时内外文武济济，而兵饷战守机宜专委芝龙一人。芝龙，泉州南安县石井巡司人，所居地名东石，即泉州郡城南三十里安平镇也。父绍祖，为泉州库吏。蔡善继为泉州守，府治后衙与库街相望。芝龙时十岁，戏投石子，误中善继。擒治之，见其秀丽，笑曰：“法当贵而封。”遂释之。安平滨海，有李习者以商舶往来日本，芝龙以父事之。习授芝龙万金，寄其妻子。会习死，芝龙干没之。与弟芝虎流入颜振泉党中为海盗。振泉死，其伙遂推为长。久之而所得不资。崇祯中，受巡抚沈犹龙招抚。芝龙娶日本长崎王族女为妻。凡为日本赘婿者，例不得归。就抚后，芝龙乃挈其妻还东石。当是时，海舶不得郑氏令旗不能往来。每一舶例入三千金，岁入千万计，芝龙以此富堪敌国。乃筑城于安平。宫室纵横数里，海梢直通卧内，可泊船，径达海。其守城兵饷自给，不取于官。旗帜鲜明，戈甲坚利。凡贼遁入海者，檄付芝龙，取之若寄。故八闽以郑氏为长城。犹龙母诞日，芝龙进珊瑚高尺余，饰以珠龙金盒。犹龙叹赏。复进一株。制生犀黄金为甲，每出则百余人如一人，莫辨其孰为芝龙也。芝龙有弟芝虎，次鸿逵，次芝豹。一门声势，ピ赫东南。时南安有苟憨，惠安有刘香，皆称富强。苟憨先亡，刘香恃众不就抚，朝命芝龙讨之。战于五虎门之定海所。芝龙力不敌香，而弟芝虎勇甚，望见香乘大舰指挥兵士，以轻舟超舰而上，直前取香。左右惶急，莫敢纵兵。香亦勇，格虎，兵器堕，遂徒手而搏，相持入海而死。芝龙遂并其众，势益强。南都建号，封芝龙南安伯。及拥立帝，遂进爵为侯，开府于福州。坐见九卿，入不揖，出不送。
时廷议战守兵额二十万，自仙霞关外，宜守者一百七十处，守兵计十万。其十万今冬精练，明春出关，一枝出浙江，一枝出江西。统二十万之兵，合两浙两粤之饷，尚犹不足。芝龙乃奏请两税内，一名预借银一两。分遣侍郎科道各府征发。以浦城训导王兆熊为吏部主事兼御史，管义饷。兆熊沿门搜括，不输者，榜其门曰不义。义饷者，抚按以下皆捐俸助饷，名官助。官助外，有绅助，有大户助也。于是东南鼎沸。
又察括府县库积年存银未解者，厘毫必解。
又大鬻官爵。部司价银三百两，后减至百两。武札仅数十两或数两。于是倡优厮隶，尽列冠裳。然无俸无衙，空名而已。其黠者，倩轩盖，雇仆役，拜谒官府，鞭挞里邻。晋江令金允治莅讼，两造皆称职官，则立而语，互殴于庭，竟不可制。民不堪其苦，反望清师之至，谣曰：“清行如蟹，曷迟其来？”
芝龙又请清理寺囚，纳赎可得八十万。帝不听。
户部李长倩请开事例，从之。
旧辅傅冠入朝，自请恢剿江右，帝允其请。既而迁延邵武，为谏官所劾而罢。
帝赐大臣宴，郑芝龙以侯爵位宰相上。首辅黄道周谓祖制武职无班文官右者，相与争执。终先道周，而芝龙不悦。诸生佞芝龙者，上疏言道周迂腐无能，不可居相位。帝敕督学御史按之。
初，芝龙、鸿逵恃援立功，汲引姻娅，要地清流，口授帝前。如吏科给事朱作楫、户部主事叶正法，皆门下也。帝不尽从，颇怀怨望。及郊天于南台，二郑皆称疾不出。阁部何楷劾之，言朝廷大典无过郊天，而二勋不出陪祭，无人臣礼。帝重其风裁，令掌都察院事。已而鸿逵扇于殿上，楷呵止之。二郑益怒。楷知不为二郑所容，请告再三。帝欲两全之，暂令回籍。谕以收复两京，即召总宪。楷出都甫四十里，遇盗，戕其一耳。盖芝龙使其部曲杨耿为之也。
