初，浩之被收也，允直中书省。恭宗使东宫侍郎吴延召允，仍留宿宫内。翌日，恭宗入奏世祖，命允骖乘。至宫门，谓曰：「入当见至尊，吾自导卿。脱至尊有问，但依吾语。」允请曰：「为何等事也？」恭宗曰：「入自知之。」既入见帝。恭宗曰：「中书侍郎高允自在臣宫，同处累年，小心密慎，臣所委悉。虽与浩同事，然允微贱，制由于浩。请赦其命。」世祖召允，谓曰：「《国书》皆崔浩作不？」允对曰：「《太祖记》，前着作郎邓渊所撰。《先帝记》及《今记》，臣与浩同作。然浩综务处多，总裁而已。至于注疏，臣多于浩。」世祖大怒曰：「此甚于浩，安有生路！」恭宗曰：「天威严重，允是小臣，迷乱失次耳。臣向备问，皆云浩作。」世祖问：「如东宫言不？」允曰：「臣以下才，谬参着作，犯逆天威，罪应灭族，今已分死，不敢虚妄。殿下以臣侍讲日久，哀臣乞命耳。实不问臣，臣无此言。臣以实对，不敢迷乱。」世祖谓恭宗曰：「直哉！此亦人情所难，而能临死不移，不亦难乎！且对君以实，贞臣也。如此言，宁失一有罪，宜宥之。」允竟得免。于是召浩前，使人诘浩。惶惑不能对。允事事申明，皆有条理。时世祖怒甚，敕允为诏，自浩已下、僮吏已上百二十八人皆夷五族。允持疑不为，频诏催切。允乞更一见，然后为诏。诏引前，允曰：「浩之所坐，若更有余衅，非臣敢知。直以犯触，罪不至死。」世祖怒，命介士执允。
恭宗拜请。世祖曰：「无此人忿朕，当有数千口死矣。」浩竟族灭，余皆身死。宗钦临刑，叹曰：「高允其殆圣乎！」恭宗后让允曰：「人当知机，不知机，学复何益？当尔之时，吾导卿端绪，何故不从人言，怒帝如此。每一念之，使人心悸。」允曰：「臣东野凡生，本无宦意。属休延之会，应旌弓之举，释谒凤池，仍参麟阁，尸素官荣，妨贤已久。夫史籍者，帝王之实录，将来之炯戒，今之所以观往，后之所以知今。是以言行举动，莫不备载，故人君慎焉。然浩世受殊遇，荣曜当时，孤负圣恩，自贻灰灭。即浩之迹，时有可论。浩以蓬蒿之才，荷栋梁之重，在朝无謇谔之节，退私无委蛇之称，私欲没其公廉，爱憎蔽其直理，此浩之责也。至于书朝廷起居之迹，言国家得失之事，此亦为史之大体，未为多违。然臣与浩实同其事，死生荣辱，义无独殊。诚荷殿下大造之慈，违心苟免，非臣之意。」恭宗动容称叹。允后与人言，我不奉东宫导旨者，恐负翟黑子。
恭宗季年，颇亲近左右，营立田园，以取其利。允谏曰：「天地无私，故能覆载；王者无私，故能包养。昔之明王，以至公宰物，故藏金于山，藏珠于渊，示天下以无私，训天下以至俭。故美声盈溢，千载不衰。今殿下国之储贰，四海属心，言行举动，万方所则，而营立私田，畜养鸡犬，乃至贩酤市廛阝，与民争利，议声流布，不可追掩。夫天下者，殿下之天下，富有四海，何求而不获，何欲而弗从？而与贩夫贩妇竞此尺寸。昔虢之将亡，神乃下降，赐之土田，卒丧其国。汉之灵帝，不修人君之重，好与宫人列肆贩卖，私立府藏，以营小利，卒有颠覆倾乱之祸。前鉴若此，甚可畏惧。夫为人君者，必审于择人。故称知人则哲，惟帝难之。《商书》云：'无迩小人'。孔父有云：小人近之则不逊，远之则怨矣。武王爱周、邵、齐、毕，所以王天下。殷纣爱飞廉、恶来，所以丧其国。历观古今存亡之际，莫不由之。今东宫诚曰乏人，俊乂不少。顷来侍御左右者，恐非在朝之选。故愿殿下少察愚言，斥出佞邪，亲近忠良，所在田园，分给贫下，畜产贩卖，以时收散。如此则休声日至，谤议可除。」恭宗不纳。
