史说祖纳，字士元，乃祖逖之兄也。幼有操行，能清言，文义可观。性至孝，少孤贫，常自炊爨以养母。时王敦闻之，乃使人遣其二婢，代奉养母，辟为从事中郎。时人戏之曰：“奴价倍婢。”纳应之曰：“百里奚何必轻于五羊皮耶？”王敦既为相，以为军谘祭酒。时纳好与人弈棋，王隐言之曰：“禹惜寸阴，不闻棋数。”纳对曰：“以忘优耳？”隐曰：“古人遭逢，则以功达其道，若其不遇，则以言达其道。君少长五部，游宦四方，华裔成败，皆当闻见，胡不记述，而有裁成？何必忧围棋而后忘忧也？”于是纳不复下棋。旦日入朝，乃奏于帝曰：“自古小国之有史官，况于中华安可不置？”帝纳之，使纳修晋史。
其弟平西将军祖约，领军镇守豫州，不能驭众，边地多叛。
闻长城戴洋善风角，有才识，使人召至，以为中兴军。永昌元年四月庚辰，有大风起自东南，飞砂折木。洋出闻之，人谓约曰：“今年十月，必有贼狱治罪到谯城，将军宜防之。”约未应，当主簿王振言曰：“天道高远，岂人先知？今戴洋妄造谣言，扇惑民心，宜以洋收狱治罪。”约从之，乃命左右执戴洋收狱治罪，不得与食，待其自死。于是左右执洋入狱中，连绝食五十日不死。左右与说话，言语如昔，左右人报知，祖约曰：“吾知其有神术，安能害之？”乃赦其出，即骂王振曰：“你进谗言，险害神人！”令左右执振斩之，洋急救曰：“若杀此人，臣请归山。”约曰：“振昨日曾诉君于我，何反救之？”
洋曰：“振不识风，非有夙嫌，振往时垂饥死，洋养活之，振犹尚遗忘；夫处富贵而不弃贫贱者，固其难矣！”约义而释之。
却说王敦在石头，闻卓起兵大惧。时卓兄子甘印，为敦参军，敦乃遣印归说卓，使旋军。卓虽慕忠义，而多疑少决。及印至说，犹豫逗留；及闻戴渊、周顗死，流涕谓印曰：“吾之所忧，正为今日。若径据武昌，敦势逼必劫天子，以绝四海之望，不知更思后图。吾据敦上流，敦亦不敢复危社稷也。”于是即令旋军。乐道融曰：“今公兵断彭泽，使敦上下不得相赴，其众自然离散，可一战擒敦也。将军起义兵而中止，窃为将军不取也！”卓不从，道融忧愤而死。卓本宽和，忽更强塞；径还襄阳，意气骚扰，识者知其将死也！
王敦既得志，改易百官及诸军镇，惟意所欲。将都武昌，谢鲲曰：“公若朝天子，使君臣释然，则物情相和悦服矣。”敦竞不朝而去，四月竟还武昌。
湘州谯王死忠义
却说魏义攻湘州，百日拔之，义兵人城，执谯王司马丞囚之。又执虞悝子弟于市曹，子弟皆对之号泣，悝曰：“人生会当有死，今一门为忠义之鬼，亦复何恨？”言讫，被杀之。义既得湘州，遣人以槛车送丞往武昌，主簿桓雄、僚佐韩阶、从事武延皆毁服为僮，从丞不离左右，义见雄姿貌举止非凡，惮而杀之。
时，王敦闻魏义执丞送至武昌，乃使弟王廙先候于道，将丞杀之，不与入武昌，恐人议论。丞既被害，韩阶、武延二人收殓。送丞丧至都，葬之而去。
五月，却说甘卓既班军回镇，悉散细作。其家人皆劝曰：“今王敦贼臣，意在图谋社稷，而忌公居上流，故不敢行也。
既还武昌，必有害公之心，岂可散兵释戎而不为备也？宜三思之！免累及族。“卓不从。
王敦还武昌，深恨甘卓。阴使人持书，命襄阳太守周虑攻卓，虑承敦旨，乃点军三万，来袭甘卓。卓无备，措手不及，被袭杀之。使人传首于敦，敦大喜，重赏来使，以从事代卓镇江中。敦既得志，暴奸滋甚，四方贡献，多入其府，将帅州牧，皆出其门。以沈充、钱凤为谋主，二人所谮，无不死者。
却说郗鉴在邹山二年，有众数万，战争不息，百姓饥馑，为后赵王勒不时遣将率兵所逼，于是引众退屯合肥。仆射纪瞻以鉴雅相清德，宜从容台阁，上疏请帝征之，于是元帝遣使征鉴，拜为尚书。鉴始入朝时，徐兖间诸坞多降于后赵王，赵王置守宰而辅之。
十月，却说祖逖既卒，后赵屡遣支雄、桃豹寇河南，拔襄城，城拔，又率众围谯城，祖约不能御，退屯寿春，雄、豹等遂取陈留。梁、郑之间，复骚然矣。初，戴洋以风角占十月当有寇至，至是果然。约始信洋占，遂以礼待戴洋矣。
元帝崩太子即位
元帝因王敦作逆，忧愤成病，将笃，乃召司空王导入内，受遗诏辅政。王导入内，嘱曰：“朕自琅玡王得遇卿至此，不幸病笃，谅已难逃天命。朕闻神尧以一旅取天下，吾以天下不能讨五胡，而雪三帝之耻，朕所恨在此，愧见先帝于九泉之下耳。”言讫而昏，徐徐又醒，谓王导曰：“太子笃厚恭谨，可任大事，汝等宜辅佐之，各尽忠义之心，以图灭胡之计，勿少忘焉。”言讫而崩。帝年四十七岁，在位十六年而崩。
帝性简俭冲素，容纳直言。初镇江东，颇以酒废事，王导深以为言，帝命酌，引觞覆之，于是遂绝不饮。有司尝奏太极殿广室，宜施绛帐，帝曰：“汉文集上书皂囊为幔”遂令冬施青布，夏施青练帷帐。将拜贵人，有司请市雀钗，帝以烦费不许；所幸郑夫人，衣无文彩耳。始先秦时有望气者云：五百年后，金陵有王者气。故始皇东游以厌之，改其地曰秣陵，堑其山以绝其势。及孙权之称号，自谓当之。孙盛以为始皇逮于孙氏，四百三十七载，考其替数，犹为未及。元帝之渡江也，乃五百二十六年，真人正应在于此矣。天意人事，又符中兴之兆。太安之际，童谣：“五马浮渡江，一马化为龙”，识者以为吴越当兴王者，是岁元帝与四王司马氏共渡江，帝竟登大位焉。
初，《玄石图》有“牛继马后”之说，故宣帝深忌牛氏，遂以二榼共一口以贮酒。帝先食佳者，而以毒酒鸩其将牛金，而恭王妃夏侯氏，竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云矣。
元帝既崩，司空王导与百官举哀发丧，葬于建平。丧事毕，乃扶太子司马绍登基于太极殿，百官山呼万岁。礼毕，分列两班。改年号为太宁，百官上尊号肃宗明皇帝。群臣皆上贺，帝命光禄寺排宴。宴毕群臣，加封王导为郡公，进位太保，剑佩上殿，入朝不趋，赞拜不辞。导受职谢恩，尽忠王室，竭力辅政。太子即位，尊所生母荀氏为建安君。