游击吴秀等之由西路进兵也，吴秀哨七张犁，搜元宝庄，至赖树口。癸卯（初九日），退屯社皮。朱龙章由神岗庄至枫树脚，焚水窟头。壬寅（初八日），退屯北庄。袁良禧自大甲进兵。辛丑（初七日）屯乌牛栏，壬寅（初八日）焚阿里史，癸卯（初九日）克瓦口仔。自大甲进兵官兵，沿途焚毁贼庄，至或不见一贼。浙人寿同春率义民同进，益轻贼。其驻乌牛栏也，每遣人侦大里杙虚实，皆言贼首离巢穴，守者不过五、六千人，寿同春益锐意捣贼巢。甲辰（初十日），寿同春将进兵，袁良禧难之。于是遣信招吴秀等以大队兵继进为后殿。与千总袁良禧分兵巡哨。袁良禧率兵由阿里史东路进，寿同春率义民由阿里史西路进。把总林肇升带一百四十人从之。至三十张犁，距大里杙六里，贼众四起围官兵。把总林肇升、外委林彪皆战死，阵亡兵丁一百余人，义民死者亦数百人。寿同春马蹶被擒，至大里杙，骂贼不屈，被害，闻者伤之。
当是时，诸罗被围日久；恒瑞驻盐水港，普吉保驻元长庄，皆观望不敢进。诸罗食绝，民间舂油糁度日，死者日相继。上谕柴大纪“不必拘与城存亡之见，如势不可守，即当完师出重围，再图进取”。柴大纪得旨，犹豫不能决，商之各义民首，皆曰：“诸罗城小，而固守已数月，若弃之，非便”。柴大纪以闻，且曰：“臣实不忍将此数万生灵付之逆贼之手，惟有忍饥固守，以待援兵之至”。上益嘉大纪能守正，晋封义勇伯，加太子少保，戴双眼花翎，赏银万两，亲制诗章以宠之。有旨授副将蔡攀龙温州总兵，旋升福建水师提督参赞军务；以总督李侍尧奏其解诸罗之围也。时贵林等败尚未上达，并授贵林温州总兵，孙全谋罗定协副将，邱能成大鹏营参将，其游击杨起麟亦有旨以参将补用；自贵林以下并赏戴花翎以奖励之。
十月丙辰（二十二日），总兵梁朝桂克复鹿仔草。戊午（二十四日），总兵郑国卿统领弁兵一千五百余人至盐水港。己未（二十五日），恒瑞至鹿仔草。恒瑞既复鹿仔草，驰信与普吉保，定期进诸罗。乃命梁朝桂疏通道路，期与普吉保合兵。梁朝桂至镇平庄与贼战，朝桂负伤回盐水港。事闻，赏梁朝桂戴用双眼花翎，赏号巴图鲁。
将军常青之初进兵也，以鹿港委之蓝元枚，诸罗委之柴大纪，淡水委之徐鼎士；意在先靖南路。既而札营关帝厅，与贼相持日久，诸罗被围，屡分大营兵救之；南路兵益单，而诸罗之围不解。于是上谕内阁曰：“台湾逆匪林爽文等纠众不法，特派总督常青前往台湾，授为将军，督办剿捕事宜。数月以来，并未能痛加歼戮，挪移尺寸之地。且该将军年逾七旬，究恐精神不能周到。兹特命福康安前来行在，面授机宜，令其随带钦差关防，驰赴台湾，更换常青。即授福康安为将军，并授海兰察为参赞大臣，舒亮、普尔普为领队大臣。拣派曾经战阵之巴图鲁、侍卫、章京一百余人分起前往，领兵征剿。至台湾初次调拨及续调官兵已有数万，嗣又于广东、浙江添调绿营及驻防兵万余人，并于福建本省派拨兵六千，既又添调四川降番，并于湖北、湖南、贵州等省挑备兵数万，陆续遄程前往。合计征调各兵不下十余万，所有应用军粮，已于浙江、江南、江西、湖广、四川省拨运米百余万石，军饷火药等亦已广为储备，谅此么么小丑，一时乌合，何难立见歼除”。旨下，台湾官兵闻之，皆欣欣知贼不足平矣。
