上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：此等么（麻上骨下）贼匪，原不过一时乌合，现在黄仕简、任承恩督兵会合搜剿，自无难立时扑灭。前因徐嗣曾轻离省城，恐致人心疑骇，曾降旨饬谕。此时人情大定，非同前比；且大兵抵台，三路围攻，贼匪自必四散溃窜；恐有逃至原籍及内地者，犹应于各口岸严密截拿。徐嗣曾不妨视其地方紧要，间一亲往各处搜查。前有旨令：李侍尧抵闽后，即驻扎蚶江，督办一切；常青亲自渡台督同黄仕简等搜剿贼匪。着传谕该督等遵照妥协办理。常青抵台后，即令任承恩迅速驰驿来京。该提督轻于举动，未免迹涉张皇，然究属遇事勇往，尚无不是。今令其来京，不过欲面询台地事宜，常青可告知该提督，毋庸心生疑惧。
臣等谨案兵贵先声制人，两提臣于到台之始，贼匪即已望风惊溃，小丑技俩，于兹可见。若能两路定期会剿，直如摧枯拉朽；乃观望迁延，遂使乌合之众，得乘暇广为纠集，愈肆鸱张，实属有负任使。赖我皇上神几远烛，罚不旋踵，是以天威震叠，即当迅扫贼氛也。
初二日（庚子），徐嗣曾奏言：遣将调兵，本应督臣主政。乃臣于派兵赴淡水一节，因巡检王增錞禀请救援迫切，急求集事，竟一面奏派，一面咨会督臣，未及札商办理。事后，扪心自讼，实属过涉张皇，近于越俎，咎无可辞。至督臣遇有公事，悉皆开诚剖示，总以协力同心，相为期勉。即如臣调兵赴淡水，未及待督臣咨覆，臣之错谬，已难自解，而督臣并不因此稍存意见，惟以公事为重，虚衷斟酌。将所调省兵留省弹压，改用延、建之兵，由陆赴厦，悉皆往返札商，议归画一。至军需口粮、盐菜及裹带战粮、军火、器械、船只、人夫等项，先经与督臣酌定章程，一切水陆运送，均无遗误。本日，据厦防同知刘嘉会禀报，官兵到台，贼匪纷纷散去。定于十三日会剿，收复诸罗等处。郡城内外，今已照旧生理，民情安堵等语。官兵克期剿捕，自必立就扑灭。诚如圣谕，此时总以镇静内地、严拿逸匪为要。臣复又严饬沿海文武员弁，实力堵拿，毋使窜逸。
同日，松江提督蓝元枚奏言：正月初八日，自松江起身，昼夜兼程趱赴，已于十九日驰抵福州省城。随访探台匪情形，自官兵陆续渡台以后，贼众即纷纷溃散。现在郡城保守无虞，两提臣克期会剿，自可即日蒇事。但恐贼匪四出窜逸，逃入内山与生番勾结引藏，搜捕不免有需时日。若偷渡，各处海面山箐捷便之路，无不可通，犹属稽捕不易。而台湾语音与广东之潮州相同，此时北风当令，海道赴粤极顺，恐逆匪等犹易于窜往。臣现晤抚臣徐嗣曾，询知闽省各处口岸，已经设法严密侦缉。臣抵泉后，再当与督臣常青实力查拿。一面飞咨两广督抚提臣等，并札饬文武员弁加意防缉，不致一名漏网。至臣自入闽境以后，察看一路民情，俱各宁谧；以乡语谘询，俱似不知有台湾用兵之事。省城亦极宁帖。均奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、蓝元枚、徐嗣曾曰：现在两提督厚集兵力，克期会剿，自必立时扑灭。惟前据徐嗣曾奏，黄仕简到台后，开炮打死贼匪一千余人，贼俱奔逃内山。而本日蓝元枚亦奏及贼匪窜入内山与生番勾结，将来搜捕需时等语。内山虽系生番巢穴，但贼匪穷蹙无归，或以贿结、或以势胁生番容留藏匿，将来大兵撤后，潜出滋扰，犹属不成事体。该督等务须乘此兵力，上紧搜捕，俾尽根株，以靖海疆。至贼首林爽文、王芬二犯，及此外有名头目，如经官兵生获，即选派员弁解京审办，以彰宪典。再前已降旨，令任承恩俟常青抵台后，即驰驿来京陛见，询问该处情形；其陆路提督着蓝元枚署理。现在江南提督署理有人，蓝元枚俟任承恩回任后，再回江南本任。
