十八日申时，彰义门启，闯贼率群伙而入。帝召阉臣问曰：卿等知外城破乎？曰：不知。帝曰：事急矣，今出何策？俱曰：陛下之福，自当无虑。是夕，帝不能寐，同王承恩幸南宫。登万寿山，望烽火烛天。徘徊逾时，回干清宫。朱书谕内阁命成国公朱纯臣提督内外诸军，夹辅东宫。命进酒，连沃数觥，叹曰：苦我民耳！以太子、永王、定王分送外戚，令妃嫔各自为计。忽报皇太后自缢，帝捶胸悲楚；继报皇后亦自缢。入见公主，叹曰：何生吾家！左手掩面，右手挥剑断其臂而去。少顷，去靴换朱履绫袜，手持三眼枪，出中南门。至朱纯臣第，阍人辞焉，仍回宫。登万寿山之寿皇亭（煤山，宫内深处），咬指出血，书诏于衣袂曰：朕自登极十七年，逆贼直逼京师。虽朕薄德菲躬，上干天咎；然皆诸臣之误朕也！朕死无面目见祖宗于地下！去朕冠冕，以发覆面，任贼分裂朕尸。勿伤百姓一人！遂自缢。太监王承恩亦缢于旁。
城陷，太监王德化率内宦三百人迎自成于得胜门，令仍旧职。时有官民进表云：比尧、舜而多武功，迈汤、武而无惭德之句。自成受朝贺，毁太祖庙。铸永昌钱不成。寻崇祯于煤山，命以双扉舁帝后于东门侧，殓以柳棺，覆以蓬厂，莫有敢哭者。襄城伯李国桢踉跄奔跪梓官前，放声大哭。贼党执桢见自成。桢大哭不止，以额触阶，流血满面，贼众持之。自成好言劝降，桢曰：三事从我即降：一、祖宗陵寝不可发；一、葬先帝后以天子之礼；一、太子、二王不可害。自成允诺，为易梓宫，帝戴翼善寇，衮玉渗金靴；后袍服如之。以丹漆殡帝，以黝漆殡后，葬田贵姬墓侧。桢一人斩衰徒步扶送，葬毕自杀。时自成下令搬仓库，向户部主事范方取仓钥。方怒，令斩方。方神色不变受刑（范方字介卿，号雨雨，泉之同安县高浦所人。辛酉解元。因自成欲向方讨仓钥，方怒目叱之曰：此钥乃朝廷之物，非尔贼所可问者。成怒，斩之。时人嘉之曰：生为真解元，死为真主事）。又拘国丈嘉定伯周奎，三夹不死，搬出银七十余万（先时崇祯令各官助饷，奎以穷对。皇后私出银五千与奎助饷，奎只出三千，其余二千私自肥己）。陈演献银三万、金三千、珠三斗。其余拷掠凌辱者甚众。又胁宁远总兵吴襄（掌中军都督事）写书，遣降镇唐通往山海关招伊子总兵吴三桂。
时三桂守山海关，接邸报，见陕西总督余应桂上疏言曰：贼众百万，非天下全力当之不可。请调左良玉，吴三桂、高杰、唐通、周遇吉、黄得功、曹友、马科、张天禄、马岱、刘泽清暨王国宝、刘良佐、葛汝亮及副将邱磊、惠登相、王光恩、孔希贤、金守亮等会师津定之间。督辅之外，加一督师，如史可法、王永吉其人者，赐以尚方。悬公侯之赏，以鼓励之，庶几可灭之疏（东旭曰：古来命将出师，未有二其权可以成功者也。如唐之裴晋公，宪宗委以都督军外事，予以便宜讨吴元济，故雪夜深入于蔡。宋太祖命曹武惠南征李煜，命之曰：江南之事，一以委卿。故武惠得抒其胸中秘略，遂定江南。故明之坏，限以资格，动以掣肘，如用太监，又用监纪，此辈误人不浅。际此紧急之时，尚欲督辅之外加一督师。噫，苟督辅可用，何必督师？若督师可用，则又何必督辅？故韩信之拜、诸葛之师，未闻尚有别人。宜乎天下瓦碎，上下蒙蔽；大势已去，别无长策，徒有相对垂泣已耳）。吴三桂既见邸报，恐不日旨下，即欲起行，遂操演兵马以俟。后又见一报：廷议山海关重地，若召吴三桂入卫，则山海关谁守？弃地亦非善策。知不果行。迨接三月十九日报：贼陷京师，皇帝死煤山。顿足望南恸曰：庸儒误国至此！谋欲勤王。
四月初二日，唐通至，出其父襄书，并夸奖新命，犒赏银四万两。三桂疑惑未定，通说以运数既终，大事已去，父命当尊。且择木而栖、择君而事，弃暗投明，历代有之；魏征、尉迟，皆名臣良将。史册昭然，非自将军始。桂意颇顺。送通回，自调兵马缓程入京。自成望通不至，疑三桂违命，将吴襄三千余口尽行诛戮。仅走其侄吴勳，中途传襄凶信，三桂悲号切齿，遂驻军。单骑奔辽东，见清世祖章皇帝请师。世祖允诺。即调摄政王、豫王、肃王同洪承畴统八旗兵马，长驱而进，军声大振。
