七月，焦琏帅师入卫。
八月，孙可望遣伪总兵常荣率兵三百人至梧州，入贡黄金一万两，良马一百匹。复以黄金四万贿朝贵。疏奏列秦王衔，且以不愿改封为请。廷臣愕然，谓可望既归诚，不合以私封擅奏。因召荣面质之，曰：“是奉上恩，遣胡执恭亲赍敕宝所封。”于是诸臣始知为邦传矫旨。因议秦王乃亲藩上十五王之首，轻犯宗牒，有违祖训。但国家多事，须恃滇、黔为援，宜姑与王爵。惟更易字样，另遣敕谕为可。匡国公皮熊首参可望不道。留守瞿式耜疏请斩胡执恭以正欺君辱国之罪。有言于帝者，曰：“不若赐之玺书，直云皇帝致书秦王，则前此葛藤斩断。”已允行矣，而高必正出疏争之。阁臣严起恒亦坚执不许。会内江杨鼎和至梧，力言王封之非。起恒悦，授鼎和兵部尚书。议遂寝。由是可望怨两人次骨。
既而朝议拟封冀王，遣太监夏国祥赍敕宣谕。俄闻国祥被杀于养利州桥下。再遣司礼监赵进赍赴，复报中途被劫，羁进不遣。又遣御史姜尔文入黔、蜀联络，道经可望营，亦留不遣。盖可望惟患朝使之宣扬真伪也，故但系朝使未经人耳目者，密杀之，否则留禁之。皮熊在黔，畏其相逼，九月，遣官李之华通好称盟。可望致书曰：“贵爵坐拥貔貅，战则可以摧坚，守则足资保障。独是不肖有司，罔知国本，征派日烦，民生日蹙。黔中多兵出之途，宁无救灾恤邻之念，而以不谷为假道长发之举。若黔若滇，总属朝廷封疆，留守留兵，无非绸缪粮糗。惟欲与行在声息相通，何有一毫私意于其间？若止以一盟了局，为燕雀处堂之计，非不谷所望于君子矣。”熊得书，愈惧，避之苗寨。黔中院司道官会请前军都督白文选入黔省。可望下教安定之，遂下平越，收其军。令所属文武呈缴滥札，武职加授总制参游，文职加授监军督饷，部卿佥宪，概行裁革。
王祥招乌合六七万，分为三十六镇，与滇兵一战于乌江河而大溃。祥乃裹其文绣、珠玉、金宝之属，作竹夹三千背，使牙将负之先驱。众心尽懈，多送款可望。可望掩击之。祥夜走。牙将已劫其赀而去。比晓，失妻子，从者仅百余骑。追者至，祥率死士数十人短兵接战。创重，自刎死。可望遂下遵义。于是宝庆驻镇南阳侯张先璧、马进忠等，由湖南入黔，皆归可望。其势益张，地与粤西相接。
十月，清师陷广州。范承恩迎降，杜永和率舟师入海，奔琼州。
十一月五日，清定南王孔有德入桂林。初，式耜分布赵印选、胡一清与焦琏、杨国栋等兵扼榕江，及是，一清等佯以分饷入桂，榕江其空壁也。武陵侯杨国栋、宁武伯马养麟方驰出小路，军榕江，未见敌而四溃。式耜发使趣印选兵出城。城中大乱，沿途驱掠。式耜令戢不得。城外溃兵，云飞鸟散。水东门外烟火蔽天，鸣镝声绕城。靖江王及绥宁侯蒲缨出走，王世子及其次子俱缢于宫中。式耜方巾行衣，危坐署中。胡一清跃马入署曰：“至矣，至矣。公上马，且从一清去。”式耜曰：“去何之？从一清去，何如从留守？”因举杯属一清曰：“能饮酒乎？”一清曰：“今日岂饮酒时？”遂跃马遁。