恭宗之崩也，允久不进见。后世祖召，允升阶歔欷，悲不能止。世祖流泪，命允使出。左右莫知其故，相谓曰：「高允无何悲泣，令至尊哀伤，何也？」世祖闻之，召而谓曰：「汝不知高允悲乎？」左右曰：「臣等见允无言而泣，陛下为之悲伤，是以窃言耳。」世祖曰：「崔浩诛时，允亦应死，东宫苦谏，是以得免。今无东宫，允见朕因悲耳。」允表曰：「往年被敕，令臣集天文灾异，使事类相从，约而可观。臣闻箕子陈谟而《洪范》作，宣尼述史而《春秋》着，皆所以章明列辟，景测皇天者也。故先其善恶而验以灾异，随其失得而效以祸福，天人诚远，而报速如响，甚可惧也。自古帝王莫不尊崇其道而稽其法数，以自修饬。厥后史官并载其事，以为鉴诫。汉成帝时，光禄大夫刘向见汉祚将危，权归外戚，屡陈妖眚而不见纳。遂因《洪范》、《春秋》灾异报应者而为其传，觊以感悟人主，而终不听察，卒以危亡。岂不哀哉！伏惟陛下神武则天，睿鉴自远，钦若稽古，率由旧章，前言往行，靡不究鉴，前皇所不逮也。臣学不洽闻，识见寡薄，惧无以裨广圣听，仰酬明旨。今谨依《洪范传》、《天文志》撮其事要，略其文辞，凡为八篇。」世祖览而善之，曰：「高允之明灾异，亦岂减崔浩乎？」及高宗即位，允颇有谋焉。司徒陆丽等皆受重赏，允既不蒙褒异，又终身不言。其忠而不伐，皆此类也。
给事中郭善明，性多机巧，欲逞其能，劝高宗大起宫室。允谏曰：「臣闻太祖道武皇帝既定天下，始建都邑。其所营立，非因农隙，不有所兴。今建国已久，宫室已备，永安前殿足以朝会万国，西堂温室足以安御圣躬，紫楼临望可以观望远近。若广修壮丽为异观者，宜渐致之，不可仓卒。计斫材运土及诸杂役须二万人，丁夫充作，老小供饷，合四万人，半年可讫。古人有言：一夫不耕，或受其饥；一妇不织，或受其寒。况数万之众，其所损废，亦以多矣。推之于古，验之于今，必然之效也。诚圣主所宜思量。」高宗纳之。
允以高宗纂承平之业，而风俗仍旧，婚娶丧葬，不依古式，允乃谏曰：
前朝之世，屡发明诏，禁诸婚娶不得作乐，及葬送之日歌谣、鼓舞、杀牲、烧葬，一切禁断。虽条旨久颁，而俗不革变。将由居上者未能悛改，为下者习以成俗，教化陵迟，一至于斯。昔周文以百里之地，修德布政，先于寡妻，及于兄弟，以至家邦，三分天下而有其二。明为政者先自近始。《诗》云：「尔之教矣，民胥效矣。」人君举动，不可不慎。
《礼》云：嫁女之家，三日不息烛；娶妇之家，三日不举乐。今诸王纳室，皆乐部给伎以为嬉戏，而独禁细民，不得作乐，此一异也。
