丙戌，隆武二年正月乙酉朔，上在建宁，不受朝贺，以三大罪自责，百官皆戴罪从征。交趾、日本国皆遣使入贡。马士英扣关求入朝，上数其罪，谕守关官兵勿纳；士英七疏自理，终不许。监国鲁王遣柯夏卿、曹惟才来聘，上加夏卿兵部尚书、惟才光禄寺少卿，手敕谓：朕无子，王为皇太侄，同心戮力，共拜孝陵；朕有天下，终致于王。取浙东所用职官皆列朝籍，不分彼此。寻遣佥都御史陆清源解饷十万，给防江将士；清源散给不平，兵哗而遁，或曰士英使之也。以苏观生兼吏兵二部尚书、行在文渊阁大学士，出为经略；赐尚方剑，便宜行事。上亲祖于殿门，赐银印曰：“瞻奉南北山陵，安集军民文武”。召见泉州布衣蔡鼎，授为军师。二月，诏宽逆案之禁。上曰：北京陷于东林、南都亡于魏党，厥罪维均。今中兴之初，嘉与维新，其附党诸臣概予洗涤，以收后效。擢堵胤锡右副都御史，巡抚湖广。丁亥，大雨雹，闽所无也。广西有僧，自称弘光，上召九卿科道将议迎请。廷臣曰：即真弘光，甫经失国，有尊奉而无迎请。已而，有司审知其伪也，下狱诛。亨嘉俘至福京，下诸王议，废为庶人，以幽死；诛其臣顾奕、吴之琮、杨国威、张龙翼等。三月戊申朔，督师大学士黄道周殉节于南京。上闻，痛哭辍朝，赠文明伯。上将出汀州入赣，芝龙使军民数万人遮道号呼拥驾，不得行。芝龙因具表请回天舆，上不得已，驻跸延平。辛未，吉安破。郑彩弃广信，奔入关。未几，抚州亦破。初，汀、邵间有大帽山峒峦最强，屡征不服。永宁王诱之出降，以与大清兵战，屡捷，遂复抚州。
大清兵围之，郑彩屯广信府，永宁王请救，其监军给事中张家玉以三营往，围暂解。已而复合，彩军溃，抚遂破。永宁王死之，峒峦亦散。报至，行在大震。上削彩职，戴罪图功。廷麟、元吉退守赣州，大清兵进攻之。四月五日万寿节，不受朝贺。命礼臣追复建文年号，立忠臣方孝儒祠。五月，琉球入贡。廷试贡生，取万荆等十二人，命为萃士，照庶吉士例，送翰林院教习。升湖广章旷为佥都御史，巡抚湖北。杀鲁监国使陈谦。谦奉命入闽，久驻衢州，持两端，自云鲁已封靖夷侯，欲以邀封；上召入闽，御史钱邦芑劾之，隧下狱。将杀之，芝龙与谦有旧，亟入朝，请以官赎谦死。上故留芝龙久语，而促行刑；芝龙出，已死矣。芝龙厚殓之。由是益怀异志。加吏部尚书郭维经六省督师衔，募兵援赣。六月，福京乡试，上命广额七十名，流寓者皆入试；以编修刘以修、闵肃为主考，取叶琐等一百七十五名。士子多以贿进，乃命覆试，落四名，逮同考推官王三俊下狱，追赃一万两。浙东师溃，鲁王航海，鸿逵逃归浦城；事闻，上夺其封爵。七月，元子生，大赦；加恩从龙诸臣，悉进爵。御史钱邦芑言：浙东新破，唇亡齿寒，举朝同仇之日，非覃恩受赏时也；不报。己巳，上御门，内侍奉小匣至御前。上谕群臣曰：朕本无利天下心，以勋辅拥戴，不得已勉徇群情，浣衣粝食，有何人君之乐！朝夕干惕，恐负重付；岂意诸臣已变初志。昨巡关之使，得尔等出关迎降书二百余封；今俱在此，朕不欲知其姓名也，命锦衣卫焚之午门前。尔诸臣其有名者，尚洗心涤虑；否则，亦竭节奉公，不渝始终，是所望也。上一身丰颐，声如洪钟，闻者悚息。上锐志出赣，而芝龙百计沮之，欲留上以自重。既而阴通款于洪承畴，尽彻关隘水陆之兵。大清兵既破浙东，长驱而前，如入无人之境。何腾蛟遣郝永忠以铁骑五千迎驾，将至韶州，而大清兵已入衢州。八月乙未，抵关，上即日如汀州；庚子，入城。
