同日，黄仕简奏言：郡城为全台根本，周垣广阔仅系木栅环植，本非峻险城隍，臣抵台后，加紧守御，保固府城。初六、初九、初十、十二等日，计擒获贼匪王锻等二十三名，及贼目陈拱福、贼伙陈捷等；并夺获刀械等项；审明正法枭示。十二日金门、南澳、铜山等标营官兵续到，臣随遣海坛镇总兵郝壮猷率同副将丁朝雄、参将那穆素里、游击蔡攀龙、都司罗光照等，带领兵丁二千三百五十余名，前往南路剿匪，恢复凤山。又遣台湾镇总兵柴大纪率同参将潘韬、游击李隆、杨起麟、林光玉、守备邱能成等，带领兵丁二千二百三十余名，前往北路进剿，恢复诸罗、彰化等处。臣带本标官兵，会同台湾道永福在南北路冲要处所堵御擒捕，往来策应，以壮声援。仍分遣弁兵往沿海口岸扼守堵截，饬令在城文武官弁严守郡城，务期迅歼逆贼，恢复各县城池。至府城民居稠密，去冬被贼迫扰，未免惊惶，臣到台湾后，复出示晓谕安民。现在，市肆开张，商贾贸易如常，民情安堵。又上年十二月内，逆贼林爽文等叠攻府城，经台湾道厅县各雇募乡勇数千守城，台府居民铺户亦募义民数千，帮助兵丁敌贼；臣到台之后，各加奖赏，申明大义。人人感戴皇上恩威，愈形踊跃。均奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：黄仕简虽系病后，但身为专阃大员，既抵台湾，理应亲身带兵剿贼，何得仅以派员前往了事？且彰化县城久经守备陈邦光收复，而该提督摺内何以尚称令柴大纪前往收复彰化等处？任承恩由鹿仔港登岸，系在北路，即当知会黄仕简分路夹攻办理，方中窾要，乃迄今月余尚无进兵确信。看来，伊二人竟各不相下，心存观望，此即朕于事起时，不欲令任承恩去之意，今竟不出所料；常青不可不迅渡台湾督率办理。并着常青于到台湾后，即行秉公严查。如该提督等实有观望不前之处，即当据实严参，不可因业已调任，意存回护两可完事。再任承恩，似此迟延不奏，则该提督及副将徐鼎士前后奏守风待渡之说，亦恐不足信。并着常青一并据实查奏，如该督稍有瞻徇，将来朕查出，即首领亦不能保，不可不慎也。至该督虽巳调任湖广，但此事究系伊在闽浙任内之事，尤宜督同妥速办竣，方可将功补过。即李侍尧以现任闽浙总督驻扎泉州，凡台湾剿捕等事，亦应听常青就近调度，协同帮办，和衷共济。其各弁兵内，如有因常青系别省总督，呼应不灵，致误机宜者，该督不妨竟按军法从事，使士卒咸知儆惕。现在带兵大员，有总兵柴大纪、郝壮猷、普吉保三人，足以分路剿捕。着常青于抵台后，留心察看，若黄仕简实系病体未愈，即留于彼处，亦属无益，可令其回至厦门本任调养。又，常青审明贼伙正法摺内称：刘实、林天球二犯，据供并未伤人，惟持木棍随同附和等语。此等叛贼，岂可复以寻常附和而论；况该二犯业于审明后正法，摺内又何必为声说，致蹈办常案故套。着该督嗣后于拿获贼匪时，其首要各犯，仍遵前旨派员解京；其余各犯审明后，即一面正法，一面具奏，以净根株。
上又命军机大臣传谕黄仕简、任承恩曰：前据常青奏，鹿仔港署守备陈邦光带领弁兵，率同泉州、粤省义民攻复彰化县城，擒获贼目高文麟等四犯。又据徐嗣曾奏，凤山滋事不法之贼首王启郎、曾锦等，已被拿获。贼人于十二月三十日来犯郡城，镇道亲督义民与游击等，分路剿杀贼匪无数各等语。是彰化县城久经陈邦光等收复，其凤山等处亦经柴大纪等派兵分路剿捕，郡城已无事矣。何以黄仕简摺内仅称派委总兵等分赴南北二路进剿，恢复县城？竟似该处军情全未知悉者。看来，黄仕简竟思安坐郡城，并不亲赴各该处督率剿捕，大属非是。提督为专阃大员，领兵是其专责，黄仕简深受朕恩，现带兵剿贼，虽系病后，理宜奋勉出力，乃于剿捕事宜奏报迟延，全不得行军要领，该提督所司何事？试思台湾郡城，经贼人屡次攻犯，该镇道等当大兵未剿之先，尚能保护无虞，焉有此刻又添提督所带大兵，转须协同守御之理？岂黄仕简竟欲以守护郡城为名，迁延坐视耶？黄仕简着传旨严行申饬。至任承恩由鹿仔港登岸，即应将该处贼匪情形及办理剿捕事宜，先行具奏，乃日久并未据有奏报。现据常青摺内称该提督尚无进兵确信，探闻现在驻扎彰化等语。任承恩系自请前赴台湾剿贼，既由鹿仔港一路进兵，即应督同陈邦光等上紧追捕杀贼，并知会黄仕简分路会合夹攻；何以驻守彰化漫无筹画？其心何居？任承恩亦着传谕严行申饬。