古之婚者，皆拣择德义之门，妙选贞闲之女，先之以媒娉，继之以礼物，集僚友以重其别，亲御轮以崇其敬，婚姻之际，如此之难。今诸王十五，便赐妻别居。然所配者，或长少差舛，或罪入掖庭，而作合宗王，妃嫔籓懿。失礼之甚，无复此过。往年及今，频有检劾。诚是诸王过酒致责，迹其元起，亦由色衰相弃，致此纷纭。今皇子娶妻，多出宫掖，令天下小民，必依礼限，此二异也。
万物之生，靡不有死，古先哲王，作为礼制，所以养生送死，折诸人情。若毁生以奉死，则圣人所禁也。然葬者藏也，死者不可再见，故深藏之。昔尧葬谷林，农不易亩；舜葬苍梧，市不改肆。秦始皇作为地市，下固三泉，金玉宝货不可计数，死不旋踵，尸焚墓掘。由此推之，尧舜之俭，始皇之奢，是非可见。今国家营葬，费损巨亿，一旦焚之，以为灰烬。苟靡费有益于亡者，古之臣奚独不然？今上为之不辍，而禁下民之必止，此三异也。
古者祭必立尸，序其昭穆，使亡者有凭，致食飨之礼。今已葬之魂，人直求貌类者事之如父母，燕好如夫妻，损败风化，渎乱情礼，莫此之甚。上未禁之，下不改绝，此四异也。
夫飨者，所以定礼仪，训万国，故圣王重之。至乃爵盈而不饮，肴乾而不食，乐非雅声则不奏，物非正色则不列。今之大会，内外相混，酒醉喧譊，罔有仪式。又俳优鄙艺，污辱视听。朝庭积习以为美，而责风俗之清纯，此五异也。
今陛下当百王之末，踵晋乱之弊，而不矫然厘改，以厉颓俗，臣恐天下苍生，永不闻见礼教矣。
允言如此非一，高宗从容听之。或有触迕，帝所不忍闻者，命左右扶出。事有不便，允辄求见，高宗知允意，逆屏左右以待之。礼敬甚重，晨入暮出，或积日居中，朝臣莫知所论。
或有上事陈得失者，高宗省而谓群臣曰：「君父一也。父有是非，子何为不作书于人中谏之，使人知恶，而于家内隐处也？岂不以父亲，恐恶彰于外也？今国家善恶，不能面陈而上表显谏，此岂不彰君之短，明己之美？至如高允者，真忠臣矣。朕有是非，常正言面论，至朕所不乐闻者，皆侃侃言说，无所避就。朕闻其过，而天下不知其谏，岂不忠乎！汝等在左右，曾不闻一正言，但伺朕喜时求官乞职。汝等把弓刀侍朕左右，徒立劳耳，皆至公王。此人把笔匡我国家，不过作郎。汝等不自愧乎？」于是拜允中书令，着作如故。司徒陆丽曰：「高允虽蒙宠待，而家贫布衣，妻子不立。」高宗怒曰：「何不先言！今见朕用之，方言其贫。」是日幸允第，惟草屋数间，布被缊袍，厨中盐菜而已。高宗叹息曰：「古人之清贫岂有此乎！」即赐帛五百匹、粟千斛，拜长子忱为绥远将军、长乐太守。允频表固让，高宗不许。初与允同征游雅等多至通官封侯，及允部下吏百数十人亦至刺史二千石，而允为郎二十七年不徙官。时百官无禄，允常使诸子樵采自给。
初，尚书窦瑾坐事诛，瑾子遵亡在山泽，遵母焦没入县官。后焦以老得免，瑾之亲故，莫有恤者。允愍焦年老，保护在家。积六年，遵始蒙赦。其笃行如此。转太常卿，本官如故。允上《代都赋》，因以规讽，亦《二京》之流也。文多不载。时中书博士索敞与侍郎傅默、梁祚论名字贵贱，着议纷纭。允遂着《名字论》以释其惑，甚有典证。复以本官领秘书监，解太常卿，进爵梁城侯，加左将军。