十一月甲子朔，将军协办大学士吏部尚书陕甘总督嘉勇侯福康安、参赞领侍卫内大臣海兰察、领队大臣舒亮、普尔普统领侍卫巴图鲁额尔登宝、特勒敦撤、万起鼐、色凌额，翼长六十七、札勒甘布，侍卫春宁、彦津保、哲克、德勒登额、慱绰诺克、屯保、萨宁、阿克星额、长保、赛音库、巴彦泰、德色、定西鼐、伍库莫尔、阿哈保、格登宝、察汉、萨克丹布、翁古尔海、西津泰，参领佐领万廷、朔云保、赛崇阿、富灵保、德楞泰、富永、伍德、阿穆尔塔等三十余员，骑都尉云骑尉那丹保、诺托宝棍、楚克札布、富兰等四员，护军校骁骑校托克和等以下又二十余人；随带江南狼山总兵袁国璜、苏州城守参将李芳园、甘肃城守参将吴宗茂、江西吉安参将张兆熊、南昌城守守备广惠；又随带福建副将李威光、守备郑玉楷、陈大成、千总把总以下九人；而湖北革职副将陈大恩、湖南革职守备李天贵亦投效军营，随之台湾。其随带之兵，则广西三千，副将巴尔布、参将马龙、游击王宣、都司张尔魁、守备黎致明、刘应瑞、千总以下五十九人分领之；四川汉屯兵三千。屯兵则各分屯所：曰八角确，曰河东屯，曰河西屯，曰干寨，曰下孟董，曰上孟董，曰九子寨，曰杂谷脑，曰别思满，曰汉牛，曰宅垄，各有屯守备、屯千总、把总等领之。绿营兵则总兵穆克登阿、副将那苏图、都司张维、额尔恒额、年镛、孟洪翼、刘怀仁、张占魁、守备马大雄、田占魁、张志林、汤万年、千总以下三十八人分领之。而参赞成都将军鄂辉，则总领川兵者也。其随营文员，则有甘肃兰州道苏楞泰、郎中方维甸、范鳌、员外郎长龄等至鹿仔港。以上满汉将卒屯番七千余人，又在泉州招募义民二千人随征。楼船千艘，旌旗蔽海。十月壬戌（二十八日），自蚶江崇武澳放洋，一日夜齐至鹿仔港。鹿仔居民望之，皆至海口设香案迎谒，欢声震地。十一月乙丑（初二日），将军福康安统领官兵登岸，即日札营马芝遴。
初，将军福康安至厦门，欲渡鹿耳门，后上闻蓝元枚卒于鹿仔港，有旨谕令改渡蚶江。及其至也，兵精将勇，号令严明，贼人闻之夺气矣。
丁卯（初四日），海兰察率侍卫特勒敦彻、穆塔尔等二十人，至彰化县西八卦山勘形势。贼人于山梁设卡御官兵。佐领阿穆尔塔、侍卫哲克等首登山梁，贼人惊走。山下贼众又于竹园内突出遮官兵。海兰察率侍卫赛音库、萨克丹布、屯保等奔前射贼，贼皆应弦而倒。自蓝元枚田中央之败，彰化县左右，凡五月不见官兵。是行也，侍卫二十人直入贼巢，贼不能当。士气为之大振。
于是将军福康安将发兵解诸罗之围。先调守番仔沟之兵移屯马鸣山，以守马鸣山之兵移屯鹿仔港。于鹿仔港、番仔沟、马鸣山各营兵中，挑其精壮者一千二百人，檄侍卫札拉芬、六十七、游击裴起鳌、守备马得聪等领之，随舒亮由乌日庄进兵攻大里杙。又派守备徐大鹏带兵二百名、义民二千人，随同知徐梦麟往牛骂头，与徐鼎士合兵，由大肚进攻大里杙，与舒亮会合。留总兵李化龙、参将福兰泰、游击张会元等领弁兵六百余人守鹿仔港。以随营候补知府德明额留港供饷运。
己巳（初六日），将军福康安、参赞海兰察、鄂辉、领队大臣普尔普统领巴图鲁侍卫、广西、四川汉屯官兵五千余人，发鹿仔港，由二林、麦仔寮前进。庚午（初七日），至元长庄；守元长庄总兵普吉保上兵籍，请随征。辛未（初八日），黎明，下令军中官兵分五队并进，海兰察、鄂辉、普尔普、穆克登阿、普吉保等分领之，师次仑仔顶。仑仔顶贼众不虞官兵遽至，仓卒出阵。官兵压之，皆披靡，退入竹箐，施放枪炮。仑仔顶左右贼庄闻之，纠众至，图截官兵。于是将军福康安命鄂辉、穆克登阿为左拒，普尔普、春宁、吴宗茂为右拒，海兰察率巴图鲁侍卫长驱直入诸罗。战良久，官兵奋勇，无不一当百。贼众一时溃走。海兰察至牛稠溪，贼众犹阻溪自固。海兰察率众冲贼阵，直渡溪南。先是贼人于牛稠山设竹棚为久困诸罗计，至是官兵竞上山焚之。柴大纪闻枪炮声，知援兵至，方拟率众出城接应，而海兰察已直抵城下矣。辛未（初八日），将军福康安至诸罗。五月之围，一朝顿解，百姓欢声如雷，皆额手庆更生，至有泣下者。而鹿仔草左右贼庄闻之，亦解散思遁走矣。