应龙闻大兵将至，先纠众八万，入犯綦江。綦江城中，守兵不满三千，哪里敌得住叛众？应龙督众围攻，绕城数匝，遍竖云梯，南仆北登，西坠东上，参将房嘉宠自杀妻孥，与游击张良贤，舍命防堵，终因众寡不敌，巷战身亡。应龙劫库犒师，屠城示威，投屍蔽江而下，流水尽赤。既而退屯三溪，更结九股生苗，及黑脚苗等，倚为臂助。李化龙驰至重庆，侦得应龙五道并出，已攻破龙泉司，乃大集诸路兵马，登坛誓师，分八路而进。共计川师四路，总兵刘綎，由綦江入，马孔英由南川入，吴广由合江入，副将曹希彬受广节制，由永宁入。黔师三路，总兵董元镇，出发乌江，参将朱鹤龄，受元镇节制，统宣慰使安疆臣，出发沙溪，总兵李应祥，出发兴隆。楚师一路，分作两翼，由总兵陈璘统辖，陈良玭为副。陈璘由偏桥进攻，良玭由龙泉进攻，每路兵约三万，十成之三为官兵，十成之七为土司。化龙自将中军，分头策应。又檄贵州巡抚郭子章屯驻贵阳，湖广巡抚支可大，移节沅州，扼守要区，防贼四逸。部署既定，刘綎师出綦江，进攻三峒，三峒皆峻岭茂箐，夙称奇险，贼首穆炤等踞险自固，被刘綎手执大刀，斩关直入，依次破灭。
应龙素闻刘綎威名，嘱子朝栋简选苗兵，从间道出击，巧与綎军相遇，綎怒马跃出，首先陷阵，一柄亮晃晃的大刀，盘旋飞舞，苗兵不是被砍，就是被伤，大众抵挡不住，相顾惊走道：“刘大刀到了！刘大刀到了！”朝栋尚不知厉害，执戈来战，由刘綎大叱一声，已吓得脚忙手乱，说时迟，那时快，刀起戈迎，砉的一声，火光乱迸，朝栋手中的戈头，已被斲缺，慌忙掷去了戈，赤手逃命。綎大杀一阵，苗众多毙，乘胜拔桑木关、乌江关、河渡关，夺天邦诸囤，杀入娄山关，驻军白石。应龙情急万分，决率诸苗死战，潜令悍将杨珠，抄出后山，袭綎背后。都司王芬战死，綎大呼突阵，击退应龙，另遣游击周敦吉，守备周以德，杀退杨珠，追奔至养马城。巧值马孔英自南州杀到，曹希彬自永宁攻入，会师并进，大破海云囤，直逼海龙囤。海龙囤为贼巢穴，高可矗天，飞鸟腾猿，不能逾越。三道雄师，压囤为营，急切未能下手。已而陈璘破青蛇囤；安疆臣夺落蒙关，吴广从崖门关捣入，营水牛塘，连战败敌，截住贼巢樵汲诸路，於是应龙大窘，与子朝栋相抱大哭，一面上囤死守，一面遣使诈降。总督李化龙，斩使焚书，饬诸道兵速集囤下，限日破巢。当下八路大兵，一时并至，筑起长围，更番迭攻。叙得烨烨有光。会化龙闻父丧，疏乞守制，诏令墨絰从事。化龙歠粥草檄，督战益急，且授计马孔英，令从囤后并力攻入。应龙所恃，以杨珠为最，珠恃勇出战，为炮击毙，贼众益惧。适天大霖雨，数日不晴，将士往来泥淖，猛扑险囤，甚以为苦。一日，天忽开霁，刘綎奋勇跃上，攻克土城，应龙散金悬赏，募死士拒战，无一应命，乃提刀巡垒，俄见火光烛天，官军四面登囤，遂退语家属道：“我不能再顾汝辈了。”遂挈爱妾二人，阖室自经。大兵入囤搜剿，获应龙屍，生擒朝栋、兆龙等百余人，并应龙妾田雌凤。为渠启衅，渠何不速死？总督化龙，露布奏闻，诏磔应龙屍，戮朝栋、兆龙等於市，分播地为遵义、平越二府。遵义属蜀，平越属黔。刘大刀叙功称最，奏凯还师。播州事了。
外事稍稍平静，朝内争论国本的问题，又复进行。先是万历二十一年，王锡爵复邀内召，既入朝，仍密请建立东宫，昭践大信。神宗手诏报答，略云：“朕虽有今春册立的旨意，但昨读皇明祖训，立嫡不立庶，皇后年龄尚轻，倘得生子，如何处置？现拟将元子与两弟，并封为王，再待数年，后果无出，才行册立未迟。”原来王恭妃生子常洛，郑贵妃生子常洵，周端妃复生子常浩，所以有三王并封的手谕。锡爵想出一条权宜的计策，欲令皇后抚育元子，援引汉明帝马后，唐玄宗王后，宋真宗刘后，取养宫人子故事，作为立储的预备。议虽未当，不可谓非煞费苦心。神宗不从，仍欲实行前谕，饬有司具仪，顿时盈廷大哗。礼部尚书罗万化，给事中史孟麟等，诣锡爵力争。锡爵道：“并封意全出上裁，诸公奈何罪我？”工部郎中岳元声，时亦在座，起对锡爵道：“阁下未尝疏请并封，奈何误引亲王入继故例，作为储宫待嫡的主张。须知中宫有子，元子自当避位，何嫌何疑？今乃欲以将来难期的幸事，阻现在已成的诏命，岂非公争论不力么？”这一番话，说得锡爵哑口无言，不得已邀同赵志、张位等，联衔上疏，请追还前诏。神宗仍然不允。已而谏疏迭陈，锡爵又自劾求罢，乃奉旨追寝前命，一律停封。未几锡爵又申请豫教元子，於是令皇长子出阁讲学，辅臣侍班。侍臣六人侍讲，俱如东宫旧仪。
