本书（一册六四面三八、四○○字）凡四卷，原名“平定海寇方略”，稿本存于清廷内阁档案中。逮至民国以后，经整理内阁档案，始行发见，藏入中央研究院历史语言研究所。十九年二月排印行世，改易今名。所记自清康熙十八年二月至十九年八月清兵克金门、厦门为第一、二卷，自二十年六月命总督姚启圣等规取澎、台至二十三年台湾设郡县、封郑克塽公爵为三、四卷。此书为清廷官书，对郑氏所作诋毁失实之辞，自可想见；即对姚、施（琅）诸人，亦有抑揭偏袒之语。书后，今又另由“明清史料”辛编录出明季与郑芝能有关档案十二件为“附录”，用以补充第一五七种“郑氏史料初编”。
弁言
此书原名“平定海寇方略”，共四卷，系自内阁档案中寻出，存于中央研究院历史语言研究所。民国十九年二月排印行世，改称“清代官书记明台湾郑氏亡事”；其刊行凡例云：‘同人以此为明人对满洲最后之奋斗，名以海寇，实未允当，爰为改易今名’。
书着有海盐朱希祖逖先先生所作长序。其述此书内容云：‘所记起于康熙十八年二月命康亲王杰淑会议征剿海寇机宜，至康熙二十三年十二月授克塽公衔、刘国轩冯锡范伯衔止，而以海寇郑锦发端，并追记其祖芝龙、父成功大略。自十八年二月至十九年八月克金门、厦门，福建平，为第一、二卷；自二十年六月命总督姚启圣等规定彭湖、台湾，至二十三年台湾设郡县，封郑克塽公爵，为第三、四卷。举诸将帅之劳绩而归功于元首一人之策画，故曰方略’。
此书既已撰成，何以弃置未刊？逖先先生释其故云：‘考清代每次用兵，苟获胜利，必着有方略，以夸耀武功。如开国方略、平定三逆方略，以及平定朔漠、金川、准噶尔、三省邪匪、回疆逆裔、粤匪、捻匪、陕甘新疆回匪、云南回匪、贵州苗匪，皆有所谓方略者。他若平定兰州石峰堡、台湾、安南、廓尔喀、巴布勒、苗匪、教匪等，亦有所谓纪略者。独于南明三朝及台湾郑氏，无有所谓方略及纪略者，盖其事本有惭德。清之先为明代臣仆，世食其禄，至奴尔哈赤，身为明都督，加龙虎将军，而跳踉辽东，势将噬主；至其子孙，遂屋明社，入关称帝。虽曰得天下于李自成手，譬犹盗入主室，奴仆逐盗，而竟自据其室，杀其子弟族姓，而犹沾沾自夸，着之方略，不亦自暴其罪乎！此南明三朝之亡，所以不敢作方略也。郑成功，赐姓朱氏，封延平王，受命专征，至其子孙犹奉明正朔，忠正如此，而叛逆若彼，一朝为其破灭，而反称为海寇，着之方略，不亦傎乎！此平定海寇方略所以虽成书，而不敢宣示于人也’。
逖先先生又谓‘此书记载，不特对于郑氏有诋毁失实之辞，即对于姚、施诸将亦有抑扬偏袒之语’。并举五例，详论此书之失。兹将其文系正文之内，藉供读者参考。
又史语所印本，为保存原书形式起见，将涂抹删削及另行增添之字句一概刊入，或以括弧为别，或以字排于正文之旁。此本只就清稿誊录，加以标点、分段也。书内凡用干支纪日者，皆查明日数，附于正文之内。（百吉）
卷一
康熙十八年（一六七九）二月甲戌（初九日），命奉命大将军和硕康亲王杰淑等会议征剿海寇机宜。
