九月，严起恒独相。是时，清定南王孔有德攻道州。永国公曹志建与战，败，遂出白金二十余万置营中，令曰：“斩一级者赏金一锭。”军士争先赴敌，殊死奋击。清师大败，斩首无算。遣人献捷。
陈邦传镇粤西，横州徐彪、郁林梁士奕各聚兵据境，邦传不能制。闻赤心等至，思借之以为重。乃与盟，结为婚姻，以讨徐彪等，且藉其力以倾东勋。忠贞营遂散处宾、衡境上。居民苦之。邦传亦不能堪，幸堵胤锡之调之出楚也。而赤心等初败于郴州，残破之余，不乐北出，欲请高、雷二郡以息士马。胤锡不可。数日，竟拔营而西。胤锡恚恨病作。
十月，别部刘世俊、刘国昌使人来告，愿从出楚。胤锡悦，亲至浔迎之。
十一月，二刘果至，遣东下梧以待；并檄他镇兵，期以望日北发。忽感寒，疾遂笃，草遗疏，自为诔词。浔流湍急，时舟居且夜半矣，命从者解维放舟。曰：“吾荷国重任，不能免胄赴斗，马革裹尸，今毙命卧榻，死有余恨。固不若自沉于江，葬江鱼腹中耳。”从者力谏乃止。以二十六日卒。赠镇国公，谥忠肃。子世明，是夏先卒于军。
忠贞营次横州，赤心死，高必正统其众。
王永祚、张明刚之围永州也，永城三面距水，二将以陆军临其一面。北帅李斗东坚守，至五月不下。十二月十二日，清定南王孔有德统兵至，衔枚疾走，绕出河外，乘其不意袭其营。自相扰乱，弃甲兵而走，逃入山谷。百姓恨滇营之虐掠也，争缚而献诸定南。唯焦部将张明刚全师而还。留守瞿式耜顿足曰：“吾畜锐两年，一朝奔溃，岂天果不祚明耶？”自是粤西门户危于累卵。
清师遂入南雄，屠之，西上韶州。罗成耀弃城走，至广城，会辅臣何吾驺辇饷至行在，成耀劫之。乃密敕李元胤于席间斩之，以正失守封疆、纵军劫掠之罪。
时郝尚文守潮州，其子囚于南京。已遣人通马部院国柱。及是，清师至潮，尚文遂降。
永历四年（清顺治七年）庚寅正月乙卯朔，帝在肇庆。
南韶报至，百官争窜，家丁沿途杀人。帝将戒舟西上，兵科金堡争之，不得。瞿式耜疏曰：“粤东水多于山，虽良骑不能野合。自成栋归顺，始有宁宇。财赋繁盛，十倍粤西。衣甲粮饷，内可自强，外可备敌。村官兵士，南北相杂。制胜致王，可操券而求也。且韶去肇千余里，强弩乘城，坚营固守，亦可待勤王兵四至。《传》曰：”我能往，寇亦能往。‘以天下之大，止存此一隅，退寸失寸，退尺失尺。今乃朝闻警而夕登舟，不知将退至何地？“疏再上，而帝于九日登舟，十三日解维。百官踉跄就道。提督禁旅都督同知南阳侯李元胤慨然曰：”百官皆去，将委空城以待敌耶。“独监守不去。二十六日，舟至梧州，即舟中为水殿。文武罗列，栖于梧江之滨。
二月，清师围广州。命调陈邦传、高必正入援。邦传久与东镇构隙，且怨金堡等之善元胤也。奉调赴援，意在修怨。