唐通见李自成，言：陛下何杀吴襄之太骤也！通费多少唇舌，说其归降，业已拔营而来。今已杀襄，三桂闻之，岂肯甘心；必定关外乞师，将奈之何？自成令秘之，遣人急促三桂。至中途，侦知三桂已出关求师，遂不敢往，驰回告自成。成忙令刘宗敏、祖光先、谷大成、白承恩等立十二大营于城外，首尾相顾，以备御敌。又令李岩与唐通、李牟等统兵八万迎敌。二十一日，相遇于一片石，通列阵招降。三桂咬牙指通，骂不绝口。参将徐有容出马逼战，通迎敌。未几合，遂被有容刺死。李牟见唐通被杀，飞马出救，被马宝旁射一箭。牟伤额，几乎坠马，贼大败。三桂急飞军追赶。至永平复战，杀贼万余级。李岩丧胆奔回，宗敏等不敢屯营，悉退城内，各自为计，咸无战志。摄政王督诸师环劄城外。
李自成与牛金星、宋献策等相议守御。金星曰：满洲人马强壮，弓矢娴熟，况吴三桂少年猛勇。我师连败两阵，已无斗志。不如暂退陕西，养精蓄锐，再来恢复。今若迟疑，恐变起肘腋，悔之莫及。其侄李过亦曰：丞相之论极是。十个北京，不如俺一个陕西。退守为上策。自成意遂决。二十六日，诛陈演、朱纯臣诸勳戚，空御库珠宝。自成先行，令祖光先、谷大成等断后。
二十八日，大肆掠出城。夜焚五凤楼。清世祖见连胜两阵，又逢初夏，恐马力疲倦，暂传安养。忽见城内火起，哭声轰天，知是贼溃。即令三桂追赶，满兵副之。亲统诸王额真等，分九门入。扑灭余火毕，下令安民。收拾仓库图籍，追谥崇祯为怀宗端皇帝，皇后为烈皇后。吴三桂追李自成至三十里，大杀一阵，夺其辎车无数。谷大成见桂追到，布成阵势。三桂奋勇冲过，大成队乱，被杀。自成闻大成已死，趱军从西北遁去。
桂至定州报捷。京中臣民劝进，于五月初一日拥戴世祖皇帝登极，国号大清，改元顺治元年。封吴三桂为平西王，洪承畴为经略，招抚江南。
但江南诸臣于三月二十五日闻京师陷、帝后殉社稷，齐集魏国公徐弘基第，以太子、二王不知存亡，天下岂可一日无君，议立亲藩讨贼。时潞王、福王、周世孙各避贼淮上，凤阳总督马士英言：福王是万历神宗之孙、泰昌光宗之侄、大行皇帝之兄，伦序当立。可法、大器执不可。屡议未决。四月二十七日，右都御史张慎言、户部尚书高弘图、詹事府詹事姜曰广、吏部给事中李治、河南道御史郭维经、诚意伯刘孔昭、太监韩赞周等会议。可法、大器后至，而孔昭、赞周力主如士英言，遂迎福王于仪真燕子矶。
五月朔，至江南。初四日，监国。御史祁彪佳曰：先受监国，其名极正，使海内闻之，方知无幸位心，示谦让也。今既发丧，宜登大宝，布告天下，为先帝报仇。诸臣与魏国公皆然其议，乃于十五日即位。诏以明年为弘光元年，上崇祯谥思宗烈皇帝。后易为毅宗正皇帝（王讳由嵩，万历第三子讳常洵之长子。附记：礼部尚书余煜上言曰：闻先帝谥思宗烈皇帝，窃以为未妥。按谥法：道德纯一日思，追悔前过日思。先帝英明天纵，神武性生，忧勤十七年，念念欲为尧、舜者也。时遭家不造，乱阶频起；而所用之人，又皆忍于欺君，率致误国，于先帝何咎焉？道德纯一，则似泛；追忆前过，则似讥，于觐扬无当也。且唐、宋以来，从未有谥思者。唯周之思王己则弑君，而弟又杀之。汉之后主闇弱任奸，以亡其国，何足述乎？谥法：有功安民曰烈。今国破家亡，以身殉难，何烈之有？若激烈之烈，又非谥法之谓也。周之烈王、威烈王、汉之昭烈、魏之烈祖宗、唐之光烈帝，未尝殉难也。他日书之史册，将按谥法乎？不按谥法乎？故曰思烈二字举误也。然则谥宜云何？先帝英明神武，人所共钦；而内无声色狗马之好，外无神仙土木之营；汲汲皇皇，临难时，则又慷慨必合国君死社稷之义。千古未有之圣主，宜尊以千古未有之徽称。恨考订古今，未足以奉扬其美，不得已而拟其似，当谥曰毅宗正皇帝。虽于内外宾服，亦未甚切；然先帝懿美及临难一段不负宗社之气，庶足尽之。忻诚伯赵之龙亦言：思非美字）。