海寇郑锦者，其祖芝龙，本福建泉州人，明末入海为盗，既就抚，居泉州之安平镇，渔掠海舶利。顺治二年，明□唐王朱聿钊僭号于福州，封芝龙为侯。三年，征南大将军多罗贝勒博罗既平浙江，□分兵付都统公图赖等进定福建，擒斩聿钊，芝龙诣军门降。其子成功率众入海。芝龙至京师，授为精奇尼哈番，奉朝请。自是成功等不时侵扰沿海郡县，肆行钞掠。
九年，世祖章皇帝命浙闽总督刘清泰招抚成功，复令芝龙作书晓谕之。十年，成功遗其父芝龙书，有投诚意，芝龙以闻；因授芝龙同安侯、成功海澄公、芝龙弟鸿逵奉化伯、芝豹左都督。而成功阳受敕印，不即降，请畀之全闽，驻兵舟山，就近支给温、台、宁、绍诸府粮饷。十一年，上谕成功熟思审计，速决从违。成功不应；又贻芝龙书，语涉骄慢。议政王等奏请发兵讨之。于是令该督抚缮城堡、整士马，授世子济度为定远大将军，帅师往讨。十二年，又授都统宜尔德为宁海大将军。帅师征舟山贼。十三年，宜尔德等败海贼于夏关，遂取舟山。十四年，济度遣副都统阿克善等连败海寇于大漳河口、卫套诸地，遂班师。诸王等咸请斩芝龙，诏贳其死，徙宁古塔。嗣浙闽总督李率泰言，宁古塔濒海，恐芝龙从此逸，请诛之以绝寇心；乃械系之。
十六年，成功率众寇镇江；城陷，遂犯江宁。适副都统噶褚哈等自贵州凯旋，至江南，因率所部与江宁满洲、绿旗官兵合势，水陆接战，连击破之，追至镇江、瓜洲，斩杀甚众。成功既大败，以数十舸窜入海中，乃计取台湾徙居之，而令其子锦守金门、厦门。十七年，授都统宗室罗托为安南将军，往讨成功，令靖南王耿继茂自粤东移师驻闽。时王师虽屡剿海寇，未获歼灭。十八年，芝龙遣其子世恩私归，家人尹大奇告变，于是芝龙及其子孙皆伏诛。
朱逖先先生曰：本书卷一云：‘顺治十八年，芝龙遣其子世恩私归，家人尹大奇告变，于是芝龙及其子孙皆伏诛’。考温睿临南疆逸史卷十郑成功传亦云：‘顺治十八年，以子成功入犯，芝龙与交通，为家人尹大器所首，十月磔于市，并其子世恩家口俱歼云’。温氏撰南疆逸史，时居北京，习闻清廷栽罪之言，即信以为实，而据以入史，其实不足信也。盖芝龙之被杀，由于海澄公黄梧之密陈，又加以执政者之私恨，故为此“私归”、“交通”等辞以栽其罪耳，所谓“欲加之罪，何患无辞”也。
芝龙与其子成功通书遣使，自始至北京以至于被杀，固常有之。清世祖且利用其信使往来，屡使芝龙招降成功，而形之于诏令。何前此不以为罪也？汪镛钟明延平忠节王始末卷三云：‘十八年冬十月，从降将黄梧之请，弃芝龙于市’。江日升台湾外纪卷十一云：‘海澄公黄梧密陈灭郑五策。其三曰，其父芝龙羁縻在京，成功赂商贾南北兴贩，时通消息，宜速究此辈，严加惩治’。刘献廷广阳杂记卷三亦云：‘海澄公黄梧既据海澄以降，即条陈平海五策。一、郑氏有五大商，在京师、苏、杭、山东等处经营财货，以济其用，当察出收拿’。黄梧之密陈，既足以动清廷之耸听，况又加之执政者私恨乎！夏琳闽海纪要卷上云：‘世祖崩，执政者与芝龙有隙，遂促杀之’。鹭岛道人海上见闻录卷二亦云：‘十月，同安侯郑芝龙为其家人尹文器（当依南疆逸史作大器）出首通海。时康熙新即位，四辅苏克萨与芝龙有隙，以初三日殛芝龙于柴市，又杀其子孙家眷凡十一人’。