加用法四金刚顶莲花部心念诵仪轨梵本真言二卷（仁）金刚顶毗卢遮那一百八尊法身契印一卷（海）梵字金刚顶莲花部大仪轨二卷（海）梵字金刚顶瑜伽经真言一本（仁）梵字金刚峰楼阁经真言并百八名赞一卷（仁）梵字毗卢遮那三摩地仪轨一卷（海）梵字十六大菩萨真言一卷（海）梵字贤劫十六大菩萨真言一本梵字二十天真言一本（仁）二十天名并真言一本（仁）摄真实经成就三身密言要略一卷（睿）
苏悉地部第四
本经疏一苏悉地羯罗经三卷，无畏（澄圆觉梵释）清净毗卢遮那三种悉地一卷（后题云毗卢遮那别行经晓）苏悉地并苏摩呼经梵本一夹（两部二卷仁）苏悉地经疏七卷（仁和上述）
同类法二陀罗尼集经十二卷（瞿多圆觉梵释云十三卷贞元）杂咒集经十卷（贞元录外）陀罗尼集要经一卷（贞元圆觉梵释）陀罗尼杂集一卷（贞元圆觉梵释）种种杂咒经一卷（或无经字贞元圆觉梵释）总释陀罗尼义经一卷，不空（行运仁云赞）咒五首经一卷（或无经字贞元梵释并缺注）决定总经一卷（或云决定总持经亦云决总持经贞元圆觉梵释）都摄一切真言王一卷（运）都部陀罗尼目一卷（内云阤罗尼门诸部要目不空译贞元新入目录海珍仁列内题）青龙寺新译经等入藏目录一卷（仁）新译经目录一卷百千印陀罗尼经一卷（贞元圆觉梵释）略集印契幖帜释义一卷（运）念诵结护法普通诸部一卷（行）苏婆呼童子经三卷（亦云苏婆呼请问经或云苏婆呼律或云苏婆呼经或二卷贞元珍云苏婆呼童子经二卷或三卷仁云苏摩呼童子请问经一卷澄云苏婆呼律经三卷圆觉列本名梵释并加注）毗那耶律藏经一卷（海仁澄云毗那耶经一卷）调伏藏十卷（一行出传）妙膊经文次第一卷（安然记在观中院）
仪轨法三苏悉地供养法二卷，无畏（珍录外略本）苏悉地供养法二卷（仁录外与前少广）苏悉地供养法二卷（行与前稍广）苏悉地羯罗供养法一部二卷（运与前更广都有四本第二是最初本余三法全治定）苏悉地羯罗供养真言集一卷（澄仁）尊胜破地狱陀罗尼仪轨一卷（是三种悉地法）三种悉地付法一卷（顺晓出澄和上显戒论缘起三卷中）
加用法四院罗尼启请文一卷（澄）明诸经中发愿法一卷（贞元）略发愿法一卷（贞元）诸曼荼罗图一卷（运）建立曼荼罗法一卷（惠琳运）建立坛法一卷（海）建立曼荼罗坛法一卷（遍满行录外）建立坛法一卷（公辅）除坛上粉念此缘生偈赞一卷（仁睿）大乘缘生论一卷（内云圣者郁楞迦造不空译贞元新入目录海仁）梵字法身偈一卷（海）梵字三部心真言一本（仁）梵字大三昧耶真言一本（仁）四成就法一卷（运）受用三衣法一卷（贞元圆觉梵释私云宜傍见之）别行要法一卷（运）持咒秘方二卷苏悉地羯罗玄重门一卷（安然集在观中院）
诸如来部第五
诸佛通法一佛心经二卷（海）一切佛心中心经一卷（海仁私云宜傍见之）诸佛心陀罗尼经一卷（贞元海圆觉梵释）诸佛集会陀罗尼经一卷（贞元圆觉梵释）诸佛要集陀罗尼经一卷（亦直云要集经天竺曰佛陀僧祇经圆觉缺注梵释有注贞元）诸佛兴显经三卷（亦云诸佛兴显如幻经圆觉梵释私云宜傍见之）
诸佛别法二七佛所说神咒经四卷（初卷云七佛十一菩萨说大陀罗尼神咒经圆觉缺注梵释有注贞元）虚空藏菩萨问佛经（亦云虚空藏菩萨问七佛陀罗尼咒经亦云七佛神咒经贞元圆觉缺注梵释有注）受持七佛名号所生功德经一卷（贞元圆觉梵释私云宜傍见之）八阳神咒经一卷（亦云八阳经别有一本云八阳神咒初有七佛名者非也贞元圆觉缼注梵释有注）八吉祥神咒经一卷（或无神字圆觉缺注梵释有注贞元）十二佛名神咒经一卷（内云十二佛名神咒挍量功德除障灭罪经贞元圆觉缺注梵释有注）称赞如来功德神咒经一卷（贞元圆觉梵释）
药师佛法三（出陀罗尼经）药师琉璃光如来七佛本愿功德经二卷（贞元圆觉梵释）药师琉璃光如来本愿功德经一卷（贞元圆觉梵释）药师如来本愿经一卷（笈多圆觉梵释贞元）旧药师经一卷（贞元不入藏中云佛游维那离经第十三卷）药师如来本愿殊胜随愿即得陀罗尼经一卷（贞元无也今行于世是灌顶经第十一卷）药师法一卷（澄和上集仁珍和上多依阿閦仪轨传之）唐代翻药师经疏一卷（梵释）药师经疏一卷（清迈梵释）
阿閦佛法四（出陀罗尼集经）阿閦如来念诵法一卷（内云念诵供养法不空译贞元新入目录仁云阿閦如来念诵供养法二卷海珍云一卷）阿閦佛国经二卷（亦名阿閦佛刹诸菩萨觉成品经或一卷贞元圆觉梵释有注私云宜傍见之）