未及发，敦闻卓于后为变，又遣参军乐道融往邀之。道融忿其悖逆，来梁州，反说卓曰：“王敦使某邀使君同讨刘、刁，而王敦背恩肆逆，举兵向阙，君身受国厚恩，而与之同，生为逆臣，死为愚鬼，不亦惜乎！为君之计，莫若伪许应命，而驰袭武昌，必不战而自溃矣！”卓意始决，遂露檄数敦逆状，率所统大兵十万致讨。
卓又遣参军至广州，约陶侃同攻武昌。侃遣参军高宝，率兵二万北下。时武昌城中传卓军至，人皆奔散。
敦闻谯王丞檄卓，侃攻己，大怒，乃遣魏义率兵二万，来攻长沙城。时长沙城池不完，仓储又缺，人情震恐，诸将说丞曰：“今城池不完，兵甲不坚，粮草不敷，人心不固，何以迎敌？不若去投陶侃，或退据零、桂为上也。若沉吟，死无葬身之地矣！”丞曰：“吾之志欲死忠义，岂可贪生苟免，为奔走之将乎？事之不济，令百姓知吾心耳！”乃婴城固守。魏义攻城，虞望率众出战，大败而死。城中甚急，甘卓知之，使人遣丞书劝之，且云：“当以兵出沔口，截敦归路，则湘围自解矣。”丞即复书与卓曰：“足下能卷甲电赴，犹有所及，若其狐疑，则求我于枯鱼之肆矣！”卓不能从之，丞只得固守湘东。
尔时，元帝封子司马翌为琅玡王，命其领兵出守城池。
却说赵王刘曜，自以兵十万，去击杨难敌。难敌率众拒迎，与曜逆战，曜不胜，乃退保城池，绝难敌粮道。难敌只得遣使称藩于赵，赵王曜许之，以杨难敌为武都王，而难敌自此归赵，于是曜令退兵还长安。
却说赵秦州刺史陈安率众入长安，求朝于曜，曜恐其人为乱，乃疾辞不与入见。安大怒，大掠而归。陇上氐羌人皆附之，有众十余万，自称凉王。赵王曜便使呼延晏及鲁凭二人引兵出追，被陈安获之，安招其降，二人不屈，安命左右斩之。
王导待罪于阙下
元帝闻王敦兵将至，使人征戴渊、刘隗领兵入卫建康，二将皆应命而至。帝使百官出迎于道，刘隗岸帻大言，意气自若，与百官刁协等入朝元帝，君臣礼毕，隗、协平身。帝曰：“王敦作逆，故召卿等还迎王敦。”是时刘隗、刁协大惊，急奏曰：“王敦作逆，其弟王导并家属数百人，今在建康城内，若敦兵至此，导必为内应，不如先诛王导等族众，然后以兵去迎。”
帝曰：“容朕三思后行。”隗、协见帝不许，心中愈惊。
司空王导闻兄王敦作乱，见刘隗、刁协奏请尽诛王氏，心中大恐，乃率其从弟中领军王遽、左卫将军王廙、侍中王侃、王彬，及宗族群从昆弟子侄二十余人，每旦诣阙待罪。值仆射周顗入朝，导呼仆射谓曰：“伯仁，吾以百口累卿，望速救耳！”顗直入不顾，而见帝奏曰：“司空王导闻兄王敦谋逆，今领兄弟宗族二十余人，阙下待罪。臣见王导平素忠诚，必无叛心；若与敦私有异志，安肯身留建康自陷也？望陛下看其草创之功，以赦如今无贰之愆！”帝曰：“朕亦思王导无叛之意，可原其心。”纳其言而赦之。周顗先是饮酒而入，及辞出还未醒。当周顗见纳其奏即出，王导犹在阙前待罪，见顗出，又呼而问之，顗不与言，顾左右曰：“今年杀诸贼奴，取金印如斗大，系肘后。”言讫即出，乃使人上表，明导无罪，言甚切至。
王导不之知，而心甚恨之。
元帝又见周顗上表，乃下诏赦王导等二十余人无罪，赐朝服，召入朝见之。导稽首奏帝曰：“贼臣逆子，何代无之？不意今日近出臣族。”帝下殿执导手曰：“茂弘，朕方寄卿以百里之命，安忍罪之？”于是君臣惠爱如初。
三月，帝以王导为前锋大都督，以戴若思为骠骑大将军。
诏曰：“王导以大义灭亲，可以之为安东时节假之将军。”又以周顗为尚书左仆射，王遽为右仆射。
次日，帝乃命刘隗、刁协、戴若思等领军去迎。将军周札，素爱俭好利，帝使刘隗领兵屯金城，使周札屯石头城，二人领诏去讫。
时，敦军至石头，欲先攻刘隗，杜弘谓敦曰：“刘隗死士多，未可易克；周札少谋，兵不为用，攻之必败，札若败，则隗走矣。”敦从之，使弘为前锋将军，以军二万先攻石头。周札果开城门纳弘，弘军一涌而人，于城屯祝于是王敦入据石头，叹曰：“吾不得复为盛德事矣！”谢鲲曰：“何为其然也？但使自今已往，日忘日去耳！”
元帝闻石头失守，诏命刘隗、刁协、戴渊、周顗、王导等分头接战，于是协、隗、渊等领兵来石头挑战。
王敦闻探事人回报，王导为都督骠骑大将军，总领诸军事；又令刁协、刘隗、戴若思领兵十万前来迎敌。自令军马将到石头。敦忙唤周抚、邓岳二人，整军马去战，于是二人以军出城排阵。是日两军相遇，刘隗出马，大骂：“王敦，朝廷何负你，故敢谋反？”周抚大怒，拍马出战，更不打话，挺枪便刺。
刘隗以刀来迎，二人交战，战到二十余合，隗敌周抚不住，走回本阵。戴若思忙持刀接住周抚交战，战三十余合，不分胜负。
邓岳见周抚赢不得若思，亦拍马抡斧冲出阵，帮护周抚。三人在垓心交战，战不过五合，若思敌不过二人，勒马便回本阵，被王敦麾兵一击，杀得晋兵大败，抛戈弃鼓，倒旗失金，乱溃奔走，各自逃生。王敦等连追数十余里，方始下令，收军还城。