〔七月〕丁卯，福建巡抚都御史涂泽民、巡按御史王宗载劾奏行都司佥书、署都指挥佥事傅应嘉受贿纵海贼吴平，罪当斩。上命即其处会官斩之。
辛未，广东盗曾一本以六月十一日寇省城，拒伤官军于赤湾、东灞等处，杀听调知县刘师颜；抚、按以闻。得旨：‘切责总督张瀚，令亟率镇、巡等官悉力剿贼，以安地方。总兵俞大猷、郭成姑令住俸，立功赎罪。参将魏宗瀚、王如澄、把总俞尚志、朱相下巡按御史逮系至京问’。
〔九月〕壬申，广东巡按御史王同道核上海寇曾一本犯省城守臣失事状，总督张瀚亦具疏自劾。上以瀚任浅，姑令策励自效；夺守巡佥事周舜岳、参政谢鹏举及领哨都指挥白翰纪等俸三月，都指挥黄应甲、来熙、布政使熊汝达等俸二月；指挥赵升等下巡按御史逮问。
〔乙亥〕，总督两广军务侍郎张瀚会巡抚广东都御史熊桴奏：‘广东山寇七十二巢、海寇四种，而林道干、曾一本最为陆梁；不一大创之，恐岭南之乱终不能已。谨列具其事如左：一、申谕各官兵：凡陆地战胜者，擒、斩仍依常格；若海上战胜者，擒贼一名即赏银四两、斩首一级银二两，冲锋虽无首级而能夺获一舡者一百两。其能斩获曾一本、林道干首恶者加赏银一千两，生擒者三千两，仍升实授一级。其兵卒临阵退缩者，即斩首以徇；将领逗遛观望如魏宗瀚、王如澄者，宜首正国法：以示劝惩。一、总兵郭成长于陆战、俞大猷长于水战，宜分地责成，俾无推诿；而分守惠潮及雷琼廉参将，宜函行处补。一、全广有官兵、乡兵、狼兵、募兵、抚兵，又加以闽、浙之兵，多而不精，何以应率？近置水寨六所、练兵同知六员。宜候造舡剿贼之后，将舡兵分配六寨，有事听调、无事听练；同知不许谋管印信，把总不许他委避难。而巡海、海防、海南、海北兵备四道各给敕书，委以训练之责，视其勤惰而赏罚之。一、惠、潮之间百姓伤残特甚，或逃、或叛，里社为墟。乞将嘉靖四十三年以后带征起存钱粮，暂行停免；其被患尤惨者，臣等量行赈恤：庶孑遗之民犹有更生之望而喜于自新’。兵部覆议，从之。其议处分守一事，桴则恐侵总兵之权，欲以把总代之；瀚则谓雷、琼、廉所属地方辽远，又琼州孤悬海外、岐黎叛服不常，非参将不能弹压。上两是之，诏裁革惠潮参将耿宗元，而以浙江把总潘吉调补惠潮如桴言、以宗元补调雷琼廉如瀚言。
〔十月庚辰〕，广贼曾一本等突至南澳，窥福建玄钟界；抚、按官涂泽民、王宗载疏请大征。上命两省镇、巡官协力夹剿，务期荡灭；不得彼此推诿，以致滋蔓。
〔癸未〕，升赏福建南澳、牛山等处有功官军陈伯秀等二十七人。
〔十一月己巳〕，广东巡抚都御史熊桴请会福建巡抚大剿海寇曾一本，并乞令川、浙亟偿旧贷广中军饷银两以济大征之用。兵部覆奏，上是之。命两省督、抚诸臣将领遵照前旨刻期会剿，以靖地方；川、浙原贷银两，兵部即会同户部各遣官守催解发，不许迟误。
〔十二月辛卯〕，福建巡按御史王宗载奏：‘十月中，福建海贼夜袭入大金千户所城，焚掠而去’。上命夺分守参议李纪俸一月，本所掌印及守门等官俱下巡按御史逮问。
·〔隆庆三年正月乙卯〕，论闽、广剿寇功，赏福建巡抚涂泽民、总兵李锡银三十两、纻丝二表里，两广总督张瀚、广东巡抚熊桴、总兵郭成各银二十两、一表里；参将蒋元勋、蒋伯清而下，各赏银有差。先是，二年七月中，海寇曾一本突犯福建界；官军出海迎击于柘林、盐埕及马耳澳等处，大破之：前后擒斩七百人，死水火者万人。至是，事闻；兵部请大破常格——先给赏而后行勘，以劝边臣用命者。上从之。
〔二月壬辰〕，兵部覆南京湖广道御史尹校等条陈广东用兵事宜：一言将士玩寇，乞责实效以期剿灭。一请令广东巡抚坐镇惠、潮，两广总督暂驻广省，原设神威兵备专驻潮州兼管漳、泉官军，便于调遣夹击。一言闽兵通贼，必不可用；乞练土着或调浙兵用之。一言广东方造舡于闽，日久未成；成则取道贼所，虑有不测：宜谨伺之。一言波罗海乃省城门户，宜增兵分哨以固内地。得旨：如议行。