时旷昭巡抚江西，而清将刘一鹏统数百骑至南昌。牌先至，昭即命士民出迎，而身自扁舟遁去。江省风靡，独赣州不下。帝命太仆少卿万元吉、左春坊左庶子杨廷麟等协力守赣，措置有方。苏观生请帝出关，幸赣州。廷臣亦章满公车，佥谓赣居山川上游，豫不能仰面攻。且左为楚，右为闽浙，背为粤东，足以控制三面，使四方豪杰知朝廷有恢复大计也。帝亦欲躬履行间。郑氏方欲挟帝以自重，力以缺饷沮之。不报。观生遂先赴南安，帝亲于殿门祖之。
帝幸国学，祭酒赖垓进讲，三品以上官坐听，其余侍圆桥。观者如堵。时郑氏无经略之志，而江西义旅响应。二十二日，遂命黄道周以师相出关募兵，联络江西，救徽援衢。道周慨然自任曰：“立君以救民，吾之素志。今主上观征在即，分道而进，灭寇复仇，机会难失。我为大臣，宁惜以身先之？庶人心有知，不至泄泄也。”当时饷缺，自办一月之粮而往，芝龙竟不与一钱，帝惟给以空札付百函为行资而已。因加鸿胪寺序班赵士超兵部职方司主事，赴黄辅臣军前监纪。士超字玄卿，闽县人。祖荣，正统初授中书。英宗北狩，两使沙漠，历任二部尚书。后以讨曹贼功，荫一子，世袭。士超虽诸生起家，夙有才干。辅臣一见，深相器重，故特疏荐之。士超见兵饷寡少，遂倾余橐，得千金，募壮士百余人。其父璧，官防海参戎，且力赞成之。士超遂偕壮士而行。
道周既出，何吾驺至自广东，用为首揆。锡以银章，文曰辅佐中兴。
八月初四日，颁刻《皇明祖训》及自制登极、亲征、监国三诏于各郡王、镇国将军。赐白金十两。
初五日，命天兴府重铸福建等处承宣布政使司之印。
初六日，命中书颁敕书一道、旗牌八面于前军都督府左都督郑芝豹。
命礼部颁祖训五十七本于内阁六部诸臣工，务令熟记遵行。大学士林欲楫等表谢云：“圣祖开天，方策轶鼎彝之重；神孙继统，羹墙凭琬琰之垂。用孝作忠，昭哉嗣服；以守为创，允矣中兴。恭惟皇帝陛下（校者据《思文大纪》补）天符握赤，圣略凝玄。炼五色石而补鳌巅，白水启宛城之驾；起半壁天以息龙火，黄衣耀闽海之祥。世统上缵高皇，并道统亦同一揆；治法远绍开代，即心法可以万年。刻成《祖训》一书，遍赐臣工百职。或治内，或制外，篇篇蕊笈琅函；若纬武，若经文，字字禹图轩鼎。宣威布德，白宫禁以逮夷蛮；杜渐防微，由藩封而及政府。煌煌大册，晔晔洪谟。九重方且率祖训以攸行，多士亦用秉文而觌德。此真凝兴朝之永命，而肇一统之洪休者也。臣等念切宪章，身惭文献。图呈金镜，欲勒《贞观政要》之编；名企玉书，窃陋汾水大风之制。伏愿圣不自圣，新又日新，因时制宜，声为律而身为度，得意忘象，口成文而笔成书，则训行且遍臣民，而显承益光谟烈矣。臣等云云。”
敕锦衣卫堂上官曰：国家新创，禁门启闭，一以更定（校者案：据《大纪》当补“漏尽”二字）为期。朝日，大臣许带三人，小臣许带一人。其直科抄疏诸臣，各带十人。钟鸣之时，俱于午门外伺候。如有青衣小帽，杂于班联之后，或借用僭戴冠帽者，即行拿究。各官护短争执者，并究。各官应带牙牌，工部察奏。