江陵张同敞号别山，故相居正孙也，以总督监胡一清军于灵川。已南走矣，中道问瞿公安在？曰：“尚在城。”同敞曰：“安可使留守独殉社稷？”遂回从江东泅水过江，不入寓，过式耜署。式耜喜曰：“同敞至，我死不孤矣。”同敞曰：“事迫矣，公将奈何？”式耜曰：“封疆之臣，知有封疆耳。”同敞曰：“然君恩师义，敞当共之。”式耜曰：“子无留守之责，可以去。”同敞正色曰：“死则俱死耳。”遂留，与式耜饮。明灯正襟而坐。督标戚良勋牵三马至，跪而请曰：“公为拥戴元老，系国安危。身出危城，尚可号召诸勋，再图恢复。”式耜曰：“四年忍死留守，其义谓何？我为大臣，不能御敌，以至于此，更何面目见皇上、提调诸勋乎？”遣之出城。复有家人泣请曰：“当忍须臾，次公子从海上来，二三日且至，万里赴行在，乞一面而诀。”式耜曰：“吾重负朝廷，尚念及儿女耶？”亟挥之曰：“去，毋乱我。”
厥明六日，清师入。二公衣冠南面坐，兵士望见，以为神，不敢入，乃发数千人围之。被执。式耜欲入与妾诀，同敞牵臂止之曰：“徒乱人意耳。”遂行。见定南。定南曰：“汝阁部耶？好阁部。”式耜曰：“汝王子耶？好王子。”定南箕踞于地，曰：“坐。”式耜曰：“我不惯趺坐。”定南肃然起，且揖之。见同敞，曰：“汝何人？”左右命之跪。敞大骂曰：“汝非我毛姻家仆耶？提溺器时，谁为汝跪？”定南大怒，厉声曰：“余大圣人之后也。”敞曰：“汝等已为虏，辱侮先圣，罪当死。”定南气咽，直前批其颊。旁武士或牵项，或以刀背折足，强作跪状。敞大骂，不屈。牵去，将斩之。式耜正色叱曰：“张司马国之大臣，不得无礼。死则吾同死。”定南素重留守，悚然遂止。因曰：“某年二十起兵海上，横行山东，南面称孤。后为清将，赐号称王，拥众数万，任以南方之事。富贵如此。公今日降，明日亦然。《语》曰：”识时务者呼为俊杰‘。清自甲申乘闯贼之变，躏入中国，五年之间，南北一统。天时人事，意可知矣。公守一城扞天下，数年于兹，屡挫强兵，能已见于天下，尚复谁为乎？不若转祸为福，建立非常，以事明者事清，毋忧富贵。空以身膏草野，谁复知之？“式耜曰：”汝为丈夫，既不能尽忠本朝，复不能自起逐鹿，称孤未几，甘为鹰犬。俊杰固如是乎？尚得以时务富贵欺天下男子耶？本阁部无功德异能，受累朝大德，位三公，兼侯伯，常愿殚精竭力，扫荡中原。今志不就，自痛负国，虽刀锯汤镬，百死莫赎，尚蒙耻求活耶？一死足矣。毋多言。“定南知不可屈，愈欲降之。同敞叱曰：”岂有天朝大臣降者？“定南愈重之，馆两人于别所，防御甚严，而供张饮食如上宾。
式耜日与同敞赋诗，慷慨赓和。清臬司王三元、苍梧道彭旷，皆式耜里人也，定南使说以百端。不应。复进曰：“国家兴亡，何代无之？生若朝露，何自苦如此？公可剃发为僧，自当了悟。为世人所不能为，岂仅仅守拘儒之节耶？”式耜曰：“僧者，降臣之别名也。佛即圣人，圣人，人伦之至也，未识人伦，何谓了悟？”王、彭见其至诚，喟然曰：“嗟呼！此真正人。”不敢复言。
会式耜遣死士遗焦琏书，极言清兵羸弱、城中空虚状，劝琏急提兵抵桂林。且曰：“中兴大计，毋以我为念。”逻卒得之以献定南，定南大恐。
闰十一月十七日晨，请二公。式耜方食。食彻，与同敞振衣出。谓敞曰：“我两人多活四十一日，今事毕矣。”敞曰：“快哉！行也。今日获死所。”士卒皆为泣下。二公颜色不变，洋洋如平时。敞藏一白网巾于怀，至是服之，曰：“为先帝服也，将服此以见先帝。”至独秀山下，式耜指曰：“一生只爱泉石，愿死于此。”整衣冠争就刃。俱被害。日色无光，大雷冬发。远近士民皆为流涕。同被难者，旗鼓陈希贤、锦衣卫杨芳龄、家人陈祥。