越年，锡爵又乞归，特命礼部尚书陈於陞，南京礼部尚书沈一贯，入参阁务。於陞入阁，与赵志、张位等，谊属同年，甚相投契，怎奈神宗深居拒谏，上下相蒙，就是终日入直，也无从见帝一面，密陈国政。当时京师地震，淮水泛决，湖广、福建大饥，甚至乾清、坤宁两宫，猝然被火，仁圣皇太后陈氏又崩。陈皇后崩逝，就此叙过。天灾人患，相逼而来，神宗全然不省，且遣中官四处开矿，累掘不得，勒民偿费；富家巨族，诬他盗矿；良田美宅，指为下有矿脉，兵役围捕，辱及妇女。开矿本属不利，而举行不善，弊至於此。旋复增设各省税使，所在苛索。连民间米盐鸡豕，统令输税。直是死要，毫无法度。全国百姓，痛苦的了不得。於陞日夕懮思，屡请面对，终不见报。乞罢亦不许，遂以积懮成疾，奄奄至毙。张位曾密荐杨镐，镐东征丧师，位亦坐谴，夺职闲住。赵志亦得病而终，另用前礼部尚书沈鲤、朱赓入阁办事，以沈一贯为首辅。惟是建储大事，始终未定。郑贵妃专宠如故，王皇后又多疾病，宫中侍役，预料皇后若有不讳，贵妃必正位中宫，其子常洵，当然立为太子。中允黄辉，为皇长子讲官，从内侍察悉情形，私语给事中王德完道：“这是国家大政，恐旦夕必有内变。如果事体变更，将来传载史册，必说是朝廷无人了。公负有言责，岂可不说？”德完称善，即属黄辉具草，列名奏上。神宗览奏，震怒非常，立将德完下狱，用刑拷讯。尚书李戴，御史周盘等，连疏论救，均遭切责。辅臣沈一贯，方因病请假，闻了此事，忙为奏请。神宗意尚未怿，命廷杖德完百下，削籍归田，复传谕廷臣道：“诸臣为德完解免，便是阿党，若为皇长子一人，慎无渎扰，来年自当册立了。”无非是空言搪塞。
会刑部侍郎吕坤，撰有《闺范图说》，太监陈矩，购入禁中，神宗也不遑披阅，竟搁置郑贵妃宫中。妃兄国泰，重为增刊，首列汉明德马后，最后把妹子姓氏，亦刊入在内。郑贵妃亲自撰序，内有“储位久悬，曾脱簪待罪，请立元子，今已出阁讲学，藉解众疑”等语。欺人耶，欺己耶？这书传出宫禁，给事中戴士衡，阳劾吕坤，暗斥贵妃，说是逢迎掖庭，菀枯已判。还有全椒知县樊士衡，竟大着胆纠弹宫掖，至有“皇上不慈，皇长子不孝，皇贵妃不智”数语。神宗却尚未动怒。想是未曾看明。郑贵妃偏先已含酸，凄凄楚楚的泣诉帝前。神宗正欲加罪二人，忽由郑国泰呈入《懮危竑议》一书，书中系问答体，托名朱东吉，驳斥吕坤原着，大旨言《闺范图说》中，首载明德马后，明明是借谀郑贵妃。马后由宫人进位中宫，郑贵妃亦将援例。贵妃重刊此书，实预为夺嫡地步。神宗略略览过，便欲查究朱东吉系是何人，经国泰等反覆推究，谓东吉即指东朝，书名《懮危竑议》，实因吕坤尝有懮危一疏，借此肆讥。大约这书由来，定出二衡手着。顿时恼动神宗，将二衡谪戍极边，就此了案。
到了万历二十八年，皇长子常洛，年将二十。廷臣又请先册立，再行冠婚各礼。郑国泰请先冠婚，然后册立。神宗一概不睬。越年，阁臣沈一贯，复力陈册储冠婚，事在必行。神宗尚在迟疑，郑贵妃复执盒为证，坚求如约。经神宗取过玉盒，摩挲一回，复揭去封记，发盒启视，但见前赐誓书，已被蠹鱼蛀得七洞八穿，最可异的，是巧巧把常洵二字，啮得一笔不留，不禁悚然道：“天命有归，朕也不能违天了。”这语一出，郑贵妃料知变局，嗔怨齐生，神宗慰谕不从，只在地上乱滚，信口诬谤，好象一个泼辣妇。那时神宗忍耐不住，大踏步趋出西宫，竟召沈一贯入内草诏，立常洛为皇太子。一贯立刻草就，颁发礼部，即日举行。越宿，又有旨令改期册立。一贯封还谕旨，力言不可，乃於二十九年十月望日，行立储礼。小子有诗咏道：
谏草频陈为立储，深宫奈已有盟书。
堪嗟当日诸良佐，不及重缄一蠹鱼。
立储已定，冠婚相继，其余诸王，亦俱授封，欲知详细，请看下回。