亡何，吴三桂从本朝大兵入北京败贼，贼遯而西；山东、河南士民皆结寨屯聚，杀贼所置伪官以望王师。可法请立遣使北行，齎诏抚谕，使中原知中国有君，则人心南向，而大业有成。疏入报可。时四镇不即守所分地，暴横江北。杰欲驻扬州，扬州民城守不听入，杰纵军大掠。进士郑元勋与诸有司语，稍欲为两解；众疑其私于杰，竞起击杀之。而良佐亦驻凤阳，诸邑士民争诣阙言状。诏可法往慰解之，使可归镇。可法先至得功军，得功听命；至良佐、泽清军，皆诺。乃至杰军，杰素惮可法，具櫜键迎谒；升帐之日，洒然变色易容。可法知其军可用，欲以诚感之。裨校以下，人人召见抚慰；而责杰曰：将军之所以贵显者以有天子也。如不奉天子诏，而妄冀非所属之地，则诸将军与扬州之民，皆得弯弓而射将军，将军又何辞以对？杰色沮，默然者久之。然浸视为易与，止可法宿军中，易所隶卒，而更遣部下百人给事左右。可法拊循之，勉以大义，百余人皆感泣。传语军中曰：史相公我主也。杰惧将士皆向可法，而又深服其诚，乃谨事可法，请受命，然终欲驻扬州。可法乃集扬民曲谕，至以身为质，使罢守；奏以瓜州屯杰众。可法遂留扬州，开幕府治事，设馆礼贤，招徕天下智谋之士及稍通天文者并阴符、六壬、遁甲诸术者，皆廪饩之；募士得胜铠甲者百余人。复上疏请行保举之法，以补危疆守令；许之。旋诏可法谕四镇厉兵秣马，驻防河淮，刻期进师。
当可法出，士英未敢即倍之；可法疏请饷，士英命户部百方应之。可法分给诸镇，诸镇益和，乃稍言进取事。而大清兵已收山东，且闻新立天子，使人以书贻可法，引“春秋不讨贼、新君不得即位”之义，将移师问不当立者。可法表上其书，劝朝廷为自强计。而自为书答之曰：阅贵国来书，以本朝立君为非是，幕府窃怪之。夫国破君亡，宗社为重；经纶草昧，正利建侯之日也。夫是二、三元老，谓大位不可以久虚、神人不可以无主，相与迎立今上，以系天下之心。今上非他，神宗之孙、光宗犹子、大行皇帝之兄也。名正言顺，天与人归。即位数日，幕府受命誓师江北，刻日西征。忽闻吾大将军吴三桂借军贵国，破走逆贼，为我先帝后发丧成礼；凡吾大明臣子，无不举手加额，岂但如明谕所言“感恩图报”已乎！谨于八月薄治筐篚，遣使犒师，兼欲请命连兵西讨；是以王师既发，复次江淮。辱引“春秋”大义来相责告，此又为“列国君薨，世子应立；有贼不讨，不忍死其君者”立说也。若天下共主身殉社稷，青宫皇子并遭荼毒，而或牵拘“不即位”之说，坐昧大一统之义；中原鼎沸，仓卒出师，将何以维系人心、号召忠义也？贵国在先朝，夙膺封号，载在盟府。后以小人交构，致起兵端；先皇帝痛疾之，旋加诛戮。此贵国之所知也。今乃痛心本朝之难，驱除乱逆，可谓大义复着于“春秋”矣。昔契丹和宋，岁输金缯；回纥助唐，不利土地。况贵国笃念世好，兵以义动；若乘我家难，为德不卒，以义始而以利终，贵国又岂其然？至于牛耳之盟，则本朝使臣业已在道，不日抵燕，奉盘盂从事矣。幕府即日奖率三军，长驱渡河，以穷狐鼠之窟，光复神州，以报今上皇帝及大行皇帝之恩。人臣无境外交，贵国即有他命，不敢与闻。
可法锐意西征，而诸镇兵在淮上者泽清、良佐营，营徒虚夸不足用。惟杰所统至四万人，皆山陕劲卒，可法欲使为前锋。与杰往复，多推重之，许扬州府第处其妻子。杰大喜，约刻日进取开、归。可法为请军谕于朝，而大铖为士英画策，以四镇与可法协，为不利己，而尤畏杰；阴欲裁抑之，且使可法不见信也。于是，四镇缺饷，则号可法。可法以闻，士英应之益缓。又数降诏趣可法出师。可法以示四镇，皆曰：不能给我饷而责我战乎？于是，可法坐困。
