〔十二月癸丑朔〕，兵部覆福建擒斩倭、贼功次，赏巡抚殷从俭银二十两、纻丝二表里，佥事乔懋敬等各赏银十五两。按先后凡获贼大小船三只、生擒二十三人，获级十六颗、真倭首十四级、生倭七名，夺回被掳七人；而倭贼十四级中，其三人则又被掳渔人黄聪等六人所力斩也。
·〔万历元年五月〕癸巳，令提督两广侍郎殷正茂督兵剿海贼。林道干闻山寇荡平，叛招出海，驾言奔投外国；又林凤、朱良宝等，济恶猖獗。正茂计大集水陆之众，期一鼓就擒。其或广海茫洋，不能穷追，一面扑灭凤、宝诸贼，剪其羽翼；一面捣共巢穴，移大将提兵一枝据其倚山跨海之险，以待其来。即使勾倭内犯，亦已有备无患。兵科都给事中张书遂请申饬正茂刻期征剿，务在必诛。兵部两覆之，仍乞敕福建镇、巡严兵协剿。
〔八月癸酉〕，诏行两广军门及闽、浙各巡抚协剿逋贼林道干等，不得推诿观望，贻害地方。
〔九月〕己丑，兵部覆福建海贼犯闾峡澳等处失事之罪，总兵俞大猷革任闲住、参议徐时可罚俸三月；协管等官俱住俸戴罪杀贼，事宁之日仍提问具奏。
·〔万历二年二月丁巳〕，兵部覆兵科都给事中蔡汝贤等、巡按广东御吏张守约题：‘海贼林凤复扰潮、惠，泊舟钱澳，挟求招抚；合咨两广提督殷正茂、福建巡抚刘尧诲严督官兵会剿，不许狃信地之说、袭招抚之套。其失事将官胡震等，姑令戴罪杀贼，事平定夺’。从之。
〔三月庚子〕，兵部覆提督两广右都御史殷正茂题：‘潮贼朱良宝据险为巢，人效死斗；必须重悬赏格，令就近自募死士，方可必克。都指挥陈璘、吏目王道踊跃请先，忠义迈众；成功之日，将陈璘升参将，王道——虽系文职，改升守备。仍移咨两广、福建巡抚严督总兵、司道等官先攻诸良宝，以解倒悬之急；次取林凤，以收破竹之功’。诏可。
〔四月丙寅〕，兵部覆户科左给事中陈渠题“两广提督殷正茂、云南巡抚邹应龙、广西巡抚郭应聘各报剿贼，宜加详核及善后事宜”：‘查殷正茂先次受赏，宝为惠州之功。今诸良宝已倾巢穴，但林凤尚在潮州；广西多盗之区，即再奏大捷，善后为难；云南之师出自便宜——先未请征，辄报荡平，未审虚的。合咨行殷正茂会同福建巡抚严督官兵将林凤克期剿灭，仍与邹应龙、郭应聘各画善后事宜，以图一劳永逸。其云南、广西功次，行巡按御史严加核实’。从之。
〔六月戊申〕，福建巡抚刘尧诲揭报广贼诸良宝，总兵张元勋督兵诛剿；其逋贼林凤鸣拥其党万人东走，福建总兵胡守仁追逐之，因招渔民刘以道谕东番合剿，远遯。
〔七月〕辛卯，住广东巡海参将胡震等俸，戴罪杀贼；下清澜所备倭千户丁其运巡按御史问：以林凤突出清澜港登岸抢掠也。
〔十月辛酉〕，福建海贼林凤自澎湖逃往东番魍港，总兵胡守仁、参将呼良朋追击之，传谕番人夹攻；贼船煨烬，凤等逃散。巡抚刘尧诲请赏赉有差；部覆，从之。
·〔万历三年二月己亥〕，巡抚福建刘尧诲以海寇林道干警报闻。上用兵部言，命各该镇、抚官着实先事料理，务期有备无患；不得虚文塞责，致有疏虞。
