融到郡，收合士民，起兵讲武，驰檄飞翰，引谋州郡。贼张饶等群辈二十万众从冀州还，融逆击，为饶所败，乃收散兵保朱虚县。稍复鸠集吏民为黄巾所误者男女四万余人，更置城邑，立学校，表显儒术，荐举贤良郑玄、彭璆、邴原等。璆音巨秋反，又音求。郡人甄子然、临孝存知名早卒，融恨不及之，乃命配食县社。其余虽一介之善，莫不加礼焉。郡人无后及四方游士有死亡者，皆为棺具而敛葬之。时黄巾复来侵暴，融乃出屯都昌，都昌，县，属北海郡，故城在今青州临朐县东北。为贼管亥所围。融逼急，乃遣东莱太史慈求救于平原相刘备。《吴志》，慈字子义，东莱人也。避事之辽东，北海相孔融闻而奇之，数遣人讯问其母，并致饷遗。时融为管亥所围，慈从辽东还，母谓之曰：“汝与孔北海未尝相见，至汝行后，赡恤殷勤，过于故旧。今为贼所围，汝宜赴之。”慈单步见融，既而求救于刘备，得兵以解围焉。备惊曰：“孔北海乃复知天下有刘备邪？”即遣兵三千救之，贼乃散走。
时袁、曹方盛，而融无所协附。左丞祖者，称有意谋，劝融有所结纳。融知绍、操终图汉室，不欲与同，故怒而杀之。
融负其高气，志在靖难，而才疏意广，迄无成功。迄，竟也。在郡六年，刘备表领青州刺史。建安元年，为袁谭所攻，自春至夏，战士所余裁数百人，流矢雨集，戈矛内接。融隐几读书，隐，凭也。《庄子》曰：“南郭子綦隐几而坐。”谈笑自若。城夜陷，乃奔东山，妻子为谭所虏。
及献帝都许，征融为将作大匠，迁少府。每朝会访对，融辄引正定议，公卿大夫皆隶名而已。《说文》云：“隶，附着。”
初，太傅马日磾奉使山东，及至淮南，数有意于袁术。术轻侮之，遂夺取其节，求去又不听，因欲逼为军帅。日磾深自恨，遂呕血而毙。《三辅决录》曰：“日磾字翁叔，马融之族子。少传融业，以才学进。与杨彪、卢植、蔡邕等典校中书，历位九卿，遂登台辅。”《献帝春秋》曰：“术从日磾借节观之，因夺不还，条军中十余人使促辟之。日磾谓术曰：‘卿先代诸公辟士云何？而言促之，谓公府掾可劫得乎？’从术求去，而术不遣，既以失节屈辱忧恚。”及丧还，朝廷议欲加礼。融乃独议曰：“日磾以上公之尊，秉髦节之使，衔命直指，直指，无屈挠也。《前书》有绣衣直指。宁辑东夏，辑，和也。而曲媚奸臣，为所牵率，章表署用，辄使首名，所上章表及署补用，皆以日磾名为首也。附下罔上，《前书》曰：“附下罔上者刑。”奸以事君。《左传》叔向曰：“奸以事君者，吾所能御。”昔国佐当晋军而不挠，《公羊传》曰：“鞍之战，齐师大败。齐侯使国佐如师。郄克曰：‘与我纪侯之甗，反鲁、卫之侵地，使耕者东西其亩，以萧同叔子为质，则吾舍子。’国佐曰：‘与我纪侯之甗，请诺。使反鲁、卫之侵，请诺。使耕者东西其亩，是则土齐也。萧同叔子者，齐君母也，齐君母犹晋君之母也，曰不可。请战，一战而不胜，请再战，再战而不胜，请三战，三战不胜，则齐国尽子之有也，何必萧同叔子为质！’揖而去之。”宜僚临白刃而正色。楚白公胜欲为乱，谓石乞曰：“王卿士皆以五百人当之则可。”乞曰：“不可得也。”曰：“市南有熊相宜僚者，若得之，可以当五百人矣。”乃从白公而见之。与言，悦；告之故，辞；承之以剑，不动。事见《左传》。王室大臣，岂得以见胁为辞！又袁术僭逆，非一朝一夕，日磾随从，周旋历岁。《汉律》与罪人交关三日已上，皆应知情。春秋鲁叔孙得臣卒，以不发扬襄仲之罪，贬不书日。《公羊传》曰：“叔孙得臣卒。”何休注曰：“不日者，知公子遂欲杀君，而为人臣知贼而不言，明当诛也。”公子遂即襄仲也。郑人讨幽公之乱，斫子家之棺。《左传》：“郑子家卒，郑人讨幽公之乱，斫子家之棺而逐其族。”杜预注曰：“斫薄其棺，不使从卿礼。”为其杀君故也。圣上哀矜旧臣，未忍追案，不宜加礼。”朝廷从之。
时论者多欲复肉刑。融乃建议曰：“古者敦庬，善否不别，《左传》楚申叔时曰：“人生敦庬。”杜预注：“庬，厚大也。”吏端刑清，端，直也。政无过失。百姓有罪，皆自取之。末世陵迟，风化坏乱，政挠其俗，法害其人。故曰上失其道，民散久矣。而欲绳之以古刑，投之以残弃，残其支体而弃废之。非所谓与时消息者也。《易》曰：“天地盈虚，与时消息。”纣斫朝涉之胫，天下谓为无道。《尚书》曰：“纣斫朝涉之胫。”孔安国注曰：“冬日见朝涉水者，谓其胫耐寒，斫而视之。”夫九牧之地，千八百君，《前书》贾山曰：“昔者周盖千八百国，以九州岛之人养千八百君也。”若各刖一人，是下常有千八百纣也。求俗休和，弗可得已。且被刑之人，虑不念生，志在思死，类多趋恶，莫复归正。夙沙乱齐，《左传》曰，灵公废太子光，立公子牙，使高厚傅牙，夙沙卫为少傅。崔杼逆光而立之，是为庄公。庄公以夙沙卫易己，卫奔高唐以叛。伊戾祸宋，《左传》，楚客聘于晋，过宋，太子痤知之，请野享之。公使往，伊戾请从，遣之。至则欿用牲，加书征之，骋而告曰：“太子将为乱，既与楚客盟矣。”公使视之，则信有焉。公囚太子，太子缢死。公徐闻其无罪，乃亨伊戾。赵高、英布，为世大患。《史记》，胡亥谓李斯曰：“高，故宫人也。”遂专信任之。后杀李斯，劫杀胡亥，卒亡秦也。《前书》，英布坐法黥，论输骊山，亡之江中为群盗。及属项羽，常为先锋陷阵。后归汉，为九江王。谋反，诛之。不能止人遂为非也，适足绝人还为善耳。虽忠如鬻拳，《左传》：“初，鬻拳强谏，楚子弗从。临之以兵，惧而从之。拳曰：‘吾惧君以兵，罪莫大焉。’遂自刖。楚人以为大阍。君子曰：‘鬻拳可谓爱君矣。谏以自纳于刑，刑犹不忘纳君于善。’”信如卞和，《韩子》曰：“楚人和氏得璞玉于楚山之中，献之武王。武王使玉人相之，曰：‘石也。’王以和为谩己，刖其左足。及文王即位，和又奉其璞，玉人又曰：‘石也。’又刖其右足。文王薨，成王即位，和乃抱其璞而哭于楚山之下，三日三夜，泣尽而继以血。王使玉人攻璞而得宝焉。”《琴操》曰：“荆王封和为陵阳侯，和辞不就而去。乃作怨歌曰：‘进宝得刑，足离分兮。