亡何，士英排众议，起大铖兵部侍郎，使握兵政。群臣交章论劾，疏数十上，皆不报；而姜曰广、高弘图、徐石麟、刘宗周等以次去位。可法乃上言欲用大铖者以才，争大铖者以逆案也；大铖即可用，何必罪争者；即不可用，当采众议。何至以一人坏天下大计乎！不听。大铖悉引其党布于朝，朝政益乱；凡可法所奏请，辄格之。
大清兵已入海州，破宿迁；可法遣总兵刘肇基往援，而诛东镇将丘磊，以其将航海降也。可法檄诸镇出兵，高杰首奉命渡泗水，遣所部王之纲前驱，薄睢阳。可法亦自率新募兵进次河上，建大纛南岸，戒师期；所请铠仗刍粮皆不至。可法乃上疏曰：自三月以后，陵庙荒芜、山河鼎沸，逆贼鼠窜，一矢未加。臣备员督师，死不塞责。昔晋之东也，其君臣日图中原，而仅保江左；宋之南也，其君臣尽力楚蜀，而仅保临安。盖偏安者之却步未有意在偏安而遽能自立者也。大变之初，君臣洒泣、士庶悲歌，痛愤相乘，犹有朝气。今兵骄饷绌、文恬武嬉，暮气及矣。屡得北来谍报，皆言兵必南下，水则调广丽船，陆则分布精锐，黄河以北悉遭没沦；而我河上之防百未经理，人心委靡，威令不行。复仇之师不及关陕，讨贼之约不出北庭，晏然以不共戴天之仇置之膜外；遂使敌国反得以僭逆加我，辱我使臣、蹂我近境，是和议断断不成也。宗社安危，决于此日；虽破釜沉舟，尚恐无救。况庙堂规画、百执事之经营，尚有未尽然者乎！夫将之所以能克敌者气也，君之所以能驭将者志也；庙堂之志不奋，则行间之气不张。夏之少康，痛心出窦，终缵旧服；汉之光武，抚膺河北，亦奄万邦。惟愿陛下之为少康、光武，不愿左右侍御之臣轻以晋元、宋高之说进也。为今日计，宜速下讨贼之诏，严责臣与四镇悉简精锐直入秦关，悬上赏以待有功、假便宜而责成效。丝纶之布，感愤激发，四方忠臣义士必有闻风投袂而起者矣。国家遭此大故，陛下承统，原与前代不同。诸臣有罪当诛，无功可录，幸免斧锧，已为大臣。臣于登极诏藁，时去“加恩”一条，不意颁发之日，内复开载。使他国见之，亦当窃笑。今复纷纷陈乞，貂珰满座、保傅荐加，名器滥觞，于斯为极。似宜稍加毖慎，以待战功，庶使行间戮力者有所激劝。至师行讨贼，莫急于饷。搜括既不可行、劝输亦觉难强，宜将内库所有本、折，尽佐军需。其余不急之工、可省之费，一切报罢；朝夕之宴衎、左右之进献，一切谢绝。即事关大典、万不容废者，亦概从俭约。盖盗贼一日不灭、神京一日不复，即有深宫曲房岂能晏处！即有锦衣玉食岂能安享！此时一举一动，皆人情向背所关、敌国窥伺所及也。必得陛下早作夜思，念祖宗之鸿业，复先帝之深仇，振举朝之精神，萃四方之物力，以并于选将练兵之一事；庶乎人心可救、天意可回耳！臣待罪戎行，不宜复预朝政，然安内实攘外之本，故痛加直陈，惟陛下留意。
可法受事数月，疏凡数十上，皆中兴大故，言极痛愤；草成，辄呜咽不自胜，幕下士皆为饮泣。是时朝廷颇骛声色，恶闻危乱。士英、大铖争门户，起大狱，欲杀尽清流以快己意；出师、聚饷，不暇及也。
乙酉春三月，大清兵分二道，令沂州、济宁兵从泇口渡河，掠邳、宿；彰德、卫辉兵从孟津渡河，逼归、徐。可法言：我与北兵仅隔一河耳；今已渡河，长驱而东，旦夕不守。乞多给军饷，移德功、良佐兵驻颖、亳，以杰守归、徐，戮力同心，无分疆域，臣犹恐江南半壁未能高枕而卧也。疏入，不省。韩城人卫胤文，前为左中允，受伪命，与高杰同乡；杰荐留监己军。闻朝中严治从逆者，惧而欲媚士英以自解。以士英忌可法，乃上疏曰：国家兵事问镇臣、粮饷问部臣，督师赘也。