〔十一月庚戌〕，兵部覆巡按御史孙錝查核本年五月海坛外洋擒倭功次，叙巡抚刘尧诲、总兵胡守仁、南日把总方策、游兵名色把总邵岳及文武将吏。奉旨：‘刘尧诲升俸一级，仍与胡守仁各赏银三十两、纻丝二表里；方策、邵岳各升一级’。其余将吏各赏有差。
辛酉，海寇林凤复犯闽不利，更入广，而留船于魍港为窟宅。兵部议：在广，獞猺之役所宣暂停，而并力于凤；在闽，亦宜搜剿窟宅，以绝祸本。议行闽、广督抚镇巡等官严督所在水兵同心戮力，务使片帆不遗，方许收兵；无更言招抚，以蹈覆辙。奉旨：‘是’。
〔十二月己卯〕，提督两广凌云翼奏称：‘海贼林凤流突广、福，总兵胡守仁追至淡水洋，冲沈贼船二十余只，逃往西番’。
·〔万历四年正月己未〕，福建巡按御史孙錝言：‘广贼林凤，奉命夹剿。闽师出海已击其半，而潮州道参政金浙专主招抚，阻回闽师；恐他日终为二省患’。时浙已揭报该省按院主捕凤矣，闽有此言，上亦不罪浙；但申饬旧议，责令成功而已。巡抚都御史刘尧诲亦言：‘贼凤回潮，全赖闽兵追击，犁沈大半，擒斩多功。浙不胜嫌忌，反称妄虏，计阻闽师；乞赐勘以昭激劝。至于吕宋虽非贡国，而能慕义来王；所献方物，应为代进’。下兵部，覆如闽抚议。上曰：‘人臣若肯同心为国，嫌忌自无’。兵科给事中萧彦又言：‘林凤为闽兵所击，区区余烬不即就歼而坚欲示弱，可虞一；或抚、或否，可虞二；置之腹心之地，可虞三；彼无意听招而我招之，可虞四；有云“凤死”、有云“凤生”，揭报支吾，踪迹诡秘，可虞五。总之，惠、潮重地，非浙轻率寡谋、拂众自用者所能胜任。乞量移别地’！吏部覆“浙宜留任”；上命供职如旧。
〔二月辛未〕，罢广东参将吴京，下总督讯；以纵贼林凤，为督臣所劾也。
〔三月癸丑〕，总督两广侍郎凌云翼以广贼林凤弃众投番，抚散余党二千报。下兵部议，谓凤既远遁，宜听便宜计取，或修备以待之；而贼党尽散、地方宁谧，于例并得论功。因论凤在吕宋，非闽中用间谕夷，岂有潜遁之日；及其党回潮，非广中相机谕抚，宁有底定之期！事在相左，实则相成；均宜查叙，为苦心任事者劝。许之。
〔丁巳〕，惠潮参将魏宗瀚、王如澄及碣石把总朱相俱论死。先是，贼曾一本犯潮州，瀚等拥官兵行二十日始至，贼从碣石卫莺州夜遁去；复犯雷州，与瀚等遇，伪以众降。瀚等堕计，焚戮舡兵殆尽。朱相自碣石来与贼冲战，沈其舡；再战，再胜之。瀚等不为应，李茂才、李节、林清先溃，瀚等望风而奔，相亦退走；贼遂横行海澳中。于是议造闽舡、募闽兵，仍以瀚统之。比贼方抵省，而闽兵已相机投贼，并各舡悉为贼有矣。会城之败，其祸盖尤烈云。
〔九月丙申〕，巡抚福建佥都御史刘尧诲奏报：把总王望高等以吕宋夷兵败贼林凤于海，焚舟斩级；凤溃围遁，复斩多级——并吕宋所赍贡文、方物以进。下所司。
辛亥，叙平广东海寇林凤功，升福建巡抚佥都御史刘尧诲为右副都御史，总兵胡守仁、参议乔懋敬、参政陶幼学等各赏赉有差。
礼部议赏吕宋番夷例以闻；报可。