又令指挥黄胜、胡如海、黄庭、李廷圭、千户周之士、何世雄、林勳、姚应科、百户王飞熊，李梦斗等各坐船一只，为中护卫冲锋。以游击商世禄领船五只，为监督接应。调拨已定，择日祭江出师。
芝龙在旧镇，日则差芝虎、芝燕等轮流驾大船十只、快哨二只，于陆鹅将军澳了望。如有敌情，即便飞报。忽厦门细作探俞都督于六月初八日出师。龙即谕诸弟曰：明日此敌，惟王飞熊、林盛、李梦斗三人深识水务，兼有胆略，当先除去！其余碌碌群鸡，不足介意。令芝虎为副将、芝彪驾船十只为先锋。又着芝豹、芝凤、芝豸、芝獬、芝鹄、芝鸾、芝鹗八将，各坐一船，乘夜潮驾出青水墘，然后回头，约明日午时从东椗杀来。又令芝莞、芝麒、芝燕、芝蟒四将，领船各四只，作左右救护。自领芝熊、芝鸾共船六只，居中策应。是夜三鼓，龙统众出泊陆鹅。天明，咨皋大队至，列阵飘扬，炮声振天，烟焰如云。芝虎恃勇，率诸众冲，与林盛、李梦斗等互相攻击。自辰至午，虽各损伤，却未分胜负。芝龙见不能取胜，又望芝豹之船未见影响，无奈亲督船一齐冲入。忽孙雄船被芝熊尾送一炮打沈。咨皋见雄船失，亦催船齐笼围攻。将及酉时，芝豹大已过东碇，闻炮声不绝，顺风潮赶来。咨皋见后面又有贼船将至，急传令与商世禄带领船只分御。世禄奉令，方指挥转舵欲去迎敌，别船诸将不知是要分军，误为退师，各转舵，一时全哄动大乱。咨皋制按不住，被芝虎、芝熊、芝莞、芝燕四将乘虚奋击。王贵、林盛二船发火。芝豹、芝蛟等又从后杀来。皋首尾受敌，兼之潮起风逆，各星散而遁，咨皋亦退。芝龙挥军急追，又连击坏船三只。至浯屿天昏，方鸣金收军。
崇祯元年六月九日，俞咨皋遁入厦门，船不得连，而军失纪律。快哨又报芝龙大队咸屯岛美、浯屿，急传指挥傅圭领船十五只，前去南山边青崎一带湾泊，防其突入。厦门百姓，惊慌逃窜。咨皋亦不登岸，即停船水仙宫前。芝龙至五更水涨，吹角进师，圭整船迎敌。芝虎擂鼓首冲，圭船稍怯。龙乘势趱其大队齐攻，圭大败。皋急催师进接，已无及矣，悉回舵星奔。龙追至海门收军（海澄旧水口），号令不许登岸抢掠，即退出厦门港宿夜。天明，仍将舟师收回旧镇。咨皋走至三叉河停泊，申报欲再大会师合剿。工科给事中颜继祖疏参俞咨皋有曰：郑芝龙生长泉州，凡我内地之虚实，了然于胸。加以岁月所招徕，金钱所诱饵，聚艇数百，聚徒数万。城社之鼠狐，甘为爪牙；郡县之胥役，尽属腹心。乡绅偶有条陈，事未行而机先泄；官府才一告示，甲造谤而乙讹言。复以小惠济其大奸，礼贤而下士、劫富而施贫，来者不拒而去者不追。故官不忧盗而忧民，民不畏官而畏贼，贼不任怨而任德。一人作贼，一家自喜无恙；一姓从贼，一方可保无虞。族属亲故击楫相访，虚往皆得实归，恍若向现任官抽丰。偶或上岸买货讨水，则闾阎市里牵羊载酒、承筐束帛，惟恐后也。真耳目未经之奇变，古今旷见之元凶也。谁酝酿以有今日？则大将军俞咨皋无所逃罪矣。咨皋七尺魁梧，自是将种；奔驰水陆，效有微劳。只因与吴淳夫为儿女婿（淳夫晋江人，庚戌进士，为工部尚书），线索相通，狼狈相依，遂至藐简书如弁髦，视桑梓如秦越。寅招抚之议，实倾贼囊以充私橐，敢于孟浪主张。尔时按臣周昌晋及藩、臬诸臣，多讶其非策。