且可法空得名耳；朝廷当召置内员，备顾问。否则，听归故里，养其高望。陛下若念推戴功，则爵之侯伯，优其廪饩，毋令久当津要为也。疏入，诏切责胤文。士英等心是之。可法上疏乞罢；不许。已而，杰所遗荡寇将军王之纲与许定国争睢阳不决，定国伪纳好于杰；杰至，则置酒伏兵杀之。诘旦，兵士攻城而入，定国北走降于大清。之纲等遂大掠睢阳，兵仓卒未有属。可法闻变，疾驰至徐州，抚定其军，复请用杰部将李本身为都督。士英闻可法大得杰军心，勿善也；乃擢胤文为兵部右侍郎，总督兴平营。将士怒胤文，莅任之日，无一人至者。可法再三讽谕之，忘其为劾己也。之纲等益以此归可法，即胤文亦心折焉。都督之命久不下，杰军士皆弃汛奔还。
时，大兵已悉渡河。值庄烈帝讳日，诏使可法等望祭河上。可法因言：天星已周，君仇未复，乞先治臣罪，以谢天下。亡何，大兵破蒙山，逼归、徐，江南震恐。乃下诏从可法议，以李本身为左都督，尽护杰诸将；而已无及矣。夏四月，可法移镇泗州，合诸军防御。而京师有伪太子事。诸臣失职者，咸欲藉名攻士英。宁南侯左良玉遂发兵反，移檄远近，南都戒严，密诏可法督诸军渡江击良玉。可法言：北势日迫，请留诸镇兵迎敌。亲往谕良玉，要与俱西，有功则割地王之，宜无勿听；即勿听，击之未晚。诏切责可法。可法于是合诸镇兵倍道入援。抵浦口，将入朝面陈可否；士英等惧，谓可法且为内应，不许。大兵已入亳州、向邳州，徐、泗告急。复诏得功等渡江。可法还扬、泗，痛哭而返；昼夜兼行抵泗，而泗州守将李遇春已以城降，可法退保扬州。大兵遂破徐州，降将李成栋引而南，攻扬州新城。可法方在旧城，急檄防河诸镇兵赴援，李栖凤、张天禄等皆不听。刘肇基、乙邦才、楼挺、庄子固等各率所部入城，可法乃与主事何刚、知府任民育及肇基等昼夜乘城。降将李遇春持豫王檄，至城下招可法，可法登陴骂之。遇春曰：公忠义闻华夏而不见信于朝，死无益也。何如遨游二帝，以成名乎！可法怒，趣发矢射之，遇春走免。须臾，复令乡民持书入濠，呼守城者求入见。可法缒健卒，投其人及书于水。豫王愈欲生致可法，戒诸军近城勿攻，而复遣人持书至。可法不启，趣焚之。豫王知可法终不可屈，麾军急攻。监军道高凤岐等逾城出降，城中益恐。可法乃为书辞其母及妻，呼部将史德威曰：我死，当葬我于高皇帝之侧；不能，梅花岭下可也。复擐甲上城。豫王复以诏书招之，可法守益坚。相距十昼夜，大兵四面急攻，可法乃祷于天，发炮击伤千人。豫王怒，自督劲卒力攻。城西北隅急崩有声如雷，守陴者不退，发矢如雨；城下死者山积，大兵藉以登城，城遂陷。
先时，可法谓庄子固曰：城一破，托君剸刃。子固许之。是时，引颈向子固；子固勿忍，可法乃拔刀自刎。子固与参将许谨共抱持之，血满衣袂，未绝；子固等拥之出城，及小东门，遇大兵，子固及许谨等皆死。可法语大兵曰：我史阁部也，可引见汝兵主；遂见豫王。王劳之曰：前以书为请，而先生不从，今忠义既成，当畀重任，为我收拾江南。可法曰：我来此祗索一死耳。王曰：君不见洪承畴乎？降则富贵。可法笑曰：尔国待承畴，岂能过先帝？彼受先帝厚恩而不死，其不忠于尔国明矣。我讵肯效其所为！王命将宜尔顿伴之三日终不降，乃杀之。宜尔顿为之棺殓；军中匆遽，未及识姓名于棺，遂不可辨。而肇基等率死士巷战，移时杀千余人；兵来益众，肇基矢贯额死、邦才自刎死、楼挺死于城上。其余文武将吏死者甚众，家人史书、书记顾起龙、龚之厚、陆晓、唐经世等，皆从可法死。扬州既陷五日，得威报赴京师，举朝不知所出。又数日，上出奔太平。又三日，京城溃。