吴外、陈印各率党逸出。旭缚一贵等置牛车，赴八掌溪交游击林秀，王仁和驰报蓝廷珍。廷珍令解赴施世骠军前，而自往会讯。一贵尚自尊大，欲与提军抗礼，昂然而立。廷珍至，叱之跪，一贵犹妄称“孤家”，词甚不逊。廷珍怒，命捶其足。于是一贵及其党皆跪，伏罪请死。乃槛送厦门，听总督觉罗满保解京正法。又有大排竹人民斩杨来首级献林秀，秀函至府，竿示藁街。复据林秀等官兵、李必第、杨雄等乡壮报获吴外、陈印、李勇、陈正达、卢朱及就抚之林曹、林骞、林琏、郑惟晃、张看等，俱先后解至军前。
分遣朱文、谢希贤、吕瑞麟、洪平及自澎调至之守备闫威，以兵收复北路营诸罗县，擒斩贼目万和尚等。北路营千总陈徽、把总郑高率乡兵来迎。先是陈徽等于六月丙辰起民兵攻复诸罗县，斩贼目赖元改头祭罗参将，因王师未至，县治复为翁飞虎、江国论所夺，仍入山。至是乃出。招抚贼目曾贤、李德，随朱文等安辑各庄社民番。
分遣汀州镇中营游击景慧带领官兵收复笨港。又遣林亮、魏大猷、洪平以舟师赴笨港接应，平定沿海上下。而援淡之游击张駥、守备李燕、刘锡、千总李郡、淡水营守备陈策等，引兵南下半线。时朱文等已平诸罗，谢希贤引兵北上，与张駥等合。而北路千余里地方尽皆平复矣。
元凶既擒，余党解散。尚有当日倡谋渠魁伪称国公如杜君英、陈福寿、刘国基、江国论、薛菊、王忠、陈成、郑文苑及君英之子杜会三等未获。总督满保檄蓝廷珍擒抚之。重悬赏格，遣目弁外委分途缉捕。
方朱一贵作乱时，有下淡水客庄民人侯观德、李直三等建大清义民旗，奉皇帝万岁牌，联络乡壮拒贼。一贵遣陈福寿、刘国基、薛菊、王忠、刘育等领贼众数万攻其庄。六月十有九日已酉，侯观德等逆战于淡水溪，败之，阵斩刘育，杀贼兵及迫入水死者数万计，尸骸狼藉溪沙涧。陈福寿穷蹙自刎，为贼徒所救。闻王师已进安平五日，乃遁入山。刘国基、薛菊、王忠俱逃之郎娇藏匿。至是外委陈章遣谍至郎娇踪迹之。国基等三人皆在。章因与林尚、苏庚驾舟赴郎娇招抚，谕以国恩宽大，邀与俱来。三人皆首肯。有提督差员某继至，责贼迎拜不如礼。王忠闻之曰：‘今如此，到郡可知’。遂逃去。章以刘国基、薛菊见蓝廷珍。廷珍好言慰藉，以恩礼加之。
七月癸丑，江国论、郑元长等复聚余党竖旗于阿猴林。蓝廷珍发兵追剿。群贼已散，系旗林木中，国论、元长逃北路。其党陈逸谋于差员张腾霄，腾霄偕逸往抚之，乃与俱至。廷珍为之美衣服，听其出入遨游，而阴使人为之备。于是就抚诸贼，皆忻然自慰曰：‘江国论且然，我曹无患矣’。
六月，捷报至京
朝廷先得施世骠奏，大喜，特授赍摺人戴进官把总，赐世骠东珠、朝帽、蟒袍、黄带，异数有加。又以淡水营守备陈策升补台湾镇总兵官加左都督。
时台中疠疫盛行，从征将士冒炎威、宿风露，恶气薰蒸，水土不服，疾病亡故者多。参将林政、王万化、游击许华，先后俱殁于军。
八月十有三日辛未，怪风暴雨，屋瓦齐飞。风雨中流火条条，竟夜烛天。海水骤涨，所泊台港大小船，击碎殆尽，或飘而上之平陆。拔大树，倾墙垣，万姓哀号，无容身地。施世骠、蓝廷珍各终夜露立风雨中。军士蜂拥相携持，不敢动，稍举足则风飏颠仆，或裂肤破面流血。翼日霁静，郡无完宅，压溺死者数千人，浮尸蔽江，瓦桷充路。署台厦道陶范、府县高铎、孙鲁等，躬历民家，拊循流涕，发仓赈贷，瘗死扶伤。以风灾飞报上闻，朝廷发帑金赐恤，残黎始得更生。
