壬申（初九日），海兰察至鹿仔草，与恒瑞会。恒瑞即随海兰察至诸罗。鹿仔草与诸罗道路始通。将军福康安既至诸罗，运粟数千入城。城中斗米二百，民忘其困。于是按察使李永祺由府城至诸罗，檄令招集流亡，赈恤百姓，民情安堵。诸罗自被围以来，商民捐赀，招集人众，协同官民固守，数月之间，城垂破者数矣。众志益坚。上嘉予之，锡县名曰嘉义，以褒其功。
将军福康安将率大兵捣贼巢，先遣普尔普带盐水港、鹿仔草之师通府城道路，命总兵郑国卿守盐水港，总兵梁朝桂守鹿仔草，提督柴大纪、蔡攀龙守嘉义县。癸未(二十日)，大兵发嘉义县。
贼众之弃嘉义而逃也，占聚中林、大埔林、大埔尾三庄，中林尤为贼之精锐所在。将军福康安令恒瑞、普吉保攻大埔林，鄂辉、袁国璜攻大埔尾，海兰察率额尔登宝、穆克登阿、春宁等攻中林。将军福康安自率额尔登布、张芝元、吴宗茂为后殿。海兰察等望见贼众，以骑兵蹂之，贼即时奔溃。大埔林、大埔尾之贼闻之，亦溃。师进至庵古坑。庵古坑，蔡福巢穴也，守甚固。大兵至，拔栅直入，贼不敢拒。时已薄暮，去斗六门尚三十余里。自林爽文倡乱以来，斗六门遂为贼之门户，精甲、利兵、粟米皆在焉。
嘉义围解，林爽文遣贼目守中林、庵古坑，而自回斗六门，思负险拒官兵。以骑兵不可当，沿途掘壕，冀陷马足。大兵既克庵古坑，将军福康安令军中曰：“贼众屡经败?
，今胆寒矣，宜乘夜趁之，缓则贼将为备”。于是侦知大路多陷坑，众由稻田绕道行。甲申(二十一日)迟明，与贼遇。官兵争前砍贼栅，须臾栅开。贼犹率众拒官兵。官兵乘胜大破之。贼目弃家属遁。
自嘉义至斗六门，凡八十里；官兵所向克捷，斩首数千级，贼尸遍野，俘获不可胜计。于是各庄民闻之，皆扶老携幼，赴军前自投。而彰化以北，东螺、西螺各庄，先为贼守，亦皆杀贼争应官兵矣。
普尔普之开通南路也，己卯(十六日)至盐水港，带同翼长乌什哈达、游击黄象新等，兵二千人，又随带王国志所领义民二千人南下，战于茅港尾，又战于湾里溪，皆克之。庚辰(十七日)至三坎店。
知府杨廷理奉将军檄，率义民将趋北路，诣军营迎谒。普尔普即日旋师，命杨廷理安抚民庄。贼目陶乌诣廷理请降，廷理受之。普尔普又以所带兵安置铁线桥、茅港尾、湾里溪、盐水港，乃自赴斗六门军前报命。由是府城至嘉义大路皆通矣。
将军福康安率兵次水沙连山口，分兵搜入。海兰察射贼目蒋挺，擒之。贼众自相践踏，死者不可胜计。闻林爽文已回大里杙，乃撤兵出山趣贼巢。檄副将格?
额、都司张奉廷以埔心、二林之兵移驻水沙连。丁亥(二十四日)，大兵至平台庄，距大里杙五里。时薄暮，海兰察、普尔普率前锋先进。林爽文倾巢出迎官兵，众至数万，自山梁驰下冲官兵。官兵迎击之，贼再却再来。于是将军福康安统领大兵皆至，贼不敢逼。乃于山梁排列枪?
，更番施放，呼声震山谷。官兵严队伍，结营山下，觅途上山。夜半，山上枪?
声益急，火光四起。将军福康安遣人探虚实。迟明，微闻山上车声，曰：“贼殆将遁耶”？即率众先登。而林爽文已于夜半先遁矣。
先是林爽文与官兵相持，战良久，而官兵转益奋勇，无不一当百。贼气益衰。林爽文知不可敌，乃纵火山上，发枪炮以示死拒，即乘势回寨。夜半，开寨东门遁去。于是官兵结营大里杙。参赞舒亮、副将徐鼎士、游击吴秀、都司敏禄之兵皆来会。将军福康安以大里杙贼粟、牛只犒赏军士、义民，论功行赏。
于是有旨赏嘉义解围之功，护军参领朔云保、二等侍卫伯宾、三等侍卫赛音库、屯保、哲克皆赏给巴图鲁，加赏银百两。又赏克斗六门之功，总兵穆克登阿、二等侍卫春宁、三等侍卫萨宁、阿克星额、萨克丹布、护军参领万提荫、前锋萨重阿、前锋侍卫彦津保、佐领阿穆尔塔、副将吴宗茂、张朝龙、屯番守备阿勇、千总寨莫里、永忠皆赏巴图鲁，加赏银百两。又赏克大里杙之功，总兵袁国璜、三等侍卫博绰诺克、德勒登额、巴彦泰、定西鼐、翁古尔海、蓝翎侍卫察汉、前锋侍卫西津泰、佐领伍德皆赏巴图鲁，亦赏银百两。淡水同知徐梦麟带领屋鳌社番众雅惟斯毕岱等赴军门谒见将军福康安，福康安慰劳之，令赴内山堵缉首逆；并奏赏徐梦麟戴用花翎，以奖励之。
先是嘉义解围，总督李侍尧先得信，即以上闻，上大喜，晋封将军福康安嘉勇公，参赞海兰察超勇公，加赏宝石顶、四团龙补服。将军福康安以林爽文未就擒，辞谢不敢受。
大里杙既破，将军福康安未获林爽文踪迹，分兵入山四面搜捕。十二月甲午朔，师次平林仔。贵州总兵许世亨、副将岱德、参将札郎阿、游击鲁安邦、都司杨定邦、守备刘廷奇、罗世德、千总以下四十五人，兵千九百名至军营。丁酉（初四日），攻克集集埔。集集埔为内山隘口，其东皆生番。将军福康安闻贼众逃逸集集埔拒险自固，分遣将弁攻克之，斩杀无算，未得首逆。乃遣普尔普驻科仔坑、普吉保驻科仔坑口、琢灵阿驻林纪埔、叶有光驻藤湖口、谢廷选驻流藤坪、舒亮驻归仔头、格绷额驻清水沟，皆内山隘口也。其东生番社口，则令番众守之。其南阿里山口通府城小路，则令张万魁守之。大营进驻东埔纳。将军福康安分遣义民入山招谕陷贼百姓，其自首者许令免罪。自贼中投出者共五千余人，而贼目陈泮、欧旅、阮和、陈讲、黄宽、黄瀚、杜敷皆相次投出。杜敷者，番社社丁也。