小说写到第２９回，所反映的时代背景，已是１９世纪末期甲午海战之后的情状。北洋海军乃洋务运动的产物，海上一场恶战，竟不抵岛国日本，几至全军覆没。这沉痛的教训给思想文化界以极大的震动，通达之士为之猛醒，他们清醒地意识到：政体不变革，单是办办洋务，终究是难以拯救衰敝的祖国。这种以变革政体为核心内容的维新思想，在甲午海战之后颇为盛行一时。
与此同时，更有一些思想激进的知识分子，他们以为清朝政府已经腐败透顶，顽固派势力在朝廷占居绝对优势，以和平的方式去变革政体，只不过是浪漫的幻想，最终难以付诸实践。那么，他们的政治主张又当如何呢？第２９回叙及革命派领袖人物杨云衢（影射杨鸿飞）的演讲辞，从而明确揭示了革命派政治主张的本质内容：“现在的中国少不得革命的了！但是不能用着从前野蛮的革命，无知识的革命。以前的革命，扑了专制政府，又添一个专制政府，现在的革命，要组织我黄帝子孙民族共和的政府。”很显然，这种以“推翻专制，建立共和”为核心的政治主张，比之于维新思想来得更为激烈，亦更为切实！但是，在小说所描写的那个特定时代，革命派思潮尚未风靡社会。第２９回叙及革命中坚人物陈千秋只身赴沪，试图联络同志，发展革命力量，而结果却令他大为失望。偌大一个上海，竟难觅知音。且不论花天酒地、醉生梦死的浪子以及惟知买进卖出、胆小怕死的商贩，即使“大家推崇的维新外交家王子度，也只是主张废科举，兴学堂；众人惊诧的改制新教王唐猷辉（影射康有为），不过说到开国会，定宪法。都是扶墙摸壁的政论，没一个挥戈回日的奇才”。陈千秋的忧愤，既表达了对维新派切中肯棨的批判，又反映了革命派思想尚缺乏知音的时代特征。革命派思潮风行于世，那是戊戌变法失败之后的事情，然而，《孽海花》并未及此便匆忙收场。
总之，循着作者的笔触，不难寻绎出３０年间政治、文化的演变史，从而，使小说具有了“历史哲学”的意味和境界。虽然，小说中不乏对清延腐败的揭露和谴责，然而，它只是在反映政治文化变迁史过程中的附带而已。因此，《孽海花》终究是一部“历史小说”。只有把握了它的这一本质特征，对这部小说的理解就会深入一层。
当然，历史小说并非历史教科书，即使它取材真实，人物亦历历可考（据考证，小说中人物有生活原型者达２７０余人），但是，绝不可把它与历史生活本身等量齐观。它毕竟是一部精心结撰的“奇妙与真实”结合的文学作品，作者以状元郎金雯青（影射洪钧）与名妓傅彩云（影射赵彩云）的婚姻生活故事为情节主线，将３０年间重要历史事件的侧影及其相关的趣闻佚事，加以剪裁提炼，熔铸成篇。
《孽海花》的结构颇具独创性。作者曾对此作过极为形象而确切的比喻。“譬如穿珠，《儒林外史》等是直穿的，拿着一根线，穿一颗算一颗，一直穿到底，是一根珠练；我是蟠曲回旋着穿的，时收时放，东西交错，不离中心，是一朵珠花。譬如植物学里说的花序，《儒林外史》等是上升花序或下降花序，从头开去，谢了一朵再开一朵，开到末一朵为止。我是伞形花序，从中心干部一层一层的（地）推展出各种形象来，互相连结，开成一朵球一般的大花。”（《修改后要说的几句话》）
《孽海花》作为历史小说，刻划人物性格吸取了我国古代“良史”的实录精神。同时，又借鉴了《儒林外史》“秉持公心，指摘时弊”的讽刺手法，以写实笔法评说事件、权衡人物。即使对威毅伯（影射李鸿章）这样的人物，亦绝非一概骂倒，既写他在甲午海战中负有“因循坐误”的历史责任，又不是把失败的全部责任统统归咎于他，西太后挪用“一国命脉所系”的海军经费，威毅伯又如之奈何呢？既写他害怕开战的胆怯心理，又写他的知己知彼、老成持重。既写他签订丧权辱国的《马关条约》，因而遭到国人唾骂，又从深层次写出签约的根源在于国家的贫弱。总之，在作者笔下，威毅伯不是一个被简单化、脸谱化了的人物，而是一个具有历史真实感的艺术形象。
《孽海花》在艺术方面，亦多有不足之处。其结构虽云工巧，独创性亦显而易见，但是，把３０年间历史重大事件连结于金、傅婚姻生活故事这条主线，终难免有牵强之处。然而，所有这些终究是白玉中之微瑕而已。
一霎狂潮陆沉奴乐岛卅年影事托写自由花
江山吟罢精灵泣，中原自由魂断！金殿才人，平康佳丽，间气钟情吴苑。輶轩西展，遽瞒着灵根，暗通瑶怨。孽海飘流，前生冤果此生判。
群龙九馗宵战，值钧天烂醉，梦魂惊颤。虎神营荒，鸾仪殿辞，输尔外交纤腕。大千公案，又天眼愁胡，人心思汉。自由花神，付东风拘管。