辛丑，有十余骑叩城，曰“扈跸者”；开门纳之，则追骑也。从官迸散，遂执上与曾后去。后至九龙潭投水，上遇害于福京。粤中立国，上尊号曰“思文皇帝”。或曰建宁代死者为唐王聿钊、汀州代死者为张致远，上实未死。其从亡之臣，赖垓、熊纬。其后朱成功屯兵鼓浪屿，有遣使存问诸臣者，云为僧于五指山；然亦莫必其真伪也。永历十一年，上谥曰“绍宗襄皇帝”，后曰“襄皇后”。
帝英才大略，在藩服之时，已思有所施为；及遭逢患难，磨砺愈坚。两京既覆，枕戈泣血，躬行节俭，以裕兵食。性喜文词，手撰三诏、御制祖训后序、行在缙绅便览序，皆典雅可诵。所至访求书籍，亲征亦载书数十乘。听纳谏说，拔钱邦芑、金堡于下僚，置之言路，欲其有所开陈。章奏朝至夕发，或送后代批。后亦读书通明，识治体，上尝与之决事。笃念旧恩，不遗纤微；于从龙诸臣，恩泽尤渥，不可不谓天生之令主也。夫郑氏起盗贼，目无君王，据有全闽，富贵以盈，始愿亦不及此也；而欲责以鞠躬尽瘁，经营天下，难矣。帝之托于郑氏，所谓“祭则寡人”而已。其二、三心膂之臣所藉以恢复者，如黄道周、苏观生，皆儒雅可观，将略未优。又束缚其足，不能一展所长；悲夫！悲夫！天之所废，谁能兴之？虽有忠义，如之何哉？
三
永历帝
永历帝讳由榔，神宗之孙、桂恭王常瀛少子也。常瀛，李贵妃出；万历二十九年封，天启七年始就国衡州。衡在江湖之表，地僻远。崇祯九年，封由榔永明王。十六年，张献忠陷衡州，桂王由永州入粤西；王被执，系道州，征蛮将军杨国威遣部将焦琏率兵至，负王渡河，得免。明年，桂王薨于苍梧，遂葬焉，号兴陵。长子安仁王由〈木爱〉袭封，未几亦薨。
丙戌春，思文帝遣司礼监太监庞天寿册为桂王，居肇庆府。秋九月，福州不守；两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、巡按御史王化澄与故大臣吕大器等，议所立。先是，思文帝常语群臣曰：永明神宗嫡孙，正统所系，朕无子，后当属诸。乃共推永明王。太妃王氏曰：诸君何患于无君！吾儿仁柔，非拨乱才也，愿更择可者。魁楚请之坚，遂以十月壬辰监国肇庆，祭告天地宗庙。加魁楚东阁大学士，进式耜吏部左侍郎东阁大学士摄尚书事，永茂请终制，化澄等皆进爵。甲辰，湖广督师大学士何腾蛟、巡抚兵部右侍郎堵胤锡等上表劝进，优诏答之。司礼监王坤至自汀州。知隆武帝已殂，群臣请即大位。是月四日，大清兵破赣州，丁魁楚闻败，仓卒奉监国走梧州。故大学士苏观生遗书魁楚，欲预拥戴，魁楚拒之，观生乃自南韶还师。十一月癸卯朔，立唐王弟聿〈金粤〉于广州，改元绍武；以与肇庆相拒。甲寅，王还肇庆。庚申，即皇帝位，以明年为永历元年。追尊皇考曰“端皇帝”，尊继母太妃王氏为皇太后、生母马氏为皇太妃，册妃王氏为皇后，上隆武帝尊号曰“思文皇帝”。大赦。封太后弟王国玺武靖伯，皇后父王略长洲伯，