而旧抚朱钦相怜地方疲困，不乐观兵，姑听其言，收杨六、杨七以为用。岂知抚寇者，必未抚之先，晓以利害、示以兵威，使彼摇尾而乞怜；又必既抚之后，散以原籍、领以保约，使之乐业而安生。而咨皋招之海，仍置之海。首从无分别，商民任劫掠；故今日授抚之职，即明日作贼之人。且也杀人可以不死，家享巨室良田之福，而身被黄盖腰金之贵，人皆有所利而为贼，何所惩而不为贼乎？去年春间，羽书络绎，咨皋抱头三山，趦趄观望。及标船标兵陆续先发，咨皋始出。副将陈希范嗜酒有癖，占风无智。泊舟铜陵之内港，流连杯酌。哨探报警，屈被鞭笞。贼已迫而缆未解，无怪九十余之战舰、千余人之壮丁，尽投烈焰而葬鱼腹也。最可痛者，把总洪应斗、张选举奋不顾身，手刃贼级数十颗。贼以火攻，应斗、选举以火攻贼，贼锋稍挫。奈希范之扬帆远遁，杨六、杨七之袖手旁观，应斗自知不免，发火而自焚死。选举势穷，抱铜铳自沈于海底，有心人咸为流涕。希范既以身免，犹诬应斗以未知着落。天日在上，将谁欺乎？此恤典宜急，以慰忠魂。至抚臣朱之凭严檄杨六、杨七而杳然无踪，咨皋始缩舌无辞。抚臣劾希范并及咨皋，人皆谓二将必伏斧钺之诛。而财神有灵，冰山是倚，白简已入长安，希范尚扬扬自得，仪从鼓吹，放铳开门。咨皋则掩耳偷生，听强寇蹂躏内地，游戏于同安、海澄、石码之间；以至贼突入镇门，离漳郡仅咫尺。非县令曹履泰、刘斯泝卧薪尝胆，保障于外，巡道朱大典发令指挥，弹压于内，斗大孤城，几乎断送；而漳亦岌岌不保矣。闽事尚忍言哉！粤艘不通，岁荒米贵，小民枵腹，莫必其命。而咨皋反委官驾船买谷，名为给食于兵，而实则齎粮于盗，漳民争欲脔其肉而寝其皮。淳夫虽一手障天，曲庇咨皋；而先帝明旨于抚臣疏中，直以攻堡烧船伤兵损将，诘其招抚之效安在，并究其酿祸之责，安所逃罪矣。
后复于按臣疏中专责咨皋，以策后效，偿前失矣。荏苒居诸，于今八月，不闻咨皋有尺寸之树立，岂谓贼稍离汛地，遂可骄语驱除之功乎？贼避北风，非慑咨皋。闽粤辅车唇齿之势，粤危则闽不得独安，贼若再顺风为阵，臣必料咨皋之束手无措。此在咨皋之罢斥宜早、希范之逮问难宽也。疏上，下廷臣会议。俞咨皋即解任，陈希范听处分（后二人咸问斩）。于是芝龙纵横沿海，当事者莫敢问焉。
秋七月；新巡抚熊文灿接泉州府王猷条陈时事称：郑芝龙两次大胜洪都司而不追，获卢游击而不杀；败俞都督师于海内，中左弃城逃窜，约束其众，不许登岸，不动草木：是芝龙不追、不杀、不掠者，实有归罪之萌。今一时剿难卒灭，抚或可行。不若遣人往谕退船海外，仍许立功赎罪。俟有功日，优以爵秩。文灿即批巡道邓良知酌议。良知接批；即传王猷问曰：贵府所详招安郑芝龙一事，抚台业已批下，着本道酌议，遣人招安。但查旧按前道系差黄昌奇去的，今者昌奇已死，不知欲差何人？