却说自由神，是哪一位列圣？敕封何朝？铸象何地？说也话长。如今先说个极野蛮自由的奴隶国。在地球五大洋之外，哥伦布未辟，麦哲伦不到的地方，是一个大大的海，叫做“孽海”。那海里头有一个岛，叫做“奴乐岛”。地近北纬三十度，东经一百八十度。倒是山川明丽，花木美秀；终年光景是天低云黯，半阴不晴，所以天空新气是极缺乏的。列位想想：那人所靠着呼吸的天空气，犹之那国民所靠着生活的自由，如何缺得！因是一般国民，没有一个不是奄奄一息，偷生苟活。因是养成一种崇拜强权、献媚异族的性格，传下来一种什么运命，什么因果的迷信。因是那一种帝王，暴也暴到吕政、奥古士都、成吉思汗、路易十四的地位，昏也昏到隋炀帝、李后主、查理士、路易十六的地位；那一种国民，顽也顽到冯道、钱谦益的地位，秀也秀到扬雄、赵子昂的地位。而且那岛从古不与别国交通，所以别国也不晓得他的名字。从古没有呼吸自由的空气，那国民却自以为是：有“吃”，有“着”，有“功名”，有“妻子”，是个“自由极乐”之国。古人说得好：“不自由毋宁死。”果然那国民享尽了野蛮奴隶自由之福，死期到了。去今五十年前，约莫十九世纪中段，那奴乐岛忽然四周起了怪风大潮，那时这岛根岌岌摇动，要被海若卷去的样子。谁知那一般国民，还是醉生梦死，天天歌舞快乐，富贵风流，抚着自由之琴，喝着自由之酒，赏着自由之花，年复一年，禁不得月啮日蚀，到了一千九百零四年，平白地天崩地塌，一声响亮，那奴乐岛的地面，直沉向孽海中去。
咦，咦，咦！原来这孽海和奴乐岛，却是接着中国地面，在瀚海之南，黄海之西，青海之东，支那海之北。此事一经发现，那中国第一通商码头的上海——地球各国人，都聚集在此地——都道希罕，天天讨论的讨论，调查的调查，秃着几打笔头，费着几磅纸墨，说着此事。内中有个爱自由者闻信，特地赶到上海来，要想侦探侦探奴乐岛的实在消息，却不知从何处问起。那日走出去，看看人来人往，无非是那班肥头胖耳的洋行买办，偷天换日的新政委员，短发西装的假革命党，胡说乱话的新闻社员，都好像没事的一般，依然叉麻雀，打野鸡，安垲第喝茶，天乐窝听唱；马龙车水，酒地花天，好一派升平景象！爱自由者倒不解起来，糊糊涂涂、昏昏沉沉地过了数日。这日正一个人闷闷坐着，忽见几个神色仓皇、手忙脚乱的人奔进来嚷道：“祸事！祸事！日俄开仗了，东三省快要不保了！”正嚷着，旁边远远坐着一人冷笑道：“岂但东三省呀！十八省早已都不保了！”爱自由者听了，猛吃一惊心想刚刚很太平的世界，怎么变得那么快！不知不觉立了起来，往外就走。一直走去，不晓得走了多少路程。忽然到一个所在，抬头一看，好一片平阳大地！山作黄金色，水流乳白香，几十座玉宇琼楼，无量数瑶林琪树，正是华丽境域，锦绣山河，好不动人歆羡呀！只是空荡荡、静悄悄没个人影儿。爱自由者走到这里，心里一动，好像曾经到过的。正在徘徊不舍，忽见眼前迎着面一所小小的空屋。爱自由者不觉越走越近了，到得门前，不提防门上却悬着一桁珠帘；隔帘望去，隐约看见中间好像供着一盆极娇艳的奇花，一时也辨不清是隋炀帝的琼花呢？还是陈后主的玉树花呢？但觉春光澹宕，香气氤氲，一阵阵从帘缝里透出来。爱自由者心想，远观不如近睹，放着胆把帘子一掀，大踏步走进一看，哪里有什么花，倒是个螓首蛾眉、桃腮樱口的绝代美人！爱自由者顿吓一跳，忙要退出，忽听那美人唤道：“自由儿，自由儿，奴乐岛奇事发现，你不是要侦探么？”爱自由者忽听“奴乐岛”三字，顿时触着旧事，就停了脚，对那美人鞠了鞠躬道：“令娘知道奴乐岛消息吗？”那美人笑道：“咳，你疯了，哪里有什么奴乐岛来！”爱自由者愕然道：“没有这岛吗？”美人又笑道：“呸，你真呆了！哪一处不是奴乐岛呢？”说着，手中擎着一卷纸，郑重地亲自递与爱自由者。爱自由者不解缘故，展开一看，却是一段新鲜有趣的历史，默想了一回，恍恍惚惚，好像中国也有这么一件新奇有趣的事情；自己还有一半记得，恐怕日久忘了，却慢慢写了出来。正写着，忽然把笔一丢道：“呸，我疯了！现在我的朋友东亚病夫，嚣然自号着小说王，专门编译这种新鲜小说。我只要细细告诉了他，不怕他不一回一回的慢慢地编出来，岂不省了我无数笔墨吗？”当时就携了写出的稿子，一径出门，望着小说林发行所来，找着他的朋友东亚病夫，告诉他，叫他发布那一段新奇历史。爱自由者一面说，东亚病夫就一面写。正是：
三十年旧事，写来都是血痕；
四百兆同胞，愿尔早登觉岸！
端的上面写的是些什么？列位不嫌烦絮，看他逐回道来。