诸罗一县未被风灾，而余孽杨君、李明等聚党劫掠盐水港。蓝廷珍遣人缉捕，悉擒之。又林君等煽诱奸民，竖旗六加甸，俱为知县汪绅文所获，并解至府，会同陶范、高铎、孙鲁等质讯。佥议押解内地。廷珍曰：‘甫平思乱，既赦复叛，此曹不可活也。今解入内地，不能不牵累无辜，恐民间人人自危。且上下审驳奏报，往返动隔经年，海外反侧地，非树威不足弹压。吾于就抚者加之恩，擒者弃诸市，庶奸徒悚息，可净尽根株耳。亟枭示众。定民心而固疆圉。有罪某自当之。军中义得专杀，无预诸君事也’。皆曰：‘诺’。九月壬辰，枭杨君、林君等为首四人，竿示其处，余党分列杖毙、枷馘、责逐过水。
复有黄辉、卓敬在旧社红毛寮聚谋为乱，声言罗汉门阿猴林有王忠等数千人接应，克日攻府。蓝廷珍发兵擒捕，搜获伪札，与陶范、高铎、孙鲁等会讯。辉与敬直承不讳，并斩之。
陈章访缉余孽，复于南路观音山招抚陈福寿以来。廷珍大喜，留福寿军中，以家人礼待之，服食皆从厚。远近贼徒，闻风思归诚者益众。杜君英久处山中，昼伏夜走，闻福寿就抚，颇心动。蓝廷珍檄外委守备施恩、陈祥，以谍者林生入罗汉门说之。君英恐见卖，欲得福寿面询情实，即与俱来。廷珍遣福寿同施恩等往。福寿尚病，载牛车以行。君英遂出。廷珍待以恩礼，一如福寿，饮食、居处、遨游，两人不相离也。君英尚留其子杜会三未出。越三日，知乃父无恙，千总何勉往说之，会三就抚。盖九月中旬十数日间，陈福寿、杜君英、杜会三俱罗而致焉。
提督施世骠自风灾惊悸疾作，以九月望日癸卯卒于军。蓝廷珍奉檄署理提督印务。
陶范、高铎见君英等诸贼出入自由，疑日久有意外患，言于廷珍曰：‘此曹皆元凶大憝，上所留意，今报获，旦暮必致京师，与朱一贵并鞠，而公宽大至此，倘逸去奈何’？廷珍曰：‘极知此贼失一，身家随之。但王忠、陈成、郑文苑余孽未尽，不得不然’。二人视福寿，君英等所居处，与廷珍卧榻止隔窗棂，复谓曰：‘将军胆太大矣！推诚至此极耶！万一中夜有变，将何及’？廷珍曰：‘无伤也，迟浃旬即送之厦’。陶范、高铎皆曰：‘难矣！公以抚为名，待之心腹。美衣丰食，恣其宴游。彼安肯舍而他之。畏罪惮行，作何措置？留之则局不可了，有脱逃生变之忧；抑之则将束缚驱迫，骇人耳目，又恐中山游魂，谓公从前皆伪’。廷珍曰：‘有以处之’。
十月甲戌，呼杜君英等至幕中，绐之曰：‘顷接制府来书，欲授若辈备弁，令星速赴厦考验。天霁风和，即日登舟可乎’？江国论不可，廷珍骂曰：‘汝貌轻福薄，固知非有官者之相’。叱退之。杜君英、陈福寿许诺，廷珍大喜，赐金为赆，遣左右送之行。舁妇人舆至幕中，使乘向海岸登舟。呼江国论、郑元长来，国论等度不可免，强诺请行，亦赐赆舁舆送之去。继呼杜会三至，亦如之。盖廷珍欲遣解诸贼，预备三舟，委弁目在舟以俟。自幕府至海滨，分令亲随丁壮，沿途徙倚，密为防备。顺则善遣之行，逆则于幕内捆手足，闭舆中如妇人，不动声色，市井可无有知者。君英等巽顺以行，舟中亦善待之。至厦，总督满保奏报，奉旨解陈福寿、杜君英、会三赴京师，与朱一贵对质。朱一贵、李勇、吴外、陈印、王玉全、翁飞虎、张阿山俱凌迟处死，亲属同坐。陈福寿、杜君英、会三以就抚从宽，斩于市。其余在军前擒抚诸贼，先后解到厦门，如黄殿、黄日升、郭国正、刘国基、林曹、江国论、林骞、林琏、陈正达、卢朱、张岳、张看、郑惟晃、郑元长等，总督满保发臬司收禁福州府狱候审，拟就地正法。