该提督忠勇性成，韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡平。遂训练水师，整顿战舰，扬帆冒险，直抵彭湖，鏖战力攻，大败贼众，克取要地，立奏肤功。余众溃遁台湾，慑服兵威，乞降请命；已经纳土登岸，听候安插。自明朝以来，逋诛贼寇始克殄除，濒海远疆自兹宁谧。此皆该提督矢心报国，大展状猷，筹画周详、布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。施琅可加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替，以示酬庸。前进剿云南官员曾各加一级、兵丁赏赉一次，顷因该提督所统官兵出海进剿，勤劳堪念，已经照云南例加给赏赉。复思官兵远抵海疆，冒险剿寇，非滇、黔陆地用兵可比在事官员可再各加一级、兵丁再赏赉一次，以示特加优渥至意。尔二部即遵谕行。
朱逖先先生曰：平定台湾一役，清廷独赏施琅而不及姚启圣，而此方略又干没姚启圣功绩而不书。近人撰姚启圣传，谓‘琅进攻台湾、取彭湖，启圣驻厦门督馔餫，以大舟载金缯货米至军，赉降卒，遣之归，台民果携贰；复设闲使克塽与国轩互相猜，众莫为用，琅遂定台湾，克塽、国轩等皆降。启圣还福州，未几，疽发背死’（见清史稿列传四十七）。海上见闻录言‘其年十二月，姚启圣病故’。启圣亦急于功名之人，宜其愤懑而死也。而施琅之贪功揽权，徼天之幸、因人之功以济其欲，以及清廷赏罚之不公，可见一斑矣。
十月丙寅（二十九日），命严察海寇余党。
将军侯施琅奏：据刘国轩云，伪礼武镇总兵杨彦迪一队船〈舟宗〉在广南柬埔寨、伪水师二镇总兵周云隆船〈舟宗〉一队在舟山、房锡鹏一队船〈舟宗〉在浙江乌洋。察杨彦妻子□□台湾，臣已令保释安插，当俟正月间遣人往调。其周云隆、房锡鹏，亦当遣人谕令来归。如不归顺，应行浙江总督发兵扑灭。尚有郑克塽等兴贩外国过洋船艘，已遣外委守备曾福等往察，悉令返桌。上谕：施琅遣官往察诸处船兵，具见筹画周详，可嘉。此等现在海洋船艘、伪官兵丁，其严加详察，俱令速归，务尽根除，勿得仍留余党，致滋蔓延。该部知之。
康熙二十三年（一六八四）四月己酉（十四日），命设置郡县于台湾，设官兵守之。
都察院左副都御史赵士麟、将军侯施琅、侍郎苏拜等俱以台湾不宜弃，交章上言。上谕：台湾设立郡县营伍之制，令侍郎苏拜、将军侯施琅及总督、巡抚、提督详议。既苏拜等议奏：台湾地方千余里，应设一府、三县。府城及附郭一县治赤〈土敢〉，一县治凤山，一县治诸罗山。但距省会辽远，应设一道员分辖。又台湾设总兵官一员、副将二员、兵八千，分为水陆八营；彭湖设副将一员、兵二千名，分为二营。每营设游、守、把等官。上允之。改赤〈土敢〉为台湾府，附郭县为台湾县；以凤山为凤山县、诸罗为诸罗县。
十二月甲辰（十三日），授郑克塽公衔，刘国轩、冯锡范伯衔。
先是，侍郎苏拜等奏：郑克塽、刘国轩、冯锡范等应俱令赴京。又明裔朱桓等亦应令其赴京。其武职官一千六百有奇、文职官四百有奇，愿回籍者应许其各回原籍，愿受职者应俟该部察例议叙。又兵四万余人，愿入伍者令其充伍、愿归农者听其归农。上谕：郑克塽家口亲族及刘国轩、冯锡范、陈永华本身家口，俱遣发来京。其伪官人员并朱桓等，俱于附近各省安插，令其垦荒。余如所议。至是，克塽等至京。上念其纳土归诚，授克塽公衔，国轩、锡范伯衔，俱隶上三旗。仍令该部拨给房屋田地。
钦惟皇上彻威丕着，仁风遐播，海外诸国，咸倾心归化，叩关来庭，受名封、修职贡，罔敢违贰；独郑锦以海贼余孽，凭岛屿之险，招集群不逞之徒，每乘潮登陆，钞略附近邑聚。先年虽为我兵击败于金门、厦门，贼犹窜处台湾，不时出没，大为濒海居民害。康熙十三年，耿精忠反，锦乘机袭漳、泉诸郡。及王师平定福建，即驱之入海。皇上复深维远虑，谓岛逆不除，则海疆兵民罔获宁息。与其兴师于异日，莫若乘兹军威之震叠，速行剿绝。爰询内外诸臣进剿机宜，诸臣咸以海洋险远，风涛莫测难之。赖我皇上乾纲独断，随厚集师徒，备战舰、具火器，以万正色为福建水师提督，授之规算，赴闽讨贼。于是正色与巡抚吴兴祚酌定，分道前征。正色先取海坛诸要地，兴祚与将军喇哈达等旋拔金、厦二门。贼众既败，遁还彭湖、台湾，悉力为固守计。乃总督姚启圣请亲督水军攻取台湾，而正色又请暂停兴师，沿海设戍；各执己见，互相龃龉。皇上以二臣不协，恐有误事宜，命姑罢台湾之役，仍酌行招徕。
亡何，大兵克定。皇上谓滇南荡平诸寇，岛逆亦当同时扑灭，毋俾久留。复以施琅熟悉闽中地利、海寇情形，特简施琅为福建水师提督，即令其独任征讨之事。贼闻我兵进剿，中怀恇怯，欲行投诚。又自负彭湖、台湾之固，阴持两端，遣人妄自陈，乞如琉球、高丽例。皇上知其降志不诚，计图缓兵，不允所请；随趣施琅速行进剿。迨琅仰遵诏旨，统率官兵由铜山进发抵彭湖，贼果不降，拥众拒险。我兵奋勇进击，大败其众，遂取彭湖，以扼要害。克塽等惶惧无措，始遣人赍表纳款。
我皇上犹推广好生之仁，复布恩纶，赦免克塽等罪，许其归正。由是岛屿悉定，滨海之民数十年被寇患者一旦得安生乐业，永享太平之福。是诚由我皇上圣心最仁，不忍生灵之阽危，而睿谟英断，默运独裁，无少挠于群议之所致也。
臣等窃观经史，颂尧舜之圣者曰“光被四表”、曰“圣教四讫”，颂汤武之圣者曰“海外有截”、曰“通道八蛮”；然其时之疆宇止于九州已尔。今开辟未通之地咸入版图，积纪梗化之寇尽为臣仆，盖自古国家幅〈巾员〉之广从未有如我朝、帝王威德之盛亦未有如我皇上者。猗欤盛哉！皇上之弘图骏烈，炳耀登闳，何至于此极也！