海贼刘国轩知大兵进剿，调集战船二百余艘、贼兵二万余前来彭湖固守各险要。六月十四日，琅率将士由铜山进发。十六日抵彭湖，击败贼众，杀伪官兵二千余人。二十二日，分兵为三支，用火器夹攻，复大败之，获贼船三十余艘，焚毁者一百五十余，杀伪将军曾瑞等三百余人、兵一万二千有余，国轩乘小舟从吼门遁走。我兵遂克彭湖，伪官兵四千余人皆降。施琅以闻。上深嘉之，命兵部察明在事有功人员，从优议叙。
七月戊子（十九日），遣工部侍郎苏拜往福建督理军需。
上谕户、兵二部：海洋险远，风涛不测。自明以来，贼寇盘踞岛屿，出没靡常，为害已久。本朝平定闽省，逆贼郑成功窜伏海岛，侵扰沿海地方，虽屡经征讨，未尽根株。逆孽遁踞台湾，蠢尔游魂，尚恣窥伺。自滇、黔底定，贼寇殄除，独兹海外鲸鲵，犹梗王化，必须用兵扑灭，扫荡逆氛，庶海宇安全，民生乐业。特命施琅为水师提督，统领舟师，并饬该督会商调度，相机进剿。今克取彭湖，已扼险要，台湾逆穴，指日歼灭，立见廓清。凡进剿军前所需兵饷米折、应用器械及修理船舰、预备物料各项钱粮，所关甚要，宜差部院堂官一员，前往会同督、抚速行料理；不拘何项钱粮，就见在者准其动用，毋致贻误。其同施琅进剿官员兵丁，可如进剿云、贵事例，俱从优加级赏赉，以示朕鼓励将帅、优恤兵伍至意。应差堂官职名开列具奏。户、兵二部因开列堂官职名具题，上令工部侍郎苏拜前往。
丙申（二十七日），颁敕抚谕郑克塽等。
大兵既克彭湖险地，伪藩郑克塽大惧，遣伪礼官郑平英等赍降表至提督施琅军前，琅转送总督姚启圣。启圣奏言：面询平英等云，若招抚恩诏颁到，克塽即率官兵薙发登岸。臣思贼若窘追，必走外国，恐根株未尽，或遗后患。乞颁赐赦诏，迅发驿骑飞驰到闽，即行招抚。上命内阁撰写敕谕，发姚启圣军前，同提督施琅酌行招抚。
敕曰：皇帝敕谕郑克塽、刘国轩、冯锡范等：帝王抚驭寰区，仁覆无外，即海隅日出之邦，无不欲其咸登衽席，共享升平。尔祖父自明季以来，出没海洋，盘踞岛屿。本朝定闽之后，尔祖郑成功窃据一隅，甘外王化。以及尔父郑锦苟延岁月，假息偷生，勾引奸徒，窥伺内地。屡经剿抚，仍然执迷不悟，顽梗怙终。至尔年方童稚，惑于党类之言，妄思效尔前人，窜伏台湾，恃为窟穴，倚险负固，飘突靡常，以致沿海地方，里闬不宁，时遭兵燹之厄。朕念中外兵民皆属赤子，何忍其久罹水火，不加拯救。故特命水师提督施琅等选将练兵，整饬战舰，扬帆进剿，直出大洋。旋据奏报，已经克取彭湖，尔等抗拒大兵者歼灭殆尽，余众败遁台湾。目今舟师进剿，指日荡平。近据总督姚启圣奏称尔等具表请降，又据来使呈乞恩赦。朕体上天好生之心，薄海内外，率俾安全，特颁敕旨，前往开谕。尔等果能悔过投诚，倾心向化，率所属伪员军民人等悉行登岸，将尔等从前抗违之罪尽行赦免，仍从优叙录，加恩安插，务令得所。煌煌谕旨，炳如日星，朕不食言。倘仍怀疑畏，犹豫迁延，大兵一至，难免锋镝之危，倾灭身家，噬脐莫及。尔等其审图顺逆，善计保全，以副朕宥罪施仁至意。
丁酉（二十八日），赠总兵官朱天贵太子少保。
彭湖之战，贼既败走，天贵奋力穷追，中飞炮死。总督姚启圣以闻。上谕：朱天贵矢志灭贼，倡率前驱，捐躯报效，忠勇茂着；其加赠太子少保，荫一子入监读书。
八月甲寅（十五日），提督施琅奏郑克塽降，台湾悉平。
琅奏言：七月十五日，郑克塽复遣伪兵官冯锡珪等，伪侯刘国轩、伪伯冯锡范遣其弟伪副使刘国昌、冯锡韩等赍降表文稿诣臣军前，请缴伪册印，率众登岸，以求安插。臣随遣侍卫吴启爵、笔帖式常在同冯锡珪等持榜示往台湾晓谕伪官兵民，验视薙发。即令克塽等缮写降表，并伪册印一并赍送前来，以便代奏。至台湾虽在敻海之表，地方千余里、户口数十万，或弃或守，仰候上裁。上谕：览卿奏，台湾就抚，郑克塽、刘国轩、冯锡范等遣伪员冯锡珪、刘国昌、冯锡韩等具疏投诚，愿缴送伪册印率众登岸，求请安插，已令侍卫吴启爵等持示前往晓谕安辑；海洋远徼，尽入版图，积年逋寇，悉皆向化，具见卿筹画周详，剿抚并用，克奏肤功，朕心深为嘉悦。在事有功人员，该部一并从优议叙。余令议政王贝勒大臣会议以闻。议政王等因奏：台湾应弃应守，请俟郑克塽等率众登岸，令侍郎苏拜等与该督、抚、提督会同商酌定议具奏。上报可。
寻琅又奏言：臣八月十一日率领官兵自彭湖进发，十三日入鹿耳门，至台湾。十八日，郑克塽及伪文武官俱已薙发。九月二十五日，宣读赦诏，克塽等皆欢呼踊跃，望阙叩头谢恩。所有郑成功之子伪辅政公郑聪等六人，郑锦之子伪藩郑克塽及其弟伪恭谨侯郑克塽等共九人，伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范等子弟及明裔朱桓等十七人，并旗兵续顺公下官兵家口、海澄公家口，臣俱拨船配载官兵，陆续护送，移入内地，并移咨侍郎臣苏拜、督抚二臣，听其安插。其余伪文武各官家口，见在趣令起行。兵丁有愿入伍及归农者，听其自便。至于江、浙、闽、粤各省被获男妇，臣仰体皇仁，已悉令其回藉。其伪册印札付，已次第追缴。仓库人民户口册籍、船艘军器，俱令巡海道线一信等察收。
九月戊寅（初十日），授提督施琅为靖海将军、封靖海候，诸将士升赏有差。
上谕吏、兵二部曰：向来海寇窜踞台湾，出没岛屿，窥伺内地，扰害生民，虽屡经剿抚，余孽犹存，沿海地方，烽烟时警。迩者滇、黔底定，逆贼削平，唯海外一隅，尚梗王化。爰以进剿方略，咨谕廷议。咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全。朕念海氛不靖，则沿海兵民弗获休息，特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵征进。