太妃侄马九功镇远伯。给事中彭耀宣谕广州，观生杀之；乃以兵部侍郎林桂鼎督总兵李明忠、龙伦、苏聘等讨之，战于三水，唐王兵败。十二月甲戌，复战于海口，佳鼎败殁，肇庆大震。复以王化澄为兵部尚书往督师。起李永茂为大学士，未几亦罢去。十二月，大清遣巡抚佟养甲、总兵李成栋，由福建越潮、惠，俱下之；丁亥，潜师袭广州，执聿〈金粤〉，观生自缢。聿〈金粤〉与周、益、辽等二十四王，俱及于难。报至肇庆，瞿式耜请守峡口，司礼监王坤难之；乃以朱治〈忄间〉为两广总督，守肇庆。上出幸梧州。是月，大清兵取川北，张献忠诛。
丁亥，永历元年春正月癸卯朔，上至梧州。李成栋分兵徇南韶，自率兵向肇庆，朱治〈忄间〉走肇庆降。上由梧州走平乐，丁魁楚避入岑溪县守险，王化澄走浔州；成栋别将杨大福、张月等，下高、廉、雷三府。癸亥，上入桂林，欲幸楚；遣使湖南，慰劳督师定兴侯何腾蛟等，并趋其兵入卫。乙丑，梧州破，广西巡抚曹烨降。兵科给事中陈邦彦起兵于高明，原任兵部右侍郎张家玉起兵于东管。征四川吏部尚书文安之、云南吏部侍郎王锡衮入阁，不至。乃以翰林学士方以智为东阁大学士入直，未几为僧去。锡衮寻为沙定洲所杀。是时，献忠部将孙可望等由川、贵入云南。魁楚为追骑所及，降，成栋杀之于藤江；平乐亦不守。桂林闻报，大恐；会武冈镇刘承胤兵至全州，即赴之。二月丙戌，上幸全州。瞿式耜谏不听，因自请保桂林；乃以式耜兼吏、兵二部尚书督师留守，以总兵新兴伯焦琏兵隶麾下。封刘承胤安国公，马吉翔、郭承昊、严云从等皆为伯。以礼部尚书吴炳兼东阁大学士，入阁办事。刘承胤以三千人援桂，自奉上归武冈。三月癸亥，上至武冈，改为奉天府，以氓府为行宫。大清兵攻桂林，焦琏击却之。
是时，长沙、常德俱失，何腾蛟与郝永忠等退保衡州；张先璧走宝庆，堵胤锡走永宁卫。忠贞营李赤心等攻荆州，不克，溃入归、巫两江间。马进忠、王有才等遁五溪山中。武冈远在宝庆西，依承胤以为重，承胤遂专恣。六月庚午朔，何腾蛟朝行在；上慰劳再三，锡金币。大学士陈子壮起兵于九江镇；秋七月甲辰，率舟师围广州，不克。命腾蛟督诸镇兵守衡州；未至，衡已破，永忠等南走，腾蛟退保永州。湖南巡抚章旷卒于军。八月己巳朔，以户部侍郎严起恒为东阁大学士。壬午，大清兵破宝庆。刘承胤拒战，败绩，遂降。马吉翔等奉上及两宫斩关出，夜走靖州；商丘伯侯性持兵入卫，由通道县入蛮境，出古泥以达柳州。大学士吴炳扈从不及，死之。九月，李成栋破清远；兵科给事中陈邦彦被执，不屈见害。冬十月，土司覃鸣珂与守道龙文明相攻，遂陷柳州，大掠，矢及上舟。丁丑，上南走象州。兵部尚书张家玉兵败死之。时，大清已定湖南，西入黎平，永州亦破。郝永忠、卢鼎等俱入桂林，何腾蛟与严起恒随至，与留守瞿式耜议分地给诸镇，俾自为守。式耜以督焦琏兵复阳朔及平乐府，陈邦傅亦由滨州复浔州，合兵复梧州。粤西既定，屡请上入桂林。十一月丁酉朔，上回桂林。式耜与严起恒、王化澄并入直，腾蛟督师入全州。大清兵破高州，大学士陈子壮被执不屈，磔死。