钱塘自丙戌正月至三月，各营皆西望心碎。王之仁上疏监国，言‘事起日，人人有垐直取黄龙之志。乃一败后，遽欲以钱塘为鸿沟。天下事，何忍言！臣今日计惟有前死一尺，愿以所隶沉船一战。今日欲死，犹战而死，他日即死，恐不能战也’！三月初一日，清兵驱船开堰入江。张国维命之仁统水师从江心袭战。是日东南风大起，之仁扬帆奋击之。国维督诸军渡江，会隆武使陆清源赍诏至江犒师。马士英唆国安斩之，且出檄文数隆武过。国维曰：‘祸在此矣’！四月，杭州固守，坚不可克。鲁王议抽兵属国维西征；以礼部尚书余煌兼兵部尚书事，督师江上。清朝贝勒王屯兵北岸，以江涸可试马，用大炮击南营，碎方兵中厨锅灶。国安曰：‘此天夺吾食也’。更念隆武曾以手敕相招，入闽必大用，即不支，便道可退入滇、黔。五月二十七日夜，遂拔营走至绍，陈兵劫监国南行。二十八日，江上诸师闻报俱溃。郑遵谦携赀入海。二十九日，惟王之仁一军尚在，将由江入海。国维与之仁议抽兵五千，分守各营。之仁泣曰：‘坏天下事者非他人，方荆国也！清兵数十万屯北岸，倏然而渡，孤军何以迎敌？之仁有船可入海，公兵无船，速当自为计’！国维乃振旅追扈监国。礼部尚书余煌大张朱示，尽启九门，放兵民出走毕，正衣冠赴水死。六月初一日，清兵渡江。国维行次至黄石岩，方、马、阮兵断所过桥，桥下刻大字二行云：‘方马至此，止□兵往前行’。国安、士英决计献监国为投降计，乃遣人守监国。守者忽病，监国得脱，登海舶，传命国维遏防四邑，遂过东阳，治兵再举；时六月十八日也。二十五日，清兵破义乌，众劝国维入山。国维曰：‘误天下事者文山、叠山也，一死而已’！二十六日，清兵至七里寺。国维具衣冠，南向再拜曰：‘臣力竭矣’！作绝命诗三章，自述曰：‘艰难百战戴吾君，拒□辞唐气厉云。时去犹为朱氏鬼，精灵当傍孝陵坟’。念母曰：‘一瞑纤尘不挂胸，惟哀耋母暮途穷。仁人锡类能无意，有殁衔恩结草同’。训子曰：‘夙训诗书暂鼓钲，而今绝口莫谈兵。苍苍若肯施存恤，秉耒全身答所生’。
从容具衣冠，赴园池死。兴国公王之仁载其妻妾并两子妇、幼女、诸孙尽沉于蛟门下，捧所封敕印北面再拜，投之水。独至松江，峨冠登陆，百姓骇愕聚观。之仁从容入见内院洪承畴，自称仁系前朝大帅，不肯身泛波涛，愿来投见，死于明处。承畴优以礼，命薙发，不从。八月二十四日，就戮西市。兵部侍郎陈函辉哭入云峰山中，作绝命词八首云：‘生为大明之人，死作大明之鬼。笑指白云深处，萧然一无所累’。‘子房始终为韩，穆叔生死为鲁。赤松千古成名，黄蘖寸心独苦’。‘父母恩无可报，妻儿面不能亲。落日樵夫湖上，应怜故国孤臣’。‘臣年五十有七，回头万事已毕。徒惭赤手擎天，惟见白虹贯日’。‘去夏六月廿七，虚度一年世法。但严心内春秋，莫问人间花甲’。‘斩尽一生情种，独留性地灵光。古衲共参文佛，麻衣泣拜高皇’。‘手着遗文千卷，尚存副在名山。正学焚书亦出，所南心史难删’。‘慧业降生文人，此去不留只字。惟将子孝臣忠，贻与世间同志’。又昨自祭文一、埋骨记一，从容笑语，扃户自经死。礼部侍郎王思任不食死。太仆少卿陈潜夫偕妻孟氏、妾孟氏，夫妻姊妹联臂共沉河死。兵部主事叶汝〈艹〈木亘〉〉与妻王氏同溺死。兵部主事高岱绝食死，子诸生高朗赴水死。通政使吴从鲁不薙发死。原任山西佥事郑之尹沉水死。诸暨诸生方炯、山阴诸生朱玮赴水死。萧山诸生杨雪门自缢死。医生倪舜年正襟危坐磁缸内，命人掩覆，朗声诵佛死。
清兵至金华，大学士朱大典固守，攻月余不下，用红衣大炮破之。大典合门纵火焚死；其子师郑邠，武进人，亦死。总兵张鹏翼守衢州，标下副将秦应科内应，城破，鹏翼及乐安王、楚王、晋平王皆被杀。督学御史王景亮被执，不顺遇害。马士英、阮大铖等犹拥残兵，数请入关，隆武以其罪大不许。马士英遁至台州山寺为僧，随为清将搜获。阮大铖迎降，贝勒随令内院办事。方逢年、方国安及刑部尚书苏壮等俱薙发投顺。