三月，户部吴贞毓、詹事郭之奇、兵侍程源、万翔、礼科李用楫、户科朱士鲲、李日炜等迎邦传意，合疏论袁彭年、金堡、丁时魁、蒙正发、刘湘客罪。马吉翔幸于帝，时窥太后，金堡欲杀之。户部吴贞毓荐县令于李成栋，得贿八百金，金堡奏其事。二人切齿。刘湘客贪，丁时魁富，金堡刻，有所弹劾，金辄先之。袁彭年，中郎子，神宗朝东林苗裔也，与东诸侯善。蒙正发给事，其乡人每除降，辄出五人手，遂为众的。奉旨，彭年反正有功，免议；余下锦衣狱。掌卫事张鸣风鞫之。严起恒请对于水殿，不得入，复率诸臣伏沙滩求免刑。程源立舟顶扬言曰：“金堡即‘昌宗之宠方新，仁杰之袍何在’两语，便当万死。”其声达慈宁之舟。盖堡驳御史吕尔疏，有“臣何人也，而何人也。以仁杰之袍，赌昌宗之裘”语，故源以为言。留守瞿式耜阅邸报，得堡疏，爱其文，怜其遇，至于泣下。上疏申救，谓中兴之初宜保元气，勿滥刑。再疏争之曰：“诏狱追赃，乃魏忠贤弄权煅练杨左事，何可祖而行之？内颁敕布四人罪状，乃出忌者之手。”式耜封还，谓“法者，天下之至公也，不可以飞语饮章，横加考案，开天下之疑。且四人得罪，各有本末。臣在政府，若不言，恐失远近人望。”凡七疏，不报。狱具，杖金堡、丁时魁，削夺袁彭年，而刘湘客、蒙正发亦遣戍。于是马、吴及朝士并恨式耜，思中伤之。
四月，高必正至。李赤心之死也，其党张良筹四虎等一时物故。必正疑邦传药之。邦传亦恨必正等久扰其境。必正率所部西回，惟邦传东出，驻清远，马吉翔等驻三水，俱观望不敢进。时广州被围日久，江宁伯杜永和弃城奔海口。李元胤以檄责之。永和复还广州，为坚守计。乃进永和爵为侯。
五月，掌卫事张鸣凤卧病。忽如梦魇，见青衣人四，求与之坐。随出大牌，谓鸣凤曰：“天子欲来，阎罗查验幽冥兵册，先取官四十八员，听分职事迎候，故来延公耳。”鸣凤视牌，果得四十八名，而俱不注衔。内为鸣凤熟识者共一十八人，皆行在文武也。遂默识之。既醒，令人记籍其名，为内阁王化澄、兵侍程源、提督太监徐元、尚宝大监周进贤、锦衣卫王之臣、国舅王惟让、皇亲姜佐周、京营总兵刘大用、张应举、礼科朱士鲲、清近司陈家相、勇卫旗鼓沈天德、西宁侯宋国柱、祁阳伯杨奇、藩镇军门朱容藩、朱盛浓、援剿督镇成大用及鸣凤也。至是鸣凤疾卒，余皆相继病殒，惟宋国柱、杨奇尚存焉。
高必正与兴平侯党守素率兵自梧州来朝，而李元胤亦至自肇庆。慈宁垂帘召三帅赐封，元胤伏地请死曰：“金堡等非臣私人，果有罪，皇上何不处之于端州？今若此，是臣与堡等为党也。向以封疆急，不敢请罪，今已稍定，敢请其罪。”帝慰勉再三曰：“卿大忠大孝，朕不疑卿。”元胤曰：“皇上既不疑臣，何故以处四臣之故赐臣敕书、令臣安心办事乎？慈宁曰：”卿莫认金堡等是好人，卿如此忠义，他却谤卿谋反。“元胤曰：”说臣谋反，还是有本？还是面奏？还是传言？“帝不答。必正曰：”皇上重处堡等，是也。但处堡等之人，不如堡等，处堡等之后，亦无胜堡等之事。“慈宁曰：”只滇封一事，岂非金堡误国？“诸臣皆不敢对。
六月，广西巡抚鲁可藻以丁艰去职，登舟将发，永国公曹志建、榷税官刘成玉劫其资。宣国公焦琏闻之，怒，即遣兵讨成玉。成玉奔永国军。两国几治兵相向。前行人司瞿共美时在恭城，闻之，致书永国曰：“方今天子蒙尘，强敌四逼，唯藉群公固廉兰之交，继桓文之烈。乃忘君父之大仇，修细人之微隙，后世以此为何等举动哉？”志建悟，即杖杀成玉。兵始解。