〔三月戊申〕，兵部覆都给事中张卤奏“请申明闽广巡按、纪功御史职掌”：‘每当用兵，以调度机宜责之巡按，以随军按录功罪责之纪功；俱不令兼制。差期，俱以一年而更。又玄钟参将当令兼摄漳、潮交会地方，以兵往来黄冈、柘林、大城、南澳间，而严盗卖火药之禁。其有奸民与贼通者，本犯凌迟，全家处斩；比邻不举者，谪戍’。上命如议行之。
庚戌，录闽、广协剿海寇吴平功，命原任巡抚都御史听调汪道昆候缺推用、升福建总兵戚继光右都督，各赏银、币；升前海道右参政周贤宣等俸一级，仍与把总胡世等各赏银有差。
戊辰，海贼曾一本勾引倭寇犯广东，破碣石、甲子诸卫所，官军御之无功。雷琼参将耿宗元御下素严，及是声言欲斩败将；周云翔、廖凤、曾德久、廖廷、相云翔等大惧，乃谋作乱。会宗元阅兵于教场，云翔等忽鼓噪跃起，手刃宗元、执通判潘槐以叛，遂与贼合。已而潘槐自贼中诱擒廖凤，献之巡抚都御史熊桴所：桴具以闻。给事中张卤因劾桴解纷无略、抵饰虚词，而原任总督张瀚候代未行、坐视不省，及总兵郭成逗遛潮阳、按察司副使张子弘监督无状；乞并议罚。得旨：‘瀚降一级听用；桴等俱住俸，戴罪剿贼’。
〔五月辛亥〕，初，广东叛将之杀耿宗元亡入贼巢也，贼屯兵平安山、大峒等处，入掠海丰县，从鹿境渡河。会总兵郭成等方率兵进剿，而南赣巡抚张翀亦遣参将蔡汝兰等兵至；于是共趋大浦白云屯以入平山，夹攻之。凡月余，各部共擒斩一千三百七十五人——内生擒真倭酋丘古所一人，从倭一百余人，夺归被虏通判潘槐而下六百余人；叛将周云翔溃围出走，成部卒擒之。捷闻，上命先赏，蔡汝兰而下兵部议功。至是，部言：‘郭成、蔡汝兰执讯获丑，张瀚、熊桴运筹制胜，张翀救灾恤邻，其功俱宜先叙；而藩臬有司官张子弘等、坐营守备李峨等二十四员并其余获功官兵，乞行纪功御史勘奏。丘古所及周云翔等即令枭示，以正国法’。得旨：‘张瀚复原职听用，熊桴等俱开俸；桴仍与郭成、张翀各赏银三十两、纻丝二表里。余悉如议’。
〔乙卯〕，升赏福建南澳等处地方获功阵亡、被伤官军民兵胡世等五百九十九人。
六月癸酉朔，总督两广、福建军务都御史刘焘条上广东贼势及兵食至计言：‘广贼有五种：其首恶，曾一本及碣石残倭，流毒最甚；亟宜殄灭。其次，则沿海通贼居民；若一概诛剿，则既绝其可生之路而益坚其从贼之心。请揭榜晓谕，许其自新；不悛，乃重置之法。其次，山贼黎汝诚等；抚之固无所顾忌，剿之亦不可胜诛。宜抚剿并行，殄其首恶，则余党自可传檄而定。其次，抚贼林道干，叛服不常，固有养虎遗害之忧；然业已听抚，又立功海上，宜察其果无异志，即当推心置腹，勿使自疑。此三种者，皆可以计定，而不可以兵劫者也。其目前平寇之计有二：一、厚赏格以励士气——查得原议赏格，凡斩贼一颗，赏银二两；斩获曾一本，升职一级：军中咸以为轻。乞仿征蛮事例，一人自擒斩三名颗、四名颗、五名颗者升实授一级，不赏；六名颗以上者亦升一级，余功扣赏。领军、领哨等官，部下擒斩一百名颗升署一级、三百名颗升实授一级，俱不赏；四百名颗以上亦升一级，余功扣赏。例应赏者仍量贼大小、成功难易，分为下、中、上、奇四等给散。有斩获曾一本者，若平民即升授指挥佥事、指挥即加升都指挥使，俱准世袭；仍照前议给赏。一、积粮饷以裕兵食——前者，兵、户二部已发银十万两；今调兵数多，馈饷犹恐不给。乞令户部移文督责各省原贷广中军饷银两速行补还，并南京户部再发公帑五万两助给’。兵部覆奏，得旨：‘如议’。