是时旧抚田兵及方兵、郑兵，号三家兵，或离或合，逶迤而南；所至劫掠，或挟妇女坐山头，呼卢浮白，漫衍岭界者四、五日。后关门无一守兵，亦无一敌兵，寂如也。又数日，清骑数十，从容过岭。然清兵入闽，或由建、或由汀、或由福宁，俱走山谷间道出不意，不必仙霞也。溃兵先奔者，焚掠为食。至建宁，科臣黄大鹏、按臣郑为虹闭城发仓米库银以犒，欢呼而去，一郡独全。八月十七日，清兵至浦，百姓请出降，为虹不可。再请行，为虹又不可。未几，清兵至，拥见贝勒。众迫跪，为虹不屈。贝勒嘉其节，不忍杀，且劝薙发。为虹曰：‘负国不忠，辱先不孝。忠孝俱亏，我生何用？宁求速死，发不可断也’。明日复召见，责输饷。为虹谓‘清白吏何处可得金’？百姓争欲代输，赎以不死；为虹以民穷财尽，持不可，喷血大骂。贝勒下令斩之，为虹大喊奋跃，夺刀自刺胸不死，遂见杀。大鹏同日殉难。为虹义仆陈龙，与标下中军游击原□、浦城千户张万明及子都司张翘鸾、都督洪祖烈从死。百姓为之祠焉。
隆武自芝龙去后，乃定计幸赣。八月二十一日启行，犹载书十车以从，二十四日抵顺昌，闻清兵已及剑津，且踵至，仓皇骑而奔，从行者止何吾驺、郭维经、朱继祚、黄鸣俊数人。已而，何与郭亦散去。
清兵至顺昌，搜龙扛，得马士英、阮大铖、方国安父子、方逢年连名请驾出关为内应疏，在已降后。大铖方游山，自投崖死，仍戮尸。士英等三人骈斩延平城下，家眷百余口悉给赐兵丁。
清兵过延平而东，独陈谦之子帅数骑追驾，为其父报仇，及于汀州。时隆武将入赣，因停一日，曝龙凤衣，是以及于难。并擒曾后及护驾官朱继祚、黄鸣俊，械至福州。贝勒斩隆武及后于市。继祚勒致仕，旋为乱兵所杀。鸣俊许授五品官，以老疾辞免。礼部尚书曹学佺、通政使马思理俱缢死。别遣李成栋、韩固山略定兴、泉、汀、邵、漳州等处。九月初八日入泉州，德化知县陈元青迎降。大学士蒋德璟绝食死之。十五日，至汀州。十月十九日，入漳州。漳州道傅从龙、知府金丽泽以城降，皆仍旧职任事。不三日，乡兵起，杀从龙、丽泽。
初，清兵未至泉州，郑芝豹先至，闭城门大索饷，皆计乡绅家财勒取。不应，即枭首，至缚亲家母于庭，抵暮得数万。又具火手五百，将尽焚城中宫室，以饷未足，迟至明日。俄报固山兵将至，乃奔安平。芝龙保安平，军容烜赫，战舰齐备，炮声不绝震天地。以前遣洪、黄之信未通，犹豫未敢迎师。又自恃先撤关兵，无一矢相加有大功，而两广素属部下，若招两广以自效，闽广总督可得，犹南面王也。贝勒令泉绅郭必昌与芝龙最厚者招之。芝龙曰：‘吾非不忠于清，恐以立王为罪耳’。会固山兵逼安平，芝龙怒曰：‘既招我，何相逼也’！贝勒闻，乃切责固山，令离安平三十里勿驻军。而遣内院二人持书至安平，略曰：‘吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力；力尽不胜天，则投明而事，乘时建不世之功，此豪杰事也。若将军不辅立，吾何用将军哉！且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾所以欲将军来见者，欲商地方人才故也’。芝龙得书大悦。其子弟皆劝芝龙入海，鱼不可脱于渊，不愿降。而芝龙田园遍闽广，秉政以来，增置庄仓五百余所，驽马恋栈，遂进降表。过泉州，大张播告，夸投诚之勋；犹持贝勒书，招摇得官者就议价。十一月十五日，至福州，朝见贝勒，握手甚欢，折箭为誓。遂命酒痛饮，饮三日，夜半忽拔营起，遂挟之而北矣。从者五百人，皆别营不得见，亦不许通家信。芝龙对面作家书数封，皆嘱无忘清朝大恩语。而谓贝勒曰：‘北上面君，乃龙本愿；但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何’？贝勒曰：‘此与尔无与，亦非吾所虑也’。
芝龙既行，郑彩、郑鸿逵、郑成功皆率所部入海，张肯堂、沈犹龙等亦往舟山依鲁王，芝豹独奉母居安平。芝龙至京陛见，奉朝请。秋，郑彩、郑成功复又杀掠漳、泉诸县，皆破之，汀、邵并乱；据建宁，闽邮为阻。
戊子夏，清兵再入闽破建宁，屠之，直抵漳、泉，郑兵皆遁入海，至今沿海诸郡犹未得宁。