初四日（壬寅），柴大纪奏言：彰属贼匪林爽文、王芬攻陷诸、彰二邑，恃众分路来攻郡城。自本月初九至十三，连日堵御，杀退贼匪。十四日子刻，接据台湾道永福来札，知凤山又被贼陷。随饬游击蔡攀龙带兵七百名，守备邱能成带兵三百名，往南剿捕，以复凤山。乃出城未远，即遇贼众来犯郡城。当此盗贼蜂起，南北交迫，郡城为全台根本，倘有疏失，恢复更难。查郡城并无墙围，惟以木栅（艹（束刂）竹环绕，实不能固守，必离城稍远于各总口扼其要害，方克有济。臣相形度势，南则桶盘栈地方，距城十里余，可截南路贼众，兼可以应大、小东门，饬游击蔡攀龙带兵七百名，并南路参将瑚图里就此扎营；东则旧万寿亭，离城五里，可御中路之贼，亦可以援大、小南门，饬守备邱能成带兵三百名，李步云带兵二百名，就此扎营。其沿海一带，饬守备林球带兵二百名，把守三鲲身；署守备张时泰驾船把守港口；并提标金门等标载班兵哨船六只，俱饬驶在大港协守，则安平既严，西门亦固。至北路贼匪虽多，臣仍扎盐埕桥，独当一面；倘东南门有急，俱可随时应援。署游击王天植、参将宋鼎同道府厅县等督率兵民，坚守四门；游击郑嵩在城弹压巡查。前此，城内民人闻风恐惧，自盐埕连日战胜，莫不踊跃鼓舞，共奋义勇，出城助战。似此四面严守，虽南北贼势猖獗，郡城可保无虞。俟内地兵到，随即长驱前往，力图恢复。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：前贼匪滋扰凤山时，瑚图里纵马由南而去，不知下落。朕以该参将之不能抵御，由于兵散独力难支，与临阵退缩者不同，曾谕令常青俟事定后，核其功罪，分别办理。今该参将业已回至郡城，率兵堵御，如果奋勉杀贼，则功过尚足相抵。着常青俟事竣后，秉公核实具奏，并给咨送京，候询问台地一切情形。再，柴大纪摺内称郡城并无墙围，惟以木栅（艹（束刂））竹环绕，官兵难以固守等语。前曾谕令李侍尧于台匪荡平后，将是否可以建城之处，酌量办理。今阅柴大纪所奏，体察情形，彰化等三县一厅应否改建城垣，尚可俟筹办善后事宜时，确实勘估绘图妥议，请旨办理。至郡城为全台根本，即应速建城垣，以资保障。着李侍尧、常青一俟事竣，即熟商妥议，一面奏闻，一面兴工办理。
初五日（癸卯），上命军机大臣传谕李侍尧曰：从前办理缅匪时，曾调福建水师兵二千名，随同进剿。该兵丁等沿途滋事，鞭责夫役；甚至将民夫双耳割去。当将首犯正法，以示惩儆。及随京兵打仗时，又复怯懦，竟有闻枪炮声恐惧战憟，欲泅水逃避者。可见该省兵丁勇于私斗，怯于公战之习，牢不可破，皆由该省将弁平日不能认真训练，以致军无纪律。着李侍尧于剿捕台匪事竣后，实心训练，申明军律，随时惩创，俾各弁兵共凛法纪，有勇知方，痛改从前积习，以作士气而励戎行，方为有备无患。该督不可惟知办理地方事件为重，而转置军旅专责于不问也。
同日，常青奏言：现在水陆两提臣俱经到台，内地加调官兵亦接续继进，兵力已属厚集。虽未接该提臣等报有进剿情形，已据厦门同知刘嘉会差丁自台回厦称，上年十二月二十六至三十等日，官兵屿贼打仗，杀死贼人甚多，收夺器械无数。正月初四日，黄仕简官兵到台，贼匪纷纷散去。闻大兵现定十二、三等日，长驱会剿。郡城内外照旧生理，民情安堵。又据蚶江船户张淡等禀称，陆路提督于正月初六日到鹿仔港上岸，十一日杀死贼人七名祭旗各等语。是该督臣等到台之后，已自相度情形，会齐进剿，以期一举蒇事。正与不用零星打仗，轻于尝试之谕旨相符。再臣与抚臣徐嗣曾，共事日久，一切地方公务，无不和衷办理。今台湾远隔重洋，匪徒窃发，恨不灭此朝食！臣与徐嗣曾俱有同心。