猷打恭曰：卑府此详，原有其故：前日卢游击被获，郑芝龙业将衷曲一一吐告。迨后历观芝龙行事，实有受招之意。今剿既不能行，日见猖獗，将为东南所患，故卑府详请。今抚宪既批允，以卑府管见，还该令卢游击去的，其事方济。良知曰：贵府所言诚是。但卢游击此时在省候旨，如何得去？猷曰：须宪台禀请，一可以救援卢游击之危，二可以造生灵无数之福，一举两得。良知是之，随飞禀巡抚文灿。文灿接良知禀，内称：芝龙就招意既已吐露于卢游击之耳，今可着其前去。成功之日，许赎前罪等语。文灿立调卢游击面询曰：卢毓英！查汝履历，屡建劳勳，堪称宿将。为何反遭此小寇所获？英禀曰：罪弁奉令出征，敢不竭力？奈郑芝龙年少猛勇，船只最坚牢。毓英所统军士，未经战阵，一见即溃，故罪弁独力难支，所以被获。此等情由，还求宪天救援。文灿曰：今有泉州王知府详文招安，巡道禀请委汝前去。若能招安芝龙，本军门自为汝救解。英曰：招安芝龙，固是不难；但芝龙以前抚未加官爵，恐遭势宦凌辱，是以逸去。
今欲再去招安，若无官爵，恐不能服芝龙之心。宪天为国为民，必须酌议妥当，庶罪弁好去。文灿曰：芝龙不过一小寇耳，欲加大职，难以题请；若与之职小，他未必如意。毓英曰：凡事当相经权，苟有利于社稷，春秋许之。今日招安郑芝龙，不但安民生，且为国家得人用。文灿曰：本军门给尔令牌，前到泉州与道府相议，酌量而行。毓英叩谢，出领文牌。下泉州，先见知府王猷，致谢提拔大恩，次及招安事。猷曰：将军此去，自然成功。英曰：芝龙自然受招。第去招抚尚有一事最要者未妥。猷曰：请明其说。英曰：前见抚台，弟亦面陈，若无官职，难买芝龙之心。抚台着弟前来与公祖并道尊商量。猷曰：弟前文业已详明，着其退师海外，将功赎罪。俟有功之日，另优以爵秩。况今李魁奇（有刻李芝奇者，误也）。并了陈衷纪，杨六、杨七叛去（有云杨禄、杨策者，误也），肆行乌洋，褚彩老劫掠沿海，刘香老扰害惠、潮及南澳地方。将军此去谕其招安，擒灭诸盗，抚台自然特本加以重爵，为朝廷股肱。岂不胜于游荡波涛乎？英曰：公祖所谕极是，足以服芝龙之心。遂随王猷谒巡道。猷入，将所议招安始末陈明。良知大喜，立传毓英。英谢救援毕，良知曰：抚台发文前来与本道同知府商议，王知府所回之话甚然有理，汝可前去。事妥之日，本道自然申请为解前愆。英曰：今日得起白骨而肉者，皆老大人之赐，世世衔结！遂辞起身，竟往旧镇。先差人通知芝龙，龙随遣芝鹏引接到船，各相致意。龙曰：今日何幸得将军驾临，实慰芝龙素愿。英曰：弟老而无能，前荷将军不杀。回到中左，被俞都督申报失机。迩蒙泉州王府尊详请抚台，抚台委弟前来招安。业将将军衷曲一一剖明，甚是欢喜。着将军退师海外，立功之日，定然保题，决不负将军归诚之意。龙拱谢曰：此皆将军游扬之德，异日自当厚报！须烦将军婉回，通行各处，庶使将士便于采买粮食。英曰：此自然之理。但将军亦当严饬诸人，登岸毋得放纵，以累名誉。龙曰：谨受大教。尽欢而散。